<p><b>mpetersen@lanl.gov</b> 2013-03-07 09:08:30 -0700 (Thu, 07 Mar 2013)</p><p>User's guide: add bibliography<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: trunk/documents/users_guide/Makefile
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/Makefile        2013-03-06 19:56:52 UTC (rev 2551)
+++ trunk/documents/users_guide/Makefile        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -1,8 +1,10 @@
 all:
-        pdflatex mpas_$(CORE)_users_guide.tex
-        pdflatex mpas_$(CORE)_users_guide.tex
+        pdflatex mpas_$(CORE)_users_guide
+        bibtex mpas_$(CORE)_users_guide
+        pdflatex mpas_$(CORE)_users_guide
+        pdflatex mpas_$(CORE)_users_guide
 clean:
-        rm -f *.aux *.dvi *.pdf *.log *.out *.toc
+        rm -f *.aux *.dvi *.pdf *.log *.out *.toc *.bbl *.blg
         rm -f shared/*.aux
 ifdef CORE
         rm -f $(CORE)/*.aux

Added: trunk/documents/users_guide/mpas_ocean.bib
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/mpas_ocean.bib                                (rev 0)
+++ trunk/documents/users_guide/mpas_ocean.bib        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -0,0 +1,249 @@
+mpas-ocean  bibliography file
+
+These references are specifically for the mpas-ocean core.
+See the mpas_shared.bib file for references pertaining to all cores.
+
+%%%%%%%% grid and numerics %%%%%%%%%
+
+@unpublished{Ringler06unpub,
+   author = {{Ringler}, T.~D.},
+    title = &quot;{Conservation of energy in viscous systems}&quot;,
+   institution = {Los Alamos National Laboratory},
+     year = 2006,
+     month = &quot;June&quot;
+}
+
+
+%%%%%%%% test domains %%%%%%%%%
+
+@ARTICLE{Ilicak_ea12om,
+   author = {{Ilicak}, M. and {Adcroft}, A.~J. and {Griffies}, S.~M. and 
+        {Hallberg}, R.~W.},
+    title = &quot;{Spurious dianeutral mixing and the role of momentum closure}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+     year = 2012,
+   volume = 45,
+    pages = {37-58},
+      doi = {10.1016/j.ocemod.2011.10.003},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2012OcMod..45...37I},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Legg_ea06om,
+   author = {{Legg}, S. and {Hallberg}, R.~W. and {Girton}, J.~B.},
+    title = &quot;{Comparison of entrainment in overflows simulated by z-coordinate, isopycnal and non-hydrostatic models}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+     year = 2006,
+   volume = 11,
+    pages = {69-97}}
+
+
+%%%%%%%% horizonal turbulence closures %%%%%%%%%
+
+@article{Gent_McWilliams90jpo,
+author=&quot;Peter R. Gent and James C. {McW}illiams&quot;,
+title=&quot;Isopycnal Mixing in Ocean Circulation Models&quot;,
+journal={\jpo},
+year=1990,
+volume=20,
+number=1,
+pages=&quot;150-155&quot;}
+
+@article{Gent_ea95jpo,
+author=&quot;Peter R. Gent and Jurgen Willebrand and Trevor McDougall and James C. McWilliams&quot;,
+title=&quot;Parameterizing eddy-induced tracer transports in ocean general circulation models&quot;,
+journal={\jpo},
+year=1995,
+volume=25,
+number=25,
+pages=&quot;463-474&quot;}
+
+@article{Leith:1996wu,
+author = {Leith, CE},
+title = {{Stochastic models of chaotic systems}},
+journal = {Physica D: Nonlinear Phenomena},
+year = {1996},
+volume = {98},
+number = {2-4},
+pages = {481--491} 
+}
+
+@ARTICLE{Ringler_Gent11om,
+  author = {{Ringler}, T.~D. and {Gent}, D.~A.},
+  title = &quot;{An eddy closure for potential vorticity}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+  year = 2011,
+   note=&quot;in press&quot;
+}
+
+
+%%%%%%%% vertical mixing %%%%%%%%%
+
+@article{Pacanowski_Philander81jpo,
+title=&quot;Parameterization of Vertical Mixing in Numerical Models of Tropical Oceans&quot;,
+author=&quot;R.C. Pacanowski and S.G.H. Philander&quot;,
+journal={\jpo},
+year=1981,
+volume=11,
+number=11,
+pages=&quot;1443-1451&quot;}
+
+@article{Large:1994ua,
+author = {Large, W G and McWilliams, J C and Doney, S C},
+title = {{Oceanic vertical mixing: A review and a model with a nonlocal boundary layer parameterization}},
+journal = {Reviews of Geophysics},
+year = {1994},
+volume = {32},
+number = {4},
+pages = {363--403}
+}
+
+
+%%%%%%%% vertical coordinates %%%%%%%%%
+
+@ARTICLE{Adcroft_Campin04om,
+   author = {{Adcroft}, A. and {Campin}, J.-M.},
+    title = &quot;{Rescaled height coordinates for accurate representation of free-surface flows in ocean circulation models}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+     year = 2004,
+   volume = 7,
+    pages = {269-284},
+      doi = {10.1016/j.ocemod.2003.09.003},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2004OcMod...7..269A},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Campin_ea04om,
+   author = {{Campin}, J.-M. and {Adcroft}, A. and {Hill}, C. and {Marshall}, J.
+        },
+    title = &quot;{Conservation of properties in a free-surface model}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+     year = 2004,
+   volume = 6,
+    pages = {221-244},
+      doi = {10.1016/S1463-5003(03)00009-X},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2004OcMod...6..221C},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Leclair_Madec11om,
+   author = {{Leclair}, M. and {Madec}, G.},
+    title = &quot;{-Coordinate, an Arbitrary Lagrangian-Eulerian coordinate separating high and low frequency motions}&quot;,
+  journal = {Ocean Modelling},
+     year = 2011,
+   volume = 37,
+    pages = {139-152},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2011OcMod..37..139L},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Bernard_ea06od,
+   author = {{Bernard}, B. and {Madec}, G. and {Penduff}, T. and {Molines}, J.-M. and 
+        {Treguier}, A.-M. and {Le Sommer}, J. and {Beckmann}, A. and 
+        {Biastoch}, A. and {B{\&quot;o}ning}, C. and {Dengg}, J. and {Derval}, C. and 
+        {Durand}, E. and {Gulev}, S. and {Remy}, E. and {Talandier}, C. and 
+        {Theetten}, S. and {Maltrud}, M. and {McClean}, J. and {de Cuevas}, B.
+        },
+    title = &quot;{Impact of partial steps and momentum advection schemes in a global ocean circulation model at eddy-permitting resolution}&quot;,
+  journal = {Ocean Dynamics},
+ keywords = {Global ocean, Eddy-permitting ocean model, Momentum advection scheme, Partial step topography, Eddy/topography interactions},
+     year = 2006,
+    month = dec,
+   volume = 56,
+    pages = {543-567},
+      doi = {10.1007/s10236-006-0082-1},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2006OcDyn..56..543B},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+%%%%%%%% time integration %%%%%
+
+@ARTICLE{Higdon02jcp,
+   author = {{Higdon}, R.~L.},
+    title = &quot;{A Two-Level Time-Stepping Method for Layered Ocean Circulation Models}&quot;,
+  journal = {Journal of Computational Physics},
+     year = 2002,
+    month = mar,
+   volume = 177,
+    pages = {59-94},
+      doi = {10.1006/jcph.2002.7003},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2002JCoPh.177...59H}}
+
+@ARTICLE{Higdon05jcp,
+   author = {{Higdon}, R.~L.},
+    title = &quot;{A two-level time-stepping method for layered ocean circulation models: further development and testing}&quot;,
+  journal = {Journal of Computational Physics},
+     year = 2005,
+    month = jul,
+   volume = 206,
+    pages = {463-504},
+      doi = {10.1016/j.jcp.2004.12.011},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2005JCoPh.206..463H}}
+
+@article{Shchepetkin:2005wm,
+author = {Shchepetkin, A F and McWilliams, J C},
+title = {{The regional oceanic modeling system (ROMS): a split-explicit, free-surface, topography-following-coordinate oceanic model}},
+journal = {Ocean Modelling},
+year = {2005},
+volume = {9},
+number = {4},
+pages = {347--404}
+}
+
+%%%%% partial bottom cells %%%%
+
+@ARTICLE{Adcroft_ea97mwr,
+   author = {{Adcroft}, A. and {Hill}, C. and {Marshall}, J.},
+    title = &quot;{Representation of Topography by Shaved Cells in a Height Coordinate Ocean Model}&quot;,
+  journal = {Monthly Weather Review},
+     year = 1997,
+   volume = 125,
+    pages = {2293},
+      doi = {10.1175/1520-0493(1997)125&lt;2293:ROTBSC&gt;2.0.CO;2},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/1997MWRv..125.2293A},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{1998MWRv..126.3248P,
+   author = {{Pacanowski}, R.~C. and {Gnanadesikan}, A.},
+    title = &quot;{Transient Response in a Z-Level Ocean Model That Resolves Topography with Partial Cells}&quot;,
+  journal = {Monthly Weather Review},
+     year = 1998,
+   volume = 126,
+    pages = {3248},
+      doi = {10.1175/1520-0493(1998)126&lt;3248:TRIAZL&gt;2.0.CO;2},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/1998MWRv..126.3248P},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+%%% equation of state %%%
+
+@ARTICLE{Jackett_McDougall95jaot,
+   author = {{Jackett}, D.~R. and {McDougall}, T.~J.},
+    title = &quot;{Minimal Adjustment of Hydrographic Profiles to Achieve Static Stability}&quot;,
+  journal = {Journal of Atmospheric and Oceanic Technology},
+     year = 1995,
+    month = apr,
+   volume = 12,
+    pages = {381},
+      doi = {10.1175/1520-0426(1995)012&lt;0381:MAOHPT&gt;2.0.CO;2},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/1995JAtOT..12..381J},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+%%% reference textbooks %%%
+
+@book{Iserles96bk,
+author=&quot;A. Iserles&quot;,
+title=&quot;A first course in the numerical analysis of differential equations&quot;,
+year=1996,
+edition=&quot;first&quot;,
+publisher=&quot;Cambridge University Press&quot;}
+
+@book{Kundu_ea12bk,
+author=&quot;P. K. Kundu and I. M. Cohen and D. R. Dowling&quot;,
+title=&quot;Fluid Mechanics&quot;,
+year=2012,
+edition=&quot;Fifth&quot;,
+publisher=&quot;Academic Press&quot;}
+

Modified: trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex        2013-03-06 19:56:52 UTC (rev 2551)
+++ trunk/documents/users_guide/mpas_ocean_users_guide.tex        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -7,6 +7,8 @@
 \usepackage{color}
 \usepackage{caption}
 \usepackage[hang]{subfigure}
+% this will include the bibliography as a numbered chapter:
+\usepackage[nottoc,numbib]{tocbibind}
 
 \definecolor{black}{rgb}{0.0,0.0,0.0}
 \definecolor{darkblue}{rgb}{0.0,0.0,0.5}
@@ -57,6 +59,9 @@
 \input{ocn/cesm_coupling.tex}
 \input{ocn/troubleshooting.tex}
 
+\bibliographystyle{alpha}
+\bibliography{mpas_ocean,mpas_shared}
+
 \part{Appendices}
 \appendix
 \input{ocn/namelist_section_documentation.tex}

Added: trunk/documents/users_guide/mpas_shared.bib
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/mpas_shared.bib                                (rev 0)
+++ trunk/documents/users_guide/mpas_shared.bib        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -0,0 +1,112 @@
+mpas shared bibliography file
+
+These references should apply to all mpas cores.
+
+%%%%%%%% mpas grid %%%%%%%%%
+
+@ARTICLE{Thurburn_ea09jcp,
+   author = {{Thuburn}, J. and {Ringler}, T.~D. and {Skamarock}, W.~C. and 
+        {Klemp}, J.~B.},
+    title = &quot;{Numerical representation of geostrophic modes on arbitrarily structured C-grids}&quot;,
+  journal = {Journal of Computational Physics},
+     year = 2009,
+    month = dec,
+   volume = 228,
+    pages = {8321-8335},
+      doi = {10.1016/j.jcp.2009.08.006},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2009JCoPh.228.8321T},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Ringler_ea10jcp,
+   author = {{Ringler}, T.~D. and {Thuburn}, J. and {Klemp}, J.~B. and {Skamarock}, W.~C.
+        },
+    title = &quot;{A unified approach to energy conservation and potential vorticity dynamics for arbitrarily-structured C-grids}&quot;,
+  journal = {J. Comp. Physics},
+     year = 2010,
+    month = may,
+   volume = 229,
+    pages = {3065-3090},
+      doi = {10.1016/j.jcp.2009.12.007},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2010JCoPh.229.3065R},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@ARTICLE{Ringler_ea08od,
+   author = {{Ringler}, T. and {Ju}, L. and {Gunzburger}, M.},
+    title = &quot;{A multiresolution method for climate system modeling: application of spherical centroidal Voronoi tessellations}&quot;,
+  journal = {Ocean Dynamics},
+ keywords = {Voronoi diagram, Delaunay triangulation, Climate modeling, Multiresolution},
+     year = 2008,
+    month = dec,
+   volume = 58,
+    pages = {475-498},
+      doi = {10.1007/s10236-008-0157-2},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2008OcDyn..58..475R},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@article{Du:1999un,
+author = {Du, Q and Gunzburger, M},
+title = {{Centroidal Voronoi tessellations: applications and algorithms}},
+journal = {SIAM review},
+year = {1999},
+volume = {41},
+number = {4},
+pages = {637--676}
+}
+
+@book{OBSC2000,
+author = {Okabe, A and Boots, B and Sugihara, K and Chiu, S},
+title = {{Spatial Tessellations: Concepts and Applications of Voronoi Diagrams}},
+publisher = {Wiley},
+year = {2009}
+}
+
+@article{Ju:2010vi,
+author = {Ju, L and Ringler, T and Gunzburger, M},
+title = {{Voronoi Tessellations and their Application to Climate and Global Modeling}},
+journal = {Numerical Techniques for Global Atmospheric Models,
+Springer Lecture Notes in Computational Science and Engineering,
+Eds. P. H. Lauritzen, C. Jablonowski, M. A. Taylor and
+R. D. Nair},
+year = {2010},
+pages = {1--30}
+}
+
+@ARTICLE{Ringler_Randall02mwr,
+   author = {{Ringler}, T.~D. and {Randall}, D.~A.},
+    title = &quot;{A Potential Enstrophy and Energy Conserving Numerical Scheme for Solution of the Shallow-Water Equations on a Geodesic Grid}&quot;,
+  journal = {Monthly Weather Review},
+     year = 2002,
+   volume = 130,
+    pages = {1397-+},
+      doi = {10.1175/1520-0493(2002)130&lt;1397:APEAEC&gt;2.0.CO;2},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2002MWRv..130.1397R},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+
+%%%%%%%% advection schemes %%%%%%%%%
+
+@ARTICLE{Miura07mwr,
+   author = {{Miura}, H.},
+    title = &quot;{An Upwind-Biased Conservative Advection Scheme for Spherical Hexagonal Pentagonal Grids}&quot;,
+  journal = {Monthly Weather Review},
+     year = 2007,
+   volume = 135,
+    pages = {4038},
+      doi = {10.1175/2007MWR2101.1},
+   adsurl = {http://adsabs.harvard.edu/abs/2007MWRv..135.4038M},
+  adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
+}
+
+@article{Skamarock:2011tc,
+author = {Skamarock, W.C. and Gassmann, A.},
+title = {{Conservative Transport Schemes for Spherical Geodesic Grids: High-Order Flux Operators for ODE-Based Time Integration}},
+journal = {Monthly Weather Review},
+year = {2011},
+volume = {139},
+number = {9},
+pages = {2962--2975}
+}

Modified: trunk/documents/users_guide/ocn/test_cases/baroclinic_channel.tex
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/ocn/test_cases/baroclinic_channel.tex        2013-03-06 19:56:52 UTC (rev 2551)
+++ trunk/documents/users_guide/ocn/test_cases/baroclinic_channel.tex        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -2,7 +2,7 @@
 \label{sec:baroclinic_channel_description}
 This section describes a periodic channel, that is driven by a baroclinic
 instability and a temperature gradient. This test case comes from
-\cite{ref:ilicak2011}. The domain is a planar channel that is periodic in the
+\cite{Ilicak_ea12om}. The domain is a planar channel that is periodic in the
 longitudinal direction. It's longitudinal extent is 160km, while it's
 latitudinal extent is 500km. The vertical depth of the domain is 1000m with a
 flat bottom. The channel is on an {\it f}-plane, with the Coriolis parameter $f

Modified: trunk/documents/users_guide/ocn/variable_section_documentation.tex
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/ocn/variable_section_documentation.tex        2013-03-06 19:56:52 UTC (rev 2551)
+++ trunk/documents/users_guide/ocn/variable_section_documentation.tex        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -1,4 +1,4 @@
-\chapter{Variable definions}
+\chapter{Variable definitions}
 \section{state}
 \label{sec:var_sec_state}
 \subsection{xtime}

Modified: trunk/documents/users_guide/ocn/variable_table_documentation.tex
===================================================================
--- trunk/documents/users_guide/ocn/variable_table_documentation.tex        2013-03-06 19:56:52 UTC (rev 2551)
+++ trunk/documents/users_guide/ocn/variable_table_documentation.tex        2013-03-07 16:08:30 UTC (rev 2552)
@@ -1,4 +1,4 @@
-\chapter{Variable definions}
+\chapter{Variable definitions}
 \section{state}
 \label{sec:var_tab_state}
 \input{ocn/section_descriptions/state.tex}

</font>
</pre>