<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi Geeta, <br><br>[1]<br></div>The examples from which you downloaded a script ar not meant to be codes that you change file names and or variables and they will work. Rather, they are guides to creating a script that can do what you need.<br>
<br>[2]<br></div>As has been stated many times on ncl-talk:<br><br> The most important rule of data processing to **Look at the data**.<br><br></div>ncl_filedump foo.hdf  | less<br><br></div>ncl_filedump foo.hdf.he2    | less              .....         (read as HDF-EOS file)<br>
<br></div>This means look at all variable names/units, etc.<br></div>Also, what coordinates are on the file.<br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 2, 2014 at 8:50 AM, H. Joe Lee <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hyoklee@hdfgroup.org" target="_blank">hyoklee@hdfgroup.org</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi, Geeta!<br>
<br>
 I am sorry but I misunderstood your problem.<br>
<br>
 I think you can match dimensions utilizing &quot;clusterNumber&quot; variable<br>
for &quot;ncluster&quot; dimension and &quot;freezingHeightIndex&quot; variable for<br>
&quot;findex&quot; dimension. They contain index values that can be used for<br>
subsetting &quot;cluster&quot; variable.<br>
<div class="im HOEnZb"><br>
<br>
--<br>
Save the Earth. Save Earth data in HDF-EOS. Save Big data in HDF.<br>
<br>
<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Tue, Sep 2, 2014 at 8:47 AM, H. Joe Lee &lt;<a href="mailto:hyoklee@hdfgroup.org">hyoklee@hdfgroup.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi, Geeta!<br>
&gt;<br>
&gt; 2A12 product doesn&#39;t contain &quot;graupel&quot; variable.<br>
&gt;<br>
&gt; Please download a correct product that has grapple variable like 2B31 product:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://disc.sci.gsfc.nasa.gov/precipitation/documentation/TRMM_README/TRMM_2B31_readme.shtml" target="_blank">http://disc.sci.gsfc.nasa.gov/precipitation/documentation/TRMM_README/TRMM_2B31_readme.shtml</a><br>

&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; By the way, a complete 2A12 version 7 NCL example is available here:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://hdfeos.org/zoo/index_openGESDISC_Examples.php#TRMM" target="_blank">http://hdfeos.org/zoo/index_openGESDISC_Examples.php#TRMM</a><br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Save the Earth. Save Earth data in HDF-EOS. Save Big data in HDF.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Sep 2, 2014 at 6:27 AM, Geeta Geeta &lt;<a href="mailto:geetag54@yahoo.com">geetag54@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; I want to plot the GRAUPEL WATER CONTENT at a LAT/LON with height. So Y axis<br>
&gt;&gt; will be the HEIGHT and on X axis it will Graupel<br>
&gt;&gt; But the document of 2A12<br>
&gt;&gt; (<a href="http://pps.gsfc.nasa.gov/Documents/filespec.TRMM.V7.pdf)%20says" target="_blank">http://pps.gsfc.nasa.gov/Documents/filespec.TRMM.V7.pdf)%20says</a> that The<br>
&gt;&gt; information ablout this variable is CONTAINED in the two variables (Pg 119)<br>
&gt;&gt; 7.5 2A12 - TMI Profiling 119<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; S = species(1-6)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 1 = cloud water content<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 2 = rain water content<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 3 = cloud ice content<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 4 = snow water content<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 5 = graupel water content<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 6 = latent heat<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; F = freezingHeightIndex<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; C = clusterNumber<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; In a Fortran program,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Profile Value = clusterScale * cluster(S,F,L,C)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; In a C program,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Profile Value = clusterScale * cluster[C-1][L-1][F-1][S-1]<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The two variables CLUSTER SCALE<br>
&gt;&gt;  float clusterScale ( nscan, npixel, nspecies )<br>
&gt;&gt;          hdf_name :     clusterScale<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; AND CLUSTER<br>
&gt;&gt;   float cluster ( ncluster, nlayer, nfindex, nspecies )<br>
&gt;&gt;          hdf_name :     cluster<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; are of different dimensions.<br>
&gt;&gt; I donot know how to proceed further with this.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Geeta.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Tuesday, 2 September 2014 4:45 PM, Alessandra Giannini<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:alesall@iri.columbia.edu">alesall@iri.columbia.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; you need to continue to edit your script to adapt to your specific need…<br>
&gt;&gt; What is the variable that  you want to plot? If it&#39;s not called &quot;latentHeat&quot;<br>
&gt;&gt; what is it called?<br>
&gt;&gt; Then substitute just like you did for lat and lon…<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Sep 2, 2014, at 7:10 AM, Geeta Geeta &lt;<a href="mailto:geetag54@yahoo.com">geetag54@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;    Hi<br>
&gt;&gt;&gt; I have correctec the lines 34 and 35. of my file.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; 1 ;Reading HDF4-SDS files<br>
&gt;&gt;&gt;      2 ;*********** Load Libraries ************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      3 load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_code.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;      4 load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_csm.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;      5 load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/contributed.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;      6 ;**************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      7 begin<br>
&gt;&gt;&gt;      8 ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      9 ; User Input<br>
&gt;&gt;&gt;      10 ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      11                                              ; INPUT<br>
&gt;&gt;&gt;      12    diri    = &quot;./&quot;                            ; input directory<br>
&gt;&gt;&gt;      13    fili    = &quot;2A12.20100702.71931.7.HDF&quot;      ;      file<br>
&gt;&gt;&gt;      14    var    = &quot;latentHeat&quot;                    ; desired variable<br>
&gt;&gt;&gt;      15<br>
&gt;&gt;&gt;      16                                              ; OUTPUT<br>
&gt;&gt;&gt;      17    PLOT    = True                            ; create a plot [?]<br>
&gt;&gt;&gt;      18    pltDir  = &quot;./&quot;                            ; directory for plot<br>
&gt;&gt;&gt; output<br>
&gt;&gt;&gt;      19  ;pltName = &quot;2A12.100702.71931.6&quot;          ; plot name<br>
&gt;&gt;&gt;      20    pltName = &quot;hdf4sds&quot;                      ; plot name<br>
&gt;&gt;&gt;      21    pltType = &quot;ps&quot;                            ; ps, pdf, x11, png<br>
&gt;&gt;&gt; [5.2.0]<br>
&gt;&gt;&gt;      22 ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      23 ; End User Input<br>
&gt;&gt;&gt;      24 ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      25 ; Read hdf<br>
&gt;&gt;&gt;      26 ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;      27<br>
&gt;&gt;&gt;      28    f      = addfile (diri+fili, &quot;r&quot;)        ; reading inputfile<br>
&gt;&gt;&gt;      29  ;print(f)<br>
&gt;&gt;&gt;      30<br>
&gt;&gt;&gt;      31    lat  = f-&gt;Latitude(:,:)                ; (scan, pixel)<br>
&gt;&gt;&gt;      32    lon  = f-&gt;Longitude(:,:)<br>
&gt;&gt;&gt;      33<br>
&gt;&gt;&gt;      34    lat@units = &quot;degrees_north&quot;            ; add units<br>
&gt;&gt;&gt;      35    lon@units = &quot;degrees_east&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;      36<br>
&gt;&gt;&gt;          37  printMinMax(lat, True)<br>
&gt;&gt;&gt;      38  printMinMax(lon, True)<br>
&gt;&gt;&gt;      39<br>
&gt;&gt;&gt;      40    xs    = f-&gt;$var$                      ; ( scan, pixel, layer )<br>
&gt;&gt;&gt;      41    xs@_FillValue = inttoshort( -9999 )    ; visually look at<br>
&gt;&gt;&gt; file/data<br>
&gt;&gt;&gt;      42    xs@long_name  = xs@hdf_name<br>
&gt;&gt;&gt;      43  ;printVarSummary(xs)<br>
&gt;&gt;&gt;      44  ;printMinMax(xs, True)<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Now when I run this<br>
&gt;&gt;&gt; I get following error<br>
&gt;&gt;&gt; bash-3.2$ ncl hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt;  Copyright (C) 1995-2007 - All Rights Reserved<br>
&gt;&gt;&gt;  University Corporation for Atmospheric Research<br>
&gt;&gt;&gt;  NCAR Command Language Version 5.0.0<br>
&gt;&gt;&gt;  The use of this software is governed by a License Agreement.<br>
&gt;&gt;&gt;  See <a href="http://www.ncl.ucar.edu/for" target="_blank">http://www.ncl.ucar.edu/for</a> more details.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; (0)<br>
&gt;&gt;&gt; (0)    min=-39.1053  max=39.0529<br>
&gt;&gt;&gt; (0)<br>
&gt;&gt;&gt; (0)    min=-179.999  max=180<br>
&gt;&gt;&gt; fatal:Either file (f) isn&#39;t defined or variable (latentHeat) is not a<br>
&gt;&gt;&gt; variable in the file<br>
&gt;&gt;&gt; fatal:Execute: Error occurred at or near line 40 in file hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; bash-3.2$<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am beginner to NCL. Started a week before as I have to plot the<br>
&gt;&gt;&gt; Hydrometeor profile. Kindly guide further.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Geeta.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Tuesday, 2 September 2014 4:28 PM, Geeta Geeta &lt;<a href="mailto:geetag54@yahoo.com">geetag54@yahoo.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Thanks.<br>
&gt;&gt;&gt; I corrected my mistake and this is how the NCL file looks like now.<br>
&gt;&gt;&gt; ;Reading HDF4-SDS files<br>
&gt;&gt;&gt; ;*********** Load Libraries ************************************<br>
&gt;&gt;&gt; load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_code.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt; load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/gsn_csm.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt; load &quot;$NCARG_ROOT/lib/ncarg/nclscripts/csm/contributed.ncl&quot;<br>
&gt;&gt;&gt; ;**************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt; begin<br>
&gt;&gt;&gt; ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt; ; User Input<br>
&gt;&gt;&gt; ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;                                              ; INPUT<br>
&gt;&gt;&gt;    diri    = &quot;./&quot;                            ; input directory<br>
&gt;&gt;&gt;    fili    = &quot;2A12.20100702.71931.7.HDF&quot;      ;      file<br>
&gt;&gt;&gt;    var    = &quot;latentHeat&quot;                    ; desired variable<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;                                              ; OUTPUT<br>
&gt;&gt;&gt;    PLOT    = True                            ; create a plot [?]<br>
&gt;&gt;&gt;    pltDir  = &quot;./&quot;                            ; directory for plot output<br>
&gt;&gt;&gt;  ;pltName = &quot;2A12.100702.71931.6&quot;          ; plot name<br>
&gt;&gt;&gt;    pltName = &quot;hdf4sds&quot;                      ; plot name<br>
&gt;&gt;&gt;    pltType = &quot;ps&quot;                            ; ps, pdf, x11, png [5.2.0]<br>
&gt;&gt;&gt; ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt; ; End User Input<br>
&gt;&gt;&gt; ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt; ; Read hdf<br>
&gt;&gt;&gt; ;***************************************************************<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &quot;hdf4sds_6.ncl&quot; 188 lines, 6725 charac<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I run NCL but got following message.<br>
&gt;&gt;&gt; bash-3.2$ ncl hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt;  Copyright (C) 1995-2007 - All Rights Reserved<br>
&gt;&gt;&gt;  University Corporation for Atmospheric Research<br>
&gt;&gt;&gt;  NCAR Command Language Version 5.0.0<br>
&gt;&gt;&gt;  The use of this software is governed by a License Agreement.<br>
&gt;&gt;&gt;  See <a href="http://www.ncl.ucar.edu/for" target="_blank">http://www.ncl.ucar.edu/for</a> more details.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; fatal:Either file (f) isn&#39;t defined or variable (geolocation) is not a<br>
&gt;&gt;&gt; variable in the file<br>
&gt;&gt;&gt; fatal:Execute: Error occurred at or near line 31 in file hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; bash-3.2$<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am attaching the ncl file for reference.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; This is the header information that I extracted using<br>
&gt;&gt;&gt; bash-3.2$ ncl_filedump 2A12.20100702.71931.7.HDF &gt;header2010<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am attaching the header2010 as well. there is NO geolocation Variable in<br>
&gt;&gt;&gt; that. So what I should DO.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Geeta.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Tuesday, 2 September 2014 3:57 PM, Alessandra Giannini<br>
&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:alesall@iri.columbia.edu">alesall@iri.columbia.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi Geeta,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; NCL is telling you what may be wrong…<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Either your filename is slightly off:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; in your script you call a file by the name &quot;2A12.20100702.71931.6.HDF&quot;,<br>
&gt;&gt;&gt; but when you list, you have a file with a 7 at the end, instead of a 6:<br>
&gt;&gt;&gt; &quot;2A12.20100702.71931.7.HDF&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Or there is no variable called &quot;geolocation&quot; in the file you are reading<br>
&gt;&gt;&gt; from.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; What are latitude and longitude called in the file?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; best, alessandra<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt; Alessandra Giannini<br>
&gt;&gt;&gt; IRI for Climate and Society - The Earth Institute at Columbia University<br>
&gt;&gt;&gt; P.O. Box 1000, Palisades NY 10964-8000<br>
&gt;&gt;&gt; phone/fax: +1 845 680-4473/4864 - email: <a href="mailto:alesall@iri.columbia.edu">alesall@iri.columbia.edu</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Sep 2, 2014, at 6:21 AM, Geeta Geeta &lt;<a href="mailto:geetag54@yahoo.com">geetag54@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; Hi .<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; I am trying to plot the data in HDF format using NCL.<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; I happen to see the ready script available<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; <a href="https://www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/hdf4sds_6.nclwhichreads" target="_blank">https://www.ncl.ucar.edu/Applications/Scripts/hdf4sds_6.nclwhichreads</a> HDF<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; data.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; On my system I downloaded this script and tried to run this but when I<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; run this, following message comes.<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; bash-3.2$ ncl hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;  Copyright (C) 1995-2007 - All Rights Reserved<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;  University Corporation for Atmospheric Research<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;  NCAR Command Language Version 5.0.0<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;  The use of this software is governed by a License Agreement.<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;  See <a href="http://www.ncl.ucar.edu/formore" target="_blank">http://www.ncl.ucar.edu/formore</a> details.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; fatal:_NclCreateFile: Requested file does not exist as<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; (./2A12.20100702.71931.6.HDF) or as (./2A12.20100702.71931.6), can&#39;t add<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; file<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; fatal:Either file (f) isn&#39;t defined or variable (geolocation) is not a<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; variable in the file<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; fatal:Execute: Error occurred at or near line 31 in file hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; bash-3.2$ ls -l *HDF*<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; -rw-r--r--    1 model    staff      55092053 Sep 01 15:54<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; 2A12.20100702.71931.7.HDF<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; -rw-r--r--    1 model    staff      55092079 Aug 12 11:13<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; 2A12.20130523.88390.7.HDF<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; -rw-r--r--    1 model    staff      55092085 Aug 12 15:27<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; 2A12.20140602.94247.7.HDF<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; bash-3.2$ ls -l *hdf*ncl*<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; -rw-r--r--    1 model    staff          6725 Sep 01 17:01 hdf4sds_6.ncl<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; bash-3.2$<br>
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&gt;&gt;&gt; &gt; The files exist in my directory.<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; Can somebody tell me what&#39;s mistake???<br>
&gt;&gt;&gt; &gt; Geeta.<br>
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