<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hi Chris,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Whenever you do a calculation with NCL and assign it to a new variable, this causes all metadata, except for the _FillValue attribute (if any), to be stripped off.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">For example, if &quot;tempC&quot; is a variable containing temperatures in degrees celsius, and it has a &quot;long_name&quot; attribute of &quot;temperature&quot; and a &quot;units&quot; of &quot;degC&quot;, then doing this:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = 1.8 * tempC + 32. </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">is going to cause &quot;tempF&quot; to have no attributes at all.  When you do this, however:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = tempC</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = 1.8 * tempC + 32. </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">then &quot;tempF&quot; is first an exact copy of &quot;tempC&quot;, and hence will have all of its metadata attached. When you do the calculation, the metadata will not be stripped from the existing &quot;tempF&quot;. </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">As you pointed out, this is not ideal because now the &quot;units&quot; and potentially other attributes are wrong.  </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">But, if this is the only thing that&#39;s wrong, then you can easily fix it with:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style=""><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = tempC</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = 1.8 * tempC + 32. </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF@units = &quot;degF&quot;    ; Fix the units</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">This is perfectly okay in NCL, but I agree that it&#39;s a little odd. </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">The other way around this is to copy the metadata yourself using &quot;copy_VarMeta&quot;:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style=""><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF = 1.8 * tempC + 32.    ; metadata is stripped</font></div><div style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">copy_VarMeta(tempC,tempF)    ; copies *all* metadata from tempC to tempF</font></div><div style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">tempF@units = &quot;degF&quot;         ; fix the units</font></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">If you just want to copy the variable coordinate arrays, but not the variable attributes, then:</div><div style="font-size:small"><br></div><div style=""><div style=""><font face="monospace, monospace">tempF = 1.8 * tempC + 32. </font></div><div style=""><font face="monospace, monospace">copy_VarCoords(tempC,tempF)    ; copies only the coordinate arrays (if any) from tempC to tempF</font></div><div style=""><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div style=""><font face="monospace, monospace">;---You wil have to add all the attributes yourself</font></div><div style=""><font face="monospace, monospace">tempF@long_name = &quot;temperature</font></div><div style=""><font face="monospace, monospace">tempF@units     = &quot;degF&quot;     ; still need to fix the units</font></div></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">See:</div><div style="font-size:small"><br></div><div style=""><a href="http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarMeta.shtml">http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarMeta.shtml</a><br></div><div style=""><a href="http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarCoords.shtml">http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarCoords.shtml</a><br></div><div style=""><a href="http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarAtts.shtml">http://www.ncl.ucar.edu/Document/Functions/Contributed/copy_VarAtts.shtml</a><br></div><div style=""><br></div><div style="">--Mary</div><div style=""><br></div></div></div>







</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 18, 2016 at 7:09 PM, Herbster, Christopher G. <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:herbstec@erau.edu" target="_blank">herbstec@erau.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Mary,</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks again for your help.  First, I forgot to mention that the nomads server only holds two days of data.  The date in the script had the value hardwired to a date that is no longer there.  Just change it to &quot;yesterday&quot; and it should find data on the other
 end.</p>
<p><br>
</p>
<p>Next, I was getting error/warnings about not having coordinates for a variable I was plotting.  When I sent my message, I didn&#39;t really know where that was coming from.  I now know that this was from the &quot;speed&quot; variable that I created from the U and V components
 of the current.  I got rid of this issue by what I would call a hammer technique.  I first did</p>
<p>speed = u_velocity</p>
<p>and then </p>
<p><span>speed = sqrt((u_velocity^2)+(v_velocity^2)) * 1.9438 ; convert m/s to knots</span><br>
</p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>This got rid of the error, and, I think, has also fixed any plotting issues there may have been with presenting the data on a map.</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>However, this hammer is more than I wanted, as now all of the attributes are set to the U component of the current.  Is there a better way to do this?  Should I do this and then change just what I need to change, or should I just create the code to
 set all the metadata (attributes?) for the variable?</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>I&#39;d like to start adopting a &quot;best practice&quot; method, as I hope to eventually have my students develop code in NCL for some of my class projects.</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>Thanks again for your help, and sorry for the cryptic questions.  I&#39;ll try to do better.  (Though I think I&#39;ve gotten some insight on how to deal with my student&#39;s questions!  (-:)</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>Cheers,</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>Chris H.</span></p><span class="">
<p><br>
</p>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div><span style="font-size:12pt">Dr. Christopher G. Herbster</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">Associate Professor</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">Director of Science and Technology</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">for the ERAU Weather Center</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">Applied Aviation Sciences</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">Embry-Riddle Aeronautical Univ.</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">600 S. Clyde Morris Blvd.</span></div>
<div><span style="font-size:12pt">Daytona Beach, FL 32114-3900</span></div>
<div> </div>
<div><span style="font-size:12pt"><a href="tel:386.226.6444" value="+13862266444" target="_blank">386.226.6444</a> Office</span></div>
<div><span style="font-size:12pt"><a href="tel:386.226.6446" value="+13862266446" target="_blank">386.226.6446</a> Weather Center</span></div>
<div><span style="font-size:12pt"><a href="http://wx.erau.edu/" target="_blank">http://wx.erau.edu/</a></span></div>
<div><br style="font-size:12pt">
</div>
<div><span style="font-size:12pt">Schedule at:  <a href="http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/" target="_blank">http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/</a><br>
</span></div>
<br>
</div>
</div>
<br>
<br>
</span><div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Mary Haley &lt;<a href="mailto:haley@ucar.edu" target="_blank">haley@ucar.edu</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, May 18, 2016 11:06 AM<br>
<b>To:</b> Herbster, Christopher G.<div><div class="h5"><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ncl-talk] Problem reading data from NCEP DODS server</div></div></font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_default" style="font-size:small">Chris,</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">Yes, the &quot;all(ismissing(sst))&quot; is a way to trap this special case.</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">I&#39;m not sure what you are asking in your second question.  When you subset &quot;sst&quot; with the given lat/lon range, then the lat/lon coordinate arrays should also be subsetted automatically.</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">I just tried to run your script again to verify that you indeed have coordinate arrays attached to your data, but it appears the file is no longer there.</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">You can verify this yourself by doing a &quot;printVarSummary&quot; on &quot;sst&quot; after you read it off a file.</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">Here&#39;s a little sample script that you should be able to run as-is:</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default">
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  a = addfile(&quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/data/cdf/<a href="http://uv300.nc" target="_blank">uv300.nc</a>&quot;,&quot;r&quot;)</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  u = a-&gt;U(1,:,:)</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  printVarSummary(u)</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  u_subset = a-&gt;U(1,{0:30},{-10:10})</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  printVarSummary(u_subset)</font></div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
<div class="gmail_default">The output (trimmed) will look like this:</div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
<div class="gmail_default">
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Variable: u</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Type: float</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">. . .</font></div>
<div class="gmail_default"><span style="font-family:monospace,monospace">Dimensions and sizes:</span><span style="font-family:monospace,monospace;white-space:pre-wrap">
</span><span style="font-family:monospace,monospace">[lat | 64] x [lon | 128]</span><br>
</div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Coordinates: </font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">            lat: [-87.8638..87.8638]</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">            lon: [-180..177.1875]</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Number Of Attributes: 5</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  time :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>7</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  _FillValue :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>-999</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  long_name :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>Zonal Wind</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  short_name :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>U</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  units :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>m/s</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Variable: u_subset</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Type: float</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">. . .</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Dimensions and sizes:<span style="white-space:pre-wrap">
</span>[lat | 11] x [lon | 7]</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Coordinates: </font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">            lat: [1.395307..29.30136]</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">            lon: [-8.4375..8.4375]</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">Number Of Attributes: 5</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  time :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>7</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  _FillValue :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>-999</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  long_name :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>Zonal Wind</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  short_name :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>U</font></div>
<div class="gmail_default"><font face="monospace, monospace">  units :<span style="white-space:pre-wrap">
</span>m/s</font></div>
<div class="gmail_default"><br>
</div>
</div>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">Note that for &quot;u_subset&quot;, the lat/lon coordinates have the new subsetted range, based on the closest *less than* values to the lat/lon range I gave it.</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small">--Mary</div>
<div class="gmail_default" style="font-size:small"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On Tue, May 17, 2016 at 5:54 PM, Herbster, Christopher G.
<span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:herbstec@erau.edu" target="_blank">herbstec@erau.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Mary,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Thanks for checking what seems obvious in hindsight.  Feeling a bit sheepish.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Can I trap this with an:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">if(all(ismissing(sst))) then
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> … ; don’t do much<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">else<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">… ; make plots<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">end if<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Boy have I wasted some time thinking this had to do with the longitude being 74 – 434 degrees east.  I had originally thought that I was somehow only getting
 data over land, where SST would certainly be missing.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Also, is there a preferred way to have the meta data for the subset data have ranges that are indicative of the subset, rather than the whole domain?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Thanks again for catching my oversight,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Chris H.<u></u><u></u></span></p>
<span>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">--
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Dr. Christopher G. Herbster<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Associate Professor<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Director of Science and Technology<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">for the ERAU Weather Center<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Applied Aviation Sciences<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Embry-Riddle Aeronautical Univ.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">600 S. Clyde Morris Blvd.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Daytona Beach, FL 32114-3900<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> <a href="tel:386.226.6444" value="+13862266444" target="_blank">386.226.6444</a> Office<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><a href="tel:386.226.6446" value="+13862266446" target="_blank">386.226.6446</a> Weather Center<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><a href="http://wx.erau.edu/" target="_blank">http://wx.erau.edu/</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Schedule at: 
<a href="http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/" target="_blank">http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
</span>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> Mary Haley [mailto:<a href="mailto:haley@ucar.edu" target="_blank">haley@ucar.edu</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, May 17, 2016 5:58 PM<br>
<b>To:</b> Herbster, Christopher G. &lt;<a href="mailto:herbstec@erau.edu" target="_blank">herbstec@erau.edu</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ncl-talk] Problem reading data from NCEP DODS server<u></u><u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Chris,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I think the issue is simply that the first time step of &quot;sst&quot; is all missing.  <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If you select a different time step, then it looks fine:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">; sst = f-&gt;sst(mytime,:,Slat:Nlat,Wlon:Elon)    </span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">                                                 </span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sst = f-&gt;sst(:,:,Slat:Nlat,Wlon:Elon)    ; NOTE: READING ALL TIME STEPS</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">print(&quot;done reading sst&quot;)</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">print(&quot;dimsizes sst = &quot; + str_join(dimsizes(sst),&quot;,&quot;))</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">do nt=0,dimsizes(sst(:,0,0,0))-1</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">  printMinMax(sst(nt,:,:,:),0)</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">end do</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">This is the output:</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">(0)  dimsizes sst = 65,1,265,481<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 0<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=1.26765e+30   max=1.26765e+30<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 1<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=21.6418   max=32.2542<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 2<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=21.6017   max=32.3401<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 3<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=21.5984   max=32.3429<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 4<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=21.6628   max=32.1836<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 5<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=22.0586   max=32.491<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">nt = 6<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">sea_surface_temperature (c)  : min=22.2371   max=32.6994<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;">--Mary<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&#39;Courier New&#39;"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, May 17, 2016 at 10:28 AM, Herbster, Christopher G. &lt;<a href="mailto:herbstec@erau.edu" target="_blank">herbstec@erau.edu</a>&gt; wrote:<u></u><u></u></p>
<blockquote style="border-style:none none none solid;border-left-width:1pt;border-left-color:rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi folks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m trying to retrieve some data for a subset region from the Global Real Time Ocean Forecast System (RTOFS), and I can’t figure out why I get all missing values when I try to read the data.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">This seems to be the case for me even if I try to read this whole domain.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Here is some code:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; read-rtofs-dods.ncl <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/contrib/cd_string.ncl&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;  <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Dev = &quot;png&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">myDate = 20160516<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;NOMADS = &quot;<a href="http://nomads.ncep.noaa.gov:9090/dods/rtofs/rtofs_global" target="_blank">http://nomads.ncep.noaa.gov:9090/dods/rtofs/rtofs_global</a>&quot;+myDate+&quot;/rtofs_glo_2ds_forecast_daily_prog&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">NOMADS = &quot;<a href="http://nomads.ncep.noaa.gov:9090/dods/rtofs/rtofs_global" target="_blank">http://nomads.ncep.noaa.gov:9090/dods/rtofs/rtofs_global</a>&quot;+myDate+&quot;/rtofs_glo_2ds_forecast_3hrly_prog&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">filename = NOMADS ; = url <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print(&quot;Fetching URL: &quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print(&quot; &quot;+filename)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  exists = isfilepresent(filename)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  if(.not.exists) then <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    print(&quot;OPeNDAP isfilepresent test unsuccessful.&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    print(&quot;Either file doesn&#39;t exist, or NCL does not have OPeNDAP capabilities on this system&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    exit<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  else<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    print(&quot;OPeNDAP isfilepresent test successful.&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    f = addfile(filename,&quot;r&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    vars = getfilevarnames(f)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    print(vars)   ; should be (in any order): <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    if(.not.any(ismissing(vars))) then<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">      do i=0,dimsizes(vars)-1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">        printFileVarSummary (f,vars(i))<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">      end do<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">    end if<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  end if<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Define boundary of data<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Assign lat/lon boundaries to the data<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Longitudes between 0 and 74 E need to have 360 added to them<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">myNlat = 32.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mySlat = 10.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">myWlon = 260.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">myElon = 300.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myNlat = 26.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;mySlat = 21.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myWlon = 260.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myElon = 300.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Full domain <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myNlat = 90.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;mySlat = -90.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myWlon = 74.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;myElon = 434.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Get lat/lon/time info first<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lat = f-&gt;lat<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading lat&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lon = f-&gt;lon<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading lon&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">time = f-&gt;time(0)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading time&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Use just one time when &quot;0&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mytime = 0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;mytime = &quot;:&quot;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Nlat = closest_val(myNlat, lat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Nlat = &quot; + Nlat + &quot; Lat = &quot; + lat(Nlat) )<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Slat = closest_val(mySlat, lat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Slat = &quot; + Slat + &quot; Lat = &quot; + lat(Slat) )<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Wlon = closest_val(myWlon, lon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print(&quot;Wlon = &quot; + Wlon + &quot; Lon = &quot; + lon(Wlon) )<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Elon = closest_val(myElon, lon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print(&quot;Elon = &quot; + Elon + &quot; Lon = &quot; + lon(Elon) )<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;exit<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mylat = lat(Slat:Nlat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mylon = lon(Wlon:Elon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary (mylat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary (mylon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (mylat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;exit<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">delete(lat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">delete(lon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lat = f-&gt;lat(Slat:Nlat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lon = f-&gt;lon(Wlon:Elon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading subset lat/lon&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary(lat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (lat)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary(lon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (lon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;exit<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">sst = f-&gt;sst(mytime,:,Slat:Nlat,Wlon:Elon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;sst = f-&gt;sst<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading sst&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary(sst)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (sst)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; exit  ; Uncomment to stop after sst data are read <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">u_velocity = f-&gt;u_velocity(mytime,:,Slat:Nlat,Wlon:Elon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;u_velocity = f-&gt;u_velocity<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading U&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary(u_velocity)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (u_velocity)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">v_velocity = f-&gt;v_velocity(mytime,:,Slat:Nlat,Wlon:Elon)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;v_velocity = f-&gt;v_velocity<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done reading V&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">printVarSummary(v_velocity)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (v_velocity)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">speed = sqrt((u_velocity*u_velocity) + (v_velocity*v_velocity))<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (&quot;Done calculating Speed&quot;)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">print (speed)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">exit<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;;;;;;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">;;;;;;  END of code snippet<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">If you run this code, I suggest a redirect into a file, as there are a lot of lines written to standard out.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">What I don’t understand is that I can read a subset of the lat and lon data, but when I try to get any other data they all come up as missing/fill values.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Any help is GREATLY appreciated and I have really chased my tail trying to get past this.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Chris Herbster<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Dr. Christopher G. Herbster<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Associate Professor<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Director of Science and Technology<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">for the ERAU Weather Center<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Applied Aviation Sciences<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Embry-Riddle Aeronautical Univ.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">600 S. Clyde Morris Blvd.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Daytona Beach, FL 32114-3900<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <a href="tel:386.226.6444" target="_blank">386.226.6444</a> Office<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="tel:386.226.6446" target="_blank">386.226.6446</a> Weather Center<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://wx.erau.edu/" target="_blank">http://wx.erau.edu/</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Schedule at:  <a href="http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/" target="_blank">
http://wx.erau.edu/faculty/herbster/Schedules/</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><br>
_______________________________________________<br>
ncl-talk mailing list<br>
<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>