<div dir="ltr">HI Marston:<div><br></div><div>Can time be a variable like 201710201800?</div><div><br></div><div>Barry</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 19, 2017 at 9:37 PM, Marston Johnston <span dir="ltr"><<a href="mailto:shejo284@gmail.com" target="_blank">shejo284@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="white" lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div class="m_7321342518497639465WordSection1"><p class="MsoNormal"><span>Oh forgot the reply to all, <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span>If time is a single value then is it actually easier to call it via the environment:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span>export time=$time; ncl ….my_script.ncl<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span>Then in the ncl script: time = toint(getenv(time))<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span>I use this method all the time.<u></u><u></u></span></p><span class=""><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span>/M<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Marston S. Ward, PhD<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Department of Earth Sciences<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">University of Gothenburg, Sweden<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Email: <a href="mailto:marston.johnston@gu.se" target="_blank"><span style="color:#0070c0">marston.johnston@gu.se</span></a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">SkypeID: marston.johnston <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Phone: <a href="tel:+46%2031%20786%2049%2001" value="+46317864901" target="_blank">+46-31-7864901</a> <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Only the fruitful thing is true!<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<u></u><u></u></span></p></div><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p></span><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Prashanth Bhalachandran <<a href="mailto:prashanth.bhalachandran@gmail.com" target="_blank">prashanth.bhalachandran@<wbr>gmail.com</a>><br><b>Date: </b>Thursday, 19 October 2017 at 20:32<br><b>To: </b>Marston Johnston <<a href="mailto:shejo284@gmail.com" target="_blank">shejo284@gmail.com</a>><br><b>Cc: </b>ncl-talk <<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a>>, Barry Lynn <<a href="mailto:barry.h.lynn@gmail.com" target="_blank">barry.h.lynn@gmail.com</a>></span></p><div><div class="h5"><br><b>Subject: </b>Re: [ncl-talk] Question regarding the transfer of integer values from shell to NCL<u></u><u></u></div></div><p></p></div><div><div class="h5"><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">Marston, <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">It is being passed from Bash, yes. But it is not an array. The bash script reads one line from the text file containing the file name and the time, passes this to NCL, writes the output to a NETCDF file for that particular file and time and moves to the next file and list. So, as far as NCL is concerned, the time is a single value. When I tested the NCL script, I simply gave it <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Filename = “<a href="http://20141009.nc" target="_blank">20141009.nc</a>”<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Time = 40 <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">And the script works perfectly fine. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Barry : This is not an array of time values where some of them are missing. The missing value is because of the string passed. In this case, every value will be missing. The output of printMinMax(time,False)  is as follows : <u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Variable: time<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Type: integer<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Total Size: 4 bytes<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">            1 values<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number of Dimensions: 1<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Dimensions and sizes:<span class="m_7321342518497639465apple-tab-span">   </span>[1]<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Coordinates: <u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number Of Attributes: 1<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">  _FillValue :<span class="m_7321342518497639465apple-tab-span"> </span>-<a href="tel:(214)%20748-3647" value="+12147483647" target="_blank">2147483647</a><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">min=-<a href="tel:(214)%20748-3647" value="+12147483647" target="_blank">2147483647</a>   max=-<a href="tel:(214)%20748-3647" value="+12147483647" target="_blank">2147483647</a><u></u><u></u></span></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">On Oct 19, 2017, at 11:27 AM, Barry Lynn <<a href="mailto:barry.h.lynn@gmail.com" target="_blank">barry.h.lynn@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Hi:<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">printMinMax(time,False) shows no min/max?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">You can handle missing values by checking for them with "ismissing."  If it is true, then you can't use the time variable.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Barry<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Thu, Oct 19, 2017 at 9:20 PM, Prashanth Bhalachandran <<a href="mailto:prashanth.bhalachandran@gmail.com" target="_blank">prashanth.bhalachandran@<wbr>gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><div><p class="MsoNormal">Marston, <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">I did this previously too. The problem is as follows. It is being assigned a missing value. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> time        := stringtointeger(time)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> printVarSummary(time)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> print(time)<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"><br><br><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"><br><br><u></u><u></u></span></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Variable: time<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Type: integer<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Total Size: 4 bytes<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">            1 values<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number of Dimensions: 1<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Dimensions and sizes:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-tab-span"> </span>[1]<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Coordinates: <u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number Of Attributes: 1<u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">  _FillValue :<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-tab-span"> </span>-<a href="tel:(214)%20748-3647" target="_blank">2147483647</a><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">-<a href="tel:(214)%20748-3647" target="_blank">2147483647</a><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d"><br><br><u></u><u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d"><br><br><u></u><u></u></span></p></div></div><div><div><div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">On Oct 19, 2017, at 11:16 AM, Marston Johnston <<a href="mailto:shejo284@gmail.com" target="_blank">shejo284@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">Correction:<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">Why not convert time once at the beginning?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">time := stringtointeger(time)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">/M<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Marston S. Ward, PhD</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Department of Earth Sciences</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">University of Gothenburg, Sweden</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Email: <a href="mailto:marston.johnston@gu.se" target="_blank"><span style="color:#0070c0">marston.johnston@gu.se</span></a></span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">SkypeID: marston.johnston </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Phone: <a href="tel:+46%2031%20786%2049%2001" target="_blank">+46-31-7864901</a> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Only the fruitful thing is true!</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</span><u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt">From:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size:12.0pt">Prashanth Bhalachandran <<a href="mailto:prashanth.bhalachandran@gmail.com" target="_blank"><span style="color:purple">prashanth.bhalachandran@<wbr>gmail.com</span></a>><br><b>Date:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b>Thursday, 19 October 2017 at 20:08<br><b>To:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b>Marston Johnston <<a href="mailto:shejo284@gmail.com" target="_blank"><span style="color:purple">shejo284@gmail.com</span></a>><br><b>Cc:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b><<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank"><span style="color:purple">ncl-talk@ucar.edu</span></a>><br><b>Subject:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b>Re: [ncl-talk] Question regarding the transfer of integer values from shell to NCL</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">Marston, <u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">The problem is I have several arrays where time is one of the variables as you will see in the attached code. <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">For example, <u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> u10  = a->u10 is [76 times] x [801 lats] x [810 lon]</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18">  u   = a->u.  Is [76 times] x [11 levels] [801 lats] x [810 lon]</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18">Using the input argument from the shell script, I am reading these variables at particular times. That is, the text file contains the name of the file and the particular time. </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18"> </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18">Therefore, when I use it like this : </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18">speed(:,:)   = wind_speed(u10(time,0,:,:),<wbr>v10(time,0,:,:)) * toknots </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><u></u> <u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#b82d18">Or any such line, there will be an error primarily because the time input from the shell script is a string. As you can see from the printVarSummary of the received time from the shell script. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Variable: time</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Type: string</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Total Size: 8 bytes</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">            1 values</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number of Dimensions: 1</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Dimensions and sizes:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-tab-span">  </span><span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span>[1]</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Coordinates: </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">Number Of Attributes: 1</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">  _FillValue :<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span>-<a href="tel:(214)%20748-3647" target="_blank">2147483647</a></span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier",serif;color:#4d2f2d">-<a href="tel:(214)%20748-3647" target="_blank">2147483647</a></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">On Oct 19, 2017, at 10:42 AM, Marston Johnston <<a href="mailto:shejo284@gmail.com" target="_blank"><span style="color:purple">shejo284@gmail.com</span></a>> wrote:<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">It would help if you did a printVarSummary() on the problem array.<u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Marston S. Ward, PhD</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Department of Earth Sciences</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">University of Gothenburg, Sweden</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Email: <a href="mailto:marston.johnston@gu.se" target="_blank"><span style="color:#0070c0">marston.johnston@gu.se</span></a></span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">SkypeID: marston.johnston </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Phone: <a href="tel:+46%2031%20786%2049%2001" target="_blank">+46-31-7864901</a> </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">Only the fruitful thing is true!</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:#0070c0">~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><b><span style="font-size:12.0pt">From:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size:12.0pt">ncl-talk <<a href="mailto:ncl-talk-bounces@ucar.edu" target="_blank"><span style="color:#954f72">ncl-talk-bounces@ucar.edu</span></a>> on behalf of Prashanth Bhalachandran <<a href="mailto:prashanth.bhalachandran@gmail.com" target="_blank"><span style="color:#954f72">prashanth.bhalachandran@<wbr>gmail.com</span></a>><br><b>Date:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b>Thursday, 19 October 2017 at 19:31<br><b>To:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b><<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank"><span style="color:#954f72">ncl-talk@ucar.edu</span></a>><br><b>Subject:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span></b>[ncl-talk] Question regarding the transfer of integer values from shell to NCL</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Dear NCL team, </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Greetings. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">I have a shell script that does the following : Read from a text file which has a list of dates (yyyyddmm) format and times. For example, the first column in the text represents the date and the second the time. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">20121030        13     73.34     51.77    -21.57</span><u></u><u></u></p></div></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:18.0pt;font-family:"Times",serif"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:18.0pt;font-family:"Times",serif">My shell script reads in the first and second column and stores those values and passes off as arguments to my NCL script. My NCL script reads the first argument as the filename and the second as time. I use this time as an index in several of my arrays in my NCL script since my variable </span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">dimensions are time x lev x lat x lon. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">The problem here is that shell reads these values as strings and I am unable to get it as an integer, which is compulsory if I want to use it as an array index. Please see the below error. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Can one of you please guide me as to how I pass this value as an integer? </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Many thanks, </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Prashanth </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times",serif">Error: </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif;color:#ff2600">fatal:Illegal subscript. Subscripts must be integer when not using coordinate index</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">ing</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><b><u><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">My code (I’m attaching the entire code in case you want to have a look, but I am pasting the necessary portions here) : </span></u></b><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">#!bin/bash</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">file="/scratch/conte/s/<wbr>sbhalach/DATA/RI_compute/<wbr>CatRW2030.txt"</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">while read f1 f2 f3 f4;</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">do</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  export dirname=$(echo $f1)00post</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  echo $dirname</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  cd $dirname</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> <span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"><span style="color:#ff2600"> </span></span><span style="color:#ff2600">export filename=${f1}.nc</span></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif;color:#ff2600">  export time=$f2</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">#*****************************<wbr>******************************<wbr>**************</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  cat > varcalc.ncl << EOF </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<wbr>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<wbr>;;;;;;;;;;;;;;  </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<wbr>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<wbr>;;;;;;;;;;;;;;  </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> load "$NCARG_ROOT/lib/ncarg/<wbr>nclscripts/csm/contributed.<wbr>ncl"</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> load "/scratch/lustreD/s/sbhalach/<wbr>DATA/func_center.ncl"</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> load "/scratch/lustreD/s/sbhalach/<wbr>DATA/func_rtheta.ncl"</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> a    = addfile(filename,"r")</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> u10  = a->u10</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> v10  = a->v10</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> slp  = a->slp</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> u    = a->u</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> v    = a->v</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">allvars   = new((/40/),float)</span><u></u><u></u></p></div></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">slpsub       = slp(<span style="color:#ff2600">time</span>,0,:,:) </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">;<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span><b><span style="color:#ff2600">Note that the time here is taken as string and hence the error. I obviously tried the toint() and strongpoint() functions but then the function only returns missing values. </span></b></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">.</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">.</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">. </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Write to a netcdf file ;;;;;;;;;;;;;;;;;;</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  system("rm -f $f1_$<a href="http://f2_allvars.nc/" target="_blank">f2_allvars.nc</a>")</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  ncdf = addfile("$f1_$<a href="http://f2_allvars.nc/" target="_blank">f2_allvars.nc</a>","<wbr>c")</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">  ncdf->allvars = allvars</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">EOF</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif">#*****************************<wbr>******************************<wbr>**************</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> <b><span style="color:#ff2600">ncl -n 'filename = "$filename"' 'time = "$time"' varcalc.ncl</span></b></span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> mv $f1_$<a href="http://f2_allvars.nc/" target="_blank">f2_allvars.nc</a> ../</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> cd ../</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"> done <"$file”</span><u></u><u></u></p></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div><div><div><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times",serif"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt;background:#edead4"><span style="font-size:12.0pt"><br><br></span><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div><div><div><p class="MsoNormal" style="background:white">______________________________<wbr>_________________ ncl-talk mailing list<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span><a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank"><span style="color:#954f72">ncl-talk@ucar.edu</span></a><span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span>List instructions, subscriber options, unsubscribe:<span class="m_7321342518497639465m-256501566104331939apple-converted-space"> </span><a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" target="_blank"><span style="color:#954f72">http://mailman.<wbr>ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-<wbr>talk</span></a><u></u><u></u></p></div></div></div></blockquote></div><div><p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>______________________________<wbr>_________________<br>ncl-talk mailing list<br><a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br><a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/<wbr>mailman/listinfo/ncl-talk</a><u></u><u></u></p></blockquote></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Barry H. Lynn, Ph.D<u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Senior Lecturer,<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:#888888">The Institute of the Earth Science, <br>The Hebrew University of Jerusalem, <br>Givat Ram, Jerusalem 91904, Israel </span><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><span style="color:#888888">Tel: 972 547 231 170<br>Fax: (972)-25662581</span><u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">C.E.O, Weather It Is, LTD<br>Weather and Climate Focus<br><a href="http://weather-it-is.com/" target="_blank">http://weather-it-is.com</a><br>Jerusalem, Israel<br>Local: 02 930 9525<br>Cell: 054 7 231 170<br>Int-IS: x972 2 930 9525<br>US <a href="tel:(914)%20432-3108" value="+19144323108" target="_blank">914 432 3108</a><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Barry H. Lynn, Ph.D<div><div>Senior Lecturer,</div><div><div><span style="color:rgb(136,136,136)">The Institute of the Earth Science, </span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">The Hebrew University of Jerusalem, </span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">Givat Ram, Jerusalem 91904, Israel </span><br style="color:rgb(136,136,136)"></div><span style="color:rgb(136,136,136)">Tel: 972 547 231 170</span><br style="color:rgb(136,136,136)"><span style="color:rgb(136,136,136)">Fax: (972)-25662581</span></div></div><div><span style="color:rgb(136,136,136)"><br></span></div><div>C.E.O, Weather It Is, LTD<br>Weather and Climate Focus<br><a href="http://weather-it-is.com" target="_blank">http://weather-it-is.com</a><br>Jerusalem, Israel<br>Local: 02 930 9525<br>Cell: 054 7 231 170<br>Int-IS: x972 2 930 9525<br>US 914 432 3108<br></div></div></div>
</div>