<p><b>duda</b> 2013-03-21 17:40:44 -0600 (Thu, 21 Mar 2013)</p><p>BRANCH COMMIT<br>
<br>
Remove more unused variables from shared code as reported by gfortran.<br>
In some cases, unused subroutine arguments have also been removed, leading<br>
to changes in subroutine calls in some core-specific files.<br>
<br>
No change to results for non-hydrostatic atmosphere core.<br>
<br>
<br>
M    src/core_hyd_atmos/mpas_atmh_mpas_core.F<br>
M    src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_surface.F<br>
M    src/core_sw/mpas_sw_mpas_core.F<br>
M    src/driver/mpas_subdriver.F<br>
M    src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_mpas_core.F<br>
M    src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F<br>
M    src/framework/mpas_timer.F<br>
M    src/framework/mpas_block_decomp.F<br>
M    src/framework/mpas_hash.F<br>
M    src/framework/mpas_io_input.F<br>
M    src/framework/mpas_sort.F<br>
M    src/framework/mpas_io_output.F<br>
M    src/framework/mpas_timekeeping.F<br>
M    src/framework/mpas_dmpar.F<br>
M    src/framework/mpas_io_streams.F<br>
M    src/framework/mpas_io.F<br>
M    src/framework/mpas_block_creator.F<br>
M    src/operators/mpas_rbf_interpolation.F<br>
M    src/operators/mpas_spline_interpolation.F<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/atmos_physics/src/core_hyd_atmos/mpas_atmh_mpas_core.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_hyd_atmos/mpas_atmh_mpas_core.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/core_hyd_atmos/mpas_atmh_mpas_core.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -103,7 +103,7 @@
             call mpas_reset_clock_alarm(clock, outputAlarmID, ierr=ierr)
             ! output_frame will always be &gt; 1 here unless it was reset after the maximum number of frames per outfile was reached
             if(output_frame == 1) then
-               call mpas_output_state_finalize(output_obj, domain % dminfo)
+               call mpas_output_state_finalize(output_obj)
                call mpas_output_state_init(output_obj, domain, &quot;OUTPUT&quot;, trim(timeStamp)) 
             end if
             call atmh_write_output_frame(output_obj, output_frame, domain)
@@ -115,7 +115,7 @@
             ! Write one restart time per file
             call mpas_output_state_init(restart_obj, domain, &quot;RESTART&quot;, trim(timeStamp))
             call mpas_output_state_for_domain(restart_obj, domain, 1)
-            call mpas_output_state_finalize(restart_obj, domain % dminfo)
+            call mpas_output_state_finalize(restart_obj)
          end if
 
       end do

Modified: branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_surface.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_surface.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_surface.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -73,7 +73,7 @@
 
  enddo
 
- call mpas_output_state_finalize(sfc_update_obj, dminfo)
+ call mpas_output_state_finalize(sfc_update_obj)
       
  end subroutine init_atm_test_case_sfc
 

Modified: branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_mpas_core.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_mpas_core.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_mpas_core.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -294,7 +294,7 @@
             call mpas_reset_clock_alarm(clock, outputAlarmID, ierr=ierr)
             ! output_frame will always be &gt; 1 here unless it was reset after the maximum number of frames per outfile was reached
             if(output_frame == 1) then
-               call mpas_output_state_finalize(output_obj, domain % dminfo)
+               call mpas_output_state_finalize(output_obj)
                call mpas_output_state_init(output_obj, domain, &quot;OUTPUT&quot;, trim(timeStamp))
             end if
             call atm_write_output_frame(output_obj, output_frame, domain)
@@ -312,7 +312,7 @@
             ! Write one restart time per file
             call mpas_output_state_init(restart_obj, domain, &quot;RESTART&quot;, trim(timeStamp))
             call mpas_output_state_for_domain(restart_obj, domain, 1)
-            call mpas_output_state_finalize(restart_obj, domain % dminfo)
+            call mpas_output_state_finalize(restart_obj)
          end if
 
       end do
@@ -482,7 +482,7 @@
       type (domain_type), intent(inout) :: domain 
       integer :: ierr
 
-      if (config_sfc_update_interval /= &quot;none&quot;) call mpas_io_input_finalize(sfc_update_obj, domain % dminfo)
+      if (config_sfc_update_interval /= &quot;none&quot;) call mpas_io_input_finalize(sfc_update_obj)
 
       call mpas_destroy_clock(clock, ierr)
    

Modified: branches/atmos_physics/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -394,7 +394,7 @@
             ! output_frame will always be &gt; 1 here unless it was reset after the 
             ! maximum number of frames per outfile was reached.
             if(output_frame == 1) then
-               call mpas_output_state_finalize(output_obj, domain % dminfo)
+               call mpas_output_state_finalize(output_obj)
                call mpas_output_state_init(output_obj, domain, &quot;OUTPUT&quot;, trim(timeStamp))
             end if
 
@@ -419,7 +419,7 @@
             ! Write one restart time per file
             call mpas_output_state_init(restart_obj, domain, &quot;RESTART&quot;, trim(timeStamp))
             call mpas_output_state_for_domain(restart_obj, domain, 1)
-            call mpas_output_state_finalize(restart_obj, domain % dminfo)
+            call mpas_output_state_finalize(restart_obj)
          end if
 
       end do

Modified: branches/atmos_physics/src/core_sw/mpas_sw_mpas_core.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_sw/mpas_sw_mpas_core.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/core_sw/mpas_sw_mpas_core.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -199,7 +199,7 @@
             call mpas_reset_clock_alarm(clock, outputAlarmID, ierr=ierr)
             ! output_frame will always be &gt; 1 here unless it was reset after the maximum number of frames per outfile was reached
             if(output_frame == 1) then
-               call mpas_output_state_finalize(output_obj, domain % dminfo)
+               call mpas_output_state_finalize(output_obj)
                call mpas_output_state_init(output_obj, domain, &quot;OUTPUT&quot;, trim(timeStamp))
             end if
             call write_output_frame(output_obj, output_frame, domain)
@@ -211,7 +211,7 @@
             ! Write one restart time per file
             call mpas_output_state_init(restart_obj, domain, &quot;RESTART&quot;, trim(timeStamp))
             call mpas_output_state_for_domain(restart_obj, domain, 1)
-            call mpas_output_state_finalize(restart_obj, domain % dminfo)
+            call mpas_output_state_finalize(restart_obj)
          end if
 
       end do

Modified: branches/atmos_physics/src/driver/mpas_subdriver.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/driver/mpas_subdriver.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/driver/mpas_subdriver.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -17,7 +17,6 @@
  
       implicit none
 
-      real (kind=RKIND) :: dt
       character(len=StrKIND) :: timeStamp
 
       !
@@ -70,7 +69,7 @@
       !
       ! Finalize output streams
       !
-      call mpas_output_state_finalize(output_obj, domain % dminfo)
+      call mpas_output_state_finalize(output_obj)
 
 
       !

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_creator.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_creator.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_creator.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -54,7 +54,7 @@
      type (block_type), pointer :: blockCursor
      type (field1dInteger), pointer :: fieldCursor
  
-     integer :: i, iHalo
+     integer :: i
      integer :: nBlocks
  
      nBlocks = size(blockID)
@@ -143,10 +143,7 @@
 
      integer, dimension(:), pointer :: sendingHaloLayers
 
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
-
      integer :: nCellsInBlock, maxEdges, nHalos
-     integer :: i, iHalo
 
      nHalos = config_num_halos
 
@@ -282,15 +279,12 @@
 
      type (field0dInteger), pointer :: offSetCursor, edgeLimitCursor
      type (field1dInteger), pointer :: indexToCellCursor, indexToEdgeCursor, nEdgesCursor, haloCursor, nEdgesSolveCursor
-     type (field2dInteger), pointer :: edgesOnCellCursor, cellsOnEdgeCursor, cellsOnCellCursor
+     type (field2dInteger), pointer :: edgesOnCellCursor, cellsOnEdgeCursor
 
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
-
      integer, dimension(:), pointer :: localEdgeList
      integer, dimension(:), pointer :: sendingHaloLayers
      integer :: nEdgesLocal, nCellsInBlock, maxEdges, edgeDegree, nHalos
      integer :: haloStart
-     integer :: iBlock, i, j, k
 
      ! Setup sendingHaloLayers
      allocate(sendingHaloLayers(1))
@@ -508,10 +502,8 @@
 
      type (graph), pointer :: blockGraph, blockGraphWithHalo
 
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
-
      integer :: nHalos, nCellsInBlock, nCellsInHalo, maxEdges
-     integer :: iHalo, iBlock, i
+     integer :: iHalo
 
      nHalos = config_num_halos
      dminfo =&gt; indexToCellID % block % domain % dminfo
@@ -613,7 +605,7 @@
          blockGraph % adjacencyList(:,:) = cellsOnCellCursor % array(:,:)
 
          ! Determine all cell id's with the next halo added
-         call mpas_block_decomp_add_halo(dminfo, blockGraph, blockGraphWithHalo)
+         call mpas_block_decomp_add_halo(blockGraph, blockGraphWithHalo)
 
          ! Setup haloIndices
          haloCursor % dimSizes(1) = blockGraphWithHalo % nVerticesTotal - blockGraphWithHalo % nVertices
@@ -754,8 +746,7 @@
 !
 !-----------------------------------------------------------------------
 
-   subroutine mpas_block_creator_build_edge_halos(indexToCellID, nEdgesOnCell, nCellsSolve, edgesOnCell, indexToEdgeID, cellsOnEdge, nEdgesSolve)!{{{
-     type (field1dInteger), pointer :: indexToCellID !&lt; Input: indexToCellID field for all halos
+   subroutine mpas_block_creator_build_edge_halos(nEdgesOnCell, nCellsSolve, edgesOnCell, indexToEdgeID, cellsOnEdge, nEdgesSolve)!{{{
      type (field1dInteger), pointer :: nEdgesOnCell !&lt; Input: nEdgesOnCell field for all halos
      type (field1dInteger), pointer :: nCellsSolve !&lt; Input: nCellsSolve field for all halos
      type (field2dInteger), pointer :: edgesOnCell !&lt; Input/Output: edgesOnCell field for all halos
@@ -767,15 +758,15 @@
      type (field1dInteger), pointer :: haloIndices
 
      type (field0dInteger), pointer :: offSetCursor, edgeLimitCursor
-     type (field1dInteger), pointer :: indexToCellCursor, nEdgesCursor, nCellsSolveCursor, indexToEdgeCursor, nEdgesSolveCursor, haloCursor
+     type (field1dInteger), pointer :: nEdgesCursor, nCellsSolveCursor, indexToEdgeCursor, nEdgesSolveCursor, haloCursor
      type (field2dInteger), pointer :: edgesOnCellCursor, cellsOnEdgeCursor
 
      integer, dimension(:), pointer :: sendingHaloLayers
      integer, dimension(:), pointer :: array1dHolder, localEdgeList
      integer, dimension(:,:), pointer :: array2dHolder
 
-     integer :: iHalo, iBlock, i, j, k
-     integer :: nHalos, nBlocks, nCellsInBlock, nEdgesLocal, haloStart, haloEnd, haloSize
+     integer :: iHalo, iBlock, i, j
+     integer :: nHalos, nBlocks, nCellsInBlock, nEdgesLocal, haloSize
      integer :: maxEdges, edgeDegree
 
      type (hashtable), dimension(:), pointer :: edgeList

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_decomp.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_decomp.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_block_decomp.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -43,7 +43,7 @@
       integer, dimension(:), allocatable :: local_block_list
       integer, dimension(:,:), allocatable :: sorted_local_cell_list
 
-      integer :: i, j, global_block_id, local_block_id, owning_proc, iunit, istatus
+      integer :: i, global_block_id, local_block_id, owning_proc, iunit, istatus
       integer :: blocks_per_proc
       integer, dimension(:), pointer :: local_nvertices
       character (len=StrKIND) :: filename
@@ -334,11 +334,10 @@
 
    end subroutine mpas_block_decomp_all_edges_in_block!}}}
 
-   subroutine mpas_block_decomp_add_halo(dminfo, local_graph_info, local_graph_with_halo)!{{{
+   subroutine mpas_block_decomp_add_halo(local_graph_info, local_graph_with_halo)!{{{
 
       implicit none
 
-      type (dm_info), intent(in) :: dminfo
       type (graph), intent(in) :: local_graph_info
       type (graph), intent(out) :: local_graph_with_halo
 

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_dmpar.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_dmpar.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_dmpar.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -586,8 +586,8 @@
       type (dm_info), pointer :: dminfo
 
       integer :: i, j, k, kk, iBlock
-      integer :: totalSize, nMesgRecv, nMesgSend, recvNeighbor, sendNeighbor, currentProc, offset
-      integer :: totalSent, totalRecv
+      integer :: totalSize, nMesgRecv, nMesgSend, recvNeighbor, sendNeighbor, currentProc
+      integer :: totalSent
       integer, allocatable, dimension(:) :: numToSend, numToRecv
       integer, allocatable, dimension(:) :: ownedList, ownedListIndex, ownedBlock, neededList, neededListIndex, neededBlock
       integer, allocatable, dimension(:) :: offsetList, ownedLimitList
@@ -1132,13 +1132,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field1dInteger), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i
@@ -1412,13 +1411,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field2dInteger), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j
@@ -1693,13 +1691,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field3dInteger), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j, k
@@ -1981,13 +1978,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field1dReal), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i
@@ -2259,13 +2255,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field2dReal), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j
@@ -2541,13 +2536,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field3dReal), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j, k
@@ -2831,13 +2825,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field4dReal), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j, k, l
@@ -3129,13 +3122,12 @@
      integer, dimension(:), pointer, optional :: haloLayersIn
 
      type (field5dReal), pointer :: fieldInPtr, fieldOutPtr
-     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr, exchListPtr2
+     type (mpas_exchange_list), pointer :: exchListPtr
      type (mpas_communication_list), pointer :: sendList, recvList, commListPtr, commListPtr2
      type (dm_info), pointer :: dminfo
 
      logical :: comm_list_found
 
-     integer :: lastPackedIdx, lastUnpackedIdx, nPacked, nUnpacked
      integer :: nAdded, bufferOffset
      integer :: mpi_ierr
      integer :: iHalo, iBuffer, i, j, k, l, m

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_hash.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_hash.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_hash.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -70,7 +70,7 @@
      type (hashtable), intent(inout) :: h
  
      ! Local variables
-     integer :: hashval, i
+     integer :: hashval
      type (hashnode), pointer :: hn 
  
      hashval = mod(key, TABLESIZE) + 1  
@@ -100,7 +100,7 @@
       type (hashtable), intent(inout) :: h
   
       ! Local variables
-      integer :: hashval, i
+      integer :: hashval
       type (hashnode), pointer :: cursor 
   
       mpas_hash_search = .false.

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -1309,9 +1309,6 @@
       integer, intent(out) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      integer, dimension(1) :: start
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_int0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1330,8 +1327,6 @@
       integer, dimension(:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_int1d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1350,8 +1345,6 @@
       integer, dimension(:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_int2d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1370,8 +1363,6 @@
       integer, dimension(:,:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_int3d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1390,8 +1381,6 @@
       integer, dimension(:,:,:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_int4d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1410,9 +1399,6 @@
       real (kind=RKIND), intent(out) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      integer, dimension(1) :: start
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1431,8 +1417,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real1d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1451,8 +1435,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real2d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1471,8 +1453,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real3d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1491,8 +1471,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real4d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1511,8 +1489,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:,:,:), intent(out) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_real5d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1531,8 +1507,6 @@
       character (len=*), intent(out) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_get_var_char0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1695,9 +1669,6 @@
       integer, intent(in) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      integer, dimension(1) :: start
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_int0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1716,8 +1687,6 @@
       integer, dimension(:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_int1d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1736,8 +1705,6 @@
       integer, dimension(:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_int2d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1756,8 +1723,6 @@
       integer, dimension(:,:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_int3d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1776,8 +1741,6 @@
       integer, dimension(:,:,:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_int4d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1796,9 +1759,6 @@
       real (kind=RKIND), intent(in) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      integer, dimension(1) :: start
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1817,8 +1777,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real1d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1837,8 +1795,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real2d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1857,8 +1813,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real3d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1877,8 +1831,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real4d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1897,8 +1849,6 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:,:,:), intent(in) :: array
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
 
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_real5d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
@@ -1917,9 +1867,6 @@
       character (len=*), intent(in) :: val
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
-      integer :: pio_ierr
-      type (fieldlist_type), pointer :: field_cursor
-
 !      write(0,*) 'Called MPAS_io_put_var_char0d()'
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_IO_NOERR
 

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_input.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_input.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_input.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -42,7 +42,6 @@
       type (block_type), pointer :: block_ptr
       type (block_type), pointer :: readingBlock
    
-      integer :: i, j, k
       type (io_input_object) :: input_obj
 #include &quot;dim_decls.inc&quot;
 
@@ -50,7 +49,6 @@
       real (kind=RKIND) :: r_sphere_radius
 
       integer :: ierr
-      integer, dimension(:), pointer :: readIndices
       type (MPAS_IO_Handle_type) :: inputHandle
    
       type (field1dInteger), pointer :: indexToCellIDField
@@ -63,12 +61,12 @@
       type (field2dInteger), pointer :: cellsOnEdgeField
       type (field2dInteger), pointer :: cellsOnVertexField
 
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
       type (field1dReal), pointer :: xCellField,   yCellField,   zCellField
       type (field1dReal), pointer :: xEdgeField,   yEdgeField,   zEdgeField
       type (field1dReal), pointer :: xVertexField, yVertexField, zVertexField
+#endif
 
-      type (field1DChar) :: xtime
-
       type (field1dInteger), pointer :: nCellsSolveField
       type (field1dInteger), pointer :: nVerticesSolveField
       type (field1dInteger), pointer :: nEdgesSolveField
@@ -85,9 +83,11 @@
       type (field1DInteger), pointer :: indexToEdgeID_Block
       type (field2DInteger), pointer :: cellsOnEdge_Block
 
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
       type (field1DReal), pointer :: xCell, yCell, zCell
       type (field1DReal), pointer :: xEdge, yEdge, zEdge
       type (field1DReal), pointer :: xVertex, yVertex, zVertex
+#endif
    
       integer, dimension(:), pointer :: local_cell_list
       integer, dimension(:), pointer :: block_id, block_start, block_count
@@ -165,13 +165,23 @@
       !   which cells/edges/vertices are owned by each block, and which are ghost
       !
 
-      call mpas_io_setup_cell_block_fields(inputHandle, nreadCells, readCellStart, readingBlock, maxEdges, indexTocellIDField, xCellField, &amp;
-                                           yCellField, zCellField, nEdgesOnCellField, cellsOnCellField, edgesOnCellField, verticesOnCellField)
+      call mpas_io_setup_cell_block_fields(inputHandle, nreadCells, readCellStart, readingBlock, maxEdges, indexTocellIDField, &amp;
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                           xCellField, yCellField, zCellField, &amp;
+#endif
+                                           nEdgesOnCellField, cellsOnCellField, edgesOnCellField, verticesOnCellField)
 
-      call mpas_io_setup_edge_block_fields(inputHandle, nReadEdges, readEdgeStart, readingBlock, indexToEdgeIDField, xEdgeField, yEdgeField, zEdgeField, cellsOnEdgeField)
+      call mpas_io_setup_edge_block_fields(inputHandle, nReadEdges, readEdgeStart, readingBlock, indexToEdgeIDField, &amp;
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                           xEdgeField, yEdgeField, zEdgeField, &amp;
+#endif
+                                           cellsOnEdgeField)
 
       call mpas_io_setup_vertex_block_fields(inputHandle, nReadVertices, readVertexStart, readingBlock, vertexDegree, indexToVertexIDField, &amp;
-                                             xVertexField, yVertexField, zVertexField, cellsOnVertexField)
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                             xVertexField, yVertexField, zVertexField, &amp;
+#endif
+                                             cellsOnVertexField)
       !
       ! Set up a graph derived data type describing the connectivity for the cells 
       !   that were read by this process
@@ -211,8 +221,8 @@
 
       call mpas_block_creator_build_cell_halos(indexToCellID_Block, nEdgesOnCell_Block, cellsOnCell_Block, verticesOnCell_Block, edgesOnCell_Block, nCellsSolveField)
 
-      call mpas_block_creator_build_edge_halos(indexToCellID_Block, nEdgesOnCell_Block, nCellsSolveField, edgesOnCell_Block, indexToEdgeID_Block, cellsOnEdge_Block, nEdgesSolveField)
-      call mpas_block_creator_build_edge_halos(indexToCellID_Block, nEdgesOnCell_Block, nCellsSolveField, verticesOnCell_Block, indexToVertexID_Block, cellsOnVertex_Block, nVerticesSolveField)
+      call mpas_block_creator_build_edge_halos(nEdgesOnCell_Block, nCellsSolveField, edgesOnCell_Block, indexToEdgeID_Block, cellsOnEdge_Block, nEdgesSolveField)
+      call mpas_block_creator_build_edge_halos(nEdgesOnCell_Block, nCellsSolveField, verticesOnCell_Block, indexToVertexID_Block, cellsOnVertex_Block, nVerticesSolveField)
 
 
      ! Allocate blocks, and copy indexTo arrays into blocks
@@ -292,7 +302,7 @@
       !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 
       call mpas_read_and_distribute_fields(input_obj)
 
-      call mpas_io_input_finalize(input_obj, domain % dminfo)
+      call mpas_io_input_finalize(input_obj)
 
       call MPAS_io_close(inputHandle, ierr)
 
@@ -564,42 +574,42 @@
 
    end subroutine mpas_io_input_init!}}}
 
-   subroutine mpas_io_input_get_dimension(input_obj, dimname, dimsize)!{{{
+!   subroutine mpas_io_input_get_dimension(input_obj, dimname, dimsize)!{{{
+!
+!      implicit none
+!
+!      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
+!      character (len=*), intent(in) :: dimname
+!      integer, intent(out) :: dimsize
+!
+!!include &quot;get_dimension_by_name.inc&quot;
+!
+!   end subroutine mpas_io_input_get_dimension!}}}
+!
+!   subroutine mpas_io_input_get_att_real(input_obj, attname, attvalue)!{{{
+!      
+!      implicit none
+!
+!      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
+!      character (len=*), intent(in) :: attname
+!      real (kind=RKIND), intent(out) :: attvalue
+!
+!      integer :: nferr
+!
+!   end subroutine mpas_io_input_get_att_real!}}}
+!
+!   subroutine mpas_io_input_get_att_text(input_obj, attname, attvalue)!{{{
+!      
+!      implicit none
+!
+!      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
+!      character (len=*), intent(in) :: attname
+!      character (len=*), intent(out) :: attvalue
+!
+!      integer :: nferr
+!
+!   end subroutine mpas_io_input_get_att_text!}}}
 
-      implicit none
-
-      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
-      character (len=*), intent(in) :: dimname
-      integer, intent(out) :: dimsize
-
-!include &quot;get_dimension_by_name.inc&quot;
-
-   end subroutine mpas_io_input_get_dimension!}}}
-
-   subroutine mpas_io_input_get_att_real(input_obj, attname, attvalue)!{{{
-      
-      implicit none
-
-      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
-      character (len=*), intent(in) :: attname
-      real (kind=RKIND), intent(out) :: attvalue
-
-      integer :: nferr
-
-   end subroutine mpas_io_input_get_att_real!}}}
-
-   subroutine mpas_io_input_get_att_text(input_obj, attname, attvalue)!{{{
-      
-      implicit none
-
-      type (io_input_object), intent(in) :: input_obj
-      character (len=*), intent(in) :: attname
-      character (len=*), intent(out) :: attvalue
-
-      integer :: nferr
-
-   end subroutine mpas_io_input_get_att_text!}}}
-
    subroutine mpas_exch_input_field_halos(domain, input_obj)!{{{
 
       implicit none
@@ -613,12 +623,11 @@
 
    end subroutine mpas_exch_input_field_halos!}}}
 
-   subroutine mpas_io_input_finalize(input_obj, dminfo)!{{{
+   subroutine mpas_io_input_finalize(input_obj)!{{{
  
       implicit none
  
       type (io_input_object), intent(inout) :: input_obj
-      type (dm_info), intent(in) :: dminfo
 
       integer :: nferr
  
@@ -626,16 +635,22 @@
  
    end subroutine mpas_io_input_finalize!}}}
 
-   subroutine mpas_io_setup_cell_block_fields(inputHandle, nReadCells, readCellStart, readingBlock, maxEdges, indexToCellID, xCell, yCell, zCell, nEdgesOnCell, cellsOnCell, edgesOnCell, verticesOnCell)!{{{
+   subroutine mpas_io_setup_cell_block_fields(inputHandle, nReadCells, readCellStart, readingBlock, maxEdges, indexToCellID, &amp;
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                              xCell, yCell, zCell, &amp;
+#endif
+                                              nEdgesOnCell, cellsOnCell, edgesOnCell, verticesOnCell)!{{{
      type (MPAS_IO_Handle_type) :: inputHandle
      integer, intent(in) :: nReadCells
      integer, intent(in) :: readCellStart
      integer, intent(in) :: maxEdges
      type (block_type), pointer :: readingBlock
      type (field1dInteger), pointer :: indexToCellID
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
      type (field1dReal), pointer :: xCell
      type (field1dReal), pointer :: yCell
      type (field1dReal), pointer :: zCell
+#endif
      type (field1dInteger), pointer :: nEdgesOnCell
      type (field2dInteger), pointer :: cellsOnCell
      type (field2dInteger), pointer :: edgesOnCell
@@ -808,15 +823,21 @@
    
    end subroutine mpas_io_setup_cell_block_fields!}}}
 
-   subroutine mpas_io_setup_edge_block_fields(inputHandle, nReadEdges, readEdgeStart, readingBlock, indexToEdgeID, xEdge, yEdge, zEdge, cellsOnEdge)!{{{
+   subroutine mpas_io_setup_edge_block_fields(inputHandle, nReadEdges, readEdgeStart, readingBlock, indexToEdgeID, &amp;
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                              xEdge, yEdge, zEdge, &amp;
+#endif
+                                              cellsOnEdge)!{{{
      type (MPAS_IO_Handle_type) :: inputHandle
      integer, intent(in) :: nReadEdges
      integer, intent(in) :: readEdgeStart
      type (block_type), pointer :: readingBlock
      type (field1dInteger), pointer :: indexToEdgeID
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
      type (field1dReal), pointer :: xEdge
      type (field1dReal), pointer :: yEdge
      type (field1dReal), pointer :: zEdge
+#endif
      type (field2dInteger), pointer :: cellsOnEdge
 
      integer :: i, nHalos
@@ -934,16 +955,22 @@
    
    end subroutine mpas_io_setup_edge_block_fields!}}}
 
-   subroutine mpas_io_setup_vertex_block_fields(inputHandle, nReadVertices, readVertexStart, readingBlock, vertexDegree, indexToVertexID, xVertex, yVertex, zVertex, cellsOnVertex)!{{{
+   subroutine mpas_io_setup_vertex_block_fields(inputHandle, nReadVertices, readVertexStart, readingBlock, vertexDegree, indexToVertexID, &amp;
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
+                                                xVertex, yVertex, zVertex, &amp;
+#endif
+                                                cellsOnVertex)!{{{
      type (MPAS_IO_Handle_type) :: inputHandle
      integer, intent(in) :: nReadVertices
      integer, intent(in) :: readVertexStart
      integer, intent(in) :: vertexDegree
      type (block_type), pointer :: readingBlock
      type (field1dInteger), pointer :: indexToVertexID
+#ifdef HAVE_ZOLTAN
      type (field1dReal), pointer :: xVertex
      type (field1dReal), pointer :: yVertex
      type (field1dReal), pointer :: zVertex
+#endif
      type (field2dInteger), pointer :: cellsOnVertex
 
      integer :: i, nHalos

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_output.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_output.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_output.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -64,9 +64,7 @@
       ! For now, we assume that a domain consists only of one block,
       !   although in future, work needs to be done to write model state
       !   from many distributed blocks
-      call mpas_io_output_init(domain, output_obj, domain % dminfo, &amp;
-                          block_ptr % mesh &amp;
-                         )
+      call mpas_io_output_init(domain, output_obj, block_ptr % mesh)
 
    end subroutine mpas_output_state_init!}}}
 
@@ -318,19 +316,17 @@
 
    end subroutine mpas_output_state_for_domain!}}}
 
-   subroutine mpas_output_state_finalize(output_obj, dminfo)!{{{
+   subroutine mpas_output_state_finalize(output_obj)!{{{
 
       implicit none
 
       type (io_output_object), intent(inout) :: output_obj
-      type (dm_info), intent(in) :: dminfo
 
-      call mpas_io_output_finalize(output_obj, dminfo)
+      call mpas_io_output_finalize(output_obj)
 
    end subroutine mpas_output_state_finalize!}}}
 
    subroutine mpas_io_output_init( domain, output_obj, &amp;!{{{
-                              dminfo, &amp;
                               mesh &amp;
                             )
  
@@ -338,11 +334,9 @@
  
       type (domain_type), intent(in) :: domain
       type (io_output_object), intent(inout) :: output_obj
-      type (dm_info), intent(in) :: dminfo
       type (mesh_type), intent(in) :: mesh
  
       integer :: nferr, ierr
-      integer, dimension(10) :: dimlist
  
       call MPAS_createStream(output_obj % io_stream, trim(output_obj % filename), MPAS_IO_PNETCDF, MPAS_IO_WRITE, 1, nferr)
 
@@ -359,12 +353,11 @@
  
    end subroutine mpas_io_output_init!}}}
 
-   subroutine mpas_io_output_finalize(output_obj, dminfo)!{{{
+   subroutine mpas_io_output_finalize(output_obj)!{{{
  
       implicit none
  
       type (io_output_object), intent(inout) :: output_obj
-      type (dm_info), intent(in) :: dminfo
  
       integer :: nferr
  

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_streams.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_streams.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_io_streams.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -256,16 +256,13 @@
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
       integer :: io_err
-      integer :: i
       integer :: idim
       integer :: totalDimSize, globalDimSize
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
-      type (field0dInteger), pointer :: field_ptr
       character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNames
       integer, dimension(:), pointer :: indices
       integer, dimension(:), pointer :: dimSizes
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
 
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_STREAM_NOERR
@@ -340,12 +337,9 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field1dInteger), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       character (len=StrKIND), dimension(0) :: dimNames0
       integer, dimension(0) :: dimSizes0
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -441,10 +435,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field2dInteger), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -540,10 +531,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field3dInteger), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -632,16 +620,13 @@
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
       integer :: io_err
-      integer :: i
       integer :: idim
       integer :: totalDimSize, globalDimSize
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
-      type (field0dReal), pointer :: field_ptr
       character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNames
       integer, dimension(:), pointer :: indices
       integer, dimension(:), pointer :: dimSizes
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
 
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_STREAM_NOERR
@@ -716,12 +701,9 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field1dReal), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       character (len=StrKIND), dimension(0) :: dimNames0
       integer, dimension(0) :: dimSizes0
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -817,10 +799,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field2dReal), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -916,10 +895,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field3dReal), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -1017,10 +993,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field4dReal), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -1118,10 +1091,7 @@
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
       type (field5dReal), pointer :: field_ptr
-      character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
       logical :: any_success
       logical, dimension(:), pointer :: isAvailable
@@ -1218,12 +1188,9 @@
       integer :: totalDimSize, globalDimSize
       logical :: isDecomposed
       integer :: ndims
-      type (field0dChar), pointer :: field_ptr
       character (len=StrKIND), dimension(5) :: dimNames
-      character (len=StrKIND), dimension(:), pointer :: dimNamesInq
       integer, dimension(:), pointer :: dimSizes
       integer, dimension(:), pointer :: indices
-      type (field_list_type), pointer :: field_list_cursor
       type (field_list_type), pointer :: new_field_list_node
 
       if (present(ierr)) ierr = MPAS_STREAM_NOERR
@@ -1524,7 +1491,6 @@
       type (field4dReal), pointer :: field_4dreal_ptr
       type (field5dReal), pointer :: field_5dreal_ptr
       type (field0dChar), pointer :: field_0dchar_ptr
-      type (field1dChar), pointer :: field_1dchar_ptr
       type (field_list_type), pointer :: field_cursor
       integer                            :: int0d_temp
       integer, dimension(:),     pointer :: int1d_temp
@@ -2311,16 +2277,12 @@
       integer :: i, j
       integer :: ncons
       integer :: ownedSize
-      type (field0dInteger), pointer :: field_0dint_ptr
       type (field1dInteger), pointer :: field_1dint_ptr
       type (field2dInteger), pointer :: field_2dint_ptr
       type (field3dInteger), pointer :: field_3dint_ptr
-      type (field0dReal), pointer :: field_0dreal_ptr
       type (field1dReal), pointer :: field_1dreal_ptr
       type (field2dReal), pointer :: field_2dreal_ptr
       type (field3dReal), pointer :: field_3dreal_ptr
-      type (field0dChar), pointer :: field_0dchar_ptr
-      type (field1dChar), pointer :: field_1dchar_ptr
       type (field_list_type), pointer :: field_cursor
       integer                            :: int0d_temp
       integer, dimension(:),     pointer :: int1d_temp

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_sort.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_sort.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_sort.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -80,7 +80,7 @@
       integer, intent(in) :: nArray
       integer, dimension(nArray), intent(inout) :: array
 
-      integer :: i, j, top, l, r, pivot, s
+      integer :: i, top, l, r, pivot, s
       integer :: pivot_value
       integer, dimension(1) :: temp
       integer, dimension(1000) :: lstack, rstack
@@ -142,7 +142,7 @@
       integer, intent(in) :: nArray
       real (kind=RKIND), dimension(nArray), intent(inout) :: array
 
-      integer :: i, j, top, l, r, pivot, s
+      integer :: i, top, l, r, pivot, s
       real (kind=RKIND) :: pivot_value
       real (kind=RKIND), dimension(1) :: temp
       integer, dimension(1000) :: lstack, rstack
@@ -204,7 +204,7 @@
       integer, intent(in) :: nArray
       integer, dimension(2,nArray), intent(inout) :: array
 
-      integer :: i, j, top, l, r, pivot, s
+      integer :: i, top, l, r, pivot, s
       integer :: pivot_value
       integer, dimension(2) :: temp
       integer, dimension(1000) :: lstack, rstack
@@ -272,7 +272,7 @@
       integer, intent(in) :: nArray
       real (kind=RKIND), dimension(2,nArray), intent(inout) :: array
 
-      integer :: i, j, top, l, r, pivot, s
+      integer :: i, top, l, r, pivot, s
       real (kind=RKIND) :: pivot_value
       real (kind=RKIND), dimension(2) :: temp
       integer, dimension(1000) :: lstack, rstack

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timekeeping.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timekeeping.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timekeeping.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -523,8 +523,6 @@
 
       type (MPAS_Alarm_type), pointer :: alarmPtr
 
-      type (MPAS_TimeInterval_type) :: alarmTimeInterval
-      type (MPAS_Time_type) :: alarmTime
       character (len=StrKIND) :: printString
 
       ierr = 0
@@ -735,7 +733,6 @@
       type (MPAS_Time_type) :: previousRingTime
       type (MPAS_Time_type) :: negativeNeighborRingTime
       type (MPAS_Time_type) :: positiveNeighborRingTime
-      type (MPAS_TimeInterval_type) :: ringTimeInterval 
       type (MPAS_Alarm_type), pointer :: alarmPtr
 
       now = mpas_get_clock_time(clock, MPAS_NOW, ierr)
@@ -993,7 +990,7 @@
       integer, intent(out), optional :: ierr
 
       integer, parameter :: integerMaxDigits = 8
-      integer :: days, hours, minutes, seconds
+!      integer :: days, hours, minutes, seconds
       integer :: numerator, denominator, denominatorPower
       type (MPAS_TimeInterval_type) :: zeroInterval
 

Modified: branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timer.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timer.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/framework/mpas_timer.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -41,10 +41,15 @@
           logical, optional, intent(in) :: clear_timer !&lt; Input: flag to clear timer
           type (timer_node), optional, pointer :: timer_ptr !&lt; Output: pointer to store timer in module
 
-          logical :: timer_added, timer_found, string_equal, check_flag
-          type (timer_node), pointer :: current, temp
-
+          logical :: timer_added, timer_found, string_equal
+          type (timer_node), pointer :: current
+#ifdef _PAPI
+          logical :: check_flag
+#else
+#ifndef _MPI
           integer :: clock, hz, usecs
+#endif
+#endif
 
 #ifdef MPAS_TAU 
           call tau_start(timer_name)
@@ -172,8 +177,15 @@
           type (timer_node), pointer :: current
           
           real (kind=RKIND) :: time_temp
-          logical :: timer_found, string_equal, check_flag
-          integer :: clock, hz, usecs
+          logical :: timer_found, string_equal
+#ifdef _PAPI
+          logical :: check_flag
+          integer :: usecs
+#else
+#ifndef _MPI
+          integer :: clock, hz
+#endif
+#endif
 
 #ifdef MPAS_TAU 
           call tau_stop(timer_name)

Modified: branches/atmos_physics/src/operators/mpas_rbf_interpolation.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/operators/mpas_rbf_interpolation.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/operators/mpas_rbf_interpolation.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -116,7 +116,7 @@
 
     integer :: nCells, nEdges
     integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge, edgesOnCell
-    integer :: iEdge, iCell, cell1, cell2
+    integer :: iEdge, iCell
     real(kind=RKIND), dimension(:), pointer :: xCell, yCell, zCell, xEdge, yEdge, zEdge
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: localVerticalUnitVectors, edgeNormalVectors
     real(kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: cellTangentPlane
@@ -476,7 +476,7 @@
     real(kind=RKIND), intent(in) :: alpha
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix
@@ -554,7 +554,7 @@
     real(kind=RKIND), dimension(2,3) :: planeBasisVectors
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix
@@ -630,7 +630,7 @@
     real(kind=RKIND), intent(in) :: alpha
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix
@@ -717,7 +717,7 @@
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: &amp;
       dirichletCoefficients, neumannCoefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix, neumannMatrix
@@ -825,7 +825,7 @@
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: &amp;
       dirichletCoefficients, neumannCoefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix, neumannMatrix
@@ -936,7 +936,7 @@
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount), intent(out) :: &amp;
       dirichletCoefficients, neumannCoefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: dirichletMatrix, neumannMatrix
@@ -1037,7 +1037,7 @@
     real(kind=RKIND), intent(in) :: alpha
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount, 3), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: matrix, matrixCopy
@@ -1128,11 +1128,9 @@
     real(kind=RKIND), dimension(2,3) :: planeBasisVectors
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount, 3), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
-    real(kind=RKIND) :: rSquared, rbfValue, unitVectorDotProduct
-
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount,2) :: planarSourcePoints
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount,2) :: planarUnitVectors
     real(kind=RKIND), dimension(2) :: planarDestinationPoint
@@ -1241,7 +1239,7 @@
     real(kind=RKIND), intent(in) :: alpha
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount, 3), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: matrix, matrixCopy
@@ -1343,7 +1341,7 @@
     real(kind=RKIND), dimension(2,3), intent(in) :: planeBasisVectors
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount, 3), intent(out) :: coefficients
 
-    integer :: i, j
+    integer :: i
     integer :: matrixSize
 
     real(kind=RKIND), dimension(pointCount,2) :: planarSourcePoints

Modified: branches/atmos_physics/src/operators/mpas_spline_interpolation.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/operators/mpas_spline_interpolation.F        2013-03-21 23:27:43 UTC (rev 2653)
+++ branches/atmos_physics/src/operators/mpas_spline_interpolation.F        2013-03-21 23:40:44 UTC (rev 2654)
@@ -170,7 +170,7 @@
 
 !  local variables:
   
-  integer :: i,j,k
+  integer :: j
   real(kind=RKIND) :: h,h2, A2,B2, F1,F2, eps1
 
   if (x1&lt;x(1).or.x2&gt;x(n).or.x1&gt;x2) then
@@ -252,7 +252,7 @@
 
 !  local variables:
 
-  integer :: i,j,k
+  integer :: j,k
   real(kind=RKIND) :: h,h2, A2,B2, F1,F2, eps1
 
   y_integral = 0.0

</font>
</pre>