<p><b>duda</b> 2012-02-06 16:47:10 -0700 (Mon, 06 Feb 2012)</p><p>BRANCH COMMIT<br>
<br>
Remove zf and zf3, and compute their equivalents from zb, zb3, and zz when needed.<br>
<br>
<br>
M    src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_test_cases.F<br>
M    src/core_init_nhyd_atmos/Registry<br>
M    src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_test_cases.F<br>
M    src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_time_integration.F<br>
M    src/core_nhyd_atmos/Registry<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/Registry
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/Registry        2012-02-06 22:17:55 UTC (rev 1471)
+++ branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/Registry        2012-02-06 23:47:10 UTC (rev 1472)
@@ -144,8 +144,6 @@
 var persistent real    fzp ( nVertLevels ) 0 io fzp mesh - -
 var persistent real    zx ( nVertLevelsP1 nEdges ) 0 io zx mesh - -
 var persistent real    zz ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 io zz mesh - -
-var persistent real    zf ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zf mesh - -
-var persistent real    zf3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zf3 mesh - -
 var persistent real    zb ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zb mesh - -
 var persistent real    zb3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zb3 mesh - -
 

Modified: branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_test_cases.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_test_cases.F        2012-02-06 22:17:55 UTC (rev 1471)
+++ branches/atmos_physics/src/core_init_nhyd_atmos/mpas_init_atm_test_cases.F        2012-02-06 23:47:10 UTC (rev 1472)
@@ -154,7 +154,7 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: surface_pressure
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: zgrid, zx, zz, hx
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: pressure, ppb, pb, rho_zz, rb, rr, tb, rtb, p, pp, dss, t, rt
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zf, zf3, zb, zb3
+      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zb, zb3
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: deriv_two
       
 !.. initialization of moisture:
@@ -232,8 +232,6 @@
       CellsOnEdge       =&gt; grid % CellsOnEdge % array
 
       deriv_two  =&gt; grid % deriv_two % array
-      zf  =&gt; grid % zf % array
-      zf3 =&gt; grid % zf3% array
       zb  =&gt; grid % zb % array
       zb3 =&gt; grid % zb3% array
       
@@ -778,13 +776,6 @@
                zb3(k,1,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell1)
                zb3(k,2,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell2)
 
-               if (k /= 1) then
-                  zf(k,1,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)
-                  zf(k,2,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)
-                  zf3(k,1,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)
-                  zf3(k,2,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)
-               end if
-
          end do
 
       end do
@@ -799,14 +790,16 @@
 
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux =  (fzm(k)*diag % ru % array(k,iEdge)+fzp(k)*diag % ru % array(k-1,iEdge))
-            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux
-            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)*flux
 
             if (config_theta_adv_order ==3) then 
                diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2)    &amp;
-                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
+                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)*flux
                diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1)    &amp;
-                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
+                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)*flux
             end if
 
          end do
@@ -1487,8 +1480,6 @@
        diag % rw % array = 0.
        state % w % array = 0.
 
-       grid % zf % array = 0.
-       grid % zf3% array = 0.
        grid % zb % array = 0.
        grid % zb3% array = 0.
 
@@ -1554,7 +1545,7 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: rdzw, dzu, rdzu, fzm, fzp
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: zgrid, zx, zz, hx, cqw
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: ppb, pb, rho_zz, rb, rr, tb, rtb, p, pp, dss, t, rt, u, ru 
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: scalars, deriv_two, zf, zf3, zb, zb3
+      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: scalars, deriv_two, zb, zb3
 
       !This is temporary variable here. It just need when calculate tangential velocity v.
       integer :: eoe, j
@@ -1621,8 +1612,6 @@
       nCellsSolve = grid % nCellsSolve
 
       zgrid =&gt; grid % zgrid % array
-      zf =&gt; grid % zf % array
-      zf3 =&gt; grid % zf3 % array
       zb =&gt; grid % zb % array
       zb3 =&gt; grid % zb3 % array
       rdzw =&gt; grid % rdzw % array
@@ -2054,13 +2043,6 @@
                   zb3(k,1,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell1) 
                   zb3(k,2,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell2) 
   
-                  if (k /= 1) then
-                     zf(k,1,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb(k,1,iEdge)
-                     zf(k,2,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb(k,2,iEdge)
-                     zf3(k,1,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb3(k,1,iEdge)
-                     zf3(k,2,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb3(k,2,iEdge)
-                  end if
-
             end do
 
          end if
@@ -2082,14 +2064,16 @@
          if (cell1 &lt;= nCellsSolve .or. cell2 &lt;= nCellsSolve ) then
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux =  (fzm(k)*ru(k,iEdge)+fzp(k)*ru(k-1,iEdge))  
-            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux 
-            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux 
+            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)*flux 
+            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)*flux 
 
             if (config_theta_adv_order ==3) then
                diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2)    &amp;
-                                            - sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
+                                            - sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)*flux
                diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1)    &amp;
-                                            + sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
+                                            + sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)*flux
             end if
 
          end do
@@ -2183,7 +2167,7 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: pressure, ppb, pb, rho_zz, rb, rr, tb, rtb, p, pp, dss, t, rt
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: destField1d
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: destField2d
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zf, zf3, zb, zb3
+      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zb, zb3
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: scalars
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: deriv_two
 
@@ -2276,8 +2260,6 @@
       cellsOnCell       =&gt; grid % cellsOnCell % array
 
       deriv_two  =&gt; grid % deriv_two % array
-      zf  =&gt; grid % zf % array
-      zf3 =&gt; grid % zf3% array
       zb  =&gt; grid % zb % array
       zb3 =&gt; grid % zb3% array
 
@@ -3289,13 +3271,6 @@
                   zb3(k,1,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell1) 
                   zb3(k,2,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell2) 
   
-                  if (k /= 1) then
-                     zf(k,1,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb(k,1,iEdge)
-                     zf(k,2,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb(k,2,iEdge)
-                     zf3(k,1,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb3(k,1,iEdge)
-                     zf3(k,2,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb3(k,2,iEdge)
-                  end if
-
             end do
 
          end if
@@ -4239,14 +4214,16 @@
          if (cell1 &lt;= nCellsSolve .or. cell2 &lt;= nCellsSolve ) then
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux =  (fzm(k)*diag % ru % array(k,iEdge)+fzp(k)*diag % ru % array(k-1,iEdge))
-            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux
-            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)*flux
 
             if (config_theta_adv_order ==3) then 
                diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2)    &amp;
-                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
+                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)*flux
                diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1)    &amp;
-                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
+                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)*flux
             end if
 
          end do

Modified: branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/Registry
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/Registry        2012-02-06 22:17:55 UTC (rev 1471)
+++ branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/Registry        2012-02-06 23:47:10 UTC (rev 1472)
@@ -145,8 +145,6 @@
 var persistent real    fzp ( nVertLevels ) 0 iro fzp mesh - -
 var persistent real    zx ( nVertLevelsP1 nEdges ) 0 iro zx mesh - -
 var persistent real    zz ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 iro zz mesh - -
-var persistent real    zf ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zf mesh - -
-var persistent real    zf3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zf3 mesh - -
 var persistent real    zb ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zb mesh - -
 var persistent real    zb3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zb3 mesh - -
 var persistent real    pzm ( nVertLevels nCells ) 0 r pzm mesh - -

Modified: branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_test_cases.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_test_cases.F        2012-02-06 22:17:55 UTC (rev 1471)
+++ branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_test_cases.F        2012-02-06 23:47:10 UTC (rev 1472)
@@ -141,7 +141,7 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: surface_pressure
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: zgrid, zx, zz, hx
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: pressure, ppb, pb, rho_zz, rb, rr, tb, rtb, p, pp, dss, t, rt
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zf, zf3, zb, zb3
+      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zb, zb3
       real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: deriv_two
       
 !.. initialization of moisture:
@@ -219,8 +219,6 @@
       CellsOnEdge       =&gt; grid % CellsOnEdge % array
 
       deriv_two  =&gt; grid % deriv_two % array
-      zf  =&gt; grid % zf % array
-      zf3 =&gt; grid % zf3% array
       zb  =&gt; grid % zb % array
       zb3 =&gt; grid % zb3% array
       
@@ -765,13 +763,6 @@
                zb3(k,1,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell1)
                zb3(k,2,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell2)
 
-               if (k /= 1) then
-                  zf(k,1,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)
-                  zf(k,2,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)
-                  zf3(k,1,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)
-                  zf3(k,2,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)
-               end if
-
          end do
 
       end do
@@ -786,14 +777,16 @@
 
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux =  (fzm(k)*diag % ru % array(k,iEdge)+fzp(k)*diag % ru % array(k-1,iEdge))
-            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux
-            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)*flux
+            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)*flux
 
             if (config_theta_adv_order ==3) then 
                diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2)    &amp;
-                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
+                                            - sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)*flux
                diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1)    &amp;
-                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
+                                            + sign(1.0_RKIND,diag % ru % array(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)*flux
             end if
 
          end do
@@ -1474,8 +1467,6 @@
        diag % rw % array = 0.
        state % w % array = 0.
 
-       grid % zf % array = 0.
-       grid % zf3% array = 0.
        grid % zb % array = 0.
        grid % zb3% array = 0.
 
@@ -1541,7 +1532,7 @@
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: rdzw, dzu, rdzu, fzm, fzp
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: zgrid, zx, zz, hx, cqw
       real (kind=RKIND), dimension(:,:), pointer :: ppb, pb, rho_zz, rb, rr, tb, rtb, p, pp, dss, t, rt, u, ru 
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: scalars, deriv_two, zf, zf3, zb, zb3
+      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: scalars, deriv_two, zb, zb3
 
       !This is temporary variable here. It just need when calculate tangential velocity v.
       integer :: eoe, j
@@ -1608,8 +1599,6 @@
       nCellsSolve = grid % nCellsSolve
 
       zgrid =&gt; grid % zgrid % array
-      zf =&gt; grid % zf % array
-      zf3 =&gt; grid % zf3 % array
       zb =&gt; grid % zb % array
       zb3 =&gt; grid % zb3 % array
       rdzw =&gt; grid % rdzw % array
@@ -2041,13 +2030,6 @@
                   zb3(k,1,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell1) 
                   zb3(k,2,iEdge)=  z_edge3*dvEdge(iEdge)/AreaCell(cell2) 
   
-                  if (k /= 1) then
-                     zf(k,1,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb(k,1,iEdge)
-                     zf(k,2,iEdge) = ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb(k,2,iEdge)
-                     zf3(k,1,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1) )*zb3(k,1,iEdge)
-                     zf3(k,2,iEdge)= ( fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2) )*zb3(k,2,iEdge)
-                  end if
-
             end do
 
          end if
@@ -2069,14 +2051,16 @@
          if (cell1 &lt;= nCellsSolve .or. cell2 &lt;= nCellsSolve ) then
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux =  (fzm(k)*ru(k,iEdge)+fzp(k)*ru(k-1,iEdge))  
-            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux 
-            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux 
+            diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb(k,2,iEdge)*flux 
+            diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb(k,1,iEdge)*flux 
 
             if (config_theta_adv_order ==3) then
                diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2)    &amp;
-                                            - sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
+                                            - sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell2)+fzp(k)*zz(k-1,cell2))*zb3(k,2,iEdge)*flux
                diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1)    &amp;
-                                            + sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
+                                            + sign(1.0_RKIND,ru(k,iEdge))*config_coef_3rd_order* &amp;
+                                              (fzm(k)*zz(k,cell1)+fzp(k)*zz(k-1,cell1))*zb3(k,1,iEdge)*flux
             end if
 
          end do

Modified: branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_time_integration.F
===================================================================
--- branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_time_integration.F        2012-02-06 22:17:55 UTC (rev 1471)
+++ branches/atmos_physics/src/core_nhyd_atmos/mpas_atm_time_integration.F        2012-02-06 23:47:10 UTC (rev 1472)
@@ -677,7 +677,6 @@
       !SHP-w
       integer :: iCell, iEdge, k, cell1, cell2, coef_3rd_order
       integer, dimension(:,:), pointer :: cellsOnEdge
-      real (kind=RKIND), dimension(:,:,:), pointer :: zf, zf3
       real (kind=RKIND), dimension(:), pointer :: fzm, fzp, dvEdge, areaCell
       real (kind=RKIND) :: flux
       !SHP-w
@@ -685,8 +684,6 @@
       if(config_theta_adv_order /=3) coef_3rd_order = 0
 
       !SHP-w
-      !zf =&gt; grid % zf % array
-      !zf3 =&gt; grid % zf3 % array
       fzm =&gt; grid % fzm % array
       fzp =&gt; grid % fzp % array
       dvEdge =&gt; grid % dvEdge % array
@@ -713,18 +710,6 @@
          cell1 = cellsOnEdge(1,iEdge)
          cell2 = cellsOnEdge(2,iEdge)
 
-         !do k = 2, grid%nVertLevels
-         !   flux = fzm(k) * tend % u % array(k,iEdge) + fzp(k) * tend % u % array(k-1,iEdge)
-         !   tend % w % array(k,cell2) = tend % w % array(k,cell2) + zf(k,2,iEdge)*flux
-         !   tend % w % array(k,cell1) = tend % w % array(k,cell1) - zf(k,1,iEdge)*flux
-!3rd order stencil
-         !   if (config_theta_adv_order == 3) then
-         !      tend % w % array(k,cell2) = tend % w % array(k,cell2) + sign(1.0_RKIND,tend % u % array(k,iEdge))  &amp;
-         !                                                      *config_coef_3rd_order*zf3(k,2,iEdge)*flux
-         !      tend % w % array(k,cell1) = tend % w % array(k,cell1) - sign(1.0_RKIND,tend % u % array(k,iEdge))  &amp;
-         !                                                      *config_coef_3rd_order*zf3(k,1,iEdge)*flux
-         !   end if

          !SHP-w
          do k = 2, grid%nVertLevels
             flux = fzm(k) * tend % u % array(k,iEdge) + fzp(k) * tend % u % array(k-1,iEdge)
@@ -1027,11 +1012,11 @@
 
       end do !  end of loop over cells
 
-      end subroutine atm_advance_acoustic_step
+   end subroutine atm_advance_acoustic_step
 
 !------------------------
 
-      subroutine atm_recover_large_step_variables( s, diag, tend, grid, dt, ns, rk_step )
+   subroutine atm_recover_large_step_variables( s, diag, tend, grid, dt, ns, rk_step )
 
       implicit none
       type (state_type) :: s
@@ -1211,7 +1196,7 @@
 
       enddo
 
-      end subroutine atm_recover_large_step_variables
+   end subroutine atm_recover_large_step_variables
 
 !---------------------------------------------------------------------------------------
 
@@ -3396,27 +3381,6 @@
                           * (grid % fzp % array(k) * grid % zz % array(k-1,iCell) + grid % fzm % array(k) * grid % zz % array(k,iCell))
          end do
       end do
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-      !do iEdge=1,grid%nEdges
-      !  cell1 = grid % CellsOnEdge % array(1,iEdge)
-      !  cell2 = grid % CellsOnEdge % array(2,iEdge)
-      !    do k = 2, grid % nVertLevels
-      !      flux = (grid % fzm % array(k) * diag % ru % array(k,iEdge)+grid % fzp % array(k) * diag % ru % array(k-1,iEdge))
-      !      diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + grid % zb % array(k,2,iEdge)*flux   &amp;
-      !                    * (grid % fzp % array(k) * grid % zz % array(k-1,cell2) + grid % fzm % array(k) * grid % zz % array(k,cell2))
-      !      diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - grid % zb % array(k,1,iEdge)*flux   &amp;
-      !                    * (grid % fzp % array(k) * grid % zz % array(k-1,cell1) + grid % fzm % array(k) * grid % zz % array(k,cell1))
-!3rd order! stencil
-      !      if (config_theta_adv_order ==3) then
-      !         diag % rw % array(k,cell2) = diag % rw % array(k,cell2) + sign(1.0_RKIND,flux)*config_coef_3rd_order    &amp;
-      !                                  * grid % zb3 % array(k,2,iEdge)*flux                                    &amp;
-      !                    * (grid % fzp % array(k) * grid % zz % array(k-1,cell2) + grid % fzm % array(k) * grid % zz % array(k,cell2))
-      !         diag % rw % array(k,cell1) = diag % rw % array(k,cell1) - sign(1.0_RKIND,flux)*config_coef_3rd_order    &amp;
-      !                                  * grid % zb3 % array(k,1,iEdge)*flux                                    &amp;
-      !                    * (grid % fzp % array(k) * grid % zz % array(k-1,cell1) + grid % fzm % array(k) * grid % zz % array(k,cell1))
-      !      end if
-      !    enddo
-      !enddo
   
       !SHP-w
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