
<p><b>dwj07@fsu.edu</b> 2013-04-17 14:55:12 -0600 (Wed, 17 Apr 2013)</p><p><br>

        -- BRANCH COMMIT --<br>

<br>

        Removal of dead tracer advection code.<br>

</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/Makefile

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/Makefile        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/Makefile        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -15,21 +15,6 @@

        mpas_ocn_vel_forcing_windstress.o \

        mpas_ocn_vel_forcing_rayleigh.o \

        mpas_ocn_vel_pressure_grad.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_spline.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.o \

-       mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.o \

-       mpas_ocn_tracer_hadv.o \

-       mpas_ocn_tracer_hadv2.o \

-       mpas_ocn_tracer_hadv3.o \

-       mpas_ocn_tracer_hadv4.o \

-       mpas_ocn_tracer_hmix.o \

-       mpas_ocn_tracer_hmix_del2.o \

-       mpas_ocn_tracer_hmix_del4.o \

        mpas_ocn_vmix.o \

        mpas_ocn_vmix_coefs_const.o \

        mpas_ocn_vmix_coefs_rich.o \

@@ -37,6 +22,9 @@

        mpas_ocn_restoring.o \

        mpas_ocn_tendency.o \

        mpas_ocn_diagnostics.o \

+           mpas_ocn_tracer_hmix.o \

+           mpas_ocn_tracer_hmix_del2.o \

+           mpas_ocn_tracer_hmix_del4.o \

        mpas_ocn_tracer_advection.o \

        mpas_ocn_tracer_advection_std.o \

        mpas_ocn_tracer_advection_std_hadv.o \

@@ -104,30 +92,6 @@

 
 mpas_ocn_vel_coriolis.o:

 
-mpas_ocn_tracer_hadv.o:  mpas_ocn_tracer_hadv2.o  mpas_ocn_tracer_hadv3.o  mpas_ocn_tracer_hadv4.o

-

-mpas_ocn_tracer_hadv2.o:

-

-mpas_ocn_tracer_hadv3.o:

-

-mpas_ocn_tracer_hadv4.o:

-

-mpas_ocn_tracer_vadv.o: mpas_ocn_tracer_vadv_spline.o mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.o

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_spline.o: mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.o  mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.o

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.o:

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.o:

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.o: mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.o mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.o  mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.o 

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.o:

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.o:

-

-mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.o:

-

 mpas_ocn_tracer_hmix.o: mpas_ocn_tracer_hmix_del2.o mpas_ocn_tracer_hmix_del4.o

 
 mpas_ocn_tracer_hmix_del2.o:

@@ -183,18 +147,6 @@

                       mpas_ocn_vel_forcing.o \

                       mpas_ocn_vel_forcing_windstress.o \

                       mpas_ocn_vel_pressure_grad.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_spline.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.o \

-                      mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.o \

-                      mpas_ocn_tracer_hadv.o \

-                      mpas_ocn_tracer_hadv2.o \

-                      mpas_ocn_tracer_hadv3.o \

-                      mpas_ocn_tracer_hadv4.o \

                       mpas_ocn_tracer_hmix.o \

                       mpas_ocn_tracer_hmix_del2.o \

                       mpas_ocn_tracer_hmix_del4.o \


Modified: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -22,8 +22,6 @@

    use ocn_vel_forcing

    use ocn_vel_coriolis

 
-   use ocn_tracer_hadv

-   use ocn_tracer_vadv

    use ocn_tracer_hmix

    use ocn_gm

    use ocn_restoring

@@ -85,10 +83,6 @@

       call ocn_vel_forcing_init(err_tmp)

       err = ior(err, err_tmp)

 
-      call ocn_tracer_hadv_init(err_tmp)

-      err = ior(err, err_tmp)

-      call ocn_tracer_vadv_init(err_tmp)

-      err = ior(err, err_tmp)

       call ocn_tracer_hmix_init(err_tmp)

       err = ior(err, err_tmp)

       call ocn_restoring_init(err_tmp)


Modified: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -31,8 +31,6 @@

    use ocn_vel_forcing

    use ocn_vmix

 
-   use ocn_tracer_hadv

-   use ocn_tracer_vadv

    use ocn_tracer_hmix

    use ocn_restoring

 
Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,189 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_hadv

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean horizontal tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  horizontal advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_hadv

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-   use mpas_timer

-

-   use ocn_tracer_hadv2

-   use ocn_tracer_hadv3

-   use ocn_tracer_hadv4

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_hadv_tend, &amp;

-             ocn_tracer_hadv_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   type (timer_node), pointer :: hadv2Timer, hadv3Timer, hadv4Timer

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for horizontal tracer advection

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the horizontal advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state and user choices of advection parameterization.

-!&gt;  Multiple parameterizations may be chosen and added together.  These

-!&gt;  tendencies are generally computed by calling the specific routine

-!&gt;  for the chosen parameterization, so this routine is primarily a

-!&gt;  driver for managing these choices.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv_tend(grid, u, layerThicknessEdge, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         u    !&lt; Input: velocity

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThicknessEdge     !&lt; Input: thickness at edge

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: velocity tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: Error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: err1, err2, err3

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      call mpas_timer_start(&quot;hadv2&quot;, .false., hadv2Timer);

-      call ocn_tracer_hadv2_tend(grid, u, layerThicknessEdge, tracers, tend, err1)

-      call mpas_timer_stop(&quot;hadv2&quot;, hadv2Timer);

-      call mpas_timer_start(&quot;hadv3&quot;, .false., hadv3Timer);

-      call ocn_tracer_hadv3_tend(grid, u, layerThicknessEdge, tracers, tend, err2)

-      call mpas_timer_stop(&quot;hadv3&quot;, hadv3Timer);

-      call mpas_timer_start(&quot;hadv4&quot;, .false., hadv4Timer);

-      call ocn_tracer_hadv4_tend(grid, u, layerThicknessEdge, tracers, tend, err3)

-      call mpas_timer_stop(&quot;hadv4&quot;, hadv4Timer);

-

-      err = ior(err1, ior(err2, err3))

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer horizontal advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  horizontal velocity advection in the ocean. Since a variety of 

-!&gt;  parameterizations are available, this routine primarily calls the

-!&gt;  individual init routines for each parameterization. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: Error flag

-

-      integer :: err1, err2, err3

-

-      call ocn_tracer_hadv2_init(err1)

-      call ocn_tracer_hadv3_init(err2)

-      call ocn_tracer_hadv4_init(err3)

-

-      err = ior(err1, ior(err2, err3))

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_hadv

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv2.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv2.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv2.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,199 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_hadv2

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean horizontal tracer advection 2nd order

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  horizontal advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_hadv2

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_hadv2_tend, &amp;

-             ocn_tracer_hadv2_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: hadv2On !&lt; Flag to turn on/off 2nd order hadv

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv2_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for horizontal tracer advection 2nd order

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the horizontal advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 2nd order formulation.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv2_tend(grid, normalVelocity, layerThicknessEdge, tracers , tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         normalVelocity    !&lt; Input: tracer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThicknessEdge     !&lt; Input: thickness at edge

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-        tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: Error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: iEdge, nEdges, cell1, cell2, iTracer, num_tracers, k

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelEdgeTop

-      integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge

-

-      real (kind=RKIND) :: flux, tracer_edge, invAreaCell1, invAreaCell2, r_tmp

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: dvEdge, areaCell

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.hadv2On) return

-

-      nEdges = grid % nEdges

-      maxLevelEdgeTop =&gt; grid % maxLevelEdgeTop % array

-      cellsOnEdge =&gt; grid % cellsOnEdge % array

-      dvEdge =&gt; grid % dvEdge % array

-      areaCell =&gt; grid % areaCell % array

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-

-      do iEdge=1,nEdges

-         cell1 = cellsOnEdge(1,iEdge)

-         cell2 = cellsOnEdge(2,iEdge)

-

-         invAreaCell1 = 1.0 / areaCell(cell1)

-         invAreaCell2 = 1.0 / areaCell(cell2)

-         do k=1,maxLevelEdgeTop(iEdge)

-            r_tmp = normalVelocity(k,iEdge) * dvEdge(iEdge) * layerThicknessEdge(k,iEdge)

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracer_edge = 0.5 * (tracers(iTracer,k,cell1) + tracers(iTracer,k,cell2))

-               flux = r_tmp * tracer_edge

-               tend(iTracer,k,cell1) = tend(iTracer,k,cell1) - flux * invAreaCell1

-               tend(iTracer,k,cell2) = tend(iTracer,k,cell2) + flux * invAreaCell2

-            end do

-         end do

-      end do

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv2_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv2_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer horizontal advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  2nd order horizontal tracer advection in the ocean.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv2_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: Error flag

-

-      err = 0

-      hadv2On = .false.

-

-      if (config_horiz_tracer_adv_order == 2) then

-          hadv2On = .true.

-      end if

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv2_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_hadv2

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv3.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv3.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv3.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,239 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_hadv3

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean horizontal tracer advection 3rd order

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  horizontal advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_hadv3

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_hadv3_tend, &amp;

-             ocn_tracer_hadv3_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: hadv3On !&lt; Flag to turn on/off 3rd order hadv

-   real (kind=RKIND) :: coef_3rd_order !&lt; Coefficient for 3rd order hadv

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv3_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for horizontal tracer advection 3rd order

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the horizontal advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 3rd order formulation.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv3_tend(grid, normalVelocity, layerThicknessEdge, tracers , tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         normalVelocity    !&lt; Input: tracer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThicknessEdge     !&lt; Input: thickness at edge

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-        tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: iEdge, nEdges, cell1, cell2, iTracer, num_tracers, i, k, &amp;

-                 boundaryMask, velMask

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelEdgeTop, nEdgesOnCell

-      integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge, cellsOnCell, &amp;

-                                          cellMask, edgeMask

-

-      real (kind=RKIND) :: flux, tracer_edge, d2fdx2_cell1, d2fdx2_cell2, &amp;

-                           invAreaCell1, invAreaCell2

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: dvEdge, dcEdge, areaCell

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: deriv_two

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.hadv3On) return

-

-      nEdges = grid % nEdges

-      num_tracers = size(tracers, dim=1)

-      maxLevelEdgeTop =&gt; grid % maxLevelEdgeTop % array

-      nEdgesOnCell =&gt; grid % nEdgesOnCell % array

-      cellMask =&gt; grid % cellMask % array

-      cellsOnEdge =&gt; grid % cellsOnEdge % array

-      cellsOnCell =&gt; grid % cellsOnCell % array

-      dvEdge =&gt; grid % dvEdge % array

-      dcEdge =&gt; grid % dcEdge % array

-      areaCell =&gt; grid % areaCell % array

-      deriv_two =&gt; grid % deriv_two % array

-

-      do iEdge=1,nEdges

-         cell1 = cellsOnEdge(1,iEdge)

-         cell2 = cellsOnEdge(2,iEdge)

-

-         invAreaCell1 = 1.0 / areaCell(cell1)

-         invAreaCell2 = 1.0 / areaCell(cell2)

-

-         do k=1,maxLevelEdgeTop(iEdge)

-

-            d2fdx2_cell1 = 0.0

-            d2fdx2_cell2 = 0.0

-

-            boundaryMask = abs(transfer(cellMask(k,cell1)  == 1 .and. cellMask(k,cell2) == 1,boundaryMask))

-

-            do iTracer=1,num_tracers

-

-               !-- if not a boundary cell

-               d2fdx2_cell1 = deriv_two(1,1,iEdge) * tracers(iTracer,k,cell1) * boundaryMask

-               d2fdx2_cell2 = deriv_two(1,2,iEdge) * tracers(iTracer,k,cell2) * boundaryMask

-

-               !-- all edges of cell 1

-               do i=1,nEdgesOnCell(cell1) * boundaryMask

-                  d2fdx2_cell1 = d2fdx2_cell1 + &amp;

-                  deriv_two(i+1,1,iEdge) * tracers(iTracer,k,cellsOnCell(i,cell1))

-               end do

-

-               !-- all edges of cell 2

-               do i=1,nEdgesOnCell(cell2) * boundaryMask

-                  d2fdx2_cell2 = d2fdx2_cell2 + &amp;

-                  deriv_two(i+1,2,iEdge) * tracers(iTracer,k,cellsOnCell(i,cell2))

-               end do

-

-

-               velMask = 2*(abs(transfer(normalVelocity(k,iEdge) &lt;= 0, velMask))) - 1

-               flux = dvEdge(iEdge) *  normalVelocity(k,iEdge) * layerThicknessEdge(k,iEdge) * (          &amp;

-                    0.5*(tracers(iTracer,k,cell1) + tracers(iTracer,k,cell2))      &amp;

-                    -(dcEdge(iEdge) **2) * (d2fdx2_cell1 + d2fdx2_cell2) / 12.          &amp;

-                    +velMask*(dcEdge(iEdge) **2) * coef_3rd_order*(d2fdx2_cell1 - d2fdx2_cell2) / 12. )

-

-               !-- update tendency

-               tend(iTracer,k,cell1) = tend(iTracer,k,cell1) - flux*invAreaCell1

-               tend(iTracer,k,cell2) = tend(iTracer,k,cell2) + flux*invAreaCell2

-            enddo

-         end do

-      end do

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv3_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv3_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer horizontal advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  3rd order horizontal tracer advection in the ocean. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv3_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      err = 0

-      hadv3On = .false.

-

-      if (config_horiz_tracer_adv_order == 3) then

-          hadv3On = .true.

-

-          coef_3rd_order = config_coef_3rd_order

-      end if

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv3_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_hadv3

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv4.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv4.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_hadv4.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,229 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_hadv4

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean horizontal tracer advection 4th order

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  horizontal advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_hadv4

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_hadv4_tend, &amp;

-             ocn_tracer_hadv4_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: hadv4On !&lt; Flag to turning on/off 4th order hadv

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv4_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for horizontal tracer advection 4th order

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the horizontal advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 4th order formulation.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv4_tend(grid, normalVelocity, layerThicknessEdge, tracers , tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         normalVelocity    !&lt; Input: tracer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThicknessEdge     !&lt; Input: thickness at edge

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-        tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: iEdge, nEdges, cell1, cell2, iTracer, num_tracers, i, k, &amp;

-                 boundaryMask

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelEdgeTop, nEdgesOnCell

-      integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge, cellsOnCell, cellMask

-

-      real (kind=RKIND) :: flux, tracer_edge, d2fdx2_cell1, d2fdx2_cell2, invAreaCell1, invAreaCell2

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: dvEdge, dcEdge, areaCell

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: deriv_two

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.hadv4On) return

-

-      nEdges = grid % nEdges

-      num_tracers = size(tracers, dim=1)

-      maxLevelEdgeTop =&gt; grid % maxLevelEdgeTop % array

-      nEdgesOnCell =&gt; grid % nEdgesOnCell % array

-      cellMask =&gt; grid % cellMask % array

-      cellsOnEdge =&gt; grid % cellsOnEdge % array

-      cellsOnCell =&gt; grid % cellsOnCell % array

-      dvEdge =&gt; grid % dvEdge % array

-      dcEdge =&gt; grid % dcEdge % array

-      areaCell =&gt; grid % areaCell % array

-      deriv_two =&gt; grid % deriv_two % array

-

-      do iEdge=1,nEdges

-         cell1 = cellsOnEdge(1,iEdge)

-         cell2 = cellsOnEdge(2,iEdge)

-

-         invAreaCell1 = 1.0 / areaCell(cell1)

-         invAreaCell2 = 1.0 / areaCell(cell2)

-

-         do k=1,maxLevelEdgeTop(iEdge)

-

-            d2fdx2_cell1 = 0.0

-            d2fdx2_cell2 = 0.0

-

-            boundaryMask = abs(transfer(cellMask(k,cell1) == 1 .and. cellMask(k, cell2) == 1, boundaryMask))

-

-            do iTracer=1,num_tracers

-               d2fdx2_cell1 = deriv_two(1,1,iEdge) * tracers(iTracer,k,cell1) * boundaryMask

-               d2fdx2_cell2 = deriv_two(1,2,iEdge) * tracers(iTracer,k,cell2) * boundaryMask

-

-               !-- all edges of cell 1

-               do i=1,nEdgesOnCell(cell1) * boundaryMask

-                  d2fdx2_cell1 = d2fdx2_cell1 + &amp;

-                  deriv_two(i+1,1,iEdge) * tracers(iTracer,k,cellsOnCell(i,cell1))

-               end do

-

-               !-- all edges of cell 2

-               do i=1,nEdgesOnCell(cell2) * boundaryMask

-                   d2fdx2_cell2 = d2fdx2_cell2 + &amp;

-                   deriv_two(i+1,2,iEdge) * tracers(iTracer,k,cellsOnCell(i,cell2))

-               end do

-

-               flux = dvEdge(iEdge) *  normalVelocity(k,iEdge) * layerThicknessEdge(k,iEdge) * (          &amp;

-                    0.5*(tracers(iTracer,k,cell1) + tracers(iTracer,k,cell2))      &amp;

-                       -(dcEdge(iEdge) **2) * (d2fdx2_cell1 + d2fdx2_cell2) / 12. )

-

-               !-- update tendency

-               tend(iTracer,k,cell1) = tend(iTracer,k,cell1) - flux * invAreaCell1

-               tend(iTracer,k,cell2) = tend(iTracer,k,cell2) + flux * invAreaCell2

-            enddo

-         end do

-      end do

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv4_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_hadv4_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer horizontal advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes the 4th order formulation for 

-!&gt;  horizontal tracer advection in the ocean. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_hadv4_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: Error flag

-

-      err = 0

-      hadv4On = .false.

-

-      if (config_horiz_tracer_adv_order == 4) then

-          hadv4On = .true.

-      end if

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_hadv4_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_hadv4

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,187 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   use ocn_tracer_vadv_stencil

-   use ocn_tracer_vadv_spline

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: vadvOn

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state and user choices of advection parameterization.

-!&gt;  Multiple parameterizations may be chosen and added together.  These

-!&gt;  tendencies are generally computed by calling the specific routine

-!&gt;  for the chosen parameterization, so this routine is primarily a

-!&gt;  driver for managing these choices.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         h, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: err1, err2

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.vadvOn) return

-

-      call ocn_tracer_vadv_stencil_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err1)

-      call ocn_tracer_vadv_spline_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err2)

-

-      err = ior(err1, err2)

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  vertical tracer advection in the ocean. Since a variety of 

-!&gt;  parameterizations are available, this routine primarily calls the

-!&gt;  individual init routines for each parameterization. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      integer :: err1, err2

-

-      err = 0

-      vadvOn = .false.

-

-      if (config_vert_coord_movement.ne.'isopycnal') then

-          vadvOn = .true.

-          call ocn_tracer_vadv_stencil_init(err1)

-          call ocn_tracer_vadv_spline_init(err2)

-

-          err = ior(err1, err2)

-      endif

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,196 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_spline

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_spline

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-   use mpas_timer

-

-   use ocn_tracer_vadv_spline2

-   use ocn_tracer_vadv_spline3

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_spline_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_spline_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   type (timer_node), pointer :: spline2_timer, spline3_timer

-   logical :: splineOn

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state and user choices of advection parameterization.

-!&gt;  Multiple parameterizations may be chosen and added together.  These

-!&gt;  tendencies are generally computed by calling the specific routine

-!&gt;  for the chosen parameterization, so this routine is primarily a

-!&gt;  driver for managing these choices.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         h, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: err1, err2

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.splineOn) return

-

-      call mpas_timer_start(&quot;spline 2&quot;, .false., spline2_timer)

-      call ocn_tracer_vadv_spline2_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err1)

-      call mpas_timer_stop(&quot;spline 2&quot;, spline2_timer)

-

-      call mpas_timer_start(&quot;spline 3&quot;, .false., spline3_timer)

-      call ocn_tracer_vadv_spline3_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err2)

-      call mpas_timer_stop(&quot;spline 3&quot;, spline3_timer)

-

-      err = ior(err1, err2)

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  vertical tracer advection in the ocean. Since a variety of 

-!&gt;  parameterizations are available, this routine primarily calls the

-!&gt;  individual init routines for each parameterization. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      integer :: err1, err2

-

-      err = 0

-

-      splineOn = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv.eq.'spline') then

-         splineOn = .true.

-

-         call ocn_tracer_vadv_spline2_init(err1)

-         call ocn_tracer_vadv_spline3_init(err2)

-

-         err = ior(err1, err2)

-      endif

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_spline

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline2.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,208 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_spline2

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_spline2

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_spline2_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_spline2_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: spline2On

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline2_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection 2nd order spline

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 2nd order spline.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline2_tend(grid, layerThickness, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThickness, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: iCell, nCells, nCellsSolve, k, iTracer, num_tracers, nVertLevels

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelCell

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), allocatable :: tracerTop

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.spline2On) return

-      ! Compute tracerTop using linear interpolation.

-

-      nCells = grid % nCells

-      nCellsSolve = grid % nCellsSolve

-      nVertLevels = grid % nVertLevels

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-      maxLevelCell =&gt; grid % maxLevelCell % array

-

-      allocate(tracerTop(num_tracers,nVertLevels+1,nCells))

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         tracerTop(:,1,iCell) = tracers(:,1,iCell) 

-         do k=2,maxLevelCell(iCell)

-            do iTracer=1,num_tracers

-               ! Note layerThickness on the k side is multiplied by tracer at k-1

-               ! and layerThickness on the Km1 (k-1) side is mult. by tracer at k.

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  (  layerThickness(k  ,iCell)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   + layerThickness(k-1,iCell)*tracers(iTracer,k  ,iCell) ) &amp;

-                  / (layerThickness(k-1,iCell) + layerThickness(k,iCell))   

-            end do

-         end do

-         tracerTop(:,maxLevelCell(iCell)+1,iCell) = tracers(:,maxLevelCell(iCell),iCell)

-      end do

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)  

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tend(iTracer,k,iCell) = tend(iTracer,k,iCell) &amp;

-                  - (   vertTransportVelocityTop(k  ,iCell)*tracerTop(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                      - vertTransportVelocityTop(k+1,iCell)*tracerTop(iTracer,k+1,iCell))

-            end do

-         end do

-      end do

-

-      deallocate(tracerTop)

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline2_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline2_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  2nd order spline based vertical tracer advection in the ocean.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline2_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      err = 0

-

-      spline2On = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv_order.eq.2) then

-        spline2On = .true.

-      endif

-

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline2_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_spline2

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_spline3.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,233 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_spline3

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_spline3

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-   use mpas_spline_interpolation

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_spline3_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_spline3_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: spline3On

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline3_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection 3rd order spline

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 3rd order spline.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline3_tend(grid, layerThickness, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThickness, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: iCell, nCells, nCellsSolve, k, iTracer, num_tracers, nVertLevels

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelCell

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:), allocatable :: tracer2ndDer,  &amp;

-            tracersIn, tracersOut, depthTop, depthMid

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), allocatable :: tracerTop

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.spline3On) return

-      ! Compute tracerTop using linear interpolation.

-

-      nCells = grid % nCells

-      nCellsSolve = grid % nCellsSolve

-      nVertLevels = grid % nVertLevels

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-      maxLevelCell =&gt; grid % maxLevelCell % array

-

-      allocate(tracerTop(num_tracers,nVertLevels+1,nCells))

-

-      ! Compute tracerTop using cubic spline interpolation.

-

-      allocate(tracer2ndDer(nVertLevels))

-      allocate(tracersIn(nVertLevels),tracersOut(nVertLevels), &amp;

-            depthMid(nVertLevels), depthTop(nVertLevels+1))

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-

-         ! Here depth considers SSH to be depth=0.  We don't need to 

-         ! have true z-coordinate depths because it is just for interpolation.

-         depthTop(1) = 0.0

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)

-            depthMid(k  ) = depthTop(k) + 0.5*layerThickness(k,iCell)

-            depthTop(k+1) = depthTop(k) +     layerThickness(k,iCell)

-         enddo

-

-         do iTracer=1,num_tracers

-

-            ! Place data in arrays to avoid creating new temporary arrays for every 

-            ! subroutine call.  

-            tracersIn(1:maxLevelCell(iCell))=tracers(iTracer,1:maxLevelCell(iCell),iCell)

-

-            call mpas_cubic_spline_coefficients(depthMid, &amp;

-               tracersIn, maxLevelCell(iCell), tracer2ndDer)

-

-            call mpas_interpolate_cubic_spline( &amp;

-               depthMid, tracersIn, tracer2ndDer, maxLevelCell(iCell), &amp;

-               depthTop(2:maxLevelCell(iCell)), tracersOut, maxLevelCell(iCell)-1 )

-

-            tracerTop(itracer,1,iCell) = tracers(iTracer,1,iCell)

-            tracerTop(iTracer,2:maxLevelCell(iCell),iCell) = tracersOut(1:maxLevelCell(iCell)-1)

-            tracerTop(itracer,maxLevelCell(iCell)+1,iCell) = tracers(iTracer,maxLevelCell(iCell),iCell)

-         end do

-      end do

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)  

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tend(iTracer,k,iCell) = tend(iTracer,k,iCell) &amp;

-                  - (   vertTransportVelocityTop(k  ,iCell)*tracerTop(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                      - vertTransportVelocityTop(k+1,iCell)*tracerTop(iTracer,k+1,iCell))

-            end do

-         end do

-      end do

-

-      deallocate(tracer2ndDer)

-      deallocate(tracersIn,tracersOut, depthMid, depthTop)

-      deallocate(tracerTop)

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline3_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_spline3_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Doug Jacobsen

-!&gt; \date    16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  3rd order spline based vertical tracer advection in the ocean.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_spline3_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      err = 0

-

-      spline3On = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv_order.eq.3) then

-        spline3On = .true.

-      endif

-

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_spline3_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_spline3

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,201 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_stencil

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_stencil

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-   use mpas_timer

-

-   use ocn_tracer_vadv_stencil2

-   use ocn_tracer_vadv_stencil3

-   use ocn_tracer_vadv_stencil4

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_stencil_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_stencil_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   type (timer_node), pointer :: stencil2_timer, stencil3_timer, stencil4_timer

-

-   logical :: stencilOn

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracers

-!&gt;  based on current state and user choices of stencil based advection parameterization.

-!&gt;  Multiple parameterizations may be chosen and added together.  These

-!&gt;  tendencies are generally computed by calling the specific routine

-!&gt;  for the chosen parameterization, so this routine is primarily a

-!&gt;  driver for managing these choices.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         h, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: err1, err2, err3

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not. stencilOn) return

-

-      call mpas_timer_start(&quot;stencil 2&quot;, .false., stencil2_timer)

-      call ocn_tracer_vadv_stencil2_tend(grid, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err1)

-      call mpas_timer_stop(&quot;stencil 2&quot;, stencil2_timer)

-      call mpas_timer_start(&quot;stencil 3&quot;, .false., stencil3_timer)

-      call ocn_tracer_vadv_stencil3_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err2)

-      call mpas_timer_stop(&quot;stencil 3&quot;, stencil3_timer)

-      call mpas_timer_start(&quot;stencil 4&quot;, .false., stencil4_timer)

-      call ocn_tracer_vadv_stencil4_tend(grid, h, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err3)

-      call mpas_timer_stop(&quot;stencil 4&quot;, stencil4_timer)

-

-      err = ior(err1, ior(err2, err3))

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  stencil based vertical tracer advection in the ocean. Since a variety of 

-!&gt;  parameterizations are available, this routine primarily calls the

-!&gt;  individual init routines for each parameterization. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      integer :: err1, err2, err3

-

-      err = 0

-

-      stencilOn = .false.

-

-      if (config_vert_tracer_adv.eq.'stencil') then

-         stencilOn = .true.

-

-         call ocn_tracer_vadv_stencil2_init(err1)

-         call ocn_tracer_vadv_stencil3_init(err2)

-         call ocn_tracer_vadv_stencil4_init(err3)

-

-         err = ior(err1, ior(err2, err3))

-      endif

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_stencil

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil2.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,208 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_stencil2

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_stencil2

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_stencil2_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_stencil2_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: stencil2On

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil2_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection 2nd order stencil

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 2nd order stencil.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil2_tend(grid, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: nCellsSolve, iCell, k, iTracer, num_tracers, nVertLevels

-      integer :: nCells

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelCell

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), allocatable :: tracerTop

-

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.stencil2On) return

-

-      nCells = grid % nCells

-      nCellsSolve = grid % nCellsSolve

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-      nVertLevels = grid % nVertLevels

-      maxLevelCell =&gt; grid % maxLevelCell % array

-

-      allocate(tracerTop(num_tracers,nVertLevels+1,nCells))

-

-      ! Compute tracerTop using centered stencil, a simple average.

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         tracerTop(:,1,iCell) = tracers(:,1,iCell)

-         do k=2,maxLevelCell(iCell)

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  ( tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   +tracers(iTracer,k  ,iCell))/2.0

-            end do

-         end do

-        tracerTop(:,maxLevelCell(iCell)+1,iCell) = tracers(:,maxLevelCell(iCell),iCell)

-      end do

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)  

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tend(iTracer,k,iCell) = tend(iTracer,k,iCell) &amp;

-                  - (   vertTransportVelocityTop(k  ,iCell)*tracerTop(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                      - vertTransportVelocityTop(k+1,iCell)*tracerTop(iTracer,k+1,iCell))

-            end do

-         end do

-      end do

-

-      deallocate(tracerTop)

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil2_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil2_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  a 2nd order stencil based vertical tracer advection in the ocean.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil2_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      integer :: err1, err2, err3

-

-      err = 0

-      stencil2On = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv_order.eq.2) then

-          stencil2On = .true.

-      endif

-

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil2_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_stencil2

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil3.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,230 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_stencil3

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_stencil3

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_stencil3_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_stencil3_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: stencil3On

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil3_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection 3rd order stencil

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 3rd order stencil.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil3_tend(grid, layerThickness, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThickness, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: nCellsSolve, iCell, k, iTracer, num_tracers, nVertLevels

-      integer :: nCells

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelCell

-

-      real (kind=RKIND) :: cSignVertTransportVelocityTop, flux3Coef

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), allocatable :: tracerTop

-

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.stencil3On) return

-

-      nCells = grid % nCells

-      nCellsSolve = grid % nCellsSolve

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-      nVertLevels = grid % nVertLevels

-      maxLevelCell =&gt; grid % maxLevelCell % array

-

-      allocate(tracerTop(num_tracers,nVertLevels+1,nCells))

-

-      ! Compute tracerTop using 3rd order stencil.  This is the same

-      ! as 4th order, but includes upwinding.

-

-      ! Hardwire flux3Coeff at 1.0 for now.  Could add this to the 

-      ! namelist, if desired.

-      flux3Coef = 1.0

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         tracerTop(:,1,iCell) = tracers(:,1,iCell)

-         k=2

-         do iTracer=1,num_tracers

-            tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-               (  layerThickness(k,iCell)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                + layerThickness(k-1,iCell)*tracers(iTracer,k  ,iCell) ) &amp;

-               / (layerThickness(k-1,iCell) + layerThickness(k,iCell))   

-         end do

-         do k=3,maxLevelCell(iCell)-1

-            cSignVertTransportVelocityTop = sign(flux3Coef,vertTransportVelocityTop(k,iCell))

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  ( (-1.+   cSignVertTransportVelocityTop)*tracers(iTracer,k-2,iCell) &amp;

-                   +( 7.-3.*cSignVertTransportVelocityTop)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   +( 7.+3.*cSignVertTransportVelocityTop)*tracers(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                   +(-1.-   cSignVertTransportVelocityTop)*tracers(iTracer,k+1,iCell) &amp;

-                  )/12.

-            end do

-         end do

-         k=maxLevelCell(iCell)

-            do iTracer=1,num_tracers

-            tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-               (  layerThickness(k,iCell)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                + layerThickness(k-1,iCell)*tracers(iTracer,k  ,iCell) ) &amp;

-               / (layerThickness(k-1,iCell) + layerThickness(k,iCell))   

-            end do

-        tracerTop(:,maxLevelCell(iCell)+1,iCell) = tracers(:,maxLevelCell(iCell),iCell)

-      end do

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)  

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tend(iTracer,k,iCell) = tend(iTracer,k,iCell) &amp;

-                  - (   vertTransportVelocityTop(k  ,iCell)*tracerTop(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                      - vertTransportVelocityTop(k+1,iCell)*tracerTop(iTracer,k+1,iCell))

-            end do

-         end do

-      end do

-

-      deallocate(tracerTop)

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil3_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil3_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  3rd order stencil based vertical tracer advection in the ocean. 

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil3_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      err = 0

-      stencil3On = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv_order.eq.3) then

-          stencil3On = .true.

-      endif

-

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil3_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_stencil3

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


Deleted: branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.F        2013-04-17 20:45:58 UTC (rev 2763)

+++ branches/ocean_projects/variable_name_change/src/core_ocean/mpas_ocn_tracer_vadv_stencil4.F        2013-04-17 20:55:12 UTC (rev 2764)

@@ -1,225 +0,0 @@

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-!

-!  ocn_tracer_vadv_stencil4

-!

-!&gt; \brief MPAS ocean vertical tracer advection driver

-!&gt; \author Doug Jacobsen

-!&gt; \date   16 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id:$

-!&gt; \details

-!&gt;  This module contains the main driver routine for computing 

-!&gt;  vertical advection tendencies.  

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-module ocn_tracer_vadv_stencil4

-

-   use mpas_grid_types

-   use mpas_configure

-

-   implicit none

-   private

-   save

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public parameters

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Public member functions

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   public :: ocn_tracer_vadv_stencil4_tend, &amp;

-             ocn_tracer_vadv_stencil4_init

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-   !

-   ! Private module variables

-   !

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   logical :: stencil4On

-

-

-!***********************************************************************

-

-contains

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil4_tend

-!

-!&gt; \brief   Computes tendency term for vertical tracer advection 4th order stencil

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine computes the vertical advection tendency for tracer

-!&gt;  based on current state using a 4th order stencil.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil4_tend(grid, layerThickness, vertTransportVelocityTop, tracers, tend, err)!{{{

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: &amp;

-         layerThickness, &amp;    !&lt; Input: layer thickness

-         vertTransportVelocityTop    !&lt; Input: vertical tracer in top layer

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: &amp;

-         tracers     !&lt; Input: tracers

-

-      type (mesh_type), intent(in) :: &amp;

-         grid          !&lt; Input: grid information

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! input/output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(inout) :: &amp;

-         tend          !&lt; Input/Output: tracer tendency

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! output variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! local variables

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer :: nCellsSolve, iCell, k, iTracer, num_tracers, nVertLevels

-      integer :: nCells

-

-      integer, dimension(:), pointer :: maxLevelCell

-

-      real (kind=RKIND) :: flux3Coef

-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), allocatable :: tracerTop

-

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call relevant routines for computing tendencies

-      ! note that the user can choose multiple options and the 

-      !   tendencies will be added together

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      err = 0

-

-      if(.not.Stencil4On) return

-

-      nCells = grid % nCells

-      nCellsSolve = grid % nCellsSolve

-      num_tracers = size(tracers, 1)

-      nVertLevels = grid % nVertLevels

-      maxLevelCell =&gt; grid % maxLevelCell % array

-

-      allocate(tracerTop(num_tracers,nVertLevels+1,nCells))

-

-      ! Compute tracerTop using 4rd order stencil [-1 7 7 -1]

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         tracerTop(:,1,iCell) = tracers(:,1,iCell)

-         k=2

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  (  layerThickness(k  ,iCell)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   + layerThickness(k-1,iCell)*tracers(iTracer,k  ,iCell) ) &amp;

-                  / (layerThickness(k-1,iCell) + layerThickness(k,iCell))   

-            end do

-         do k=3,maxLevelCell(iCell)-1

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  (-   tracers(iTracer,k-2,iCell) &amp;

-                   +7.*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   +7.*tracers(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                   -   tracers(iTracer,k+1,iCell) &amp;

-                  )/12.

-            end do

-         end do

-         k=maxLevelCell(iCell)

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tracerTop(iTracer,k,iCell) = &amp;

-                  (  layerThickness(k  ,iCell)*tracers(iTracer,k-1,iCell) &amp;

-                   + layerThickness(k-1,iCell)*tracers(iTracer,k  ,iCell) ) &amp;

-                  / (layerThickness(k-1,iCell) + layerThickness(k,iCell))   

-            end do

-        tracerTop(:,maxLevelCell(iCell)+1,iCell) = tracers(:,maxLevelCell(iCell),iCell)

-      end do

-

-      do iCell=1,nCellsSolve 

-         do k=1,maxLevelCell(iCell)  

-            do iTracer=1,num_tracers

-               tend(iTracer,k,iCell) = tend(iTracer,k,iCell) &amp;

-                      - (   vertTransportVelocityTop(k  ,iCell)*tracerTop(iTracer,k  ,iCell) &amp;

-                      - vertTransportVelocityTop(k+1,iCell)*tracerTop(iTracer,k+1,iCell))

-            end do

-         end do

-      end do

-

-      deallocate(tracerTop)

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil4_tend!}}}

-

-!***********************************************************************

-!

-!  routine ocn_tracer_vadv_stencil4_init

-!

-!&gt; \brief   Initializes ocean tracer vertical advection quantities

-!&gt; \author  Phil Jones, Doug Jacobsen

-!&gt; \date    15 September 2011

-!&gt; \version SVN:$Id$

-!&gt; \details 

-!&gt;  This routine initializes a variety of quantities related to 

-!&gt;  4th order stencil based vertical tracer advection in the ocean.

-!

-!-----------------------------------------------------------------------

-

-   subroutine ocn_tracer_vadv_stencil4_init(err)!{{{

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-      !-----------------------------------------------------------------

-      !

-      ! call individual init routines for each parameterization

-      !

-      !-----------------------------------------------------------------

-

-      integer, intent(out) :: err !&lt; Output: error flag

-

-      err = 0

-      stencil4On = .false.

-

-      if(config_vert_tracer_adv_order.eq.4) then

-          stencil4On = .true.

-      endif

-

-

-   !--------------------------------------------------------------------

-

-   end subroutine ocn_tracer_vadv_stencil4_init!}}}

-

-!***********************************************************************

-

-end module ocn_tracer_vadv_stencil4

-

-!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

-! vim: foldmethod=marker


</font>

</pre>