<div dir="ltr">Hello Mae,<div><br></div><div>Thanks so much for your help. Installing NCL via Anaconda seems to have resolved my issue with<br>"dyld: Library not loaded: @rpath/libcblas.3.dylib".  I am able to run the tests for NCL after installation, and they are working now.<br></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Vanessa</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Oct 13, 2020 at 7:20 PM Marieanne Leong <<a href="mailto:marieanneleong@gmail.com">marieanneleong@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Vanessa,<div><br></div><div>I've had issues with installing NCL via miniconda previously. So someone from the NCL community suggested me to install via anaconda instead.</div><div><br></div><div>I'm not sure if you want to go ahead with Anaconda, but if you do, here are the steps.</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">This solution involves installing anaconda via the command-line, instead of the graphical installer.</p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue";min-height:14px"><br></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">You may download the command-line version of the installers from here: <a href="https://docs.anaconda.com/anaconda/install/mac-os/" target="_blank"><span style="color:rgb(220,161,13)">https://docs.anaconda.com/anaconda/install/mac-os/</span></a></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue";min-height:14px"><br></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Here are the steps:<br></p><ol><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Make the anaconda installer executable for all users by typing<br><br>chmod a+x /path/to/<span style="color:rgb(220,161,13)"><a href="http://anaconda3-2020.07-macosx-x86_64.sh/" target="_blank">Anaconda3-2020.07-MacOSX-x86_64.sh</a><br><br></span></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">To install anaconda, type<br><br>sudo bash /path/to/<a href="http://anaconda3-2020.07-macosx-x86_64.sh/" target="_blank"><span style="color:rgb(220,161,13)">Anaconda3-2020.07-MacOSX-x86_64.sh</span></a><br><br>At this point, you may check the output from<br>ls /opt<br>and make sure that anaconda3 is installed in /opt directory.<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Make the /opt/anaconda3 directory writable for your account, type<br><br>sudo chgrp -R staff /opt/anaconda3<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Then, set ‘Read and Write’ permission for the root and staff group only by typing<br><br>sudo chmod 770 -R /opt/anaconda3<br><br>In case you are having issues with this, i.e. getting an error message ‘chmod: -R: No such file or directory’, then try to do it manually from Finder. You may refer here (<a href="https://eclecticlight.co/keychains-permissions/" target="_blank"><span style="color:rgb(220,161,13)">https://eclecticlight.co/keychains-permissions/</span></a>) for more information (see labels 1, 2 and 3 in red on the last figure in the website)<br><br>In the Finder, select ‘Go’, then ‘Go to Folder’.<br>Type /opt, then hit Enter.<br>Right click /anaconda3 folder > Get Info.<br>At the very bottom, click on the padlock and key in your password.<br>Then, at the Privilege, make them have the following setting:<br>system : Read and Write<br>staff : Read and Write<br>everyone: Read only<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Delete* the file ~/.bash_profile, and then create an empty one. Type<br><br>rm ~/.bash_profile<br>touch ~/.bash_profile<br><br>* Note: If you have other settings in your ~/.bash_profile, DO NOT delete your ~/.bash_profile. Just open ~/.bash_profile and remove the portion about anaconda setting that begins and ends with # >>> condo initialize >>>.<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Recreate the anaconda setting in ~/.bash_profile by typing<br><br>source /opt/anaconda3/bin/activate<br>conda init<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Next, logout from the Mac OS or restart the computer.<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Check existing environments in anaconda, type<br><br>conda env list<br><br>You should only have<br>base   * /opt/anaconda3<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Create ncl environment and install ncl, type<br><br>conda create -n ncl -c conda-forge ncl<br><br>Type ‘y’ to install all the other libraries associated with the installation<br><br>In case you are faced with writing permissions at this stage, check that you have the Read & Write permission as specified in #4.<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Once it is installed, type<br><br>conda activate ncl<br><br></li><li style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">Under the prompt, type<br><br>ncl<br><br>to check that it is working.</li></ol><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:"Helvetica Neue"">In case you encounter errors when running an ncl script on the terminal (e.g. ‘ncl script.ncl’),  check your script and ensure that you don’t load any ncl libraries in the script. In NCL Version 6.2.0 and above, these libraries are automatically loaded so there is no need to include them in the script.</p></div></div></div></blockquote></div><div><br></div><div>Hope that helps.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Mae</div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Oct 14, 2020 at 7:39 AM Vanessa Vincente via ncl-install <<a href="mailto:ncl-install@mailman.ucar.edu" target="_blank">ncl-install@mailman.ucar.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello ncl-install Team,<br><br>I am having issues with running ncl on my MacOS High Sierra.  <br><br>I have executed the command:<br>source activate ncl_stable<br><br>Then:<br>ncl -V<br><br>And the following shows:<br>dyld: Library not loaded: @rpath/libcblas.3.dylib<br>Referenced from: /Users/Vanessa/miniconda3/envs/ncl_stable/bin/ncl<div>Reason: image not found<br>Abort trap: 6<br><br>I noticed a message in the ncl archives about trying the following command:<br>conda install -c conda-forge -n ncl_stable libgcc<br><br>I tried the command, and the following shows:<br>Collecting package metadata (current_repodata.json): done<br>Solving environment: done<br># All requested packages already installed.<br><br>I tried the command ncl -V again, and the same issue showed.<br><br>Can you please help with this missing library?<br><br>Thanks for your help!<br>Vanessa<font color="#888888"><br><div></div></font></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font color="#000000">Vanessa Vincente<br>Associate Scientist<br>The COMET® Program<br>University Corporation for Atmospheric Research<br></font><br>*My working hours may differ from your own.  Please do not feel obligated to reply outside of standard business hours.*<div dir="ltr"></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
ncl-install mailing list<br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-install" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-install</a></blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font color="#000000">Vanessa Vincente<br>Associate Scientist<br>The COMET® Program<br>University Corporation for Atmospheric Research<br></font><br>*My working hours may differ from your own.  Please do not feel obligated to reply outside of standard business hours.*<div dir="ltr"></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>