<p><b>dwj07@fsu.edu</b> 2012-03-16 10:37:59 -0600 (Fri, 16 Mar 2012)</p><p><br>
        -- BRANCH COMMIT --<br>
<br>
        Adding a non-divergent flow field to advective transport test case.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/basin_src/basin-template.F
===================================================================
--- branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/basin_src/basin-template.F        2012-03-16 15:08:09 UTC (rev 1658)
+++ branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/basin_src/basin-template.F        2012-03-16 16:37:59 UTC (rev 1659)
@@ -289,7 +289,7 @@
 implicit none
 real :: halfwidth, dtr, pi, p(3), q(3), xin, yin, zin, ulon, ulat, stress, n1, n2, distance, r, temp_t, temp_s, d
 real :: dotProd, xmin, xmax, xmid, ymin, ymax, ymid
-real :: r0, delta
+real :: r0, delta, umax
 real, dimension(:), allocatable :: psiVertex
 integer :: iTracer, ix, iy, ndata, i, j, k, ixt, iyt, ncull, jcount, iNoData, kdata(nVertLevelsMod)
 logical :: flag_lat
@@ -363,8 +363,9 @@
    d = 75
    allocate(psiVertex(nVerticesNew))
    r0 = 1.0*140.0
-   delta = 0.10
+   delta = 0.05
    u0 = 2.0 * pi / (2.0 * 60.0 * 60.0) ! one revolution of a circle in 2 hours
+   u0 = 2.0 * pi * r0 / (2.0 * 60.0 * 60.0)
 
    do iVertex = 1, nVerticesNew
        xin = xVertexNew(iVertex) - xmid
@@ -372,8 +373,6 @@
 
        r = sqrt(xin**2 + yin**2)
 
-!      psiVertex(iVertex) = (tanh( (r - pi * d) / d) + 1.0) /2.0
-!      psiVertex(iVertex) = -cos(r * 2.0 * pi / 250.0)
        psiVertex(iVertex) = 1.0/4.0*(r**2 - (r + r0)*sqrt((r-r0)**2 + delta**2) + delta**2*log((r - r0) + sqrt((r-r0)**2 + delta**2)))
    end do
 
@@ -398,26 +397,9 @@
 
      r = sqrt( (xEdgeNew(iEdge) - xmid)**2 + (yEdgeNew(iEdge) - ymid)**2)
 
-!    uNew(1, :, iEdge) = -1.0 * (psiVertex(verticesOnEdgeNew(2, iEdge)) - psiVertex(verticesOnEdgeNew(1, iEdge))) / dvEdgeNew(iEdge)
-
-     if(r .le. 140.0) then
-         uNew(1,:,iEdge) = dotProd * u0 * r
-     else if(r .le. 210.0) then
-         uNew(1,:,iEdge) = 2.0 * dotProd * u0 * (210.0 - r)
-     else
-         uNew(1,:,iEdge) = 0.0
-     end if
-     
+     uNew(1, :, iEdge) = -u0 * (psiVertex(verticesOnEdgeNew(2, iEdge)) - psiVertex(verticesOnEdgeNew(1, iEdge))) / (r0 * dvEdgeNew(iEdge))
    end do
 
-   xmin = minval(xCellNew)
-   xmax = maxval(xCellNew)
-   xmid = (xmax + xmin)/2.0
-
-   ymin = minval(yCellNew)
-   ymax = maxval(yCellNew)
-   ymid = (ymax + ymin)/2.0
-
    do iCell = 1, nCellsNew
      r = sqrt( (xCellNew(iCell) - xmid)**2 + (yCellNew(iCell) - (ymid + 50.0 ))**2)
      if((yCellNew(iCell) &gt; (ymid +50.0 ) .or. xCellNew(iCell) .ge. (xmid+5.0) .or. xCellNew(iCell) .le. (xmid-5.0)) .and. r &lt; 25.0) then

Modified: branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/makeMeshes.sh
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--- branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/makeMeshes.sh        2012-03-16 15:08:09 UTC (rev 1658)
+++ branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/makeMeshes.sh        2012-03-16 16:37:59 UTC (rev 1659)
@@ -5,7 +5,7 @@
 ## To start, grids are periodic in the x direction. This may change later             ##
 ########################################################################################
 SPACINGS=&quot;1 2 4 8 16&quot;
-VERTLEVS=&quot;10&quot;
+VERTLEVS=&quot;5&quot;
 TCNAME=&quot;advective_transport&quot;
 
 ###############################################################
@@ -127,8 +127,7 @@
 NUM_LINES=`echo ${NUM_LINES}-1 | bc`
 
 sed -n &quot;/_model/,/\//p&quot; MPAS-namelist.input.temporary | head -n ${NUM_LINES} &gt; namelist.top 
-echo &quot;   config_prescribe_velocity = .true.&quot; &gt;&gt; namelist.top
-echo &quot;   config_prescribe_thickness = .true.&quot; &gt;&gt; namelist.top
+echo &quot;  config_prescribe_velocity = .true.&quot; &gt;&gt; namelist.top
 echo '/' &gt;&gt; namelist.top
 echo '' &gt;&gt; namelist.top
 sed '/_model/,/\//d' MPAS-namelist.input.temporary &gt; namelist.bottom

Deleted: branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/Makefile.front
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--- branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/Makefile.front        2012-03-16 15:08:09 UTC (rev 1658)
+++ branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/Makefile.front        2012-03-16 16:37:59 UTC (rev 1659)
@@ -1,11 +0,0 @@
-gfortran:
-                ( make all \
-        &quot;FC = mpif90&quot; \
-        &quot;CC = mpicc&quot; \
-        &quot;SFC = gfortran&quot; \
-        &quot;SCC = gcc&quot; \
-        &quot;FFLAGS = -O3 -m64 -ffree-line-length-none -fdefault-real-8 -fconvert=big-endian -ffree-form&quot; \
-        &quot;CFLAGS = -O3 -m64&quot; \
-        &quot;LDFLAGS = -O3 -m64&quot; \
-        &quot;CORE = $(CORE)&quot; \
-        &quot;CPPFLAGS = $(MODEL_FORMULATION) -D_MPI -DUNDERSCORE -m64 $(FILE_OFFSET) $(ZOLTAN_DEFINE)&quot; )

Deleted: branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/namelist.input
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--- branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/namelist.input        2012-03-16 15:08:09 UTC (rev 1658)
+++ branches/ocean_projects/ocean_test_cases_staging/ocean/advective_transport/periodic_hex/namelist.input        2012-03-16 16:37:59 UTC (rev 1659)
@@ -1,8 +0,0 @@
-&amp;periodic_grid
-   nx = 300,
-   ny = 302,
-   dc = 2.0,
-   nVertLevels = 1,
-   nTracers = 1,
-   nproc = 1
-/

</font>
</pre>