<p><b>mpetersen@lanl.gov</b> 2012-07-23 08:00:25 -0600 (Mon, 23 Jul 2012)</p><p>BRANCH COMMIT: Fixed some small bugs, changed a line of comment text.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_split.F
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--- branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_split.F        2012-07-21 01:57:44 UTC (rev 2039)
+++ branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_split.F        2012-07-23 14:00:25 UTC (rev 2040)
@@ -834,7 +834,7 @@
         end do
 
         ! Update halo on u and tracers, which were just updated for implicit vertical mixing.  If not done, 
-        ! this leads to lack of volume conservation.  It is required because halo updates in RK4 are only
+        ! this leads to lack of volume conservation.  It is required because halo updates in stage 3 are only
         ! conducted on tendencies, not on the velocity and tracer fields.  So this update is required to 
         ! communicate the change due to implicit vertical mixing across the boundary.
         call mpas_timer_start(&quot;se implicit vert mix halos&quot;)

Modified: branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_vmix.F
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--- branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_vmix.F        2012-07-21 01:57:44 UTC (rev 2039)
+++ branches/ocean_projects/rich_vert_mix_bug/src/core_ocean/mpas_ocn_vmix.F        2012-07-23 14:00:25 UTC (rev 2040)
@@ -47,7 +47,8 @@
              ocn_tracer_vmix_tend_explicit, &amp;
              ocn_vel_vmix_tend_implicit, &amp;
              ocn_tracer_vmix_tend_implicit, &amp;
-             ocn_vmix_init
+             ocn_vmix_init, &amp;
+             ocn_vmix_implicit 
 
    !--------------------------------------------------------------------
    !
@@ -592,7 +593,7 @@
    subroutine ocn_vmix_implicit(dt, grid, diagnostics, state, err)!{{{
       real (kind=RKIND), intent(in) :: dt
       type (mesh_type), intent(in) :: grid
-      type (diagnostic_type), intent(inout) :: diagnostics
+      type (diagnostics_type), intent(inout) :: diagnostics
       type (state_type), intent(inout) :: state
       integer, intent(out) :: err
 
@@ -610,22 +611,22 @@
       ke_edge     =&gt; state % ke_edge % array
       vertViscTopOfEdge =&gt; diagnostics % vertViscTopOfEdge % array
       vertDiffTopOfCell =&gt; diagnostics % vertDiffTopOfCell % array
-      maxLevelCell    =&gt; mesh % maxLevelCell % array
+      maxLevelCell    =&gt; grid % maxLevelCell % array
                
-      nCells      = mesh % nCells
+      nCells      = grid % nCells
 
-      call ocn_vmix_coefs(mesh, state, diagnostics, err)
+      call ocn_vmix_coefs(grid, state, diagnostics, err)
 
       !
       !  Implicit vertical solve for momentum
       !
-      call ocn_vel_vmix_tend_implicit(mesh, dt, ke_edge, vertViscTopOfEdge, h, h_edge, u, err)
+      call ocn_vel_vmix_tend_implicit(grid, dt, ke_edge, vertViscTopOfEdge, h, h_edge, u, err)
 
       !
       !  Implicit vertical solve for tracers
       !
 
-      call ocn_tracer_vmix_tend_implicit(mesh, dt, vertDiffTopOfCell, h, tracers, err)
+      call ocn_tracer_vmix_tend_implicit(grid, dt, vertDiffTopOfCell, h, tracers, err)
 
    end subroutine ocn_vmix_implicit!}}}
 

</font>
</pre>