Nevermind, I managed to find a good workaround with a bit of DIY on the original get_color_index and get_color_rgba functions. Now the plot is exactly as I wanted. <div><br></div><div>Giorgio  <br>
<br>
<blockquote>
  ----Messaggio originale---- 
 <br> Da: ncl-talk@mailman.ucar.edu 
 <br> Data: 21-mar-2021 17.37 
 <br> A: <asphilli@ucar.edu> 
 <br> Cc: "Ncl-talk"<ncl-talk@ucar.edu> 
 <br> Ogg: Re: [ncl-talk] Setting missing value in table plot 
 <br>
 <br>
 <div>
   Hi Adam, 
 </div>
 <div>
  <br>
 </div>
 <div>
   Thanks for the suggestion. I had to work around it a bit, but now it works: 
 </div>
 <div>
  <br>
 </div>
 <div>
     colors           = reshape(get_color_rgba(cmap,levels,data),(/product(dimsizes(data)),4/)) 
  <br>do i = 0, dimsizes(colors(:,0))-1 
  <br>print(colors(i,0)) 
  <br>if (ismissing(colors(i,0))) then 
  <br>  colors(i,:)      = (/190.,190.,190.,190./)/255.   ; set to Grey with a value of opacity different than 0 and 1 (see 
  <a href="https://www.ncl.ucar.edu/Document/glossary.shtml#RGBA)">https://www.ncl.ucar.edu/Document/glossary.shtml#RGBA)</a>
  <br>end if 
  <br>end do   
  <br>  gnres@gsColors   = colors 
  <br>
 </div>
 <div>
  <br>
 </div>
 <div>
   I have another problem now, but maybe it's an issue of the functions themselves. Some values are set to missing, even if they have non-missing values (see attached). I'm still getting those warnings too. What do you people think? 
 </div>
 <div>
  <br>
 </div>
 <div>
   Cheers, 
 </div>
 <div>
   Giorgio 
  <br>
  <span style="font-family: monospace;"><span style="color: rgb(0,0,0);background-color: rgb(255,255,255);"></span></span>
 </div>
 <br>
 <blockquote>
   ----Messaggio originale---- 
  <br> Da: asphilli@ucar.edu 
  <br> Data: 19-mar-2021 23.37 
  <br> A: "Giorgio Graffino"<g.graffino@tim.it> 
  <br> Cc: "Ncl-talk"<ncl-talk@ucar.edu> 
  <br> Ogg: Re: [ncl-talk] Setting missing value in table plot 
  <br>
  <br>
  <div dir="ltr">
    Hi Giorgio, 
   <div>
     I do not have a feel for what the call to get_color_rgba returns in terms of the dimension of the array. But you could check the output of the call for missing values, and if present, set the color explicitly. 
    <br>
    <div>
      You could do something like this: 
    </div>
    <div>
      temp = reshape(get_color_rgba(cmap,levels,data),(/product(dimsizes(data)),4/)) 
     <br>
    </div>
    <div>
      ; use ind to check for missing values, and replace with a set of rgb values 
    </div>
    <div>
      w_ind = ind(ismissing(temp(0,:)) 
    </div>
    <div>
      temp(:,w_ind) = (/0.5,0.5,0.5,0.5/)   ; set to gray50 
    </div>
    <div>
     <br>
    </div>
    <div>
      gnres@gsColors  = temp 
     <br>
    </div>
    <div>
     <br>
    </div>
    <div>
      The above may not work as coded, but you should be able to apply the idea after some trial and error. 
    </div>
    <div>
      If you have any further issues please respond to the ncl-talk email.  
    </div>
    <div>
      Good luck, 
    </div>
    <div>
      Adam 
    </div>
    <div>
     <br>
    </div>
   </div>
  </div>
  <br>
  <div class="gmail_quote">
   <div dir="ltr" class="gmail_attr">
     On Thu, Mar 18, 2021 at 11:55 AM Giorgio Graffino via ncl-talk < 
    <a href="invalidurl.gif">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a>> wrote: 
    <br>
   </div>
   <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.8ex;border-left: 1.0px solid rgb(204,204,204);padding-left: 1.0ex;">
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
      Dear NCLers, 
    </div>
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
     <br>
    </div>
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
      I'm using NCL 6.6.2 on a Linux cluster. I'm adapting this script ( 
     <a href="https://www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/table_8.ncl">https://www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/table_8.ncl</a>) to obtain something like the attached figure. It looks fine, but some of the white triangles are missing values while some aren't. I'm also getting these warnings: 
    </div>
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
     <br>
    </div>
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
     <span style="font-family: monospace;"><span style="background-color: rgb(255,255,255);">(0)     get_color_index: Error: More or more input values are missing. </span><br>(0)         Returning missing. <br>(0)     get_color_rgba: error: invalid input values. Returning missing.<br><br></span>
    </div>
    <div style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">
      The relevant function for drawing the plot is the following: 
    </div>
    <div>
     <pre style="font-size: 12.0px;font-family: tahoma , arial , helvetica , sans-serif;">undef("add_filled_triangles")
procedure add_filled_triangles(wks,plot,data,levels,cmap,location)
local dims, gnres, nc, nr, nrow, ncol, xtri, ytri, xtri2d, ytri2d, irows, icols
begin
  dims = dimsizes(data)
  nrow = dims(0)
  ncol = dims(1)
  ytri2d = new((/nrow,4/),float)
  xtri2d = new((/ncol,4/),float)

  irows = ispan(0,nrow-1,1)
  icols = ispan(0,ncol-1,1)
  if(location.eq."bot") then
    xtri2d(:,0) = icols
    xtri2d(:,1) = icols+1.0
    xtri2d(:,2) = icols+0.5
    xtri2d(:,3) = icols
    ytri2d(:,0) = irows
    ytri2d(:,1) = irows
    ytri2d(:,2) = irows+0.5
    ytri2d(:,3) = irows
  else if(location.eq."top") then
    xtri2d(:,0) = icols
    xtri2d(:,1) = icols+1.0
    xtri2d(:,2) = icols+0.5
    xtri2d(:,3) = icols
    ytri2d(:,0) = irows+1
    ytri2d(:,1) = irows+1
    ytri2d(:,2) = irows+0.5
    ytri2d(:,3) = irows+1
  else if(location.eq."lft") then
    xtri2d(:,0) = icols
    xtri2d(:,1) = icols
    xtri2d(:,2) = icols+0.5
    xtri2d(:,3) = icols
    ytri2d(:,0) = irows
    ytri2d(:,1) = irows+1.0
    ytri2d(:,2) = irows+0.5
    ytri2d(:,3) = irows
  else
    xtri2d(:,0) = icols+1
    xtri2d(:,1) = icols+1
    xtri2d(:,2) = icols+0.5
    xtri2d(:,3) = icols+1
    ytri2d(:,0) = irows
    ytri2d(:,1) = irows+1
    ytri2d(:,2) = irows+0.5
    ytri2d(:,3) = irows
  end if
  end if
  end if
  xtri = conform_dims((/nrow,ncol,4/),xtri2d,(/1,2/))
  ytri = conform_dims((/nrow,ncol,4/),ytri2d,(/0,2/))

  gnres            = True                     ; resource list for filled polygons
  gnres@gsEdgesOn  = True                     ; outline each filled triangle
  gnres@gsSegments = ispan(0,nrow*ncol*4,4)   ; this makes code faster

;--If you have NCL V6.4.0 or older, you must use the "_mod" version of the function
; gnres@gsColors   = reshape(get_color_rgba_mod(cmap,levels,data),(/product(dimsizes(data)),4/))

;---This will only work in NCL V6.5.0 or later.
  gnres@gsColors   = reshape(get_color_rgba(cmap,levels,data),(/product(dimsizes(data)),4/))

  tmpstr = unique_string(location)
  plot@$tmpstr$ = gsn_add_polygon(wks,plot,ndtooned(xtri),ndtooned(ytri),gnres)
end</pre>
     <pre><font style="font-size: 12.0px;" face="tahoma, arial, helvetica, sans-serif"><span style="white-space: normal;">I tried including a resource like </span></font><font face="tahoma, arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12.0px;white-space: normal;">gnres@gsFillBackgroundColor = "Grey" to change the background color, but nothing changed. Do you know how I can set a specific color (different than white or transparent) for missing values in that function?</span></font></pre>
     <pre><font face="tahoma, arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12.0px;white-space: normal;">Thanks a lot,</span></font></pre>
     <pre><font face="tahoma, arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12.0px;white-space: normal;">Giorgio</span></font></pre>
    </div>_______________________________________________ 
    <br> ncl-talk mailing list 
    <br>
    <a href="invalidurl.gif">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a>
    <br> List instructions, subscriber options, unsubscribe: 
    <br>
    <a href="https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer">https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a>
   </blockquote>
  </div>
  <br clear="all">
  <div>
   <br>
  </div>-- 
  <br>
  <div dir="ltr">
   <div dir="ltr">
    <div>
     <div dir="ltr">
      <div>
       <div dir="ltr">
        <div>
         <div dir="ltr">
          <div>
           <div>
            <div>
             <span><font color="#888888">Adam Phillips <br></font></span>
            </div>
            <span><font color="#888888">Associate Scientist,  </font></span>
            <span><font color="#888888">Climate and Global Dynamics Laboratory, NCAR<br></font></span>
           </div>
          </div>
          <div>
           <span><font color="#888888"><a href="http://www.cgd.ucar.edu/staff/asphilli/">www.cgd.ucar.edu/staff/asphilli/</a>   </font></span>
           <span><font color="#888888">303-497-1726 </font></span>
          </div>
          <span><font color="#888888"></font></span>
          <div>
           <div>
            <span><font color="#888888"><br></font></span>
            <div>
             <span><font color="#888888"><a href="http://www.cgd.ucar.edu/staff/asphilli"></a></font></span>
            </div>
           </div>
          </div>
         </div>
        </div>
       </div>
      </div>
     </div>
    </div>
   </div>
  </div>
  <br>
 </blockquote>
 <br>
 <br>
</blockquote>
<br></div>