<div dir="ltr"><span style="font-size:14px">Jothiganesh,</span><br><div><br></div><div><div>&gt; 1) Is there a way to do the subscripting in the EOF code</div><div>&gt; by defining lon and lat instead of x and y.</div><div><br></div><div>Yes.  Please see the region_ind function.<br><br></div><div>&gt; 2) Also, the output netcdf file of EOF does not have the</div><div>&gt; lon, lat meta data. Instead it has x and y, which does not</div><div>&gt; overlay when I tried with NARR plot.</div><div><br></div></div><div><span style="font-size:14px">I already mentioned the solution.  You need to copy or retain the 2-dimensional lat and lon arrays from the input file to the output file.  Then create a plot with the </span>projection methods in NARR example 4, which utilize the 2-D lat and lon arrays.</div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">Alternatively you can copy the Lambert projection parameters and use the native grid plot method, as in NARR example 1.  But I recommend against this method because it is prone to subtle offset errors.</span></div><div><br></div><div>Can anyone point us to concise basic documentation for how 2-D coordinates are structured in a Netcdf file?  The CF website does not include a concise explanation of 2-D geographic coordinates.</div><div><br></div><div>--Dave</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 16, 2015 at 9:00 PM, Jothi Ganesh Shanmuga Sundaram <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:joshanmugasundaram@mix.wvu.edu" target="_blank">joshanmugasundaram@mix.wvu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Thanks a lot Dave. It&#39;s helpful. I tried running without any coordinate script, it is running and I was able to generate the EOF and EOF-time series netcdf files for the entire domain. I am interested in coordinate subscripting as in the EOF example 1. <br><br>When I tried to enter the lon lat ranges, the script does not run. It says lon is not a dimension or variable. It accepts x or y, but x and y are some strange values in the data. If I type ncl_filedump file -v lon, I see the values. <br><br></div><div>Here is the ncl_filedump summary.<br></div><div><br>short air ( time, y, x )<br>..<br>float lat ( y, x )<br>....<br></div><div>float lon ( y, x )<br><br>1) Is there a way to do the subscripting in the EOF code by defining lon and lat instead of x and y.<br><br></div><div>2) Also, the output netcdf file of EOF does not have the lon, lat meta data. Instead it has x and y, which cannot does not overlay when I tried with NARR plot.<br><br></div><div>Here is my script.<br><br>;Read the NARR data (Air temperature at 2m)<br>f = addfile (&quot;<a href="http://air.2m.mon.mean.nc" target="_blank">air.2m.mon.mean.nc</a>&quot;, &quot;r&quot;)<br>  <br>;Define the parameter, convert the format short to float<br> p = short2flt(f-&gt;air(::12,:,:))<br><br>;Calculate the weights<br>w = sqrt(cos(0.01745329*p&amp;y))   ;  p&amp;y works, but if i enter p&amp;lat, it does not work.<br>wp = p*conform(p, w, 1)<br>copy_VarCoords(p, wp)<br><br>t = wp(y|:,x|:,time|:)            ; x and y works, but if i enter lon or lat, it does not work.<br><br>;Number of EOF to be calculated<br>neof = 3<br><br>;NCL EOF functions <br>eof = eofunc_Wrap(t, neof, False)        ;EOF (3modesXlonXlat)<br>eof_ts = eofunc_ts_Wrap (t, eof, False)  ;EOF (3modesXtime)<br><br>;Export EOF spatial data as netcdfile<br>system (&quot;/bin/rm -f EOFnarr.nc&quot;) <br>fout = addfile (&quot;EOFnarr.nc&quot;, &quot;c&quot;)<br>fout@title = &quot;EOFs of pre 1971-2013&quot;<br>fout-&gt;EOF = eof<br><br></div><div>Regards<br></div><div>Jothiganesh<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 16, 2015 at 9:58 PM, Dave Allured - NOAA Affiliate <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dave.allured@noaa.gov" target="_blank">dave.allured@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Jothiganesh,<div><br></div><div>Yes you can directly read NARR data and compute EOF&#39;s without regridding.  The underlying EOF functions eofunc and eofunc_ts do not use any spatial coordinates.  They operate purely on numeric arrays.<br></div><div><br></div><div>The first EOF example uses coordinate subscripting and the lonFlip function.  If you remove both of these methods from the example, then you can compute EOF&#39;s over the entire NARR grid.</div><div><br></div><div>However, to generate valid plots, you will need to retain the NARR coordinate metadata, and modify the plot section to use one of the plotting methods shown on the NARR examples page.</div><div><br></div><div>I recommend one of the projection methods in NARR example 4, because they use the retained 2-D coordinate grids to directly align the data with the underlying map.  After you get that working, you can switch back to Lambert or some other projection of your choice.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">--Dave<br><br><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Tue, Jun 16, 2015 at 6:39 PM, Jothi Ganesh Shanmuga Sundaram <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:joshanmugasundaram@mix.wvu.edu" target="_blank">joshanmugasundaram@mix.wvu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hello,<br><br></div>I use NARR gridded data (349x277 Lambert Conformal Conic grid) in netcdf format in NCL. I am able to plot graphics without any problem using the existing script in NCL website.<br><br></div>I want to do EOF analysis with NARR data. When I tried to use the EOF script available from NCL website to analyze NARR data, it is not working. When I checked the data using ncl_file dump the lon, lat formats are very different. My question is<br><br></div>1) Whether I can do EOF analysis in NCL by directly reading NARR data? If so, I cannot define the LON LAT value, as NARR has a projected coordinates value?<br><br>2) Do I need to regrid the NARR curvilinear to rectlinear data before doing EOF? or Is there a way to convert the format of LON, LAT in grid without regridding inorder to do EOF analysis in NCL<br><br></div>Thanks for your help.<br><br></div>Regards<br></div>Jothiganesh </div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></div>