<div dir="ltr">the svdcov_sv documentation (<a href="http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/svdcov_sv.shtml">http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/svdcov_sv.shtml</a>) states that &quot;This function does not allow for missing data.&quot; However, the function will not exit, but rather gives you a warning. For example, <div><br></div><div><div><div>print(&quot;remove zeros&quot;)</div><div>  Xp@_FillValue = default_fillvalue(&quot;float&quot;)</div><div>  Yp@_FillValue = default_fillvalue(&quot;float&quot;)</div><div><br></div><div>  Xp = where(Xp.ne.0.,Xp,Xp@_FillValue)</div><div>  Yp = where(Yp.ne.0.,Yp,Yp@_FillValue)</div><div>  </div><div>  lapack = svdcov_sv(Xp,Yp,nsvd,L,R)</div></div><div><br></div><div>I get about 4000 of these warnings: </div><div><div> &quot;SVD: Warning all X values in column are missing or are constant&quot;</div><div><br></div><div>Followed by about 1000 of these warnings</div><div> &quot;SVD: Warning all Y values in column are missing or are constant&quot;<br></div><div><br></div><div>I&#39;m trying to figure out how much of the data are being ignored, because I have reason to believe the L and R singular vectors that come out of this example are using quite abit of the data still.</div><div><br></div><div>In the example, Xp and Yp are dimensioned (/ntime,ncols/), where ntime = 980 and ncols = 30*48602. Since the number of warnings is much larger than ntime, I don&#39;t know how to interpret what the warning is referring to when they say &quot;column&quot;.</div></div></div><div><br></div><div>In trying to track down the code, I&#39;ve scanned the entire directory $NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/ and can&#39;t find any references to the wrappers used to create svdcov_sv.</div><div><br></div><div>The &quot;eofunc&quot; also uses lapack and the documentation (<a href="http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/eofunc.shtml">http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Built-in/eofunc.shtml</a>) states:</div><div><br></div><div>&quot;Missing values are ignored when computing the covariance or correlation matrix&quot;</div><div><br></div><div>I&#39;ve actually had some success in passing missing values using this function. Is the handling of missing values the same for the svdcov_sv function?</div><div><br></div><div>In contrast, the function &quot;dgeevx_lapack&quot; is very sensitive to missing values. In fact, the function will exit even if a missing value attribute is set, and there are no actual missing values.</div><div><br></div><div>So I&#39;m hoping to get some clarity on how missing values are handled. Is it possible to get the FORTRAN lapack code to understand the error messages and potentially make modifications?</div><div><br></div><div>Adam</div></div>