<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Walter &amp; Dennis,<br><br></div>Actually, I just found that the slower process is mainly caused by the plotting subroutine. Since SEVIRI data have higher spatial resolution (3km near nadir), so when I plot the contour plot, it takes a lot of time, even though I put the rasterfill resource as below.<br><br>  res@cnFillMode                   = &quot;RasterFill&quot;<br>or<br>   res@trGridType                   = &quot;TriangularMesh&quot;<br><br></div>Do you know whether there is other way to plot this kind of high resolution data as contour much faster?<br><br></div>Thank you<br></div>Zhifeng<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 26, 2015 at 2:08 PM, Dennis Shea <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:shea@ucar.edu" target="_blank">shea@ucar.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">This type of behavior *may* be  associated with a memory leak. However, more information is needed.<div><br></div><div>[0]</div><div>Please *always* include what version of NCL you are using. </div><div><br></div><div>[1] </div><div>As noted by Walter, multiple embedded do loops (you have 5 levels) in any interpreted language  (NCL, Matlab, Python, R, ...) will lead to slow execution times.  Again, as noted by Walter, you may have to &#39;rethink&#39; your approach to obtaining the variable. </div><div><div><br></div><div>[2] </div><div>You have provided no indication of the format of the SEVERI files you are using.</div><div><br></div><div>The only SEVERI file in the NCL archive is a HDF5 file.  It has no variable named &#39;<span style="font-size:12.8000001907349px">Cloud_Optical_Thickness_16&#39;. You may point ncl-talk to a WWW location from which some sample SEVERI files of the the type you are using may be obtained. Or you can ftp some files to:</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   ftp <a href="http://ftp.cgd.ucar.edu" target="_blank">ftp.cgd.ucar.edu</a></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   anonymous</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   email</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   cd incoming</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   put ... SEVERI_file_01...</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   </span><span style="font-size:12.8000001907349px">put ... SEVERI_file_02...</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   quit</span></div><div><br></div><div>[3]</div><div>As NCL gains more experience with handling HDF5, there have been *significant* improvements in handling HDF5 (H5) files over the last few NCL releases. See the following which document HDF5 improvements.</div><div><br></div><div>    6.3.1:    <a href="http://www.ncl.ucar.edu/future_release.shtml" target="_blank">http://www.ncl.ucar.edu/future_release.shtml</a></div><div>                 Not yet released **but** a test binary is **available**</div><div><br></div><div>    6.3.0 and previous releases:</div><div>                 <a href="http://www.ncl.ucar.edu/prev_releases.shtml" target="_blank">http://www.ncl.ucar.edu/prev_releases.shtml</a></div><div><br></div><div>In particular, 6.3.1 seems to be fairly robust.</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Jun 26, 2015 at 10:23 AM, Zhifeng Yang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:yangzf01@gmail.com" target="_blank">yangzf01@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi<br><br></div>I am trying to read SEVIRI data with a lot of variables and the dimension of each variable is 3712*3712. I know the data are pretty large. But the computer should read them smoothly. Since the memory that I specified is about 50GB. Unfortunately, the code is becoming slower and slower while it do the time loop. Here is a sample of my code.<br><br>;  SET UP THE START TIME AND END TIME<br>   start_year = 2008<br>   end_year   = 2008<br>   start_month= 6<br>   end_month  = 6<br>   start_day  = 1<br>   start_hour = 0<br>   end_hour   = 23<br>   start_min  = 0<br>   end_min    = 45<br>   min_stride = 15<br>   start_ind_lat = 1400<br>   end_ind_lat   = 3000<br>   start_ind_lon = 1100<br>   end_ind_lon   = 2600<br><br>;  DO YEAR LOOP<br>   do iyear = start_year, end_year<br><br>;  DO MONTH LOOP<br>      do imonth = start_month, end_month<br><br>;  CALCULATE THE NUMBER OF DAYS IN THIS MONTH<br>         nday_month = days_in_month(iyear, imonth)<br>;  DO DAY LOOP<br>         do iday = start_day, 10;nday_month<br>;  DO HOUR LOOP<br>            do ihour = start_hour, end_hour<br>;  DO MINUTE LOOP<br>               do imin = start_min, end_min, min_stride<br>;  READ VARIABLES FROM HDF FILE<br>                     a     = addfile(dir + siyear + &quot;/&quot; + symd1 + &quot;/&quot; + filename, &quot;r&quot;)<br>                     lat   = (/a-&gt;MSG_Latitude(start_ind_lat:end_ind_lat, start_ind_lon:end_ind_lon)/)<br>                     lon   = (/a-&gt;MSG_Longitude(start_ind_lat:end_ind_lat, start_ind_lon:end_ind_lon)/)<br>                     Cloud_Optical_Thickness_16 = a-&gt;Cloud_Optical_Thickness_16(start_ind_lat:end_ind_lat, start_ind_lon:end_ind_lon)<br><br>               end do ;imin<br>            end do ;ihour<br>         end do ;iday<br>      end do ;imonth<br>   end do ;iyear<br><br><br></div>Thank you<span><font color="#888888"><br></font></span></div><span><font color="#888888">Zhifeng<br></font></span></div>
<br></div></div><span class="">_______________________________________________<br>
ncl-talk mailing list<br>
<a href="mailto:ncl-talk@ucar.edu" target="_blank">ncl-talk@ucar.edu</a><br>
List instructions, subscriber options, unsubscribe:<br>
<a href="http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.ucar.edu/mailman/listinfo/ncl-talk</a><br>
<br></span></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>