<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I am trying to do regrid many variables on ERA5 data using the script below. Each file contains many times in it, so I am looping through the time and the variables to apply bilinear interpolation. However, my script is failing in the time loop. </div><div><br></div><div>I tested it without going into the time loop by just defining t = 1, and everything worked well...however when I run all my script it crashes....This is the error I am getting:</div><div><br></div><div><i><b>Segmentation fault (core dumped)</b></i><br></div><div><br></div><div>My script:</div><div>;::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::</div><div><br></div><div><div><i>load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_code.ncl"</i></div><div><i>load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_csm.ncl"</i></div><div><i>load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/contributed.ncl"</i></div><div><i>load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/contrib/ut_string.ncl"</i></div><div><i>load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/esmf/ESMF_regridding.ncl"</i></div><div><i><br></i></div><div><i>begin</i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------<br></i></div><div><i>; User settings</i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;<br></i></div><div><i>  ; Set the domain number to agree with the geogrid file and      ;</i></div><div><i>  ; the IGRID option in the hydro.namelist for WRF-Hydro          ;</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;</i></div><div><i>  domain  = "DOMAIN1"</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;<br></i></div><div><i>  ; Set input and output file directories.                        ;</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;</i></div><div><i>  dirm    = "/glade/scratch/mirce/LaSierra/FullDomainForcing/ERA5/"       ; directory where source forcing data resides</i></div><div><i>  outdir  = "./output_regriddes_files/"      ; directory where regridded forcing data will be placed. set to dirm for overwriting the original file</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;<br></i></div><div><i>  ; Set a variable to indicate the timestep of source data        ;</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;</i></div><div><i>  dt=3600.0   ; time over which precipitation is accumulated in the source dataset in units of seconds</i></div><div><i>  ;(currently set for ERA5 forcing)</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;<br></i></div><div><i>  ; Weight filenames for regridding                               ;</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;</i></div><div><i>  ;wgtFileName_conserve = "./NLDAS2WRFHydro_weight_conserve.nc"</i></div><div><i>  wgtFileName_bilinear = "./ERA52WRFHydro_weight_bilinear.nc"</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;<br></i></div><div><i>  ; Data field names from the source file to be regridded         ;</i></div><div><i>  ;---------------------------------------------------------------;</i></div></div><div><div><i>   P_varname = "sp"</i></div><div><i>   T_varname = "t2m"</i></div><div><i>   U_varname = "u10"</i></div><div><i>   V_varname = "v10"</i></div><div><i>   ;Q_varname = "SPF_H_110_HTGL"</i></div><div><i>   PCP_varname  = "tp"</i></div><div><i>   DSWR_varname = "msdwswrf"</i></div><div><i>   DLWR_varname = "msdwlwrf"</i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------<br></i></div><div><i>; read in source and destination files</i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------</i></div><div><i>dstGridName="/glade/work/mirce/DOMAINS/DOMAIN_Files_250m_200/<a href="http://geo_em.d04.nc">geo_em.d04.nc</a>"<br></i></div><div><i><br></i></div><div><i>  if ( .not.isfilepresent( dstGridName ) ) then</i></div><div><i>     print( " ... source grid file not found : "+ dstGridName )</i></div><div><i>     exit</i></div><div><i>  end if</i></div><div><i><br></i></div><div><i>;---  destination grid data</i></div><div><i>  dstfile     = addfile( dstGridName ,"r")</i></div><div><i>  dlon2d=dstfile->XLONG_M(0,:,:)</i></div><div><i>  dlat2d=dstfile->XLAT_M(0,:,:)</i></div><div><i>  dims=dimsizes(dlat2d)</i></div><div><i><br></i></div><div><i>;  flag=0    ; flag for removing accum precip... (should be set to 0 for NLDAS2 forcing data)</i></div><div><i><br></i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------</i></div><div><i>; Open source data files to be regridded...</i></div><div><i>;----------------------------------------------------------------------</i></div><div><i>  system("mkdir "+outdir)</i></div><div><i>  srcFileName="download_*"<br></i></div><div><i>  datfils = systemfunc ("ls "+dirm+srcFileName)    ; list of file names<br></i></div><div><i>  num_datfils     = dimsizes(datfils)<br></i></div></div><div><i><br></i></div><div><i>  do ifil = 0,num_datfils-1,1   ; loop through datafiles one at a time<br></i></div><div><div><i><br></i></div><div><i>      datfile = addfile( datfils(ifil), "r")</i></div><div><i>      print(datfile)</i></div><div><i><br></i></div><div><i>      print( " ... Open input file : "+ datfils(ifil) )</i></div><div><i><br></i></div><div><i>   ;Getting variables for time loop</i></div><div><i>   time_1 = datfile->time</i></div><div><i>   ntime = 100000.d     ;Defining the time as double</i></div><div><i>   ntime = dimsizes(time_1)</i></div><div><i><br></i></div><div><i>    do t = 0,ntime-1,1     ;Loop through the time per file</i></div><div><i><br></i></div></div><div><i>   <font color="#9900ff">; It does another do loop to read the variables and do some process with them</font></i></div><div><i><br></i></div><div><div><i>     end do   ; end for time loop<br></i></div><div><i>     end do   ; end do for file loop<br></i></div><div><i>end<br></i></div></div><div><br></div><div>;::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::</div><div>The file it is processing has de following attributes:</div><div><div>Variable: datfile</div><div>Type: file</div><div>filename:       download_200901_alltimesdays</div><div>path:   /glade/scratch/mirce/LaSierra/FullDomainForcing/ERA5/<a href="http://download_200901_alltimesdays.nc">download_200901_alltimesdays.nc</a></div><div>   file global attributes:</div><div>      Conventions : CF-1.6</div><div>      history : 2018-11-17 21:33:45 GMT by grib_to_netcdf-2.7.0: /opt/ecmwf/eccodes/bin/grib_to_netcdf -o /cache/data2/<a href="http://adaptor.mars.internal-1542489985.6343107-12063-21-3ffc2cf9-73f5-454d-bc1b-f54dfbfb6454.nc">adaptor.mars.internal-1542489985.6343107-12063-21-3ffc2cf9-73f5-454d-bc1b-f54dfbfb6454.nc</a> /cache/tmp/3ffc2cf9-73f5-454d-bc1b-f54dfbfb6454-adaptor.mars.internal-1542489985.6345837-12063-5-tmp.grib</div><div>   dimensions:</div><div>      longitude = 1440</div><div>      latitude = 721</div><div>      time = 744</div><div>   variables:</div></div><div><br></div><div>I am sorry that this is quite long, if it's better, the path to the data and scripts is the following on Cheyenne:</div><div><b>/glade/scratch/mirce/LaSierra/FullDomainForcing/ERA5</b><br></div><div><br></div><div>I will appreciate any help about this error, in case more information is necessary you can tell me and I will add it.</div><div><br></div><div>Thanks!,</div><div>Mirce.</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>