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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Hi Fotis,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I appreciate very much for your great advice. Thank you very much.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best regards,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Wei<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> Fotis Georgatos [mailto:kefalonia@gmail.com]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 15, 2013 3:53 AM<br>
<b>To:</b> Wu, Wei<br>
<b>Cc:</b> wrf-users@ucar.edu; Stevens, Gary<br>
<b>Subject:</b> Re: [Wrf-users] ask for help on installing and compiling WRF 3.5.1<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Wei,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I had to do little effort to get 3.5.1 working, using EasyBuild/1.7.0 and the following configuration<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">(ie. skipping the WRF*known_problems.patch file and,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">simply reusing WRF-%(version)s_netCDF-Fortran_separate_path.patch from version 3.5)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I make no claims about the validity of the build, other than that there is one now ;-)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">You should be able to change the buildtype relatively easily!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ module load EasyBuild # ref. <a href="https://github.com/hpcugent/easybuild/wiki" target="_blank">https://github.com/hpcugent/easybuild/wiki</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ eb --version<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This is EasyBuild 1.7.0 (framework: 1.7.0, easyblocks: 1.7.0) on host gaia-10.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ time eb WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== temporary log file in case of crash /tmp/easybuild-GiN64v.log<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== resolving dependencies ...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== processing EasyBuild easyconfig /mnt/nfs/users/homedirs/fgeorgatos/WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== building and installing WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== fetching files...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== creating build dir, resetting environment...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== unpacking...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== patching...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== preparing...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== configuring...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== building...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== testing...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== installing...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== taking care of extensions...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== packaging...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== postprocessing...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== sanity checking...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== cleaning up...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== creating module...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== COMPLETED: Installation ended successfully<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">==<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">WARNING: Build exited with exit code 0. 18 possible error(s) were detected in the build logs, please verify the build.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== Results of the build can be found in the log file /tmp/easybuild-WRF-3.5.1-20131015.092622.log<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== Build succeeded for 1 out of 1<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== temporary log file /tmp/easybuild-GiN64v.log has been removed.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">real 35m43.606s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">user 33m21.733s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">sys 1m43.710s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ cat WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">name = 'WRF'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">version = "3.5.1" # tweaked by EasyBuild (was: '3.5')<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">homepage = '<a href="http://www.wrf-model.org" target="_blank">http://www.wrf-model.org</a>'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">description = """The Weather Research and Forecasting (WRF) Model is a next-generation mesoscale<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> numerical weather prediction system designed to serve both operational forecasting and atmospheric<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> research needs."""<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">toolchain = {'name': 'goolf', 'version': '1.4.10'}<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">toolchainopts = {'opt': False} # don't use agressive optimization, stick to -O2<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">sources = ['%sV%s.TAR.gz' % (name, version)]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">source_urls = ['<a href="http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/" target="_blank">http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/</a>']<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"># csh is used by WRF install scripts<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">builddependencies = [('tcsh', '6.18.01')]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">dependencies = [<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> ('JasPer', '1.900.1'),<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> ('netCDF', '4.2.1.1'),<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> ('netCDF-Fortran', '4.2'),<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">patches = [<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> 'WRF_parallel_build_fix.patch',<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> 'WRF-%(version)s_netCDF-Fortran_separate_path.patch',<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"># 'WRF-%(version)s_known_problems.patch',<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> 'WRF_tests_limit-runtimes.patch',<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"># limit parallel build to 20<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">maxparallel = 20<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">buildtype = "dmpar"<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">versionsuffix = '-%s' % buildtype<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">moduleclass = 'geo'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ time eb --try-software-name=WRF --try-software-version=3.5.1 --try-toolchain=goolf,1.4.10 --dry-run -r|sed 's@/.*/@@g'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== temporary log file in case of crash easybuild-bg7bn2.log<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== Generated an easyconfig file WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar.eb, going to use it now...<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">== Dry run: printing build status of easyconfigs and dependencies<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] GCC-4.7.2.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] hwloc-1.6.2-GCC-4.7.2.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] OpenMPI-1.6.4-GCC-4.7.2.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] gompi-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] OpenBLAS-0.2.6-gompi-1.4.10-LAPACK-3.4.2.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] FFTW-3.3.3-gompi-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] ScaLAPACK-2.0.2-gompi-1.4.10-OpenBLAS-0.2.6-LAPACK-3.4.2.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] ncurses-5.9-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] zlib-1.2.7-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] Szip-2.1-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] flex-2.5.37-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] JasPer-1.900.1-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] tcsh-6.18.01-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] HDF5-1.8.10-patch1-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] M4-1.4.16-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] Bison-2.7-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] Doxygen-1.8.3.1-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] netCDF-4.2.1.1-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] netCDF-Fortran-4.2-goolf-1.4.10.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[x] WRF-3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar.eb<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">real 0m4.002s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">user 0m0.912s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">sys 0m1.184s<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ module av WRF<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------- /home/users/fgeorgatos/.local/easybuild/modules/all ----------------------------------------------<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">WRF/3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------- /opt/apps/HPCBIOS/modules/geo ---------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">WRF/3.3.1-goalf-1.1.0-no-OFED-dmpar WRF/3.3.1-ictce-5.3.0-dmpar WRF/3.4-ictce-3.2.2.u3-dmpar WRF/3.5-ictce-5.3.0-dmpar<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">WRF/3.3.1-goolf-1.4.10-dmpar WRF/3.4-goalf-1.1.0-no-OFED-dmpar WRF/3.4-ictce-5.3.0-dmpar<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">WRF/3.3.1-ictce-3.2.2.u3-dmpar WRF/3.4-goolf-1.4.10-dmpar WRF/3.5-goolf-1.4.10-dmpar<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ module load WRF/3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $ which wrf.exe<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">/home/users/fgeorgatos/.local/easybuild/software/WRF/3.5.1-goolf-1.4.10-dmpar/WRFV3/main/wrf.exe<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">fgeorgatos@gaia-10:~: $<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">```<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">enjoy,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Fotis<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>