<p><b>mpetersen@lanl.gov</b> 2013-03-13 15:56:17 -0600 (Wed, 13 Mar 2013)</p><p>ocean user's guide: some updates after conference call.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex
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--- trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex        2013-03-13 20:29:02 UTC (rev 2608)
+++ trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex        2013-03-13 21:56:17 UTC (rev 2609)
@@ -51,7 +51,7 @@
 
 \part{The MPAS Framework}
 \input{shared/mpas_build_instructions.tex}
-\input{shared/mpas_grid_information.tex}
+\input{shared/mpas_grid_description.tex}
 \input{shared/mpas_visualization.tex}
 
 \part{MPAS-Ocean}

Modified: trunk/documents/users_guide/ocean/troubleshooting.tex
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--- trunk/documents/users_guide/ocean/troubleshooting.tex        2013-03-13 20:29:02 UTC (rev 2608)
+++ trunk/documents/users_guide/ocean/troubleshooting.tex        2013-03-13 21:56:17 UTC (rev 2609)
@@ -5,18 +5,11 @@
 
 {\bf Symptoms:} ``Abort: NaN detected'' appears in log.0000.err file.
 \\ \\
-{\bf Possible cause:} Time step is too short
+{\bf Possible cause:} Time step is too long.
 \\ \\
-{\bf Remedy:}  Lengthen time step.  
+{\bf Remedy:}  Shorten time step.  
 \\ \\
 {\bf Discission:}  The time step must be short enough that the CFL criterion is not violated.  The minimum timestep varies based on resolution, viscosity, diffusion, forcing, and the resulting dynamics.  The simulations presented in \citet{Ringler_ea13om} used a 600s split explicit timestep for the global 15km mesh, and 360s for a global mesh with 7.5km regions.  On a 120km global mesh, we typically use a 3000s for split explicit and 500s for fourth-order Runge-Kutta.  These timesteps may need adjustment for your choice of turbulence closure and parameter values.
 
-\section{Choice of NetCDF library}
 
-{\bf Symptoms:} ``Error opening input file 'grid.nc' '' (or similar input file) appears in log.0000.err file, even though the input file is available in the run directory.
-\\ \\
-{\bf Possible cause:} Older NetCDF libraries are sometimes incompatible with PIO libraries.  We sometimes see this with NetCDF version 3.6.3 and PIO 1.4.0.
-\\ \\
-{\bf Remedy:}  Use a newer version of NetCDF.  We have solved the problem by moving to version 4.1.3.
 
-

Added: trunk/documents/users_guide/shared/mpas_grid_description.tex
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--- trunk/documents/users_guide/shared/mpas_grid_description.tex                                (rev 0)
+++ trunk/documents/users_guide/shared/mpas_grid_description.tex        2013-03-13 21:56:17 UTC (rev 2609)
@@ -0,0 +1,4 @@
+\chapter{Grid Description}
+
+{\color{red} TBA: Todd, add a description of the grid that is general to all cores.  This could include a description of Voronoi tesselations and cells, edges, and vertices.}
+

Modified: trunk/documents/users_guide/shared/mpas_visualization.tex
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--- trunk/documents/users_guide/shared/mpas_visualization.tex        2013-03-13 20:29:02 UTC (rev 2608)
+++ trunk/documents/users_guide/shared/mpas_visualization.tex        2013-03-13 21:56:17 UTC (rev 2609)
@@ -2,7 +2,7 @@
 % Plotting model output
 %--------------------------------------------------------------------------------------------
 
-\chapter{Plotting model output}
+\chapter{Visualization}
 
 Since the MPAS input and output files are in netCDF format, a wide variety of software
 tools may be used to manipulate and visualize fields in these files. As a starting point, several NCL \footnote{NCAR Command Language; \url{http://ncl.ucar.edu}}
@@ -37,7 +37,7 @@
 \section{Meshes}
 
 A plot showing just an MPAS SCVT mesh can be produced using the {\tt atm\_mesh.ncl} script, as in Figure \ref{fig:ncl_plots}(a). This script
-reads a subset of the mesh description fields in Appendix \ref{sec:mesh_fields} and uses this information to draw the SCVT mesh over a 
+reads a subset of the mesh description fields in Appendix \ref{sec:var_sec_mesh} and uses this information to draw the SCVT mesh over a 
 color-filled map background. Parameters in the script can be used to control the type of map projection (e.g., orthographic, cylindrical equidistant, etc.), 
 the colors used to fill land and water points, and the widths of lines used for the Voronoi cells.
 

</font>
</pre>