<p><b>mhoffman@lanl.gov</b> 2012-03-02 11:30:06 -0700 (Fri, 02 Mar 2012)</p><p>-- TRUNK COMMIT -- land_ice documents only<br>
<br>
Created directories for land_ice documents and added our single document.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Added: trunk/documents/land_ice/reference_manual/getting_started.txt
===================================================================
--- trunk/documents/land_ice/reference_manual/getting_started.txt                                (rev 0)
+++ trunk/documents/land_ice/reference_manual/getting_started.txt        2012-03-02 18:30:06 UTC (rev 1579)
@@ -0,0 +1,111 @@
+MPAS Quick Start:
+
+Checking out the branch
+$ svn checkout -username xylar@lanl.gov https://svn-mpas-model.cgd.ucar.edu/branches/land_ice_projects
+
+All land ice development occurs within the land_ice_projects branch in separate projects.
+The land ice core is located in the 'implement_core' project which is equivalent to the 'mpas' directory in the trunk.
+
+Updating the branch (if already checked out)
+$ svn update
+
+
+
+
+Building MPAS: Land Ice
+$ setenv CORE land_ice (or export CORE=land_ice)
+$ setenv NETCDF /usr/local/netcdf-gfortran (or export NETCDF=/usr/local/netcdf-gfortran)
+
+$ cd implement_core
+$ make clean
+$ make gfortran SERIAL=true ( or make gfortran if MPI is installed, and compiled with gfortran; replace gfortran with the compiler of your choice)
+
+look for the link to land_ice_model.exe to make sure the build succeeded
+
+
+
+
+Making a grid:
+Checking out the trunk version of grid gen
+$ svn checkout -username xylar@lanl.gov https://svn-mpas-model.cgd.ucar.edu/trunk/grid_gen
+
+Assuming initial conditions are stored in subdirectories in ~/mpas_initial: 
+$ mkdir ~/mpas_initial/periodic_hex_500_500
+From the trunk
+$ cd grid_gen/periodic_hex
+$ vim Makefile
+Modify the Makefile to use your compiler (this one is not smart like the Makefile in mpas/).
+For example:
+FC = gfortran
+CC = gcc
+FFLAGS = -O3 -m64 -ffree-line-length-none -fdefault-real-8 -fconvert=big-endian
+CFLAGS = -O3 -m64
+LDFLAGS = -O3 -m64
+
+$ make
+
+Now work from the initial condition location:
+$ cd ~/mpas_initial/periodic_hex_500_500
+$ cp ~/mpas_ice/grid_gen/periodic_hex/namelist.input  .
+$ ln -s ~/mpas_ice/grid_gen/periodic_hex/periodic_grid
+
+$ vim namelist.input (or emacs namelist.input)
+modify as desired:
+&amp;periodic_grid
+   nx = 500, # the number of columns
+   ny = 500, #                     ...rows
+   dc = 10000., # the characteristic size of a cell
+   nVertLevels = 1, # the number of vertical levels in the grid
+   nTracers = 1, # the number of tracers (temperature, etc)
+   nproc = 2, 4, 8, # one entry each for the number of processors that should be supported for parallel runs, generates data partitioning in files graph.info.part.*
+/
+$ ./periodic_grid
+Look for:
+grid.nc
+graph.info.part.2
+graph.info.part.4
+etc.
+
+The following assumes the following locations:
+land_ice branch is in ~/mpas_ice
+initial conditions are stored in subdirectories in ~/mpas_initial
+runs are made from subdirectories in ~/mpas_runs
+
+make a directory for running the code
+$ mkdir ~/mpas_runs/periodic_hex_01
+$ cd ~/mpas_runs/periodic_hex_01
+$ ln -s ~/mpas_ice/mpas/land_ice_model.exe land_ice_model.exe
+$ cp ~/mpas_ice/mpas/namelist.input.land_ice namelist.input
+$ ln -s ~/mpas_initial/periodic_hex_500_500/grid.nc grid.nc
+
+modify namelist.input
+$ vim namelist.input
+&amp;sw_model
+   config_test_case = 1
+...
+   config_ntimesteps = 500
+   config_output_interval = 50
+...
+
+if running on 2 processors:
+$ ln -s ~/mpas_initial/periodic_hex_500_500/graph.info.part.2 graph.info.part.2
+$ mpirun -np 2 land_ice_model.exe
+
+if running on 1 processor:
+$ ./land_ice_model.exe
+
+Output:
+ Setting up shallow water test case 1
+  -- Advection of Cosine Bell over the Pole
+ Doing timestep            1
+ Doing timestep            2
+ Doing timestep            3
+ Doing timestep            4
+ Doing timestep            5
+ Doing timestep            6
+...
+
+look for output.nc
+
+Use paraview to visualize output.nc (this will have to be a separate tutorial)
+

</font>
</pre>