<div dir="ltr"><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">---------- Forwarded message ---------<br>From: Berny Chaimite <<a href="mailto:bchaimite@gmail.com">bchaimite@gmail.com</a>><br>Date: segunda, 14/05/2018 à(s) 07:05<br>Subject: Re: [ncl-talk] Error: wrf_tk Unable to allocate memory<br>To:  <<a href="mailto:hallock@ucar.edu">hallock@ucar.edu</a>><br></div><br><br><div dir="ltr"><div><div><div><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span class="m_-4119150253390691652gmail-">Good Morning!</span><br><span class="m_-4119150253390691652gmail-">Sorry for the delay on reply this mail. I was see if there would be any other way out of problem.</span><br><br><span class="m_-4119150253390691652gmail-">1) Files are not the same size.</span> <span>the files are like this (see attached).</span><br><br><span>2) For a smaller domain (d02) it showed the graph successfully (using this script wrf_tc_d02.ncl</span></span><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span></span></span><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span>, see attached).</span> <span>So my goal is to try to do the same for d01.</span> <span>The idea is to read and graph all of these output files.</span> <span>Reading the data in steps will not be useful to discuss my results.</span> <span>I do not know if I'm clear?</span><br><span>If you need more clarification and details you can ask me please.<br><br></span></span></div><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span>Help me,<br><br><br><br></span></span></div><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span>Best regards,<br></span></span></div><span id="m_-4119150253390691652gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652gmail-" lang="en"><span>BA Chaimite<br clear="all"></span></span><div><div><div><div><div dir="ltr" class="m_-4119150253390691652gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Kevin Hallock <<a href="mailto:hallock@ucar.edu" target="_blank">hallock@ucar.edu</a>> escreveu no dia sexta, 11/05/2018 à(s) 01:49:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi BA,<div><br></div><div>Thanks for the screenshot.<div><br></div><div>Based on that information, it does seem like you might be running out of memory on your system. In particular, the output below shows 308304800 bytes (29 * 137 * 194 * 100 time steps * 4 byte float ≈ 300 MB), but that should actually be multiplied by the number of files (308304800 * 53 = 16,340,154,400 ≈ 16 GB), assuming they’re all the same size. To add to the issue, that’s just the raw amount of memory needed to store the output array — unfortunately, in order to calculate “tc” from WRF data, NCL has to extract several other variables from your files (I believe 3 other variables are needed), with each variable consuming an additional ~16GB of memory. (Read this <a href="http://wrf-python.readthedocs.io/en/latest/basic_usage.html#memory-issues-with-wrf-all-times" target="_blank">article from our wrf-python documentation</a> for more background information on this issue.)</div><div><br></div><div>Are all of the “wrfout_oldfiles/wrfout_d01*” files the same size? You could try opening fewer files to see if that helps at all.</div><div>For example, instead of:</div><div><font face="Menlo">  f = systemfunc("ls -1 /home/bchaimite/lustre/WRFChem/WRFV3/run/wrfout_oldfiles/wrfout_d01*")  ; Open a file<br></font><br></div><div>try being more specific:</div><div><font face="Menlo">  f = systemfunc("ls -1 /home/bchaimite/lustre/WRFChem/WRFV3/run/wrfout_oldfiles/wrfout_d01_2018-05-10*")  ; Only matches files from 2018-05-10</font></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>You may want to try iterating over each file in f and extract “tc” separately for each file. While the output array will still need to be ~16GB, the temporary arrays used for other variables should use significantly less space.</div><div><br></div><div>Something like this:</div><div><font face="Menlo">t_dims = dimsizes(a[0]->T)</font></div><div><font face="Menlo">time_steps = t_dims(0)               ; time steps per file</font></div><div><font face="Menlo">t_dims(0) = dimsizes(f) * time_steps ; multiply time steps per file by number of files</font></div><div><font face="Menlo"><br></font></div><div><font face="Menlo">t = new(t_dims, float)</font></div><div><font face="Menlo">do n=0,dimsizes(f) - 1 ; loop over each file in f</font></div><div><font face="Menlo">  ; 0:99 for first loop, 100:199 for second loop, etc</font></div><div><span style="font-family:Menlo">  t((time_steps * n):(time_steps * (n + 1) - 1),:,:,:) = wrf_user_getvar(a[n], "tc", -1)   ; could also loop over each time step, but this should be faster</span></div><div>end do</div><div><br></div><div><br></div><div>If this still causes the “fatal:wrf_tk: Unable to allocate memory for output array” error, then we might need to figure out a way of breaking the calculation into smaller steps.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Kevin</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On May 9, 2018, at 7:24 PM, Berny Chaimite <<a href="mailto:bchaimite@gmail.com" target="_blank">bchaimite@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(153,153,153)">Variable: T (file variable)<br>Type: float<br>Total Size: 308304800 bytes<br>            77076200 values<br>Number of Dimensions: 4<br>Dimensions and sizes:   [Time | 100] x [bottom_top | 29] x [south_north | 137] x [west_east | 194]<br>Coordinates:<br>Number Of Attributes: 6<br>  FieldType :   104<br>  MemoryOrder : XYZ<br>  description : perturbation potential temperature (theta-t0)<br>  units :       K<br>  stagger :<br>  coordinates : XLONG XLAT XTIME<br><br>Variable: T (file variable)<br>Type: float<br>Total Size: 524118160 bytes<br>            131029540 values<br>Number of Dimensions: 4<br>Dimensions and sizes:   [Time | 170] x [bottom_top | 29] x [south_north | 137] x [west_east | 194]<br>Coordinates:<br>Number Of Attributes: 6<br>  FieldType :   104<br>  MemoryOrder : XYZ<br>  description : perturbation potential temperature (theta-t0)<br>  units :       K<br>  stagger :<br>  coordinates : XLONG XLAT XTIME<br>fatal:wrf_tk: Unable to allocate memory for output array<br>^Mfatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line 1046 in file $NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/wrf/WRFUserARW.ncl<br><br>^Mfatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line 48 in file plotd01_pvt.ncl</span><br><br><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">---------- Forwarded message ---------<br>From: Berny Chaimite <<a href="mailto:bchaimite@gmail.com" target="_blank">bchaimite@gmail.com</a>><br>Date: quinta, 10/05/2018 à(s) 01:56<br>Subject: Re: [ncl-talk] Error: wrf_tk Unable to allocate memory<br>To:  <<a href="mailto:hallock@ucar.edu" target="_blank">hallock@ucar.edu</a>><br></div><br><br><div dir="ltr"><div><div>Hi,<br><span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577gmail-" lang="en"><span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577gmail-">ok I changed the line, and I send the result attached.</span></span><br><br><br><br></div>Regards,<br></div>BA Chaimite<br clear="all"><div><div><div><div><div dir="ltr" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Kevin Hallock <<a href="mailto:hallock@ucar.edu" target="_blank">hallock@ucar.edu</a>> escreveu no dia quinta, 10/05/2018 à(s) 01:24:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi BA,<div><br></div><div>Thanks for the information about the number of files.</div><div><br></div><div>Sorry, I gave you the wrong NCL commands to add… I forgot that you are using a list of files and not a single file. Could you please change those printVarSummary lines to this:</div><div><font face="Menlo">printVarSummary(a[0]->T)</font></div><div><font face="Menlo">printVarSummary(a1[0]->T)</font></div><div><br></div><div>Really, the information I’m looking for is something like this:</div><div><font face="Menlo">Variable: T (file variable)<br>Type: float<br>Total Size: 5194496 bytes<br>            1298624 values<br>Number of Dimensions: 4<br>Dimensions and sizes:<span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">     </span>[Time | 1] x [bottom_top | 32] x [south_north | 197] x [west_east | 206]<br></font><br></div><div>Depending on the number of files, number of time steps per file, and the sizes of bottom_top, south_north, and west_east, it’s possible that you’re running out of memory.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Kevin</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On May 9, 2018, at 5:12 PM, Berny Chaimite <<a href="mailto:bchaimite@gmail.com" target="_blank">bchaimite@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div>Hi Kevin,<br><br></div>1) There are 53 files I try to open in <b>f</b> and <b>f1</b> are 3 files.<br><br>2) <span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-" lang="en"><span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-">I added the lines (exactly like this) that you recommended in the previous email.</span> <span>And it shows me the following:</span></span> <br><br><span style="background-color:rgb(153,153,153)"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">fatal:(a) not reference to a valid file<br>^Mfatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line 19 in file plotd01_pvt.ncl</span></span><br><br></span></div><span style="background-color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font>     <span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-" lang="en"><span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail-">line 19 is where I added:</span></span> <span style="color:rgb(153,153,153)">printVarSummary(a->T)<br>                                         printVarSummary(a1->T)</span></font></span><br></span><div><div><br><br></div><div><br>Regards,<br></div><div>BA Chaimite<br clear="all"></div><div><div><div><div><div dir="ltr" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Kevin Hallock <<a href="mailto:hallock@ucar.edu" target="_blank">hallock@ucar.edu</a>> escreveu no dia quarta, 9/05/2018 à(s) 18:15:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi BA,<div><br></div><div>How many files are you trying to open with this:</div><div><font face="Menlo">  f = systemfunc("ls -1 /home/bchaimite/lustre/WRFChem/WRFV3/run/wrfout_oldfiles/wrfout_d01*")  ; Open a file<br>  a = addfiles(f,"r")<br></font><br></div><div>Also, could you please add the following lines to your script after both instances of “addfiles” and reply with the output:</div><div><font face="Menlo">  printVarSummary(a->T)</font></div><div><div><font face="Menlo">  printVarSummary(a1->T)</font></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Kevin</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div>On May 9, 2018, at 3:10 AM, Berny Chaimite <<a href="mailto:bchaimite@gmail.com" target="_blank">bchaimite@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div><span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail-result_box" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail-" lang="en"><span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail-">I used the attached script to generate temperature maps at different vertical levels.</span> <span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail-">They are data from simulations made with wrf.</span> <span class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail-">I used the same script to plot a smaller domain (d02) and did not give any error, now to plot d01 data shows me:</span></span><br><br>fatal:wrf_tk: Unable to allocate memory for output array<br>^Mfatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line 1046 in file $NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/wrf/WRFUserARW.ncl<br><br>^Mfatal:["Execute.c":8575]:Execute: Error occurred at or near line 46 in file plotd01_pvt.ncl<br><br><br><br><br></div>Regards,<br></div>BA Chaimite<br clear="all"><div><div><div><div dir="ltr" class="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b style="color:rgb(204,204,204)"> </b><b><font color="#999999" size="2" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(255,255,255)">-----</span></font></b></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span></span><span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span></span><span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span></span></span><br><div style="margin-left:80px"><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Berny A. Chaimite</font></span></span></span><br></div><span><span style="color:rgb(153,153,153)"></span></span><span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">----------------------------------------</font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></span><br><span></span></blockquote></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Atmospheric and Climate Sciences Student</font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Department of Physics </font></span></span><br><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Eduardo Mondlane University</font></span></span><br></blockquote></div><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><u><br>P. Contact</u>:  </font></span></span><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"></span></span></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace">Cell: +258 828 957 675<font size="1">(Whatsapp)</font>/846041931/870434233 <br>Tell: +258 2145 6389<br>Institutional: </font><i><font size="2" face="monospace, monospace"><a href="mailto:berny.chaimite@uem.ac.mz" target="_blank">berny.chaimite@uem.ac.mz</a></font></i><i><font size="2" face="monospace, monospace"> </font></i></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font size="2" face="monospace, monospace"><br>Maputo, Mozambique </font><b><font size="2" face="monospace, monospace"><br></font></b></span></span></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><blockquote></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170gmail-m_1440944037566973577m_2682272926331243753m_7536859058215884128cid:f_jgyvutyc0"><plotd01_pvt.ncl></span>_______________________________________________<br>ncl-talk mailing list<br><a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br><a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div></div>
<span id="m_-4119150253390691652m_-109772654984259170cid:f_jgzrio1e0"><Screenshot from 2018-05-10 01:52:19.png></span></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div></div></div>