<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am having some difficulties in compiling WRF using NETCDF, PNETCDF as well as PHDF5 (and using PHDF5 for NETCDF). I am using MVAPICH2 as the MPI implementation.</div><div><br></div><div>I copy in the following the configures commands for all libraries, as well as the configure for WRF. The WRF configure fails by saying that the NETCDF installation does not support NETCDF4 features, despite the fact that I am using the <font face="monospace, monospace">--enable-netcdf-4</font> flag when compiling netcdf. All libraries are working correctly according to their <font face="monospace, monospace">make check</font> command</div><div><br></div><div>Please do not hesitate to ask if you need more information. Thanks in advance for any suggestion,</div><div><br></div><div>Gianluca</div><div><br></div><div>-------</div><div><br></div><div>The configure step for the libraries are (executed in order, each one followed by make, make check, make install)</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">-- HDF5</font></div><div><font face="monospace, monospace">CC=mpicc FC=mpif90 ./configure --enable-parallel --prefix=${H5DIR}<br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-- PNETCDF</font></div><div><font face="monospace, monospace">MPICC=mpicc MPICXX=mpic++ MPIF77=mpif77 MPIF90=mpif90 ./configure --prefix=${PNDIR}<br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-- NETCDF-C</font></div><div><font face="monospace, monospace">CC=mpicc CPPFLAGS=&quot;-I${H5DIR}/include -I${PNDIR}/include&quot; LDFLAGS=&quot;-L${H5DIR}/lib -L${PNDIR}/lib&quot; ./configure --disable-shared --enable-pnetcdf --enable-parallel-tests --prefix=${NCDIR} <b>--enable-netcdf-4</b><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">-- NETCDF-FORTRAN</font></div><div><font face="monospace, monospace">CC=mpicc FC=mpif90 CPPFLAGS=&quot;-I${NCDIR}/include -I${H5DIR}/include&quot; LD_LIBRARY_PATH=${H5DIR}/lib:${NCDIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH} LDFLAGS=&quot;-L${H5DIR}/lib -L${NCDIR}/lib -lnetcdf&quot; ./configure --disable-shared --prefix=$NFDIR<br></font></div><div><br></div><div>The configure step for WRF is</div><div><font face="monospace, monospace">export NETCDF4=1<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">export NETCDF=${NCDIR}<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">export PNETCDF=${PNDIR}<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">export PHDF5=${H5DIR}<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">./configure</font></div><div><br></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">but the configure step fails saying that the NETCDF installation does not support netcdf4, despite the </font><font face="monospace, monospace"><b>--enable--netcdf-4</b></font><font face="arial, helvetica, sans-serif"> flag in the compilation of NETCDF-C</font></div><div><div><font face="monospace, monospace">************************** W A R N I N G ****************************</font></div><div><font face="monospace, monospace">NETCDF4 IO features are enabled, but this installation of NetCDF</font></div><div><font face="monospace, monospace">  /home/gianlu/software/netcdf-4.3.3.1/netcdf</font></div><div><font face="monospace, monospace">sounds like DO NOT support these IO features.</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">Please make sure NETCDF version is 4.1.3 or later and was built with</font></div><div><font face="monospace, monospace">--enable-netcdf4</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">OR unset NETCDF4 variable</font></div><div><font face="monospace, monospace">   bash/ksh : unset    NETCDF4</font></div><div><font face="monospace, monospace">        csh : unsetenv NETCDF4</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">Then re-run this configure script</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">!!! configure.wrf WAS REMOVED !!!</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">*********************************************************************</font></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div></div>