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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I completed the build process of compiling all of the required packages for ncl_ncarg-6.2.1 and PyNIO-1.3.0b1 successfully using the Intel v15.0 C/C++/Fort compilers. When testing Nio I am able to do an “import Nio” but when performing
a create, read or write I/O request python will Seg fault.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Python 2.6.8 (unknown, Jul 16 2013, 14:48:55)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[GCC 4.3.4 [gcc-4_3-branch revision 152973]] on linux2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> import Nio<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> import os<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> print Nio.__version__<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">1.3.0b1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> filename = os.tempnam(None, 'test_')<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> filename += '.nc'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> print 'Creating temporary file: ', filename<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Creating temporary file: /tmp/test_AfmnXH.nc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">>>> f = Nio.open_file(filename, 'c')<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">fatal:NclMalloc Failed:[errno=12]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Segmentation fault (core dumped)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">System info:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Processors: 2 x 12 Cores Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2690 v3 @ 2.60GHz 30720KB Cache<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Total Mem: 128 GB/per node, Speed: 2133 MHz (0.5 ns)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> OS Release: SUSE Linux Enterprise Server 11 (x86_64) VERSION = 11 SP3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Kernel Ver: 3.0.101-0.35.1.7253.0.PTF-default<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">> icc -v<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">icc version 15.0.1 (gcc version 4.3.0 compatibility)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">> ifort -v<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ifort version 15.0.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Currently Loaded Modulefiles:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1) intel-cc-15/15.0.1.133 3) intel-compilers-15/15.0.1.133<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 2) intel-fc-15/15.0.1.133<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">When building PyNIO the following options were used. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">NCAR_ROOT=/NCAR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">NCAR_LOCAL_ROOT=/NCAR/local.intel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">NCARG_ROOT=${ NCAR_LOCAL_ROOT}/ncarg<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">setenv LD_LIBRARY_PATH ${NCAR_LOCAL_ROOT}/lib:$LD_LIBRARY_PATH<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">> env | grep HAS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HAS_NETCDF4=1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HAS_HDFEOS5=1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">NETCDF4_PREFIX==/NCAR/local.intel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I used the build_pynio_from_src.shtml webpage a guide and everything appears to be correct with the build process but I am not sure why NCL is failing on the Malloc call.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any ideas how to get around this issue would be great appreciated! In the meantime I will try building the required packages with GNU compiler environment and see if things improve.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Scott Shaw<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">SGI – Apps Engineering<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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