<div dir="ltr">Macports users,<div><br></div><div>Macports just updated their ncarg/NCL port to the latest release, 6.5.0.  The previous problem with setfileoption seems to be fixed.</div><div><br></div><div>They never found the exact problem in 6.4.0.  However, an HDF5 library problem was suspected.  Therefore I suggest upgrading if you like the Macports install, and you use setfileoption, netcdf-4, or HDF5 file access.</div><div><br></div><div>Thanks to Kevin for the Conda recommendation.</div><div><br></div><div>--Dave</div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 23, 2018 at 2:42 PM, Kevin Hallock <span dir="ltr"><<a href="mailto:hallock@ucar.edu" target="_blank">hallock@ucar.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Hi Dave,<div><br></div><div>I’m sorry for the delay in responding to you.</div><div><br></div><div>Unfortunately, we (NCL developers) have no control over the Macports version of NCL, so I’m not sure how much we’ll be able to help if using Macports is a requirement.</div><div><br></div><div>As an alternative, you may want to try installing NCL using the “conda” package manager (see our <a href="http://ncl.ucar.edu/Download/conda.shtml" target="_blank">documentation</a> for more info). “Conda” is a binary package manager, so it is not necessary to compile NCL (and its dependencies) like it is with Macports, so the installation should take ~2 minutes (mostly spent downloading) rather than 20+. An additional perk of using “conda” is that it’s cross-platform; NCL, PyNGL, PyNIO, and WRF-Python are all available via “conda” for both Mac and Linux (and Windows for WRF-Python). Also, I am the primary maintainer of the “conda-forge” NCL, PyNGL, and PyNIO packages (Bill Ladwig handles WRF-Python), so we are much more involved in the build process on “conda” than we are on Macports.<br><div><br></div><div>I hope this helps!</div><div>Kevin</div><div><br><blockquote type="cite"><div>On Jul 20, 2018, at 6:24 PM, Dave Allured - NOAA Affiliate <<a href="mailto:dave.allured@noaa.gov" target="_blank">dave.allured@noaa.gov</a>> wrote:</div><br class="m_3870167649295039241Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr">This might also be important:<div><br></div><div><div>mac56:/home/dallured/ncl/6.5.0 136> ldd /opt/local/lib/libnetcdf.11.<wbr>dylib</div><div>/opt/local/lib/libnetcdf.11.<wbr>dylib:</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>/opt/local/lib/libnetcdf.11.<wbr>dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.4.0)</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">  </span>/opt/local/lib/libhdf5_hl.100.<wbr>dylib (compatibility version 102.0.0, current version 102.0.0)</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">      </span>/opt/local/lib/libhdf5.101.<wbr>dylib (compatibility version 103.0.0, current version 103.0.0)</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>/opt/local/lib/libz.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.2.11)</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">    </span>/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1252.50.4)</div><div><span class="m_3870167649295039241gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">  </span>/opt/local/lib/libcurl.4.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)</div><div><br></div><div>mac56:/home/dallured/ncl/6.5.0 137> /opt/local/bin/h5dump --version</div><div>h5dump: Version 1.10.2</div><div><br></div><div>mac56:/home/dallured/ncl/6.5.0 138> /opt/local/bin/ncdump --version</div><div>  <snip></div><div>netcdf library version 4.4.1.1 of Jun  8 2018 03:07:16 $</div></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 20, 2018 at 6:07 PM, Dave Allured - NOAA Affiliate <span dir="ltr"><<a href="mailto:dave.allured@noaa.gov" target="_blank">dave.allured@noaa.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">All,<br><br>This minimal test fails with the current Macports NCL version.  It seems to work fine with a local NCL 6.4.0 built from source, or with 6.4.0 on our Linux system.  We suspect a Macports build problem or library problem.<div><br></div><div>This should just print "99" if it is working correctly.  This fails for all four possible setfileoption format values.<br><div><br>procedure test3 ()<br>begin<br>  setfileoption ("nc", "Format", "Classic")<br>  x = 99<br>  print (x+"")<br>end<br><br>begin<br>  test3 ()<br>end<br><br>mac56:/home/dallured/ncl 106> /opt/local/bin/ncl test3.ncl<br> NCAR Command Language Version 6.4.0<br><br>fatal:Variable (x) is undefined<br>fatal:["Execute.c":8640]:Execu<wbr>te: Error occurred at or near line 5 in file test3.ncl<br>fatal:["Execute.c":8640]:Execu<wbr>te: Error occurred at or near line 9 in file test3.ncl<br><br>Macports version info (trimmed):<br><br>mac56:/home/dallured/ncl 108> port info ncarg<br>Warning: port definitions are more than two weeks old, consider updating them by running 'port selfupdate'.<br>ncarg @6.4.0_9 (science)<br>Variants:             accelerate, g95, gcc44, gcc45, gcc46, gcc47, gcc48, gcc49, gcc5, gcc6, [+]gcc7<br>Build Dependencies:   hdf5, triangle, flex, gcc7<br>Library Dependencies: cairo, proj, gdal, udunits2, vis5d, hdfeos, hdfeos5, wgrib2, curl, libpng, libxml2, gsl,<br>                      xorg-libXaw, libgcc<br>Runtime Dependencies: esmf, rangs-gshhs-ncarg<br>Platforms:            darwin<br><br>System info:<br><br>mac56:/home/dallured/ncl 111> uname -a<br>Darwin <a href="http://mac56.psd.ad/" target="_blank">mac56.psd.ad</a> 17.7.0 Darwin Kernel Version 17.7.0: Thu Jun 21 22:53:14 PDT 2018; root:xnu-4570.71.2~1/RELEASE_X<wbr>86_64 x86_64<br><br>mac56:/home/dallured/ncl 112> ldd /opt/local/bin/ncl<br>/opt/local/bin/ncl:<br>  /opt/local/lib/libnetcdf.11.dy<wbr>lib (compatibility version 11.0.0, current version 11.4.0)<br>  /opt/local/lib/hdfeos5/lib/lib<wbr>he5_hdfeos.0.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/hdfeos5/lib/lib<wbr>Gctp.0.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/libhdfeos.0.dyl<wbr>ib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/libmfhdf.0.dyli<wbr>b (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/libdf.0.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/libgdal.20.dyli<wbr>b (compatibility version 25.0.0, current version 25.0.0)<br>  /opt/local/lib/proj5/lib/libpr<wbr>oj.13.dylib (compatibility version 15.0.0, current version 15.0.0)<br>  /opt/local/lib/libjpeg.9.dylib (compatibility version 13.0.0, current version 13.0.0)<br>  /opt/local/lib/libudunits2.dyl<wbr>ib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)<br>  /opt/local/lib/libexpat.1.dyli<wbr>b (compatibility version 8.0.0, current version 8.7.0)<br>  /opt/local/lib/libv5d.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)<br>  /opt/local/lib/libjasper.4.dyl<wbr>ib (compatibility version 4.0.0, current version 5.0.0)<br>  /opt/local/lib/libpng16.16.dyl<wbr>ib (compatibility version 51.0.0, current version 51.0.0)<br>  /opt/local/lib/libz.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.2.11)<br>  /opt/local/lib/libcairo.2.dyli<wbr>b (compatibility version 11403.0.0, current version 11403.12.0)<br>  /opt/local/lib/libXrender.1.dy<wbr>lib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)<br>  /opt/local/lib/libfontconfig.1<wbr>.dylib (compatibility version 13.0.0, current version 13.1.0)<br>  /opt/local/lib/libpixman-1.0.d<wbr>ylib (compatibility version 35.0.0, current version 35.0.0)<br>  /opt/local/lib/libfreetype.6.d<wbr>ylib (compatibility version 22.0.0, current version 22.0.0)<br>  /opt/local/lib/libiconv.2.dyli<wbr>b (compatibility version 9.0.0, current version 9.0.0)<br>  /opt/local/lib/libbz2.1.0.dyli<wbr>b (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.6)<br>  /opt/local/lib/libgsl.23.dylib (compatibility version 24.0.0, current version 24.0.0)<br>  /opt/local/lib/libgslcblas.0.d<wbr>ylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)<br>  /opt/local/lib/libXpm.4.dylib (compatibility version 16.0.0, current version 16.0.0)<br>  /opt/local/lib/libX11.6.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)<br>  /opt/local/lib/libXext.6.dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.0.0)<br>  /opt/local/lib/libgcc/libgfort<wbr>ran.4.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)<br>  /opt/local/lib/libgcc/libgomp.<wbr>1.dylib (compatibility version 2.0.0, current version 2.0.0)<br>  /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1252.50.4)</div><div><br></div><div>Does anyone have any insights?  Thanks for your help.</div><span class="m_3870167649295039241HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>--Dave</div></font></span></div></div></blockquote></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></div></div>