<p><b>mhoffman@lanl.gov</b> 2012-03-07 10:55:21 -0700 (Wed, 07 Mar 2012)</p><p>BRANCH COMMIT -- land_ice<br>
Modified the python scripts that setup a land ice grid and dome test case to use the variable 'temperature' instead of 'tracers'.  Also removed the dimension nTracers when setting up the land ice grid.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/land_ice_projects/grid_tools/add_land_ice_variables_to_mpas_grid.py
===================================================================
--- branches/land_ice_projects/grid_tools/add_land_ice_variables_to_mpas_grid.py        2012-03-06 23:17:36 UTC (rev 1600)
+++ branches/land_ice_projects/grid_tools/add_land_ice_variables_to_mpas_grid.py        2012-03-07 17:55:21 UTC (rev 1601)
@@ -5,18 +5,22 @@
 
 import sys, numpy
 from Scientific.IO.NetCDF import *
-# from NetCDF import *
-from optparse import OptionParser
 
-parser = OptionParser()
-parser.add_option(&quot;-f&quot;, &quot;--file&quot;, dest=&quot;filename&quot;, help=&quot;file to convert&quot;, metavar=&quot;FILE&quot;)
-options, args = parser.parse_args()
-if not options.filename:
-        parser.error(&quot;Filename is a required input.  Include by using: -f FILENAME&quot;)
+# Check to see if a grid file was specified on the command line.
+# If not, land_ice_grid.nc is used.
+if len(sys.argv) &gt; 1:
+  if sys.argv[1][0] == '-': # The filename can't begin with a hyphen
+    print '</font>
<font color="black">Usage:  python add_land_ice_variables_to_mpas_grid.py [GRID.NC]</font>
<font color="gray">If no filename is supplied, grid.nc will be used.'
+    sys.exit(0)
+  else:
+    fileinName = sys.argv[1]
+else:
+  fileinName = 'grid.nc'
 
 
+
 # Get some information about the input file
-filein = NetCDFFile(options.filename,'r')
+filein = NetCDFFile(fileinName,'r')
 # vert_levs = filein.dimensions['nVertLevels']
 
 
@@ -36,7 +40,9 @@
     # This is a limitation of Scientific.IO.NetCDF and may not be an issue with other netcdf python modules.
     # This workaround should be fine for the time being since there is no need to have the I.C. file have UNLIMITED time dimension.
         fileout.createDimension('Time', 1)
-    else:    
+    elif dim == 'nTracers': 
+        pass  # Do nothing - we don't want this dimension 
+    else:    # Copy over all other dimensions
         fileout.createDimension(dim, filein.dimensions[dim])
 # Create nVertLevelsPlus2 dimension
 fileout.createDimension('nVertLevelsPlus2', filein.dimensions['nVertLevels'] + 2)
@@ -63,7 +69,7 @@
 newvar[:] = numpy.zeros(newvar.shape)
 newvar = fileout.createVariable('normalVelocity', 'd', ('Time', 'nEdges', 'nVertLevels'))
 newvar[:] = numpy.zeros(newvar.shape)
-newvar = fileout.createVariable('tracers', 'd', ('Time', 'nCells', 'nVertLevelsPlus2', 'nTracers'))
+newvar = fileout.createVariable('temperature', 'd', ('Time', 'nCells', 'nVertLevelsPlus2'))
 newvar[:] = numpy.zeros(newvar.shape)
 
 # Assign the global attributes

Modified: branches/land_ice_projects/test_cases/dome/setup_dome_initial_conditions.py
===================================================================
--- branches/land_ice_projects/test_cases/dome/setup_dome_initial_conditions.py        2012-03-06 23:17:36 UTC (rev 1600)
+++ branches/land_ice_projects/test_cases/dome/setup_dome_initial_conditions.py        2012-03-07 17:55:21 UTC (rev 1601)
@@ -18,11 +18,12 @@
 
 
 
+# Open the file, get needed dimensions
 try:
-    # Open the file, get needed dimensions
     gridfile = NetCDFFile(gridfilename,'r+')
     nVertLevels = gridfile.dimensions['nVertLevels']
-    
+    if nVertLevels != 9:
+         print 'nVerLevels in the supplied file was ', nVertLevels, '.  Were you expecting 9?'
     # Get variables
     xCell = gridfile.variables['xCell'][:]
     yCell = gridfile.variables['yCell'][:]
@@ -30,14 +31,11 @@
     bedTopography = gridfile.variables['bedTopography'][:]
     normalVelocity = gridfile.variables['normalVelocity'][:]
     layerThicknessFractions = gridfile.variables['layerThicknessFractions'][:]
-    tracers = gridfile.variables['tracers'][:]
+    temperature = gridfile.variables['temperature'][:]
 except:
     sys.exit('Error: The grid file specified is either missing or lacking needed dimensions/variables.')
 
 
-indexTemperature = 0  # IS THIS RIGHT?
-
-
 # Assign variable values for dome
 # Define dome dimensions - all in meters
 r0 = 60000.0 * sqrt(0.125)
@@ -55,7 +53,7 @@
 # flat bed at sea level
 bedTopography[:] = 0.0
 # constant, arbitrary temperature, degrees C
-tracers[:,:,:,indexTemperature] = -20.0 
+temperature[:] = -20.0 
 # Setup layerThicknessFractions
 layerThicknessFractions[:] = 1.0 / nVertLevels
 # (lowerSurface and upperSurface need to be calculated in MPAS)
@@ -64,7 +62,7 @@
 gridfile.variables['thickness'][:] = thickness
 gridfile.variables['normalVelocity'][:] = normalVelocity
 gridfile.variables['bedTopography'][:] = bedTopography
-gridfile.variables['tracers'][:] = tracers
+gridfile.variables['temperature'][:] = temperature
 gridfile.variables['layerThicknessFractions'][:] = layerThicknessFractions
 
 

</font>
</pre>