<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi Laura,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Using "delete" is the correct way to close the file, and is in practice a good idea. I have to be honest, though, and say it's not something that I went out of my way to recommend that users do this, because NCL is supposed to close files for you.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Since you are writing rather large files, and potentially looping across several variables, it would help to use the efficient method for creating a NetCDF file.  I'm running a version of your script now to see how much this makes a difference. I'll report back here once I have some results.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">--Mary</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 30, 2017 at 7:04 AM, Laura Fowler <span dir="ltr"><<a href="mailto:laura@ucar.edu" target="_blank">laura@ucar.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mary:<br>
<br>
Thanks for replying to this e-mail. The arrays are actually filled<br>
with _FillValues when I try to read the individual arrays. An ncdump<br>
would show "_/". I think that it is because the netcdf array I am not<br>
properly closing the netcdf array before the do loop goes to the next<br>
array, and so on. Of course, this does not happen all the time either.<br>
<br>
Over the week-end, it looks like adding the line "delete(ncdf)" at the<br>
bottom of the loop works. I am not sure if it is the actual proper way<br>
to close the file though as Rick Browing suggested to use filesystem?<br>
<br>
As for the getenv, you can use the following:<br>
<br>
setenv dir "./../"<br>
setenv diri "./../run.20151129_to_<wbr>20151205/"<br>
<br>
setenv diro "./run.20151129_to_20151205/<wbr>20151129/"<br>
setenv file_i  <a href="http://centeredPacific.history_3d.r4.2015-11-29_00.00.00.nc" rel="noreferrer" target="_blank">centeredPacific.history_3d.r4.<wbr>2015-11-29_00.00.00.nc</a><br>
unbuffer ncl test.ncl >& logfile.20151129.out<br>
<br>
from the directory<br>
/glade2/scratch2/laura/MPAS.<wbr>PacificOcean/run.<wbr>centeredPacificOceanMesh.15-<wbr>3km.20151129-20151231/3Dfields<br>
<br>
I also use "unbuffer" which was the best way Davide (at cisl) found to<br>
force cheyenne to dump the logfile as test.ncl runs? Is this right?<br>
<br>
<br>
Many thanks for your help,<br>
Laura<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
On Sat, Oct 28, 2017 at 9:49 AM, Mary Haley <<a href="mailto:haley@ucar.edu">haley@ucar.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Laura,<br>
><br>
> By "empty" do you mean that the NetCDF file itself doesn't have much written<br>
> to it, or that it does have values written to it, but the values are equal<br>
> to _FillValue?<br>
><br>
> And when you say it sometimes happens and sometimes it doesn't, is this from<br>
> running the exact same script without any changes?<br>
><br>
> In order to run this script, it looks like I need to know the values of some<br>
> environment variables:<br>
><br>
> dir = getenv("dir")<br>
> diri = getenv("diri")<br>
> diro = getenv("diro")<br>
> file_i = getenv("file_i")<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> --Mary<br>
><br>
><br>
> On Fri, Oct 27, 2017 at 2:02 PM, Laura Fowler <<a href="mailto:laura@ucar.edu">laura@ucar.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hello:<br>
>><br>
>> I am not understanding why the content of a netCDF4 file remains<br>
>> empty, but one in a while. I wrote an ncl script that reads an array<br>
>> from a history file  (in a cdf5 format), interpolates the data on<br>
>> fixed pressure levels, and writes the interpolated data to a separate<br>
>> netCDF4 file. It happens that my output netCDF4 file is empty (the<br>
>> output data is all missing), but not all the times. I do print the max<br>
>> value of the interpolated data before writing the data to the output<br>
>> file, so that I know that the output data is not garbage. I am really<br>
>> puzzled because sometimes it works and sometimes it does. It does not<br>
>> matter if I run the script in a batch job or interactively.<br>
>><br>
>> The only error I got once is:<br>
>><br>
>> (0) itime = 22 max diag = 1 max diag_pFixed = 1<br>
>> (0) itime = 23 max diag = 1 max diag_pFixed = 1<br>
>> (0) max diag_pFixed = 1<br>
>> (0) fname = qc_cu<br>
>><br>
>><br>
>> fatal:NclMalloc Failed:[errno=12]<br>
>> ncl: putget.c:6833: getNCvx_float_float: Assertion `value != ((void*)0)'<br>
>> failed.<br>
>><br>
>><br>
>> Has anybody got this error message before? If interested, my script is in<br>
>><br>
>> /glade2/scratch2/laura/MPAS.<wbr>PacificOcean/run.<wbr>centeredPacificOceanMesh.15-<wbr>3km.20151129-20151231/<wbr>3Dfields/test/ncl<br>
>><br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>> Laura<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>><br>
>> !-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
>> Laura D. Fowler<br>
>> Mesoscale and Microscale Meteorology Division (MMM)<br>
>> National Center for Atmospheric Research<br>
>> P.O. Box 3000, Boulder CO 80307-3000<br>
>><br>
>> e-mail: <a href="mailto:laura@ucar.edu">laura@ucar.edu</a><br>
>> phone: <a href="tel:303-497-1628" value="+13034971628">303-497-1628</a><br>
>><br>
>><br>
>> !-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> ncl-talk mailing list<br>
>> <a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
>> List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
>> <a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/<wbr>mailman/listinfo/ncl-talk</a><br>
><br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
!-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
Laura D. Fowler<br>
Mesoscale and Microscale Meteorology Division (MMM)<br>
National Center for Atmospheric Research<br>
P.O. Box 3000, Boulder CO 80307-3000<br>
<br>
e-mail: <a href="mailto:laura@ucar.edu">laura@ucar.edu</a><br>
phone: <a href="tel:303-497-1628" value="+13034971628">303-497-1628</a><br>
<br>
!-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>