<p><b>mpetersen@lanl.gov</b> 2013-03-13 11:34:18 -0600 (Wed, 13 Mar 2013)</p><p>ocean user's guide: Added troubleshooting section.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: trunk/documents/users_guide/ocean/core_intro.tex
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--- trunk/documents/users_guide/ocean/core_intro.tex        2013-03-13 17:04:50 UTC (rev 2600)
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@@ -72,7 +72,8 @@
 ${\bf v}$ &amp; 3D velocity   &amp; - \\
 $w$ &amp; vertical transport &amp; cell  &amp; top of layer in vertical \\
 $z$ &amp; vertical coordinate &amp; - &amp; positive upward \\
-$z^{s}$ &amp; sea surface location &amp; cell \\
+$z^{mid}$ &amp; z-location of middle of layer &amp; cell \\
+$z^{s}$ &amp; z-location of sea surface  &amp; cell \\
 \hline 
 \end{tabular} \label{oceanTable:variables} 
 \end{table}

Modified: trunk/documents/users_guide/ocean/troubleshooting.tex
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@@ -1,4 +1,22 @@
 \chapter{Troubleshooting}
 \label{chap:troubleshooting}
 
+\section{Choice of time step}
 
+{\bf Symptoms:} ``Abort: NaN detected'' appears in log.0000.err file.
+\\ \\
+{\bf Possible cause:} Time step is too short
+\\ \\
+{\bf Remedy:}  Lengthen time step.  
+\\ \\
+{\bf Discission:}  The time step must be short enough that the CFL criterion is not violated.  The minimum timestep varies based on resolution, viscosity, diffusion, forcing, and the resulting dynamics.  The simulations presented in \citet{Ringler_ea13om} used a 600s split explicit timestep for the global 15km mesh, and 360s for a global mesh with 7.5km regions.  On a 120km global mesh, we typically use a 3000s for split explicit and 500s for fourth-order Runge-Kutta.  These timesteps may need adjustment for your choice of turbulence closure and parameter values.
+
+\section{Choice of NetCDF library}
+
+{\bf Symptoms:} ``Error opening input file 'grid.nc' '' (or similar input file) appears in log.0000.err file, even though the input file is available in the run directory.
+\\ \\
+{\bf Possible cause:} Older NetCDF libraries are sometimes incompatible with PIO libraries.  We sometimes see this with NetCDF version 3.6.3 and PIO 1.4.0.
+\\ \\
+{\bf Remedy:}  Use a newer version of NetCDF.  We have solved the problem by moving to version 4.1.3.
+
+

</font>
</pre>