<div dir="ltr"><div>Having missing "coordinates"  [eg: latitude, longitude, level, time, etc] is not recommended by the netCDF user group.</div><div>A missing value associated with one or more missing coordinates makes no sense. <br></div><div><br></div><div><div>It is the users responsibility to explore the data.explore.</div><div><br></div><div>%> ncdhump -h   ...   | less<br></div><div>or <br></div><div>%> ncl_filedump ... | less</div><div><br></div><div>The attached script does that</div><div><br></div><div>[1] the full (800,1600) array for different variables</div><div>     NCL can not plot or attempt to plot data if there are no valid coordinates. <br></div><div><br></div><div>[2] then the subset you specified. If you extract just the sub region you specified the varble and, more importantly, the latitude/longitudes have no missing values. This can be plotted by associating the subset region latitude & longitudes to the variable.</div><div><br></div><div>Carefully look at the printed output to see what is happening</div><div><br></div><div>[3] Hopefully, you will be able to use the attached approach to work with the WRF data.<br></div><div><br></div><div>[4] Please submit clean scripts. Following heavily commented scripts is annoying and time consuming. <br></div><div><br></div><div>Stay Healthy<br></div><div><br></div><div>Merry Christmas<br></div><div><br></div><div><br></div><div>%> ncl ncl XiaomingHu_1.ncl</div><div><br></div></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Dec 21, 2020 at 12:35 PM Barry Lynn via ncl-talk <<a href="mailto:ncl-talk@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi:<div><br></div><div>If the nc data appears to be upside down, when you plot it, you probably need to subtract 90 degrees from your data.</div><div><br></div><div>Also, you should printMinMax(data, False) to see the bounds of the data you are trying to plot. If the longitude is not -180 to 180, this could also mess up your program.</div><div><br></div><div>Barry</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Dec 21, 2020 at 8:38 PM xiaoming Hu <<a href="mailto:yuanfangcan@hotmail.com" target="_blank">yuanfangcan@hotmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks!<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Not quite. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
What I currently plot is <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<img size="163037" style="max-width: 100%;" src="cid:17686cb0b5acb971f161"></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
But I would like to plot the full data (from ncveiw):</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<img size="129762" style="max-width: 100%;" src="cid:17686cb0b5acb971f162"></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
ncview figure appears to be up-side-down. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Xiaoming<br>
</div>
<div id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Barry Lynn <<a href="mailto:barry.h.lynn@gmail.com" target="_blank">barry.h.lynn@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Monday, December 21, 2020 12:27 PM<br>
<b>To:</b> xiaoming Hu <<a href="mailto:yuanfangcan@hotmail.com" target="_blank">yuanfangcan@hotmail.com</a>><br>
<b>Cc:</b> ncl-talk <<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a>>; Xiaoming Hu <<a href="mailto:xhu@ou.edu" target="_blank">xhu@ou.edu</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [ncl-talk] contour not working with missing values in coordinate variables</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Hello:
<div><br>
</div>
<div>You can always plot point data, interpolating it to a grid.</div>
<div><br>
</div>
<div>Perhaps this will help...?</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/linint2_points.shtml" target="_blank">https://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/linint2_points.shtml</a><br>
</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Mon, Dec 21, 2020 at 7:44 PM xiaoming Hu via ncl-talk <<a href="mailto:ncl-talk@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Because there are missing values in the 2d latitude and longitude,  the contour plot did not work.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
So I have to cut off the area with the missing coordinate variables by <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
  LST = f->visible_count(78:730,365:998)
<div>  LST@lat2d = latitude(78:730,365:998)</div>
<div>  LST@lon2d = longitude(78:730,365:998)</div>
<br>
But by doing so, I miss a lot of useful data. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Anyway to plot the full data?   My full script is attached<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
A sample data file: <a href="http://www.caps.ou.edu/micronet/SouthernOcean/Observation/satellite.SATCORPS_V2.2_HIMAWARI-8.2km.201802170000.NC" id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477x_gmail-m_-5350089625216048011LPlnk972809" target="_blank">
http://www.caps.ou.edu/micronet/SouthernOcean/Observation/satellite.SATCORPS_V2.2_HIMAWARI-8.2km.201802170000.NC</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The domain I want to plot on: <a href="http://www.caps.ou.edu/micronet/SouthernOcean/Observation/wrfout_d01_2018-02-18_20:00:00" id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477x_gmail-m_-5350089625216048011LPlnk868408" target="_blank">
http://www.caps.ou.edu/micronet/SouthernOcean/Observation/wrfout_d01_2018-02-18_20:00:00</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477x_gmail-m_-5350089625216048011" title="">BTW: this script works very slow even when I cut off the area with missing coordinate.
<br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span id="gmail-m_-976874390121775973gmail-m_-8098179287294013633gmail-m_7319811762698612477x_gmail-m_-5350089625216048011" title="">Thanks</span> a lot!</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Xiaoming Hu<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ncl-talk mailing list<br>
<a href="mailto:ncl-talk@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a><br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a></blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr"><span style="color:rgb(34,34,34)">Guest Editor of Special Issue “Extreme Hydroclimatic Events and Prediction”</span><br style="color:rgb(34,34,34)">
<span style="color:rgb(34,34,34)">LINK:</span><br style="color:rgb(34,34,34)">
<a href="https://www.mdpi.com/journal/water/special_issues/Extreme_Hydroclimatic_Events" rel="noreferrer" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://www.mdpi.com/journal/water/special_issues/Extreme_Hydroclimatic_Events</a><br>
</div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div dir="ltr">Barry H. Lynn, Ph.D
<div>
<div>Senior Associate Scientist, Lecturer,</div>
<div>
<div><span style="color:rgb(136,136,136)">The Institute of the Earth Science, </span><br style="color:rgb(136,136,136)">
<span style="color:rgb(136,136,136)">The Hebrew University of Jerusalem, </span><br style="color:rgb(136,136,136)">
<span style="color:rgb(136,136,136)">Givat Ram, Jerusalem 91904, Israel </span><br style="color:rgb(136,136,136)">
</div>
<span style="color:rgb(136,136,136)">Tel: 972 547 231 170</span><br style="color:rgb(136,136,136)">
<span style="color:rgb(136,136,136)">Fax: (972)-25662581</span></div>
</div>
<div><span style="color:rgb(136,136,136)"><br>
</span></div>
<div>C.E.O, Weather It Is, LTD<br>
Weather and Climate Focus<br>
<a href="http://weather-it-is.com" target="_blank">http://weather-it-is.com</a><br>
Jerusalem, Israel<br>
Local: 02 930 9525<br>
Cell: 054 7 231 170<br>
Int-IS: x972 2 930 9525<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(34,34,34)">Guest Editor of Special Issue “Extreme Hydroclimatic Events and Prediction”</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><span style="color:rgb(34,34,34)">LINK:</span><br style="color:rgb(34,34,34)"><a href="https://www.mdpi.com/journal/water/special_issues/Extreme_Hydroclimatic_Events" rel="noreferrer" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://www.mdpi.com/journal/water/special_issues/Extreme_Hydroclimatic_Events</a><br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Barry H. Lynn, Ph.D<div><div>Senior Associate Scientist, Lecturer,</div><div><div><span style="color:rgb(136,136,136)">The Institute of the Earth Science, </span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">The Hebrew University of Jerusalem, </span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">Givat Ram, Jerusalem 91904, Israel </span><br style="color:rgb(136,136,136)"></div><span style="color:rgb(136,136,136)">Tel: 972 547 231 170</span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">Fax: (972)-25662581</span></div></div><div><span style="color:rgb(136,136,136)"><br></span></div><div>C.E.O, Weather It Is, LTD<br>Weather and Climate Focus<br><a href="http://weather-it-is.com" target="_blank">http://weather-it-is.com</a><br>Jerusalem, Israel<br>Local: 02 930 9525<br>Cell: 054 7 231 170<br>Int-IS: x972 2 930 9525<br><br></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
ncl-talk mailing list<br>
<a href="mailto:ncl-talk@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@mailman.ucar.edu</a><br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a></blockquote></div>