
<p><b>dwj07@fsu.edu</b> 2012-01-06 11:02:59 -0700 (Fri, 06 Jan 2012)</p><p><br>

        -- BRANCH  COMMIT --<br>

<br>

        Merging trunk to branch<br>

</p><hr noshade><pre><font color="gray">

Property changes on: branches/ocean_projects/time_averaging

___________________________________________________________________

Modified: svn:mergeinfo

   - /branches/cam_mpas_nh:1260-1270

/branches/ocean_projects/imp_vert_mix_mrp:754-986

/branches/ocean_projects/split_explicit_mrp:1134-1138

/branches/ocean_projects/split_explicit_timestepping:1044-1097

/branches/ocean_projects/vert_adv_mrp:704-745

/branches/source_renaming:1082-1113

/branches/time_manager:924-962

/trunk/mpas:1271-1274

   + /branches/cam_mpas_nh:1260-1270

/branches/ocean_projects/imp_vert_mix_mrp:754-986

/branches/ocean_projects/split_explicit_mrp:1134-1138

/branches/ocean_projects/split_explicit_timestepping:1044-1097

/branches/ocean_projects/vert_adv_mrp:704-745

/branches/source_renaming:1082-1113

/branches/time_manager:924-962

/trunk/mpas:1271-1305


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/Makefile

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/Makefile        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/Makefile        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -7,7 +7,7 @@

 
 reg_includes: 

         ( cd registry; make CC=&quot;$(SCC)&quot; )

-        ( cd inc; ../registry/parse ../core_$(CORE)/Registry )

+        ( cd inc; $(CPP) ../core_$(CORE)/Registry | ../registry/parse &gt; Registry.processed)

 
 externals:

         ( cd external; make FC=&quot;$(FC)&quot; SFC=&quot;$(SFC)&quot; CC=&quot;$(CC)&quot; SCC=&quot;$(SCC)&quot; FFLAGS=&quot;$(FFLAGS)&quot; CFLAGS=&quot;$(CFLAGS)&quot; CPP=&quot;$(CPP)&quot; NETCDF=&quot;$(NETCDF)&quot; CORE=&quot;$(CORE)&quot; )

@@ -33,7 +33,7 @@

         ( cd external; make clean )

         ( cd framework; make clean )

         ( cd operators; make clean )

-        ( cd inc; rm -f *.inc )

+        ( cd inc; rm -f *.inc Registry.processed )

         if [ -d core_$(CORE) ] ; then \

            ( cd core_$(CORE); make clean ) \

         fi;


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_hyd_atmos/Registry

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_hyd_atmos/Registry        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_hyd_atmos/Registry        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,6 @@

-#

-# namelist  type  namelist_record  name  default_value

-#

+%

+% namelist  type  namelist_record  name  default_value

+%

 namelist integer   sw_model config_test_case            5

 namelist character sw_model config_time_integration     SRK3

 namelist real      sw_model config_dt                   172.8

@@ -31,9 +31,9 @@

 namelist logical   restart  config_do_restart           false

 namelist character restart  config_restart_interval     none

 
-#

-# dim  type  name_in_file  name_in_code

-#

+%

+% dim  type  name_in_file  name_in_code

+%

 dim nCells nCells

 dim nEdges nEdges

 dim maxEdges maxEdges

@@ -44,14 +44,14 @@

 dim FIFTEEN 15

 dim TWENTYONE 21

 dim R3 3

-#dim nVertLevels nVertLevels

+%dim nVertLevels nVertLevels

 dim nVertLevels namelist:config_nvertlevels

-#dim nTracers nTracers

+%dim nTracers nTracers

 dim nVertLevelsP1 nVertLevels+1

 
-#

-# var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

-#

+%

+% var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

+%

 var persistent text    xtime ( Time ) 2 ro xtime state - -

 
 var persistent real    latCell ( nCells ) 0 iro latCell mesh - -

@@ -102,7 +102,7 @@

 var persistent real    fVertex ( nVertices ) 0 iro fVertex mesh - -

 var persistent real    h_s ( nCells ) 0 iro h_s mesh - -

 
-# description of the vertical grid structure

+% description of the vertical grid structure

 var persistent real    rdnu ( nVertLevels ) 0 iro rdnu mesh - -

 var persistent real    rdnw ( nVertLevels ) 0 iro rdnw mesh - -

 var persistent real    fnm ( nVertLevels ) 0 iro fnm mesh - -

@@ -111,16 +111,16 @@

 var persistent real    dnu ( nVertLevels ) 0 iro dnu mesh - -

 var persistent real    dnw ( nVertLevels ) 0 iro dnw mesh - -

 
-# Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

+% Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

 var persistent real    u ( nVertLevels nEdges Time ) 2 iro u state - -

 var persistent real    theta ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro theta state - -

 var persistent real    surface_pressure ( nCells Time ) 2 iro surface_pressure state - -

 var persistent real    qv ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro qv state scalars moist

 var persistent real    qc ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro qc state scalars moist

 var persistent real    qr ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro qr state scalars moist

-#var persistent real    tracers ( nTracers nVertLevels nCells Time ) 2 iro state tracers - -

+%var persistent real    tracers ( nTracers nVertLevels nCells Time ) 2 iro state tracers - -

 
-# state variables diagnosed from prognostic state

+% state variables diagnosed from prognostic state

 var persistent real    h ( nVertLevels nCells Time ) 2 ro h state - -

 var persistent real    ww ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 ro ww state - -

 var persistent real    w ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 ro w state - -

@@ -128,7 +128,7 @@

 var persistent real    geopotential ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 ro geopotential state - -

 var persistent real    alpha ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro alpha state - -

 
-# Diagnostic fields: only written to output

+% Diagnostic fields: only written to output

 var persistent real    v ( nVertLevels nEdges Time ) 2 o v state - -

 var persistent real    divergence ( nVertLevels nCells Time ) 2 o divergence state - -

 var persistent real    vorticity ( nVertLevels nVertices Time ) 2 o vorticity state - -

@@ -143,7 +143,7 @@

 var persistent real    uReconstructZonal ( nVertLevels nCells Time ) 1 o uReconstructZonal diag - -

 var persistent real    uReconstructMeridional ( nVertLevels nCells Time ) 1 o uReconstructMeridional diag - -

 
-# Tendency variables

+% Tendency variables

 var persistent real    tend_h ( nVertLevels nCells Time ) 1 - h tend - -

 var persistent real    tend_u ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - u tend - -

 var persistent real    tend_vh ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - vh tend - -

@@ -152,7 +152,7 @@

 var persistent real    tend_qc ( nVertLevels nCells Time ) 1 - qc tend scalars moist

 var persistent real    tend_qr ( nVertLevels nCells Time ) 1 - qr tend scalars moist

 
-# Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

+% Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

 var persistent real    vh ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - vh state - -

 var persistent real    circulation ( nVertLevels nVertices Time ) 2 - circulation state - -

 var persistent real    gradPVt ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - gradPVt state - -

@@ -174,12 +174,12 @@

 var persistent real    qv_old ( nVertLevels nCells ) 0 - qv_old mesh scalars_old moist_old

 var persistent real    qc_old ( nVertLevels nCells ) 0 - qc_old mesh scalars_old moist_old

 var persistent real    qr_old ( nVertLevels nCells ) 0 - qr_old mesh scalars_old moist_old

-#var persistent real    tracers_old ( nTracers nVertLevels nCells ) 0 - tracers_old mesh - -

+%var persistent real    tracers_old ( nTracers nVertLevels nCells ) 0 - tracers_old mesh - -

 
-# Space needed for advection

+% Space needed for advection

 var persistent real    deriv_two ( FIFTEEN TWO nEdges ) 0 o deriv_two mesh - -

 var persistent integer advCells ( TWENTYONE nCells ) 0 - advCells mesh - -

 
-# Arrays required for reconstruction of velocity field

+% Arrays required for reconstruction of velocity field

 var persistent real    coeffs_reconstruct ( R3 maxEdges nCells ) 0 - coeffs_reconstruct mesh - -

 
Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_init_nhyd_atmos/Registry

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_init_nhyd_atmos/Registry        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_init_nhyd_atmos/Registry        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,6 @@

-#

-# namelist  type  namelist_record  name  default_value

-#

+%

+% namelist  type  namelist_record  name  default_value

+%

 namelist integer   nhyd_model config_test_case            5

 namelist integer   nhyd_model config_calendar_type        MPAS_GREGORIAN

 namelist character nhyd_model config_start_time           none

@@ -35,9 +35,9 @@

 namelist real      restart    config_restart_time         172800.0

 
-#

-# dim  type  name_in_file  name_in_code

-#

+%

+% dim  type  name_in_file  name_in_code

+%

 dim nCells nCells

 dim nEdges nEdges

 dim maxEdges maxEdges

@@ -56,12 +56,12 @@

 dim nVertLevelsP1 nVertLevels+1

 dim nMonths 12

 
-#

-# var  type  name_in_file  ( dims )  iro-  name_in_code super-array array_class

-#

+%

+% var  type  name_in_file  ( dims )  iro-  name_in_code super-array array_class

+%

 var persistent text    xtime ( Time ) 2 so xtime state - -

 
-#  horizontal grid structure

+%  horizontal grid structure

 
 var persistent real    latCell ( nCells ) 0 io latCell mesh - -

 var persistent real    lonCell ( nCells ) 0 io lonCell mesh - -

@@ -112,14 +112,14 @@

  
 var persistent real    meshDensity ( nCells ) 0 iro meshDensity mesh - -

 
-# some solver scalar coefficients

+% some solver scalar coefficients

 
-# coefficients for vertical extrapolation to the surface

+% coefficients for vertical extrapolation to the surface

 var persistent real    cf1 ( ) 0 io cf1 mesh - -

 var persistent real    cf2 ( ) 0 io cf2 mesh - -

 var persistent real    cf3 ( ) 0 io cf3 mesh - -

 
-# static terrestrial fields

+% static terrestrial fields

 var persistent real    ter         ( nCells ) 0 io ter      mesh - -

 var persistent integer landmask    ( nCells ) 0 io landmask mesh - -

 var persistent integer ivgtyp      ( nCells ) 0 io lu_index mesh - -

@@ -132,7 +132,7 @@

 var persistent real    shdmax      ( nCells ) 0 io shdmax mesh - -

 var persistent real    albedo12m   ( nMonths nCells ) 0 io albedo12m mesh - -

 
-# description of the vertical grid structure

+% description of the vertical grid structure

 
 var persistent real    hx ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 io hx mesh - -

 var persistent real    zgrid ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 io zgrid mesh - -

@@ -148,11 +148,11 @@

 var persistent real    zb ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zb mesh - -

 var persistent real    zb3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 io zb3 mesh - -

 
-#  W-Rayleigh-damping coefficient

+%  W-Rayleigh-damping coefficient

 
 var persistent real    dss ( nVertLevels nCells ) 0 io dss mesh - -

 
-# Horizontally interpolated from first-guess data

+% Horizontally interpolated from first-guess data

 var persistent real    u_fg ( nFGLevels nEdges Time ) 1 - u fg - -

 var persistent real    v_fg ( nFGLevels nEdges Time ) 1 - v fg - -

 var persistent real    t_fg ( nFGLevels nCells Time ) 1 - t fg - -

@@ -163,15 +163,15 @@

 var persistent real    psfc_fg ( nCells Time ) 1 - psfc fg - -

 var persistent real    pmsl_fg ( nCells Time ) 1 - pmsl fg - -

 
-# Horizontally interpolated from first-guess data

+% Horizontally interpolated from first-guess data

 var persistent real    dz_fg  ( nFGSoilLevels nCells Time ) 1 io dz_fg  fg - -

 var persistent real    dzs_fg ( nFGSoilLevels nCells Time ) 1 io dzs_fg fg - -

 var persistent real    zs_fg  ( nFGSoilLevels nCells Time ) 1 io zs_fg  fg - -

 var persistent real    st_fg  ( nFGSoilLevels nCells Time ) 1 io st_fg  fg - -

 var persistent real    sm_fg  ( nFGSoilLevels nCells Time ) 1 io sm_fg  fg - -

 
-# Horizontally interpolated from first-guess data

-#    and should be read in by model

+% Horizontally interpolated from first-guess data

+%    and should be read in by model

 var persistent real    dz ( nSoilLevels nCells Time ) 1 io dz fg - -

 var persistent real    dzs ( nSoilLevels nCells Time ) 1 io dzs fg - -

 var persistent real    zs ( nSoilLevels nCells Time ) 1 io zs fg - -

@@ -191,7 +191,7 @@

 var persistent real    sfc_albbck ( nCells Time ) 1 io sfc_albbck fg - -

 var persistent real    xland ( nCells Time ) 1 io xland fg - - 

 
-# Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

+% Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

 var persistent real    u ( nVertLevels nEdges Time ) 2 o u state - -

 var persistent real    w ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 o w state - -

 var persistent real    rho_zz ( nVertLevels nCells Time ) 2 o rho_zz state - -

@@ -200,14 +200,14 @@

 var persistent real    qc ( nVertLevels nCells Time ) 2 o qc state scalars moist

 var persistent real    qr ( nVertLevels nCells Time ) 2 o qr state scalars moist

 
-# state variables diagnosed from prognostic state

+% state variables diagnosed from prognostic state

 var persistent real    pressure_p ( nVertLevels nCells Time ) 1 - pressure_p diag - -

 
 var persistent real    u_init ( nVertLevels ) 0 io u_init mesh - -

 var persistent real    t_init ( nVertLevels nCells ) 0 io t_init mesh - -

 var persistent real    qv_init ( nVertLevels ) 0 io qv_init mesh - -

 
-# Diagnostic fields: only written to output

+% Diagnostic fields: only written to output

 var persistent real    rho ( nVertLevels nCells Time ) 1 o rho diag - -

 var persistent real    theta ( nVertLevels nCells Time ) 1 o theta diag - -

 var persistent real    v ( nVertLevels nEdges Time ) 1 o v diag - -

@@ -229,20 +229,20 @@

 
 var persistent real    surface_pressure    ( nCells Time    ) 1  o surface_pressure    diag - -

 
-#  coupled variables needed by the solver, but not output...

+%  coupled variables needed by the solver, but not output...

 var persistent real    ru ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - ru diag - -

 var persistent real    rw ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 1 - rw diag - -

 var persistent real    rtheta_p ( nVertLevels nCells Time ) 1 - rtheta_p diag - -

 var persistent real    rho_p ( nVertLevels nCells Time ) 1 - rho_p diag - -

 
-# Space needed for advection

+% Space needed for advection

 var persistent real    deriv_two ( FIFTEEN TWO nEdges ) 0 io deriv_two mesh - -

 var persistent integer advCells ( TWENTYONE nCells ) 0 io advCells mesh - -

 
-# Space needed for deformation calculation weights

+% Space needed for deformation calculation weights

 var persistent real    defc_a ( maxEdges nCells ) 0 io defc_a mesh - -

 var persistent real    defc_b ( maxEdges nCells ) 0 io defc_b mesh - -

 
-# Arrays required for reconstruction of velocity field

+% Arrays required for reconstruction of velocity field

 var persistent real    coeffs_reconstruct ( R3 maxEdges nCells ) 0 io coeffs_reconstruct mesh - -

 
Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_nhyd_atmos/Registry

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_nhyd_atmos/Registry        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_nhyd_atmos/Registry        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,6 @@

-#

-# namelist  type  namelist_record  name  default_value

-#

+%

+% namelist  type  namelist_record  name  default_value

+%

 namelist integer   nhyd_model config_test_case            5

 namelist character nhyd_model config_time_integration     SRK3

 namelist real      nhyd_model config_dt                   172.8

@@ -50,9 +50,9 @@

 namelist logical   restart    config_do_DAcycling         false

 namelist character restart    config_restart_interval     none

 
-#

-# dim  type  name_in_file  name_in_code

-#

+%

+% dim  type  name_in_file  name_in_code

+%

 dim nCells nCells

 dim nEdges nEdges

 dim maxEdges maxEdges

@@ -67,12 +67,12 @@

 dim nVertLevels namelist:config_nvertlevels

 dim nVertLevelsP1 nVertLevels+1

 
-#

-# var  type  name_in_file  ( dims )  iro-  name_in_code super-array array_class

-#

+%

+% var  type  name_in_file  ( dims )  iro-  name_in_code super-array array_class

+%

 var persistent text    xtime ( Time ) 2 iro xtime state - -

 
-#  horizontal grid structure

+%  horizontal grid structure

 
 var persistent real    latCell ( nCells ) 0 iro latCell mesh - -

 var persistent real    lonCell ( nCells ) 0 iro lonCell mesh - -

@@ -125,9 +125,9 @@

 var persistent real    meshScalingDel2 ( nEdges ) 0 ro meshScalingDel2 mesh - -

 var persistent real    meshScalingDel4 ( nEdges ) 0 ro meshScalingDel4 mesh - -

 
-# some solver scalar coefficients

+% some solver scalar coefficients

 
-# coefficients for vertical extrapolation to the surface

+% coefficients for vertical extrapolation to the surface

 var persistent real    cf1 ( ) 0 iro cf1 mesh - -

 var persistent real    cf2 ( ) 0 iro cf2 mesh - -

 var persistent real    cf3 ( ) 0 iro cf3 mesh - -

@@ -135,7 +135,7 @@

 var persistent real    cpr ( THREE nEdges ) 0 ro cpr mesh - -

 var persistent real    cpl ( THREE nEdges ) 0 ro cpl mesh - -

 
-# description of the vertical grid structure

+% description of the vertical grid structure

 
 var persistent real    hx ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 iro hx mesh - -

 var persistent real    zgrid ( nVertLevelsP1 nCells ) 0 iro zgrid mesh - -

@@ -151,8 +151,8 @@

 var persistent real    zb ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zb mesh - -

 var persistent real    zb3 ( nVertLevelsP1 TWO nEdges ) 0 iro zb3 mesh - -

 
-# coefficients for the vertical tridiagonal solve

-# Note:  these could be local but...

+% coefficients for the vertical tridiagonal solve

+% Note:  these could be local but...

 
 var persistent real    cofrz ( nVertLevels Time ) 1 - cofrz diag - -

 var persistent real    cofwr ( nVertLevels nCells Time ) 1 - cofwr diag - -

@@ -163,11 +163,11 @@

 var persistent real    alpha_tri ( nVertLevels nCells Time ) 1 - alpha_tri diag - -

 var persistent real    gamma_tri ( nVertLevels nCells Time ) 1 - gamma_tri diag - -

 
-#  W-Rayleigh-damping coefficient

+%  W-Rayleigh-damping coefficient

 
 var persistent real    dss ( nVertLevels nCells ) 0 iro dss mesh - -

 
-# Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

+% Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

 var persistent real    u ( nVertLevels nEdges Time ) 2 iro u state - -

 var persistent real    w ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 iro w state - -

 var persistent real    rho_zz ( nVertLevels nCells Time ) 2 r rho_zz state - -

@@ -181,7 +181,7 @@

 var persistent real    qnr ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro qnr state scalars number

 var persistent real    qni ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro qni state scalars number

 
-# Tendency variables

+% Tendency variables

 var persistent real    tend_u ( nVertLevels nEdges Time ) 1 o u tend - -

 var persistent real    tend_w ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 1 o w tend - -

 var persistent real    tend_rho ( nVertLevels nCells Time ) 1 o rho_zz tend - -

@@ -200,17 +200,17 @@

 var persistent real    euler_tend_w ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 1 - w_euler tend - -

 var persistent real    euler_tend_theta ( nVertLevels nCells Time ) 1 - theta_euler tend - -

 
-# state variables diagnosed from prognostic state

+% state variables diagnosed from prognostic state

 var persistent real    pressure_p ( nVertLevels nCells Time ) 1 ro pressure_p diag - -

 
 var persistent real    u_init ( nVertLevels ) 0 iro u_init mesh - -

 var persistent real    t_init ( nVertLevels nCells ) 0 iro t_init mesh - -

 var persistent real    qv_init ( nVertLevels ) 0 iro qv_init mesh - -

 
-# Diagnostic fields: only written to output

-# NOTE: added the &quot;r&quot; option to rho,theta,uReconstructZonal,and uReconstructMeridional for use of the

-# non-hydrostatic dynamical core in a data assimilation framework. NOTE that the &quot;r&quot; option is not

-# needed for those 4 variables to get bit for bit restart capabilities, otherwise. 

+% Diagnostic fields: only written to output

+% NOTE: added the &quot;r&quot; option to rho,theta,uReconstructZonal,and uReconstructMeridional for use of the

+% non-hydrostatic dynamical core in a data assimilation framework. NOTE that the &quot;r&quot; option is not

+% needed for those 4 variables to get bit for bit restart capabilities, otherwise. 

 var persistent real    rho ( nVertLevels nCells Time ) 1 iro rho diag - -

 var persistent real    theta ( nVertLevels nCells Time ) 1 iro theta diag - -

 var persistent real    rh ( nVertLevels nCells Time ) 1 iro rh diag - -

@@ -228,7 +228,7 @@

 var persistent real    uReconstructZonal ( nVertLevels nCells Time ) 1 ro uReconstructZonal diag - -

 var persistent real    uReconstructMeridional ( nVertLevels nCells Time ) 1 ro uReconstructMeridional diag - -

 
-# Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

+% Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

 var persistent real    rv ( nVertLevels nEdges Time ) 1 r rv diag - -

 var persistent real    circulation ( nVertLevels nVertices Time ) 1 r circulation diag - -

 var persistent real    gradPVt ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - gradPVt diag - -

@@ -248,7 +248,7 @@

 var persistent real    cqu  ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - cqu diag - -

 var persistent real    cqw  ( nVertLevels nCells Time ) 1 - cqw diag - -

 
-#  coupled variables needed by the solver, but not output...

+%  coupled variables needed by the solver, but not output...

 
 var persistent real    ru ( nVertLevels nEdges Time ) 1 r ru diag - -

 var persistent real    ru_p ( nVertLevels nEdges Time ) 1 r ru_p diag - -

@@ -268,7 +268,7 @@

 var persistent real    rho_pp ( nVertLevels nCells Time ) 1 - rho_pp diag - -

 var persistent real    rho_p_save ( nVertLevels nCells Time ) 1 - rho_p_save diag - -

 
-# Space needed for advection

+% Space needed for advection

 var persistent real    deriv_two ( FIFTEEN TWO nEdges ) 0 ir deriv_two mesh - -

 var persistent integer advCells ( TWENTYONE nCells ) 0 ir advCells mesh - -

 var persistent real    adv_coefs ( FIFTEEN nEdges ) 0 - adv_coefs mesh - -

@@ -277,43 +277,43 @@

 var persistent integer nAdvCellsForEdge ( nEdges ) 0 - nAdvCellsForEdge mesh - -

 
-# Space needed for deformation calculation weights

+% Space needed for deformation calculation weights

 var persistent real    defc_a ( maxEdges nCells ) 0 iro defc_a mesh - -

 var persistent real    defc_b ( maxEdges nCells ) 0 iro defc_b mesh - -

 var persistent real    kdiff ( nVertLevels nCells Time ) 2 - kdiff diag - -

 
-# Arrays required for reconstruction of velocity field

+% Arrays required for reconstruction of velocity field

 var persistent real    coeffs_reconstruct ( R3 maxEdges nCells ) 0 iro coeffs_reconstruct mesh - -

 
-# ADDED DECLARATIONS MADE BY LDF:

+% ADDED DECLARATIONS MADE BY LDF:

 var persistent real    surface_pressure    ( nCells Time    ) 1 iro surface_pressure    diag - -

 var persistent real    surface_temperature ( nCells Time    ) 1   o surface_temperature diag - -

 
-#==================================================================================================

-# DECLARATIONS OF ALL PHYSICS VARIABLES (will need to be moved to a Physics Registry shared by the

-# hydrostatic and non-hydrostatic dynamical cores):

-#==================================================================================================

+%==================================================================================================

+% DECLARATIONS OF ALL PHYSICS VARIABLES (will need to be moved to a Physics Registry shared by the

+% hydrostatic and non-hydrostatic dynamical cores):

+%==================================================================================================

 
-#... NAMELIST VARIABLES ADDED FOR INITIALIZATION OF SURFACE CHARACTERISTICS:

+%... NAMELIST VARIABLES ADDED FOR INITIALIZATION OF SURFACE CHARACTERISTICS:

 namelist character physics  input_landuse_data          USGS

 namelist character physics  input_soil_data             STAS

 namelist integer   physics  input_soil_temperature_lag   140

 namelist integer   physics  num_soil_layers                4

 namelist integer   physics  months                        12

 
-#... NAMELIST VARIABLE NEEDED FOR THE TIME MANAGER:

+%... NAMELIST VARIABLE NEEDED FOR THE TIME MANAGER:

 dim nMonths namelist:months

 
-#... DIMENSION NEEDED FOR NUMBER OF SOIL LAYERS:

+%... DIMENSION NEEDED FOR NUMBER OF SOIL LAYERS:

 dim nSoilLevels namelist:num_soil_layers

 
-#... DIMENSION NEEDED FOR UPDATING THE DEEP SOIL TEMPERATURE:

+%... DIMENSION NEEDED FOR UPDATING THE DEEP SOIL TEMPERATURE:

 dim nLags namelist:input_soil_temperature_lag 

 
-#... DIMENSION NEEDED FOR OZONE AND AEROSOLS CONCENTRATIONS IN THE CAM LONGWAVE AND SHORTWAVE

-#... RADIATION PARAMETERIZATIONS.

-# noznlev : number of CAM radiation input ozone levels.

-# naerlev : number of CAM radiation input aerosol levels.

+%... DIMENSION NEEDED FOR OZONE AND AEROSOLS CONCENTRATIONS IN THE CAM LONGWAVE AND SHORTWAVE

+%... RADIATION PARAMETERIZATIONS.

+% noznlev : number of CAM radiation input ozone levels.

+% naerlev : number of CAM radiation input aerosol levels.

 
 namelist integer   physics  noznlev                       59

 namelist integer   physics  naerlev                       29

@@ -322,11 +322,11 @@

 dim nAerLevels     namelist:naerlev

 dim cam_dim1       namelist:cam_dim1

 
-#... DIMENSION NEEDED FOR LONGWAVE AND SHORTWAVE RADIATION FLUXES TO INCLUDE AN ADDITIONAL LAYER

-#... BETWEEN THE TOP OF THE MODEL AND THE TOP OF THE ATMOSPHERE

+%... DIMENSION NEEDED FOR LONGWAVE AND SHORTWAVE RADIATION FLUXES TO INCLUDE AN ADDITIONAL LAYER

+%... BETWEEN THE TOP OF THE MODEL AND THE TOP OF THE ATMOSPHERE

 dim nVertLevelsP2 nVertLevels+2

 
-#... NAMELIST VARIABLES ADDED FOR PHYSICS CONFIGURATION:

+%... NAMELIST VARIABLES ADDED FOR PHYSICS CONFIGURATION:

 namelist logical   physics  config_frac_seaice          false

 namelist logical   physics  config_sfc_albedo           false

 namelist logical   physics  config_sst_update           false

@@ -363,16 +363,16 @@

 var persistent real    east       ( R3 nCells               ) 0  r   east          mesh         - -

 var persistent real    north      ( R3 nCells               ) 0  r   north         mesh         - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... ARRAYS AND VARIABLES FOR UPDATING THE DEEP SOIL TEMPERATURE:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... ARRAYS AND VARIABLES FOR UPDATING THE DEEP SOIL TEMPERATURE:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# nsteps_accum: number of accumulated time-step in a day.

-# ndays_accum : number of accumulated days in a year.

-# tlag        : daily mean surface temperature of prior days                                    [K]

-# tday_accum  : accumulated daily surface temperature for current day                           [K]

-# tyear_mean  : annual mean surface temperature                                                 [K]

-# tyear_accum : accumulated yearly surface temperature for current year                         [K]

+% nsteps_accum: number of accumulated time-step in a day.

+% ndays_accum : number of accumulated days in a year.

+% tlag        : daily mean surface temperature of prior days                                    [K]

+% tday_accum  : accumulated daily surface temperature for current day                           [K]

+% tyear_mean  : annual mean surface temperature                                                 [K]

+% tyear_accum : accumulated yearly surface temperature for current year                         [K]

 
 var persistent integer nsteps_accum ( nCells Time           ) 1  r  nsteps_accum   diag_physics - -

 var persistent integer ndays_accum  ( nCells Time           ) 1  r  ndays_accum    diag_physics - -

@@ -382,17 +382,17 @@

 var persistent real    tyear_mean   ( nCells Time           ) 1  r  tyear_mean     diag_physics - -

 var persistent real    tyear_accum  ( nCells Time           ) 1  r  tyear_accum    diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF CLOUD MICROPHYSICS:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF CLOUD MICROPHYSICS:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# rainnc    : accumulated total time-step grid-scale precipitation                             (mm)

-# rainncv   : time-step total grid-scale precipitation                                         (mm)

-# snownc    : accumulated grid-scale precipitation of snow                                     (mm)

-# snowncv   : time-step grid-scale precipitation of snow                                       (mm)

-# graupelnc : accumulated grid-scale precipitation of graupel                                  (mm)

-# graupelncv: time-step grid-scale precipitation of graupel                                    (mm)

-# sr        : time-step ratio of frozen versus total grid-scale precipitation                   (-)

+% rainnc    : accumulated total time-step grid-scale precipitation                             (mm)

+% rainncv   : time-step total grid-scale precipitation                                         (mm)

+% snownc    : accumulated grid-scale precipitation of snow                                     (mm)

+% snowncv   : time-step grid-scale precipitation of snow                                       (mm)

+% graupelnc : accumulated grid-scale precipitation of graupel                                  (mm)

+% graupelncv: time-step grid-scale precipitation of graupel                                    (mm)

+% sr        : time-step ratio of frozen versus total grid-scale precipitation                   (-)

 
 var persistent real    sr         ( nCells Time             ) 1  ro sr             diag_physics - -

 var persistent real    rainncv    ( nCells Time             ) 1  ro rainncv        diag_physics - -

@@ -406,21 +406,21 @@

 var persistent real    qsat       ( nVertLevels nCells Time ) 1  o  qsat           diag_physics - -

 var persistent real    relhum     ( nVertLevels nCells Time ) 1  o  relhum         diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF CONVECTION:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF CONVECTION:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# cubot     : lowest level of convection                                                        (-)

-# cutop     : highest level of convection                                                       (-)

-# cuprec    : convective precipitation rate                                                  (mm/s)

-# rainc     : accumulated time-step convective precipitation                                   (mm)

-# raincv    : time-step convective precipitation                                               (mm)

-# rthcuten  : tendency of potential temperature due to cumulus convection                   (K s-1)

-# rqvcuten  : tendency of water vapor mixing ratio due to cumulus convection            (kg/kg s-1)

-# rqccuten  : tendency of cloud water mixing ratio due to cumulus convection            (kg/kg s-1)

-# rqrcuten  : tendency of rain mixing ratio due to cumulus convection                   (kg/kg s-1)

-# rqicuten  : tendency of cloud ice mixing ratio due to cumulus convection              (kg/kg s-1)

-# rqscuten  : tendency of snow mixing ratio due to cumulus convection                   (kg/kg s-1)

+% cubot     : lowest level of convection                                                        (-)

+% cutop     : highest level of convection                                                       (-)

+% cuprec    : convective precipitation rate                                                  (mm/s)

+% rainc     : accumulated time-step convective precipitation                                   (mm)

+% raincv    : time-step convective precipitation                                               (mm)

+% rthcuten  : tendency of potential temperature due to cumulus convection                   (K s-1)

+% rqvcuten  : tendency of water vapor mixing ratio due to cumulus convection            (kg/kg s-1)

+% rqccuten  : tendency of cloud water mixing ratio due to cumulus convection            (kg/kg s-1)

+% rqrcuten  : tendency of rain mixing ratio due to cumulus convection                   (kg/kg s-1)

+% rqicuten  : tendency of cloud ice mixing ratio due to cumulus convection              (kg/kg s-1)

+% rqscuten  : tendency of snow mixing ratio due to cumulus convection                   (kg/kg s-1)

 
 var persistent real    cubot    ( nCells Time              ) 1  ro cubot           diag_physics - -

 var persistent real    cutop    ( nCells Time              ) 1  ro cutop           diag_physics - -

@@ -435,32 +435,32 @@

 var persistent real    rqicuten ( nVertLevels nCells Time  ) 1  ro rqicuten        tend_physics - -

 var persistent real    rqscuten ( nVertLevels nCells Time  ) 1  ro rqscuten        tend_physics - -

 
-#... KAIN_FRITSCH ONLY:

-# nca       : relaxation time for KF parameterization of convection                             (s)

-# wavg0     : average vertical velocity (KF scheme only)                                    (m s-1)

+%... KAIN_FRITSCH ONLY:

+% nca       : relaxation time for KF parameterization of convection                             (s)

+% wavg0     : average vertical velocity (KF scheme only)                                    (m s-1)

 
 var persistent real    nca      ( nCells Time              ) 1  ro nca             diag_physics - -

 var persistent real    w0avg    ( nVertLevels nCells Time  ) 1  ro w0avg           diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF PLANETARY BOUNDARY LAYER PROCESSES:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF PLANETARY BOUNDARY LAYER PROCESSES:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# kpbl      : index of PBL top                                                                  (-)

-# hpbl      : PBL height                                                                        (m)

-# exch_h    : exchange coefficient                                                              (-)

-# rublten   : tendency of zonal wind due to pbl processes                                   (m s-1)

-# rvblten   : tendency of meridional wind due to pbl processes                              (m s-1)

-# rthblten  : tendency of potential temperature due to pbl processes                        (K s-1)

-# rqvblten  : tendency of water vapor mixing ratio due to pbl processes                 (kg/kg s-1)

-# rqcblten  : tendency of cloud water mixing ratio due to pbl processes                 (kg/kg s-1)

-# rqiblten  : tendency of cloud ice mixing ratio due to pbl processes                   (kg/kg s-1)

+% kpbl      : index of PBL top                                                                  (-)

+% hpbl      : PBL height                                                                        (m)

+% exch_h    : exchange coefficient                                                              (-)

+% rublten   : tendency of zonal wind due to pbl processes                                   (m s-1)

+% rvblten   : tendency of meridional wind due to pbl processes                              (m s-1)

+% rthblten  : tendency of potential temperature due to pbl processes                        (K s-1)

+% rqvblten  : tendency of water vapor mixing ratio due to pbl processes                 (kg/kg s-1)

+% rqcblten  : tendency of cloud water mixing ratio due to pbl processes                 (kg/kg s-1)

+% rqiblten  : tendency of cloud ice mixing ratio due to pbl processes                   (kg/kg s-1)

 
 var persistent integer kpbl     ( nCells Time               ) 1  ro kpbl           diag_physics - - 

 var persistent real    hpbl     ( nCells Time               ) 1  ro hpbl           diag_physics - - 

 var persistent real    exch_h   ( nVertLevels nCells Time   ) 1   o exch_h         diag_physics - -

 
-#    TENDENCIES:

+%    TENDENCIES:

 var persistent real    rublten  ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rublten        tend_physics - -

 var persistent real    rvblten  ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rvblten        tend_physics - -

 var persistent real    rthblten ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rthblten       tend_physics - -

@@ -468,44 +468,44 @@

 var persistent real    rqcblten ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rqcblten       tend_physics - -

 var persistent real    rqiblten ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rqiblten       tend_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF SURFACE LAYER PROCESSES:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF SURFACE LAYER PROCESSES:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# br        :bulk richardson number                                                             [-]

-# cd        :drag coefficient at 10m                                                            [-]

-# cda       :drag coefficient at lowest model level                                             [-]

-# chs       :???

-# chs2      :???

-# cqs2      :???

-# ck        :enthalpy exchange coefficient at 10 m                                              [-]

-# cka       :enthalpy exchange coefficient at lowest model level                                [-]

-# cpm       :???

-# flhc      :exchange coefficient for heat                                                      [-]

-# flqc      :exchange coefficient for moisture                                                  [-]

-# gz1oz0    :log of z1 over z0                                                                  [-]

-# hfx       :upward heat flux at the surface                                               [W/m2/s]

-# lh        :latent heat flux at the surface                                                 [W/m2]

-# mavail    :surface moisture availability                                                      [-]

-# mol       :T* in similarity theory                                                            [K]

-# psih      :similarity theory for heat                                                         [-]

-# psim      :similarity theory for momentum                                                     [-]

-# qfx       :upward moisture flux at the surface                                          [kg/m2/s]

-# qgh       :???

-# qsfc      :specific humidity at lower boundary                                            [kg/kg]

-# regime    :flag indicating PBL regime (stable_p,unstable_p,etc...)                            [-]

-# rmol      :1 / Monin Ob length                                                                [-]

-# ust       :u* in similarity theory                                                          [m/s]

-# ustm      :u* in similarity theory without vconv                                            [m/s]

-# zol       :z/L height over Monin-Obukhov length                                               [-]

-# znt       :time-varying roughness length                                                      [m]

-# wspd      :wind speed                                                                       [m/s]

-# DIAGNOSTICS:

-# q2        :specific humidity at 2m                                                        [kg/kg]

-# u10       :u at 10 m                                                                        [m/s]

-# v10       :v at 10 m                                                                        [m/s]

-# t2m       :temperature at 2m                                                                  [K]

-# th2m      :potential temperature at 2m                                                        [K]

+% br        :bulk richardson number                                                             [-]

+% cd        :drag coefficient at 10m                                                            [-]

+% cda       :drag coefficient at lowest model level                                             [-]

+% chs       :???

+% chs2      :???

+% cqs2      :???

+% ck        :enthalpy exchange coefficient at 10 m                                              [-]

+% cka       :enthalpy exchange coefficient at lowest model level                                [-]

+% cpm       :???

+% flhc      :exchange coefficient for heat                                                      [-]

+% flqc      :exchange coefficient for moisture                                                  [-]

+% gz1oz0    :log of z1 over z0                                                                  [-]

+% hfx       :upward heat flux at the surface                                               [W/m2/s]

+% lh        :latent heat flux at the surface                                                 [W/m2]

+% mavail    :surface moisture availability                                                      [-]

+% mol       :T* in similarity theory                                                            [K]

+% psih      :similarity theory for heat                                                         [-]

+% psim      :similarity theory for momentum                                                     [-]

+% qfx       :upward moisture flux at the surface                                          [kg/m2/s]

+% qgh       :???

+% qsfc      :specific humidity at lower boundary                                            [kg/kg]

+% regime    :flag indicating PBL regime (stable_p,unstable_p,etc...)                            [-]

+% rmol      :1 / Monin Ob length                                                                [-]

+% ust       :u* in similarity theory                                                          [m/s]

+% ustm      :u* in similarity theory without vconv                                            [m/s]

+% zol       :z/L height over Monin-Obukhov length                                               [-]

+% znt       :time-varying roughness length                                                      [m]

+% wspd      :wind speed                                                                       [m/s]

+% DIAGNOSTICS:

+% q2        :specific humidity at 2m                                                        [kg/kg]

+% u10       :u at 10 m                                                                        [m/s]

+% v10       :v at 10 m                                                                        [m/s]

+% t2m       :temperature at 2m                                                                  [K]

+% th2m      :potential temperature at 2m                                                        [K]

 
 var persistent real    hfx      ( nCells Time               ) 1  ro hfx            diag_physics - -

 var persistent real    mavail   ( nCells Time               ) 1  ro mavail         diag_physics - -

@@ -536,34 +536,34 @@

 var persistent real    regime   ( nCells Time               ) 1  ro regime         diag_physics - -

 var persistent real    rmol     ( nCells Time               ) 1  ro rmol           diag_physics - -

 var persistent real    wspd     ( nCells Time               ) 1  ro wspd           diag_physics - -

-# DIAGNOSTICS:

+% DIAGNOSTICS:

 var persistent real    u10      ( nCells Time               ) 1  ro u10            diag_physics - -

 var persistent real    v10      ( nCells Time               ) 1  ro v10            diag_physics - -

 var persistent real    q2       ( nCells Time               ) 1  ro q2             diag_physics - -

 var persistent real    t2m      ( nCells Time               ) 1  ro t2m            diag_physics - -

 var persistent real    th2m     ( nCells Time               ) 1  ro th2m           diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF SHORTWAVE RADIATION:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF SHORTWAVE RADIATION:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# coszr     :cosine of the solar zenith angle                                                   [-]

+% coszr     :cosine of the solar zenith angle                                                   [-]

 
-# gsw       :net shortwave flux at surface                                                  [W m-2]

-# swcf      :shortwave cloud forcing at top-of-atmosphere                                   [W m-2]

-# swdnb     :all-sky downwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                     [J m-2]

-# swdnbc    :clear-sky downwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                   [J m-2]

-# swdnt     :all-sky downwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                        [J m-2]

-# swdntc    :clear-sky downwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                      [J m-2] 

-# swupb     :all-sky upwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                       [J m-2]

-# swupbc    :clear-sky upwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                     [J m-2]

-# swupt     :all-sky upwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                          [J m-2]

-# swuptc    :clear-sky upwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                        [J m-2]

-# swdnflx   :

-# swdnflxc  :

-# swupflx   :

-# swupflxc  :

-# rthratensw:uncoupled theta tendency due to shortwave radiation                            [K s-1]

+% gsw       :net shortwave flux at surface                                                  [W m-2]

+% swcf      :shortwave cloud forcing at top-of-atmosphere                                   [W m-2]

+% swdnb     :all-sky downwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                     [J m-2]

+% swdnbc    :clear-sky downwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                   [J m-2]

+% swdnt     :all-sky downwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                        [J m-2]

+% swdntc    :clear-sky downwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                      [J m-2] 

+% swupb     :all-sky upwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                       [J m-2]

+% swupbc    :clear-sky upwelling shortwave flux at bottom-of-atmosphere                     [J m-2]

+% swupt     :all-sky upwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                          [J m-2]

+% swuptc    :clear-sky upwelling shortwave flux at top-of-atmosphere                        [J m-2]

+% swdnflx   :

+% swdnflxc  :

+% swupflx   :

+% swupflxc  :

+% rthratensw:uncoupled theta tendency due to shortwave radiation                            [K s-1]

 
 var persistent real    coszr      ( nCells Time               ) 1   o coszr        diag_physics - -

 var persistent real    swcf       ( nCells Time               ) 1   o swcf         diag_physics - -

@@ -579,37 +579,37 @@

 
 var persistent real    rthratensw ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rthratensw   tend_physics - -

 
-#... RRTMG SW ONLY:

+%... RRTMG SW ONLY:

 var persistent real    swdnflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o swdnflx      diag_physics - -

 var persistent real    swdnflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o swdnflxc     diag_physics - -

 var persistent real    swupflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o swupflx      diag_physics - -

 var persistent real    swupflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o swupflxc     diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF LONGWAVE RADIATION:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF LONGWAVE RADIATION:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# note: glw is the same diagnostic as lwdnb and is used in the land-surface scheme for the calcula-

-#       tion of the surface budget. glw is always an output argument to the subroutine rrtmg_lwrad.

-#       in contrast,lwdnb is an optional ouput argument to the subroutine rrtmg_lwrad depending on

-#       the presence of lwupt (or not).

+% note: glw is the same diagnostic as lwdnb and is used in the land-surface scheme for the calcula-

+%       tion of the surface budget. glw is always an output argument to the subroutine rrtmg_lwrad.

+%       in contrast,lwdnb is an optional ouput argument to the subroutine rrtmg_lwrad depending on

+%       the presence of lwupt (or not).

 
-# glw       :all-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

-# lwcf      :longwave cloud forcing at top-of-atmosphere                                    [W m-2]

-# lwdnb     :all-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

-# lwdnbc    :clear-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                    [W m-2]

-# lwdnt     :all-sky downwelling longwave flux at top-of-atmosphere                         [W m-2]

-# lwdntc    :clear-sky downwelling longwave flux at top-of-atmosphere                       [W m-2]

-# lwupb     :all-sky upwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                        [W m-2]

-# lwupbc    :clear-sky upwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

-# lwupt     :all-sky upwelling longwave flux at top-of-atmosphere                           [W m-2]

-# lwuptc    :clear-sky upwelling longwave flux at top-of-atmosphere                         [W m-2]

-# lwdnflx   :

-# lwdnflxc  :

-# lwupflx   :

-# lwupflxc  :

-# olrtoa    :outgoing longwave radiation at top-of-the-atmosphere                           [W m-2]

-# rthratenlw:uncoupled theta tendency due to longwave radiation                             [K s-1]

+% glw       :all-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

+% lwcf      :longwave cloud forcing at top-of-atmosphere                                    [W m-2]

+% lwdnb     :all-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

+% lwdnbc    :clear-sky downwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                    [W m-2]

+% lwdnt     :all-sky downwelling longwave flux at top-of-atmosphere                         [W m-2]

+% lwdntc    :clear-sky downwelling longwave flux at top-of-atmosphere                       [W m-2]

+% lwupb     :all-sky upwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                        [W m-2]

+% lwupbc    :clear-sky upwelling longwave flux at bottom-of-atmosphere                      [W m-2]

+% lwupt     :all-sky upwelling longwave flux at top-of-atmosphere                           [W m-2]

+% lwuptc    :clear-sky upwelling longwave flux at top-of-atmosphere                         [W m-2]

+% lwdnflx   :

+% lwdnflxc  :

+% lwupflx   :

+% lwupflxc  :

+% olrtoa    :outgoing longwave radiation at top-of-the-atmosphere                           [W m-2]

+% rthratenlw:uncoupled theta tendency due to longwave radiation                             [K s-1]

 
 var persistent real    lwcf       ( nCells Time               ) 1   o lwcf         diag_physics - -

 var persistent real    lwdnb      ( nCells Time               ) 1   o lwdnb        diag_physics - -

@@ -625,30 +625,30 @@

 
 var persistent real    rthratenlw ( nVertLevels nCells Time   ) 1  ro rthratenlw   tend_physics - -

 
-#... RRTMG LW ONLY:

-#var persistent real   lwdnflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwdnflx      diag_physics - -

-#var persistent real   lwdnflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwdnflxc     diag_physics - -

-#var persistent real   lwupflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwupflx      diag_physics - -

-#var persistent real   lwupflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwupflxc     diag_physics - -

+%... RRTMG LW ONLY:

+%var persistent real   lwdnflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwdnflx      diag_physics - -

+%var persistent real   lwdnflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwdnflxc     diag_physics - -

+%var persistent real   lwupflx    ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwupflx      diag_physics - -

+%var persistent real   lwupflxc   ( nVertLevelsP2 nCells Time ) 1   o lwupflxc     diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... ADDITIONAL &quot;RADIATION&quot; ARRAYS NEEDED ONLY IN THE &quot;CAM&quot; LW AND SW RADIATION CODES:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... ADDITIONAL &quot;RADIATION&quot; ARRAYS NEEDED ONLY IN THE &quot;CAM&quot; LW AND SW RADIATION CODES:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-#INFRARED ABSORPTION:

+%INFRARED ABSORPTION:

 var persistent real absnxt  ( nVertLevels   cam_dim1      nCells Time ) 1 - absnxt diag_physics - -

 var persistent real abstot  ( nVertLevelsP1 nVertLevelsP1 nCells Time ) 1 - abstot diag_physics - -

 var persistent real emstot  ( nVertLevelsP1 nCells Time               ) 1 - emstot diag_physics - -

 
-# OZONE:

+% OZONE:

 var persistent real    pin      ( nOznLevels nCells         ) 0 -  pin       mesh  - -

 var persistent real    ozmixm   ( nMonths nOznLevels nCells ) 0 -  ozmixm    mesh  - -

 
-# AEROSOLS:

+% AEROSOLS:

 var persistent real    m_hybi   ( nAerLevels nCells         ) 0 -  m_hybi    mesh  - -  

 
 var persistent real    m_ps     ( nCells Time               ) 2 -  m_ps      state - -

-#var persistent real   dummy    ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  dummy     state aerosols aer_cam

+%var persistent real   dummy    ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  dummy     state aerosols aer_cam

 var persistent real    sul      ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  sul       state aerosols aer_cam

 var persistent real    sslt     ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  sslt      state aerosols aer_cam

 var persistent real    dust1    ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  dust1     state aerosols aer_cam

@@ -662,43 +662,43 @@

 var persistent real    bg       ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  bg        state aerosols aer_cam

 var persistent real    volc     ( nAerLevels nCells Time    ) 2 -  volc      state aerosols aer_cam

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMERIZATION OF CLOUDINESS:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMERIZATION OF CLOUDINESS:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# cldfrac   :cloud fraction                                                                     [-]

+% cldfrac   :cloud fraction                                                                     [-]

 
 var persistent real    cldfrac    ( nVertLevels nCells Time ) 1   o cldfrac        diag_physics - -

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... PARAMETERIZATION OF LAND-SURFACE SCHEME:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... PARAMETERIZATION OF LAND-SURFACE SCHEME:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# acsnom         :accumulated melted snow                                                  [kg m-2]

-# acsnow         :accumulated snow                                                         [kg m-2]

-# canwat         :canopy water                                                             [kg m-2]

-# chklowq        :surface saturation flag                                                       [-]

-# grdflx         :ground heat flux                                                          [W m-2]

-# lai            :leaf area index                                                               [-]

-# noahres        :residual of the noah land-surface scheme energy budget                    [W m-2]

-# potevp         :potential evaporation                                                     [W m-2]

-# qz0            :specific humidity at znt                                                [kg kg-1]

-# rib            :??

-# sfc_albedo     :surface albedo                                                                [-]

-# sfc_embck      :background emissivity                                                         [-]

-# sfc_emiss      :surface emissivity                                                            [-]

-# sfcrunoff      :surface runoff                                                            [m s-1]

-# smstav         :moisture availability                                                         [-]

-# smstot         :total moisture                                                           [m3 m-3]

-# snopcx         :snow phase change heat flux                                               [W m-2]

-# snotime        :??

-# sstsk          : skin sea-surface temperature                                                [K]

-# sstsk_diur     : skin sea-surface temperature difference                                     [K]

-# thc            :thermal inertia                                              [Cal cm-1 K-1 s-0.5]

-# udrunoff       :sub-surface runoff                                                        [m s-1]

-# xicem          :ice mask from previous time-step                                              [-]

-# z0             :background roughness length                                                   [m]

-# zs             :depth of centers of soil layers                                               [m]

+% acsnom         :accumulated melted snow                                                  [kg m-2]

+% acsnow         :accumulated snow                                                         [kg m-2]

+% canwat         :canopy water                                                             [kg m-2]

+% chklowq        :surface saturation flag                                                       [-]

+% grdflx         :ground heat flux                                                          [W m-2]

+% lai            :leaf area index                                                               [-]

+% noahres        :residual of the noah land-surface scheme energy budget                    [W m-2]

+% potevp         :potential evaporation                                                     [W m-2]

+% qz0            :specific humidity at znt                                                [kg kg-1]

+% rib            :??

+% sfc_albedo     :surface albedo                                                                [-]

+% sfc_embck      :background emissivity                                                         [-]

+% sfc_emiss      :surface emissivity                                                            [-]

+% sfcrunoff      :surface runoff                                                            [m s-1]

+% smstav         :moisture availability                                                         [-]

+% smstot         :total moisture                                                           [m3 m-3]

+% snopcx         :snow phase change heat flux                                               [W m-2]

+% snotime        :??

+% sstsk          : skin sea-surface temperature                                                [K]

+% sstsk_diur     : skin sea-surface temperature difference                                     [K]

+% thc            :thermal inertia                                              [Cal cm-1 K-1 s-0.5]

+% udrunoff       :sub-surface runoff                                                        [m s-1]

+% xicem          :ice mask from previous time-step                                              [-]

+% z0             :background roughness length                                                   [m]

+% zs             :depth of centers of soil layers                                               [m]

 
 var persistent real    acsnom     ( nCells Time             ) 1  ro acsnom         diag_physics - -

 var persistent real    acsnow     ( nCells Time             ) 1  ro acsnow         diag_physics - -

@@ -726,36 +726,36 @@

 var persistent real    z0         ( nCells Time             ) 1  ro z0             diag_physics - -   

 var persistent real    zs         ( nCells Time             ) 1  ro zs             diag_physics - -   

 
-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

-#... SURFACE CHARACTERISTICS THAT NEED TO BE READ FROM GRID.NC:

-#--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

+%... SURFACE CHARACTERISTICS THAT NEED TO BE READ FROM GRID.NC:

+%--------------------------------------------------------------------------------------------------

 
-# albedo12m      :monthly climatological albedo                                                 [-]

-# greenfrac      :monthly climatological greeness fraction                                      [-]                             

-# isltyp         :dominant soil category                                                        [-]

-# ivgtyp         :dominant vegetation category                                                  [-]

-# landmask       :=0 for ocean;=1 for land                                                      [-]

-# sfc_albbck     :background albedo                                                             [-]

-# shdmin         :minimum areal fractional coverage of annual green vegetation                  [-]

-# shdmax         :maximum areal fractional coverage of annual green vegetation                  [-]

-# skintemp       :skin temperature                                                              [K]

-# snoalb         :annual max snow albedo                                                        [-]

-# snow           :snow water equivalent                                                    [kg m-2]

-# sst            :sea-surface temperature                                                       [K]

-# snowc          :flag indicating snow coverage (1 for snow cover)                              [-]

-# snowh          :physical snow depth                                                           [m]

-# ter            :terrain height                                                                [-]

-# tmn            :soil temperature at lower boundary                                            [K]

-# vegfra         :vegetation fraction                                                           [-]

-# seaice         :sea-ice mask (=1 when xice is greater than 0; =0 otherwise)                   [-]

-# xice           :fractional sea-ice coverage                                                   [-]

-# xland          :land mask    (1 for land; 2 for water)                                        [-]

+% albedo12m      :monthly climatological albedo                                                 [-]

+% greenfrac      :monthly climatological greeness fraction                                      [-]                             

+% isltyp         :dominant soil category                                                        [-]

+% ivgtyp         :dominant vegetation category                                                  [-]

+% landmask       :=0 for ocean;=1 for land                                                      [-]

+% sfc_albbck     :background albedo                                                             [-]

+% shdmin         :minimum areal fractional coverage of annual green vegetation                  [-]

+% shdmax         :maximum areal fractional coverage of annual green vegetation                  [-]

+% skintemp       :skin temperature                                                              [K]

+% snoalb         :annual max snow albedo                                                        [-]

+% snow           :snow water equivalent                                                    [kg m-2]

+% sst            :sea-surface temperature                                                       [K]

+% snowc          :flag indicating snow coverage (1 for snow cover)                              [-]

+% snowh          :physical snow depth                                                           [m]

+% ter            :terrain height                                                                [-]

+% tmn            :soil temperature at lower boundary                                            [K]

+% vegfra         :vegetation fraction                                                           [-]

+% seaice         :sea-ice mask (=1 when xice is greater than 0; =0 otherwise)                   [-]

+% xice           :fractional sea-ice coverage                                                   [-]

+% xland          :land mask    (1 for land; 2 for water)                                        [-]

 
-# dzs            :thickness of soil layers                                                      [m]

-# smcrel         :soil moisture threshold below which transpiration begins to stress            [-]

-# sh2o           :soil liquid water                                                        [m3 m-3]

-# smois          :soil moisture                                                            [m3 m-3]

-# tslb           :soil temperature                                                              [K]

+% dzs            :thickness of soil layers                                                      [m]

+% smcrel         :soil moisture threshold below which transpiration begins to stress            [-]

+% sh2o           :soil liquid water                                                        [m3 m-3]

+% smois          :soil moisture                                                            [m3 m-3]

+% tslb           :soil temperature                                                              [K]

 
 var persistent integer isltyp     ( nCells                   ) 0 iro isltyp        sfc_input    - -

 var persistent integer ivgtyp     ( nCells                   ) 0 iro ivgtyp        sfc_input    - -

@@ -785,4 +785,4 @@

 var persistent real    smois      ( nSoilLevels nCells Time  ) 1 iro smois         sfc_input    - -

 var persistent real    tslb       ( nSoilLevels nCells Time  ) 1 iro tslb          sfc_input    - -

 
-#==================================================================================================

+%==================================================================================================


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/Registry

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/Registry        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/Registry        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,6 @@

-#

-# namelist  type  namelist_record  name  default_value

-#

+%

+% namelist  type  namelist_record  name  default_value

+%

 namelist integer   sw_model config_test_case           5

 namelist character sw_model config_time_integration    RK4

 namelist logical   sw_model config_rk_filter_btr_mode  false

@@ -78,9 +78,9 @@

 namelist real      restore   config_restoreT_timescale  90.0

 namelist real      restore   config_restoreS_timescale  90.0

 
-#

-# dim  type  name_in_file  name_in_code

-#

+%

+% dim  type  name_in_file  name_in_code

+%

 dim nCells nCells

 dim nEdges nEdges

 dim maxEdges maxEdges

@@ -94,9 +94,9 @@

 dim nVertLevels nVertLevels

 dim nVertLevelsP1 nVertLevels+1

 
-#

-# var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

-#

+%

+% var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

+%

 var persistent text    xtime ( Time ) 2 ro xtime state - -

 
 var persistent real    latCell ( nCells ) 0 iro latCell mesh - -

@@ -151,21 +151,21 @@

 var persistent real    fVertex ( nVertices ) 0 iro fVertex mesh - -

 var persistent real    h_s ( nCells ) 0 iro h_s mesh - -

 
-# Space needed for advection

+% Space needed for advection

 var persistent real    deriv_two ( FIFTEEN TWO nEdges ) 0 - deriv_two mesh - -

 var persistent integer advCells ( TWENTYONE nCells ) 0 - advCells mesh - -

 
-# !! NOTE: the following arrays are needed to allow the use

-# !! of the module_advection.F w/o alteration

-# Space needed for deformation calculation weights

+% !! NOTE: the following arrays are needed to allow the use

+% !! of the module_advection.F w/o alteration

+% Space needed for deformation calculation weights

 var persistent real    defc_a ( maxEdges nCells ) 0 - defc_a mesh - -

 var persistent real    defc_b ( maxEdges nCells ) 0 - defc_b mesh - -

 var persistent real    kdiff ( nVertLevels nCells Time ) 0 - kdiff mesh - -

 
-# Arrays required for reconstruction of velocity field

+% Arrays required for reconstruction of velocity field

 var persistent real    coeffs_reconstruct ( R3 maxEdges nCells ) 0 - coeffs_reconstruct mesh - -

 
-# Arrays for z-level version of mpas-ocean

+% Arrays for z-level version of mpas-ocean

 var persistent integer maxLevelCell ( nCells ) 0 iro maxLevelCell mesh - -

 var persistent integer maxLevelEdgeTop ( nEdges ) 0 - maxLevelEdgeTop mesh - -

 var persistent integer maxLevelEdgeBot ( nEdges ) 0 - maxLevelEdgeBot mesh - -

@@ -178,7 +178,7 @@

 var persistent real hRatioZLevelK ( nVertLevels ) 0 - hRatioZLevelK mesh - -

 var persistent real hRatioZLevelKm1 ( nVertLevels ) 0 - hRatioZLevelKm1 mesh - -

 
-# Boundary conditions: read from input, saved in restart and written to output

+% Boundary conditions: read from input, saved in restart and written to output

 var persistent integer boundaryEdge ( nVertLevels nEdges ) 0 iro boundaryEdge mesh - -

 var persistent integer boundaryVertex ( nVertLevels nVertices ) 0 iro boundaryVertex mesh - -

 var persistent integer boundaryCell ( nVertLevels nCells ) 0 iro boundaryCell mesh - -

@@ -186,7 +186,7 @@

 var persistent real    temperatureRestore ( nCells ) 0 ir temperatureRestore mesh - -

 var persistent real    salinityRestore ( nCells ) 0 ir salinityRestore mesh - -

 
-# Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

+% Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

 var persistent real    u ( nVertLevels nEdges Time ) 2 ir u state - -

 var persistent real    h ( nVertLevels nCells Time ) 2 ir h state - -

 var persistent real    rho ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro rho state - -

@@ -194,7 +194,7 @@

 var persistent real    salinity ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro salinity state tracers dynamics

 var persistent real    tracer1 ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro tracer1 state tracers testing

 
-# Tendency variables: neither read nor written to any files

+% Tendency variables: neither read nor written to any files

 var persistent real    tend_u ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - u tend - -

 var persistent real    tend_h ( nVertLevels nCells Time ) 1 - h tend - -

 var persistent real    tend_ssh ( nCells Time ) 1 - ssh tend - -

@@ -202,7 +202,7 @@

 var persistent real    tend_salinity ( nVertLevels nCells Time ) 1 - salinity tend tracers dynamics

 var persistent real    tend_tracer1 ( nVertLevels nCells Time ) 1 - tracer1 tend tracers testing

 
-# state variables for Split Explicit timesplitting

+% state variables for Split Explicit timesplitting

 var persistent real   uBtr ( nEdges Time )         2 -  uBtr state - -

 var persistent real   ssh ( nCells Time )          2 o  ssh state - - 

 var persistent real   uBtrSubcycle ( nEdges Time ) 2 -  uBtrSubcycle state - -

@@ -215,7 +215,7 @@

 var persistent real   vorticityBtr ( nVertices Time ) 1 - vorticityBtr state - -

 var persistent real   u_diffusionBtr ( nEdges Time ) 1 - u_diffusionBtr state - -

 
-# Diagnostic fields: only written to output

+% Diagnostic fields: only written to output

 var persistent real    v ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - v state - -

 var persistent real    divergence ( nVertLevels nCells Time ) 2 o divergence state - -

 var persistent real    vorticity ( nVertLevels nVertices Time ) 2 o vorticity state - -

@@ -238,13 +238,13 @@

 var persistent real    wTop ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 2 - wTop state - -

 var persistent real    rhoDisplaced ( nVertLevels nCells Time ) 2 - rhoDisplaced state - -

 
-# Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

+% Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

 var persistent real    vh ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - vh state - -

 var persistent real    circulation ( nVertLevels nVertices Time ) 2 - circulation state - -

 var persistent real    gradPVt ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - gradPVt state - -

 var persistent real    gradPVn ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - gradPVn state - -

 
-# Globally reduced diagnostic variables: only written to output

+% Globally reduced diagnostic variables: only written to output

 var persistent real    areaCellGlobal ( Time ) 2 o areaCellGlobal state - -

 var persistent real    areaEdgeGlobal ( Time ) 2 o areaEdgeGlobal state - -

 var persistent real    areaTriangleGlobal ( Time ) 2 o areaTriangleGlobal state - -

@@ -253,7 +253,7 @@

 var persistent real    volumeEdgeGlobal ( Time ) 2 o volumeEdgeGlobal state - -

 var persistent real    CFLNumberGlobal ( Time ) 2 o CFLNumberGlobal state - -

 
-# Diagnostics fields, only one time level required

+% Diagnostics fields, only one time level required

 var persistent real    RiTopOfCell ( nVertLevelsP1 nCells Time ) 1 - RiTopOfCell diagnostics - -

 var persistent real    RiTopOfEdge ( nVertLevelsP1 nEdges Time ) 1 - RiTopOfEdge diagnostics - -

 var persistent real    vertViscTopOfEdge ( nVertLevelsP1 nEdges Time ) 1 - vertViscTopOfEdge diagnostics - -


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_mpas_core.F        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -3,10 +3,10 @@

    use mpas_framework

    use mpas_timekeeping

    use mpas_dmpar

+   use mpas_timer

+

    use ocn_test_cases

-

    use ocn_time_integration

-

    use ocn_tendency

 
    use ocn_vel_pressure_grad

@@ -81,6 +81,8 @@

       call ocn_equation_of_state_init(err_tmp)

       err = ior(err, err_tmp)

 
+      call mpas_timer_init(domain)

+

       if(err.eq.1) then

           call mpas_dmpar_abort(dminfo)

       endif


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_rk4.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_rk4.F        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_ocean/mpas_ocn_time_integration_rk4.F        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -317,6 +317,7 @@

             !

 
             call ocn_tracer_vmix_tend_implicit(block % mesh, dt, vertdifftopofcell, h, tracers, err)

+            call mpas_timer_stop(&quot;RK4-implicit vert mix&quot;)

          end if

 
          ! mrp 110725 momentum decay term


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_sw/Registry

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_sw/Registry        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/core_sw/Registry        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,6 @@

-#

-# namelist  type  namelist_record  name  default_value

-#

+%

+% namelist  type  namelist_record  name  default_value

+%

 namelist integer     sw_model  config_test_case             5

 namelist character   sw_model  config_time_integration      RK4

 namelist real        sw_model  config_dt                    172.8

@@ -30,9 +30,9 @@

 namelist logical     restart   config_do_restart            false

 namelist character   restart   config_restart_interval      none

 
-#

-# dim  type  name_in_file  name_in_code

-#

+%

+% dim  type  name_in_file  name_in_code

+%

 dim nCells nCells

 dim nEdges nEdges

 dim maxEdges maxEdges

@@ -46,9 +46,9 @@

 dim nVertLevels nVertLevels

 dim nTracers nTracers

 
-#

-# var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

-#

+%

+% var persistence type  name_in_file  ( dims )  time_levs iro-  name_in_code struct super-array array_class

+%

 var persistent text    xtime ( Time ) 2 ro xtime state - -

 
 var persistent real    latCell ( nCells ) 0 iro latCell mesh - -

@@ -104,37 +104,37 @@

 var persistent real    fCell ( nCells ) 0 iro fCell mesh - -

 var persistent real    h_s ( nCells ) 0 iro h_s mesh - -

 
-# Space needed for advection

+% Space needed for advection

 var persistent real    deriv_two ( FIFTEEN TWO nEdges ) 0 o deriv_two mesh - -

 var persistent integer advCells ( TWENTYONE nCells ) 0 - advCells mesh - -

 
-# !! NOTE: the following arrays are needed to allow the use

-# !! of the module_advection.F w/o alteration

-# Space needed for deformation calculation weights

+% !! NOTE: the following arrays are needed to allow the use

+% !! of the module_advection.F w/o alteration

+% Space needed for deformation calculation weights

 var persistent real    defc_a ( maxEdges nCells ) 0 - defc_a mesh - -

 var persistent real    defc_b ( maxEdges nCells ) 0 - defc_b mesh - -

 var persistent real    kdiff ( nVertLevels nCells Time ) 0 - kdiff mesh - -

 
-# Arrays required for reconstruction of velocity field

+% Arrays required for reconstruction of velocity field

 var persistent real    coeffs_reconstruct ( R3 maxEdges nCells ) 0 - coeffs_reconstruct mesh - -

 
-# Boundary conditions: read from input, saved in restart and written to output

+% Boundary conditions: read from input, saved in restart and written to output

 var persistent integer boundaryEdge ( nVertLevels nEdges ) 0 iro boundaryEdge mesh - -

 var persistent integer boundaryVertex ( nVertLevels nVertices ) 0 iro boundaryVertex mesh - -

 var persistent integer boundaryCell ( nVertLevels nCells ) 0 iro boundaryCell mesh - -

 var persistent real    u_src ( nVertLevels nEdges ) 0 iro u_src mesh - -

 
-# Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

+% Prognostic variables: read from input, saved in restart, and written to output

 var persistent real    u ( nVertLevels nEdges Time ) 2 iro u state - -

 var persistent real    h ( nVertLevels nCells Time ) 2 iro h state - -

 var persistent real    tracers ( nTracers nVertLevels nCells Time ) 2 iro tracers state - -

 
-# Tendency variables

+% Tendency variables

 var persistent real    tend_u ( nVertLevels nEdges Time ) 1 - u tend - -

 var persistent real    tend_h ( nVertLevels nCells Time ) 1 - h tend - -

 var persistent real    tend_tracers ( nTracers nVertLevels nCells Time ) 1 - tracers tend - -

 
-# Diagnostic fields: only written to output

+% Diagnostic fields: only written to output

 var persistent real    v ( nVertLevels nEdges Time ) 2 o v state - -

 var persistent real    divergence ( nVertLevels nCells Time ) 2 o divergence state - -

 var persistent real    vorticity ( nVertLevels nVertices Time ) 2 o vorticity state - -

@@ -150,7 +150,7 @@

 var persistent real    uReconstructZonal ( nVertLevels nCells Time ) 2 o uReconstructZonal state - -

 var persistent real    uReconstructMeridional ( nVertLevels nCells Time ) 2 o uReconstructMeridional state - -

 
-# Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

+% Other diagnostic variables: neither read nor written to any files

 var persistent real    vh ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - vh state - -

 var persistent real    circulation ( nVertLevels nVertices Time ) 2 - circulation state - -

 var persistent real    gradPVt ( nVertLevels nEdges Time ) 2 - gradPVt state - -


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/driver/mpas_subdriver.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/driver/mpas_subdriver.F        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/driver/mpas_subdriver.F        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -19,15 +19,13 @@

       real (kind=RKIND) :: dt

       character(len=32) :: timeStamp

 
-      call mpas_timer_start(&quot;total time&quot;)

-      call mpas_timer_start(&quot;initialize&quot;)

-

-

       !

       ! Initialize infrastructure

       !

       call mpas_framework_init(dminfo, domain)

 
+      call mpas_timer_start(&quot;total time&quot;)

+      call mpas_timer_start(&quot;initialize&quot;)

 
       call mpas_input_state_for_domain(domain)

 
Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/framework/mpas_timer.F

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/framework/mpas_timer.F        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/framework/mpas_timer.F        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -1,6 +1,7 @@

       module mpas_timer

 
-        use mpas_kind_types

+        use mpas_grid_types

+        use mpas_dmpar

 
         implicit none

         save

@@ -10,9 +11,9 @@

         include 'f90papi.h'

 #endif

 
-#ifdef _MPI

-        include 'mpif.h'

-#endif

+!#ifdef _MPI

+!        include 'mpif.h'

+!#endif

 
         type timer_node

           character (len=72) :: timer_name

@@ -20,15 +21,19 @@

           integer :: levels, calls

           real (kind=RKIND) :: start_time, end_time, total_time

           real (kind=RKIND) :: max_time, min_time, avg_time

+          real (kind=RKIND) :: efficiency

           type (timer_node), pointer :: next

         end type timer_node

 
         type (timer_node), pointer :: all_timers

-        integer :: levels

+        integer :: levels, synced

 
+        type (dm_info), pointer :: domain_info

+

         public :: mpas_timer_start, &amp;

                   mpas_timer_stop, &amp;

-                  mpas_timer_write

+                  mpas_timer_write, &amp;

+                  mpas_timer_init

 
         contains

 
@@ -87,6 +92,7 @@

               current%min_time = 100000000.0

               current%avg_time = 0.0

               current%calls = 0

+              current%efficiency = 0.0

             else

               current =&gt; timer_ptr

             endif

@@ -114,6 +120,7 @@

             current%min_time = 100000000.0

             current%avg_time = 0.0

             current%calls = 0

+            current%efficiency = 0.0

           endif

 
           if((timer_added .or. timer_found) .and. (.not.current%running)) then

@@ -232,6 +239,10 @@

 
           total_found = .false.

 
+          if(associated(domain_info) .and. synced == 0) then

+            call mpas_timer_sync()

+          endif

+

           if(present(timer_ptr) .and. (.not.present(total_ptr))) then

             print *,'timer_write :: timer_ptr valid, but total_ptr is not assigned.'

             stop

@@ -253,7 +264,7 @@

               percent = timer_ptr%total_time/total_ptr%total_time

             endif

 
-            write(*,'(i2, 1x, a35, f15.5, i10, 3f15.5, f8.2)') timer_ptr%levels, tname(1:timer_ptr%levels)//timer_ptr%timer_name, timer_ptr%total_time, timer_ptr%calls, timer_ptr%min_time, timer_ptr%max_time, timer_ptr%avg_time, percent

+            write(*,'(i2, 1x, a35, f15.5, i10, 3f15.5, 2f8.2)') timer_ptr%levels, tname(1:timer_ptr%levels)//timer_ptr%timer_name, timer_ptr%total_time, timer_ptr%calls, timer_ptr%min_time, timer_ptr%max_time, timer_ptr%avg_time, percent, timer_ptr%efficiency

             return

           endif

 
@@ -273,7 +284,7 @@

             stop

           end if

 
-          write(*,'(3x, a10, 24x, a15, a10, a13, a15, a15, a15)') 'timer_name', 'total', 'calls', 'min', 'max', 'avg', 'percent'

+          write(*,'(3x, a10, 24x, a15, a10, a13, a15, a15, a12, a12)') 'timer_name', 'total', 'calls', 'min', 'max', 'avg', 'percent', 'efficiency'

           write(*,'(i2, 1x, a35, f15.5, i10, 3f15.5)') total%levels, total%timer_name, total%total_time, total%calls, total%min_time, total%max_time, total%avg_time

 
           current =&gt; all_timers

@@ -292,6 +303,57 @@

 
         end subroutine mpas_timer_write!}}}

 
+        subroutine mpas_timer_init(domain)!{{{

+          type (domain_type), intent(in), optional :: domain

+

+          if( present(domain) ) then

+              domain_info =&gt; domain % dminfo

+          endif

+

+          synced = 0

+

+        end subroutine mpas_timer_init!}}}

+

+        subroutine mpas_timer_sync()!{{{

+          type (timer_node), pointer :: current

+          real (kind=RKIND) :: all_total_time, all_max_time, all_min_time, all_ave_time

+

+          current =&gt; all_timers

+

+          sync_timers: do while(associated(current))

+            all_total_time = 0.0

+            all_ave_time = 0.0

+            all_max_time = 0.0

+            all_min_time = 0.0

+

+            call mpas_dmpar_max_real(domain_info, current % total_time, all_total_time)

+            call mpas_dmpar_sum_real(domain_info, current % total_time, all_ave_time)

+            

+            all_ave_time = all_ave_time / domain_info % nprocs

+

+            current % total_time = all_total_time

+

+#ifdef _MPI

+            current % efficiency = all_ave_time / all_total_time

+#else

+            current % efficiency = 1.0

+#endif

+

+            current % avg_time = current % total_time / current % calls

+

+            call mpas_dmpar_max_real(domain_info, current % max_time, all_max_time)

+            current % max_time = all_max_time

+

+            call mpas_dmpar_min_real(domain_info, current % min_time, all_min_time)

+            current % min_time = all_min_time

+

+            current =&gt; current % next

+          end do sync_timers

+

+          synced = 1

+

+        end subroutine mpas_timer_sync!}}}

+

       end module mpas_timer

 
 ! vim: foldmethod=marker et ts=2


Modified: branches/ocean_projects/time_averaging/src/registry/parse.c

===================================================================

--- branches/ocean_projects/time_averaging/src/registry/parse.c        2012-01-06 15:28:01 UTC (rev 1305)

+++ branches/ocean_projects/time_averaging/src/registry/parse.c        2012-01-06 18:02:59 UTC (rev 1306)

@@ -19,23 +19,21 @@

    struct group_list * groups;

 
    if (argc != 2) {

-      fprintf(stderr,&quot;</font>

<font color="black">Usage: %s filename</font>

<font color="black"></font>

<font color="red">&quot;, argv[0]);

-      return 1;

+      fprintf(stderr,&quot;Reading registry file from standard input</font>

<font color="red">&quot;);

+      regfile = stdin;

    }

-

-   if (regfile = fopen(argv[1], &quot;r&quot;)) {

-      nls = NULL;

-      dims = NULL;

-      vars = NULL;

-      if (parse_reg(regfile, &amp;nls, &amp;dims, &amp;vars, &amp;groups)) {

-         return 1;

-      }

-   }   

-   else {

+   else if (!(regfile = fopen(argv[1], &quot;r&quot;))) {

       fprintf(stderr,&quot;</font>

<font color="black">Error: Could not open file %s for reading.</font>

<font color="black"></font>

<font color="gray">&quot;, argv[1]);

       return 1;

    }   

 
+   nls = NULL;

+   dims = NULL;

+   vars = NULL;

+   if (parse_reg(regfile, &amp;nls, &amp;dims, &amp;vars, &amp;groups)) {

+      return 1;

+   }

+

    sort_vars(vars);

    sort_group_vars(groups);

 
@@ -244,6 +242,7 @@

             dimlist_ptr = dimlist_ptr-&gt;next;

          }

       }

+      fprintf(stdout,&quot;</font>

<font color="gray">&quot;);

    } 

 
    nls_ptr = *nls;

@@ -274,18 +273,19 @@

    
    do { c = getc(regfile); } while (((char)c == ' ' || (char)c == '</font>

<font color="red">' || (char)c == '\t') &amp;&amp; c != EOF);

 
-   while ((char)c == '#') {

+   while ((char)c == '%') {

       do { c = getc(regfile); } while ((char)c != '</font>

<font color="black">' &amp;&amp; c != EOF);

       do { c = getc(regfile); } while (((char)c == ' ' || (char)c == '</font>

<font color="red">' || (char)c == '\t') &amp;&amp; c != EOF);

    };

-   while((char)c != ' ' &amp;&amp; (char)c != '</font>

<font color="blue">' &amp;&amp; (char)c != '\t' &amp;&amp; c != EOF &amp;&amp; (char)c != '#') {

+   while((char)c != ' ' &amp;&amp; (char)c != '</font>

<font color="red">' &amp;&amp; (char)c != '\t' &amp;&amp; c != EOF &amp;&amp; (char)c != '%') {

       word[i++] = (char)c; 

       c = (char)getc(regfile);

    } 

    word[i] = '\0';

 
-   if ((char)c == '#') do { c = getc(regfile); } while ((char)c != '</font>

<font color="blue">' &amp;&amp; c != EOF);

+   if ((char)c == '%') do { c = getc(regfile); } while ((char)c != '</font>

<font color="blue">' &amp;&amp; c != EOF);

 
+   fprintf(stdout,&quot;%s &quot;,word);

    return c;

 }

 
</font>

</pre>