<p><b>qchen3@fsu.edu</b> 2012-04-12 12:05:50 -0600 (Thu, 12 Apr 2012)</p><p>BRANCH COMMIT<br>
<br>
Committing local edits in accgm and prepare for merging updates from the trunk.<br>
<br>
Changes: the calculation of the Montgomery potential now assumes a uniform constant mean density.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/ocean_projects/accgm/Makefile
===================================================================
--- branches/ocean_projects/accgm/Makefile        2012-04-12 17:52:42 UTC (rev 1776)
+++ branches/ocean_projects/accgm/Makefile        2012-04-12 18:05:50 UTC (rev 1777)
@@ -112,24 +112,6 @@
         &quot;USE_PAPI = $(USE_PAPI)&quot; \
         &quot;CPPFLAGS = $(MODEL_FORMULATION) -DUNDERSCORE -m64 $(FILE_OFFSET) $(ZOLTAN_DEFINE)&quot; )
 
-ifort-serial:
-        ( make all \
-        &quot;FC_PARALLEL = mpif90&quot; \
-        &quot;CC_PARALLEL = gcc&quot; \
-        &quot;FC_SERIAL = ifort&quot; \
-        &quot;CC_SERIAL = gcc&quot; \
-        &quot;FFLAGS_OPT = -real-size 64 -O3 -convert big_endian -FR&quot; \
-        &quot;CFLAGS_OPT = -O3 -m64&quot; \
-        &quot;LDFLAGS_OPT = -O3&quot; \
-        &quot;FFLAGS_DEBUG = -real-size 64 -g -convert big_endian -FR -CU -CB -check all&quot; \
-        &quot;CFLAGS_DEBUG = -g -m64&quot; \
-        &quot;LDFLAGS_DEBUG = -g&quot; \
-        &quot;CORE = $(CORE)&quot; \
-        &quot;DEBUG = $(DEBUG)&quot; \
-        &quot;SERIAL = $(SERIAL)&quot; \
-        &quot;USE_PAPI = $(USE_PAPI)&quot; \
-        &quot;CPPFLAGS = $(MODEL_FORMULATION) -DUNDERSCORE -m64 $(FILE_OFFSET) $(ZOLTAN_DEFINE)&quot; )
-
 gfortran:
         ( $(MAKE) all \
         &quot;FC_PARALLEL = mpif90&quot; \
@@ -240,9 +222,9 @@
 ifeq &quot;$(DEBUG)&quot; &quot;true&quot;
 
 ifndef FFLAGS_DEBUG
-        FFLAGS=$(FFLAGS_OPT)
-        CFLAGS=$(CFLAGS_OPT)
-        LDFLAGS=$(LDFLAGS_OPT)
+        FFLAGS=$(FFLAGS_OPT) -DMPAS_DEBUG
+        CFLAGS=$(CFLAGS_OPT) -DMPAS_DEBUG
+        LDFLAGS=$(LDFLAGS_OPT) -DMPAS_DEBUG
         DEBUG_MESSAGE=&quot;Debug flags are not defined for this compile group. Defaulting to Optimized flags&quot;
 else # FFLAGS_DEBUG IF
         FFLAGS=$(FFLAGS_DEBUG) -DMPAS_DEBUG

Modified: branches/ocean_projects/accgm/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F
===================================================================
--- branches/ocean_projects/accgm/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F        2012-04-12 17:52:42 UTC (rev 1776)
+++ branches/ocean_projects/accgm/src/core_ocean/mpas_ocn_tendency.F        2012-04-12 18:05:50 UTC (rev 1777)
@@ -398,7 +398,7 @@
         maxLevelCell, maxLevelEdgeTop, maxLevelEdgeBot, &amp;
         maxLevelVertexBot
       integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge, cellsOnVertex, &amp;
-        verticesOnEdge, edgesOnEdge, edgesOnVertex,boundaryCell
+        verticesOnEdge, edgesOnEdge, edgesOnVertex,boundaryCell, vertexMask
 
       real (kind=RKIND) :: d2fdx2_cell1, d2fdx2_cell2, coef_3rd_order, r_tmp, invAreaCell1, invAreaCell2, invAreaTri1, invAreaTri2, invLength, h_vertex
 
@@ -461,6 +461,7 @@
       maxLevelEdgeTop   =&gt; grid % maxLevelEdgeTop % array
       maxLevelEdgeBot   =&gt; grid % maxLevelEdgeBot % array
       maxLevelVertexBot =&gt; grid % maxLevelVertexBot % array
+      vertexMask        =&gt; grid % vertexMask % array
                   
       nCells      = grid % nCells
       nEdges      = grid % nEdges
@@ -616,6 +617,9 @@
 
       end do
 
+     ! Annihilate vorticity on the boundary to enforce free-slip boundary conditions
+      vorticity(:,:) = vorticity(:,:) * vertexMask(:,:)
+
       !
       ! Compute kinetic energy in each vertex
       !

</font>
</pre>