<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi Laura,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">By "empty" do you mean that the NetCDF file itself doesn't have much written to it, or that it does have values written to it, but the values are equal to _FillValue?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">And when you say it sometimes happens and sometimes it doesn't, is this from running the exact same script without any changes?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">In order to run this script, it looks like I need to know the values of some environment variables:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div class="gmail_default">dir = getenv("dir")</div><div class="gmail_default">diri = getenv("diri")</div><div class="gmail_default">diro = getenv("diro")</div><div class="gmail_default">file_i = getenv("file_i")</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Thanks,</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">--Mary</div><div class="gmail_default"><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 27, 2017 at 2:02 PM, Laura Fowler <span dir="ltr"><<a href="mailto:laura@ucar.edu" target="_blank">laura@ucar.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello:<br>
<br>
I am not understanding why the content of a netCDF4 file remains<br>
empty, but one in a while. I wrote an ncl script that reads an array<br>
from a history file  (in a cdf5 format), interpolates the data on<br>
fixed pressure levels, and writes the interpolated data to a separate<br>
netCDF4 file. It happens that my output netCDF4 file is empty (the<br>
output data is all missing), but not all the times. I do print the max<br>
value of the interpolated data before writing the data to the output<br>
file, so that I know that the output data is not garbage. I am really<br>
puzzled because sometimes it works and sometimes it does. It does not<br>
matter if I run the script in a batch job or interactively.<br>
<br>
The only error I got once is:<br>
<br>
(0) itime = 22 max diag = 1 max diag_pFixed = 1<br>
(0) itime = 23 max diag = 1 max diag_pFixed = 1<br>
(0) max diag_pFixed = 1<br>
(0) fname = qc_cu<br>
<br>
<br>
fatal:NclMalloc Failed:[errno=12]<br>
ncl: putget.c:6833: getNCvx_float_float: Assertion `value != ((void*)0)' failed.<br>
<br>
<br>
Has anybody got this error message before? If interested, my script is in<br>
/glade2/scratch2/laura/MPAS.<wbr>PacificOcean/run.<wbr>centeredPacificOceanMesh.15-<wbr>3km.20151129-20151231/<wbr>3Dfields/test/ncl<br>
<br>
<br>
Thanks,<br>
Laura<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
!-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
Laura D. Fowler<br>
Mesoscale and Microscale Meteorology Division (MMM)<br>
National Center for Atmospheric Research<br>
P.O. Box 3000, Boulder CO 80307-3000<br>
<br>
e-mail: <a href="mailto:laura@ucar.edu">laura@ucar.edu</a><br>
phone: <a href="tel:303-497-1628" value="+13034971628">303-497-1628</a><br>
<br>
!-----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ncl-talk mailing list<br>
<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/<wbr>mailman/listinfo/ncl-talk</a><br>
</blockquote></div><br></div>