<p><b>mpetersen@lanl.gov</b> 2012-10-17 14:12:09 -0600 (Wed, 17 Oct 2012)</p><p>Change flags in design doc to correspond to recent changes for sigma coordinates.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: trunk/documents/ocean/current_design_doc/partial_bottom_cells/partial_bottom_cells.tex
===================================================================
--- trunk/documents/ocean/current_design_doc/partial_bottom_cells/partial_bottom_cells.tex        2012-10-17 17:57:26 UTC (rev 2219)
+++ trunk/documents/ocean/current_design_doc/partial_bottom_cells/partial_bottom_cells.tex        2012-10-17 20:12:09 UTC (rev 2220)
@@ -83,16 +83,18 @@
 
 Upon start-up with {\tt config\_do\_restart = .false.}, ICs are altered as described above.  An additional flag is used as follows:
 \begin{itemize}
-\item If running with pbcs, set {\tt config\_alter\_ICs\_for\_pbc=.true.} Then thin pbc cells
+\item If running with pbcs, set {\tt config\_alter\_ICs\_for\_pbc='zlevel\_pbcs\_on'}. Then thin pbc cells
    will be changed, and thickness and tracers will be altered to match the pbcs (steps 1-3, above).
-\item If running without pbcs, set {\tt config\_alter\_ICs\_for\_pbc=.false.} Then 
+\item If running without pbcs, set {\tt config\_alter\_ICs\_for\_pbc='zlevel\_pbcs\_off'}. Then 
    bottomDepth will be altered so it is full cells everywhere.
    If your input file does not include bottomDepth, the false option will
    initialize bottomDepth correctly for a non-pbc run.
+\item Set {\tt config\_alter\_ICs\_for\_pbc='no'} for isopycnal or sigma coordinates.
 \end{itemize}
-In either case, consistency between {\tt bottomDepth} and {\tt maxLevelCell} is verified afterwards.
 
+Consistency between {\tt bottomDepth} and {\tt maxLevelCell} is verified afterwards if {\tt config\_check\_zlevel\_consistency=.true.}
 
+
 \section{Design Solution: horizontal advection}
 Date last modified: 2012/08/01 \\
 Contributors: Mark Petersen \\

</font>
</pre>