<div dir="ltr"><div>Here are a few more suggestions in between trial and error, and deeper debugging.  I don't have anything better than these general suggestions, sorry.</div><div><br></div><div>* Use the debug mode <b>ncl -x</b> to further isolate<span class="gmail-Apple-converted-space"> </span>the lower level NCL statement that triggers the error.</div><div><br></div><div>* wrf_contour is actually NCL code, inside $NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/wrf/WRFUserARW.ncl.   Make your own clone, and isolate the lower level NCL statement that triggers the error.  You may be able to bypass the problem with alternative coding, or simply eliminate a non-essential section, such as logging.</div><div><div><br><div>* Rebuild NCAR/NCL with compiler-based debugging features enabled, such as <b>-g -O0 -fbacktrace -fcheck=all -ffpe-trap=invalid,zero,overflow</b>.  </div><div dir="ltr"><br class="gmail-Apple-interchange-newline">* Try the latest NCARG/NCL development version from <a href="https://github.com/NCAR/ncl">https://github.com/NCAR/ncl</a>.  Take the "develop" branch.  There have been several bug fixes and build improvements since the 6.6.2 release.<br></div><div dir="ltr"><br></div><div>* Upgrade your GCC/gfortran version.  There have been improvements in ARM support.  Check to see what is available in the Extras package for Amazon Linux.  Consider building your own GCC/gfortran to the latest version, currently 11.2.  If you switch GCC/gfortran versions, you may also need to rebuild some of your dependencies.</div><div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 6, 2021 at 5:12 AM <<a href="mailto:michael.graf@meteoprime.ch">michael.graf@meteoprime.ch</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="DE-CH" style="word-wrap:break-word"><div class="gmail-m_-8236333181398440965WordSection1"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Thanks for the hint. Now (with copying the font files from another distribution) I can compile NCL without error message on Amazon Linux 2. However, when I run a script with NCL I’m still receiving a message ‘</span><span lang="EN-GB">Segmentation fault’. I’m also compiling it with the -g option, but don’t get some additional hints (see below).  I found out that the segmentation fault occurs when the function wrf_contour() is called. Other things seem to work well. I can read NetCDF-4 files without problems, calculate CAPE and other diagnostics. I also managed to install NCL version 6.6.2 from EPEL8 on RHEL8 (ARM64, AWS <em><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-style:normal">Graviton2</span></em>) without any problems. However, exactly the same issue (Segmentation fault) occurred, when calling wrf_contour(). It seems to me that other parts then the fontcap compilation have similar problems. Maybe the problem is related to the CPU AWS <em><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-style:normal">Graviton2, but it’s also little endian.</span></em><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">*****<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">> </span><span lang="EN-GB">ncl wrf_mucape_cin.ncl</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Copyright (C) 1995-2019 - All Rights Reserved <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">University Corporation for Atmospheric Research NCAR Command Language Version 6.6.2 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">The use of this software is governed by a License Agreement. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">See </span><a href="http://www.ncl.ucar.edu/" target="_blank"><span lang="EN-GB">http://www.ncl.ucar.edu/</span></a><span lang="EN-GB"> for more details. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">(0)Working on time: 2021-08-31_00:00:00 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-GB">Segmentation fault<u></u><u></u></span></b></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">*****<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">> lscpu<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Architecture: aarch64 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-GB">Byte Order: Little Endian <u></u><u></u></span></b></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">CPU(s): 2 On-line <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">CPU(s) list: 0,1 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Thread(s) per core: 1 Core(s) per socket: 2 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Socket(s): 1 NUMA node(s): 1 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Model: 1 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">BogoMIPS: 243.75 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">L1d cache: 64K <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">L1i cache: 64K <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">L2 cache: 1024K <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">L3 cache: 32768K <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">NUMA node0 CPU(s): 0,1 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Flags: fp asimd evtstrm aes pmull sha1 sha2 crc32 atomics fphp asimdhp cpuid asimdrdm lrcpc dcpop asimddp ssbs</span></p><div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Fri, Sep 3, 2021 at 4:39 PM Dave Allured - NOAA Affiliate <<a href="mailto:dave.allured@noaa.gov" target="_blank">dave.allured@noaa.gov</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-style:none none none solid;border-left-width:1pt;border-left-color:rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><div><div><p class="MsoNormal">I think fontc is a standalone program that is used only during the NCL build process.  You may be able to sidestep the program issue completely, by simply copying over the compiled fontcap files from a different build.  Look at one of the X86 binary distributions, or a working install on any X86 system.  I suspect that the only compatibility issue is endianness of 16- and 32-bit integers.  ARM64 and X86 should both be little endian; not sure because I lack ARM experience.  <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Wed, Sep 1, 2021 at 11:37 AM Michael Graf via ncl-install <<a href="mailto:ncl-install@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-install@mailman.ucar.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-style:none none none solid;border-left-width:1pt;border-left-color:rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><p class="MsoNormal">Dear all, <br><br>Thanks for adding me to the NCL mailing list.<br><br>I am trying to compile the latest NCL Version 6.6.2 from scratch on Amazon<br>Linux 2 (ARM64 architecture). Everything works fine except that a<br>segmentation fault occurs when the fontcaps are compiled respectively when<br>the fontc binary is processing fontcaps (see output below). No other error<br>occurs. The ncl binary is compiled and it can be started without problems,<br>but when I run a plotting script a segmentation fault occurs that is<br>probably related to the compilation error in fontcap. <br><br>I also compiled a minimal version with as few dependencies as possible (no<br>GDAL, HDF5, NETCDF-4 and so on) to rule out that they cause the problem<br>without any effect. I have also randomly tried different compiler options<br>for the compilation in the folder fontcap, but the error always remains the<br>same. I suspect that the compiler is causing the problem, but there is no<br>alternative on Amazon Linux 2 so far. I'm using gfortran (version 7.3.1) and<br>gcc (version 7.3.1), but here only Fortran77 code seems to be compiled. <br><br>It would be great if somebody has a hint how to overcome this problem. Maybe<br>there is another option, so that I don't have to build it from scratch. The<br>installation with conda does not work on ARM64. <br><br>Best, Michael<br><br>************************************************************************<br>Making ./common/src/fontcap<br>make[4]: Entering directory<br>`/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap'<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O   -c<br>cfaamn.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>cfrdln.o cfrdln.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>cfwrit.o cfwrit.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffgttk.o ffgttk.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffinfo.o ffinfo.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffphol.o ffphol.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffppkt.o ffppkt.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffprcf.o ffprcf.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>ffprsa.o ffprsa.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>fftbkd.o fftbkd.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>fftkin.o fftkin.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sffndc.o sffndc.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sfgtin.o sfgtin.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sfgtkw.o sfgtkw.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sfprcf.o sfprcf.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sfskbk.o sfskbk.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -c -o<br>sftbkd.o sftbkd.f<br>gfortran -fPIC -fno-second-underscore -fno-range-check -fopenmp  -O    -o<br>fontc cfaamn.o  cfrdln.o  cfwrit.o  ffgttk.o  ffinfo.o  ffphol.o  ffppkt.o<br>ffprcf.o ffprsa.o  fftb<br>kd.o  fftkin.o  sffndc.o  sfgtin.o  sfgtkw.o  sfprcf.o  sfskbk.o sftbkd.o<br>-L../../.././common/src/libncarg_c -lncarg_c -L/usr/local/ncarg_gdal/lib<br>-L/usr/local/lib<br>Processing fontcap font1<br><br>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<br>reference.<br><br>Backtrace for this error:<br>#0  0x40001dcb99a3<br>#1  0x40001dcb888f<br>#2  0x40001dc90667<br>#3  0x403bdc<br>#4  0x403c63<br>#5  0x4032af<br>#6  0x400efb<br>#7  0x401213<br>#8  0x40001df5ace3<br>#9  0x400d07<br>make[4]: *** [font1] Segmentation fault<br>make[4]: Leaving directory<br>`/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap'<br><br>************************************************************************<br>gfortran -g -fbacktrace -Wall -fcheck=all      -o fontc cfaamn.o  cfrdln.o<br>cfwrit.o  ffgttk.o  ffinfo.o  ffphol.o  ffppkt.o  ffprcf.o ffprsa.o<br>fftbkd.o  fftkin.o  sffndc.o<br>  sfgtin.o  sfgtkw.o  sfprcf.o  sfskbk.o sftbkd.o<br>-L../../.././common/src/libncarg_c -lncarg_c -L/usr/local/ncarg/lib<br>-L/usr/local/lib    <br>Processing fontcap font1<br><br>Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<br>reference.<br><br>Backtrace for this error:<br>#0  0x40001a29595b in ???<br>#1  0x40001a29488f in ???<br>#2  0x40001a26c667 in ???<br>#3  0x40723c in ???<br>#4  0x4072e7 in ???<br>#5  0x405c97 in sfgtwk_<br>at /home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/sfgtkw.f:95<br>#6  0x4061cb in sfprcf_<br>at /home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/sfprcf.f:108<br>#7  0x40119b in cfaamn<br>at /home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/cfaamn.f:304<br>#8  0x401633 in main<br>at /home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/cfaamn.f:358<br>make: *** [font1] Segmentation fault<br><br>************************************************************************<br>gfortran -g -fsanitize=address,undefined      -o fontc cfaamn.o  cfrdln.o<br>cfwrit.o  ffgttk.o  ffinfo.o  ffphol.o  ffppkt.o  ffprcf.o ffprsa.o<br>fftbkd.o  fftkin.o  sffndc.o <br> sfgtin.o  sfgtkw.o  sfprcf.o  sfskbk.o sftbkd.o<br>-L../../.././common/src/libncarg_c -lncarg_c -L/usr/local/ncarg/lib<br>-L/usr/local/lib    <br>Processing fontcap font1<br>ASAN:DEADLYSIGNAL<br>=================================================================<br>==2477==ERROR: AddressSanitizer: SEGV on unknown address 0x100005104df40 (pc<br>0x00000040ffd0 bp 0xffffd104daf0 sp 0xffffd104daf0 T0)<br>==2477==The signal is caused by a READ memory access.<br>    #0 0x40ffcf in gbyte_<br>(/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/fontc+0x40ffcf)<br>    #1 0x410057 in gbytes_<br>(/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/fontc+0x410057)<br>    #2 0x40deab in sfprcf_<br>/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/sfprcf.f:117<br>    #3 0x40213f in cfaamn<br>/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/cfaamn.f:304<br>    #4 0x402d7b in main<br>/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/cfaamn.f:358<br>    #5 0x40002cbc7ce3 in __libc_start_main (/lib64/libc.so.6+0x1fce3)<br>    #6 0x4018a7<br>(/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/fontc+0x4018a7)<br><br>AddressSanitizer can not provide additional info.<br>SUMMARY: AddressSanitizer: SEGV<br>(/home/ec2-user/wrf/NCL/ncl_ncarg-6.6.2/common/src/fontcap/fontc+0x40ffcf)<br>in gbyte_<br>==2477==ABORTING<br>make: *** [font1] Error 1<br><br>_______________________________________________<br>ncl-install mailing list<br>List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br><a href="https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-install" target="_blank">https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-install</a><u></u><u></u></p></blockquote></div></div></blockquote></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></div>