<p><b>sprice@lanl.gov</b> 2011-08-31 14:39:29 -0600 (Wed, 31 Aug 2011)</p><p>branch commit (land ice): more cleanup of altered basin code; removed ocean vars not needed; removed read TS module from build.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: branches/land_ice/icesheet/src/Makefile
===================================================================
--- branches/land_ice/icesheet/src/Makefile        2011-08-31 19:49:07 UTC (rev 970)
+++ branches/land_ice/icesheet/src/Makefile        2011-08-31 20:39:29 UTC (rev 971)
@@ -45,12 +45,11 @@
        utilities.o \
        module_read_netcdf.o \
        module_read_topo.o \
-       module_read_TS.o \
        module_write_netcdf.o
 
 all: map
 
-icesheet.o: utilities.o module_write_netcdf.o module_read_netcdf.o module_read_topo.o module_read_TS.o
+icesheet.o: utilities.o module_write_netcdf.o module_read_netcdf.o module_read_topo.o 
 
 map: $(OBJS)
         $(FC) $(LDFLAGS) -o $@ $(OBJS) $(LIBS)

Modified: branches/land_ice/icesheet/src/icesheet.F
===================================================================
--- branches/land_ice/icesheet/src/icesheet.F        2011-08-31 19:49:07 UTC (rev 970)
+++ branches/land_ice/icesheet/src/icesheet.F        2011-08-31 20:39:29 UTC (rev 971)
@@ -2,7 +2,6 @@
 
 use read_netcdf
 use read_topo
-use read_TS
 use write_netcdf
 use utilities
 
@@ -42,22 +41,11 @@
 integer, allocatable, dimension(:,:) :: cellsOnVertex, edgesOnVertex
 real, allocatable, dimension(:) :: areaCell, areaTriangle, dcEdge, dvEdge, angleEdge
 real, allocatable, dimension(:,:) :: kiteAreasOnVertex, weightsOnEdge
+real, allocatable, dimension(:) :: fEdge, fVertex, work1
 
-real, allocatable, dimension(:) :: fEdge, fVertex, h_s, work1
-real, allocatable, dimension(:,:) :: u_src
-real, allocatable, dimension(:,:,:) :: u, v, h
-real, allocatable, dimension(:,:,:) :: rho
-
 ! ice sheet variables
 real(kind=4), allocatable, dimension(:,:) :: thck, topg
 
-integer nlon, nlat, ndepth
-real(kind=4), allocatable, dimension(:) :: t_lon, t_lat, depth_t
-real(kind=4), allocatable, dimension(:,:) :: mTEMP, mSALT
-real(kind=4), allocatable, dimension(:,:,:) :: TEMP, SALT
-real(kind=4), allocatable, dimension(:,:) :: TAUX, TAUY
-
-
 real, dimension(1) :: dz
 
 ! Step 1: Set the number of Vertical levels
@@ -116,12 +104,10 @@
 real, allocatable, dimension(:) :: areaCellNew, areaTriangleNew, dcEdgeNew, dvEdgeNew, angleEdgeNew
 real, allocatable, dimension(:,:) :: kiteAreasOnVertexNew, weightsOnEdgeNew, normalsNew
 
-real, allocatable, dimension(:) :: fEdgeNew, fVertexNew, h_sNew
-real, allocatable, dimension(:,:) :: u_srcNew
-real, allocatable, dimension(:,:,:) :: uNew, vNew, hNew
-real, allocatable, dimension(:,:,:) :: rhoNew, temperatureNew, salinityNew, tracer1New
-real, allocatable, dimension(:) :: temperatureRestoreNew, salinityRestoreNew
+real, allocatable, dimension(:) :: fEdgeNew, fVertexNew
 
+real, allocatable, dimension(:,:,:) :: hNew
+
 !ice sheet variables
 real(kind=8), allocatable, dimension(:,:,:) :: thckNew, topgNew  
 real(kind=4), allocatable, dimension(:) :: thckdata, topgdata
@@ -274,13 +260,6 @@
 pi = 4.0*atan(1.0)
 dtr = pi/180.0
 
-hNew = 10.0
-salinityNew = 1.0
-temperatureNew = 1.0
-tracer1New = 1.0
-uNew = 0
-vNew = 0
-
 write(6,*) ' done get_init_conditions'
 
 end subroutine get_init_conditions
@@ -504,13 +483,7 @@
 
 allocate(fEdge(nEdges))
 allocate(fVertex(nVertices))
-allocate(h_s(nCells))
 allocate(work1(nCells))
-allocate(u_src(nVertLevels,nEdges))
-allocate(u(1,nVertLevels,nEdges))
-allocate(v(1,nVertLevels,nEdges))
-allocate(h(1,nVertLevels,nCells))
-allocate(rho(1,nVertLevels,nCells))
 
 xCell=0; yCell=0; zCell=0; latCell=0; lonCell=0
 xEdge=0; yEdge=0; zEdge=0; latEdge=0; lonEdge=0
@@ -523,10 +496,7 @@
 cellsOnCell=0; verticesOnCell=0; verticesOnEdge=0
 edgesOnVertex=0; cellsOnVertex=0; kiteAreasOnVertex=0
 
-fEdge=0; fVertex=0; h_s=0; u_src=0; work1=0
-u=0; v=0; h=0; rho=0
 
-
 call  read_netcdf_fields( &amp;
                     time, &amp;
                     latCell, &amp;
@@ -565,11 +535,7 @@
                     cellsOnVertex, &amp;
                     kiteAreasOnVertex, &amp;
                     fEdge, &amp;
-                    fVertex, &amp;
-                    h_s, &amp;
-                    u, &amp;
-                    v, &amp;
-                    h &amp;
+                    fVertex &amp;
                    )
 
 write(6,*) ' values from read grid, min/max'
@@ -610,10 +576,6 @@
 write(6,*) ' kiteAreasOnVertex : ', minval(kiteAreasOnVertex), maxval(kiteAreasOnVertex)
 write(6,*) ' fEdge : ', minval(fEdge), maxval(fEdge)
 write(6,*) ' fVertex : ', minval(fVertex), maxval(fVertex)
-write(6,*) ' h_s : ', minval(h_s), maxval(h_s)
-write(6,*) ' u : ', minval(u), maxval(u)
-write(6,*) ' v : ', minval(v), maxval(v)
-write(6,*) ' h : ', minval(h), maxval(h)
 
 end subroutine read_grid
 
@@ -689,21 +651,11 @@
                     kiteAreasOnVertexNew, &amp;
                     fEdgeNew, &amp;
                     fVertexNew, &amp;
-!                    h_sNew, &amp;
                     boundaryEdgeNew, &amp;
                     boundaryVertexNew, &amp;
-!                    u_srcNew, &amp;
-!                    uNew, &amp;
-!                    vNew, &amp;
                     hNew, &amp;
-!                    rhoNew, &amp;
-!                    temperatureNew, &amp;
-!                    salinityNew, &amp;
-!                    tracer1New, &amp;
-!                    temperatureRestoreNew, &amp;
-!                    salinityRestoreNew, &amp;
-                    thckNew, &amp;
-                    topgNew &amp;
+                    topgNew, &amp;
+                    thckNew &amp;
                    )
 
 call write_netcdf_finalize
@@ -970,37 +922,14 @@
 
 allocate(fEdgeNew(nEdgesNew))
 allocate(fVertexNew(nVerticesNew))
-allocate(h_sNew(nCellsNew))
-allocate(u_srcNew(nVertLevelsNew,nEdgesNew))
-allocate(uNew(1,nVertLevelsNew,nEdgesNew))
-allocate(vNew(1,nVertLevelsNew,nEdgesNew))
 allocate(hNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-allocate(rhoNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-allocate(temperatureNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-allocate(salinityNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-allocate(tracer1New(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
 
-! ice sheet variables
-!allocate(thckNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-!allocate(topgNew(1,nVertLevelsNew,nCellsNew))
-
-allocate(temperatureRestoreNew(nCellsNew))
-allocate(salinityRestoreNew(nCellsNew))
-
 xCellNew=0; yCellNew=0; zCellNew=0; latCellNew=0; lonCellNew=0
 xEdgeNew=0; yEdgeNew=0; zEdgeNew=0; latEdgeNew=0; lonEdgeNew=0
 xVertexNew=0; yVertexNew=0; zVertexNew=0; latVertexNew=0; lonVertexNew=0
 
-fEdgeNew=0; fVertexNew=0; h_sNew=0; u_srcNew=0
-uNew=0; vNew=0; hNew=0; rhoNew=0
-temperatureNew=0; salinityNew=0; tracer1New=0;
+hNew=0
 
-!thckNew = 0; topgNew = 0;
-
-temperatureRestoreNew = 0.0
-salinityRestoreNew = 0.0
-
-
 do i=1,nCells
 jNew = cellMap(i)
 if(jNew.ne.0) then

Modified: branches/land_ice/icesheet/src/module_read_netcdf.F
===================================================================
--- branches/land_ice/icesheet/src/module_read_netcdf.F        2011-08-31 19:49:07 UTC (rev 970)
+++ branches/land_ice/icesheet/src/module_read_netcdf.F        2011-08-31 20:39:29 UTC (rev 971)
@@ -47,10 +47,6 @@
    integer :: rdVarIDkiteAreasOnVertex
    integer :: rdVarIDfEdge
    integer :: rdVarIDfVertex
-   integer :: rdVarIDh_s
-   integer :: rdVarIDu
-   integer :: rdVarIDv
-   integer :: rdVarIDh
  
    integer :: rdLocalnCells
    integer :: rdLocalnEdges
@@ -163,10 +159,6 @@
       nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'kiteAreasOnVertex', rdVarIDkiteAreasOnVertex)
       nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'fEdge', rdVarIDfEdge)
       nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'fVertex', rdVarIDfVertex)
-      nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'h_s', rdVarIDh_s)
-      nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'u', rdVarIDu)
-      nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'v', rdVarIDv)
-      nferr = nf_inq_varid(rd_ncid, 'h', rdVarIDh)
  
    end subroutine read_netcdf_init
  
@@ -209,11 +201,7 @@
                                   cellsOnVertex, &amp;
                                   kiteAreasOnVertex, &amp;
                                   fEdge, &amp;
-                                  fVertex, &amp;
-                                  h_s, &amp;
-                                  u, &amp;
-                                  v, &amp;
-                                  h &amp;
+                                  fVertex &amp;
                                  )
  
       implicit none
@@ -258,10 +246,6 @@
       real (kind=8), dimension(:,:), intent(out) :: kiteAreasOnVertex
       real (kind=8), dimension(:), intent(out) :: fEdge
       real (kind=8), dimension(:), intent(out) :: fVertex
-      real (kind=8), dimension(:), intent(out) :: h_s
-      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(out) :: u
-      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(out) :: v
-      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(out) :: h
  
       integer :: nferr
       integer, dimension(1) :: start1, count1
@@ -463,29 +447,6 @@
       count1( 1) = rdLocalnVertices
       nferr = nf_get_vara_double(rd_ncid, rdVarIDfVertex, start1, count1, fVertex)
  
-      start1(1) = 1
-      count1( 1) = rdLocalnCells
-      count1( 1) = rdLocalnCells
-      nferr = nf_get_vara_double(rd_ncid, rdVarIDh_s, start1, count1, h_s)

-      start3(3) = time
-      count3( 1) = rdLocalnVertLevels
-      count3( 2) = rdLocalnEdges
-      count3( 3) = 1
-      nferr = nf_get_vara_double(rd_ncid, rdVarIDu, start3, count3, u)

-      start3(3) = time
-      count3( 1) = rdLocalnVertLevels
-      count3( 2) = rdLocalnEdges
-      count3( 3) = 1
-      nferr = nf_get_vara_double(rd_ncid, rdVarIDv, start3, count3, v)

-      start3(3) = time
-      count3( 1) = rdLocalnVertLevels
-      count3( 2) = rdLocalnCells
-      count3( 3) = 1
-      nferr = nf_get_vara_double(rd_ncid, rdVarIDh, start3, count3, h)

    end subroutine read_netcdf_fields
  
  

Modified: branches/land_ice/icesheet/src/module_write_netcdf.F
===================================================================
--- branches/land_ice/icesheet/src/module_write_netcdf.F        2011-08-31 19:49:07 UTC (rev 970)
+++ branches/land_ice/icesheet/src/module_write_netcdf.F        2011-08-31 20:39:29 UTC (rev 971)
@@ -48,19 +48,10 @@
    integer :: wrVarIDkiteAreasOnVertex
    integer :: wrVarIDfEdge
    integer :: wrVarIDfVertex
-!   integer :: wrVarIDh_s
-!   integer :: wrVarIDu
    integer :: wrVarIDboundaryEdge
    integer :: wrVarIDboundaryVertex
-!   integer :: wrVarIDu_src
-!   integer :: wrVarIDv
+
    integer :: wrVarIDh
-!   integer :: wrVarIDrho
-!   integer :: wrVarIDtemperature
-!   integer :: wrVarIDsalinity
-!   integer :: wrVarIDtracer1
-!   integer :: wrVarIDtemperatureRestore
-!   integer :: wrVarIDsalinityRestore
 
    ! ice sheet variables 
    integer :: wrVarIDthck    
@@ -216,49 +207,17 @@
       dimlist( 1) = wrDimIDnVertices
       nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'fVertex', NF_DOUBLE,  1, dimlist, wrVarIDfVertex)
       dimlist( 1) = wrDimIDnCells
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'h_s', NF_DOUBLE,  1, dimlist, wrVarIDh_s)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnCells
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'temperatureRestore', NF_DOUBLE,  1, dimlist, wrVarIDtemperatureRestore)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnCells
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'salinityRestore', NF_DOUBLE,  1, dimlist, wrVarIDsalinityRestore)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnEdges
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'u', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDu)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnEdges
       nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'boundaryEdge', NF_INT,  2, dimlist, wrVarIDboundaryEdge)
       dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
       dimlist( 2) = wrDimIDnVertices
       nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'boundaryVertex', NF_INT,  2, dimlist, wrVarIDboundaryVertex)
       dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
       dimlist( 2) = wrDimIDnEdges
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'u_src', NF_DOUBLE,  2, dimlist, wrVarIDu_src)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnEdges
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'v', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDv)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnCells
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
+
       nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'h', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDh)
       dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
       dimlist( 2) = wrDimIDnCells
       dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'rho', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDrho)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnCells
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'temperature', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDtemperature)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnCells
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'salinity', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDsalinity)
-!      dimlist( 1) = wrDimIDnVertLevels
-!      dimlist( 2) = wrDimIDnCells
-!      dimlist( 3) = wrDimIDTime
-!      ! If you do not want tracer1 in your input file, simply comment out these two lines (one of two)
-!      nferr = nf_def_var(wr_ncid, 'tracer1', NF_DOUBLE,  3, dimlist, wrVarIDtracer1)
 
       ! ice sheet variables (NOTE: for now, we are assuming vert dim of 1, so this works). If nVertLevels &gt; 1, this dimensioning
       ! won't work, since thickness and topography are only 2d fields)
@@ -319,21 +278,11 @@
                                   kiteAreasOnVertex, &amp;
                                   fEdge, &amp;
                                   fVertex, &amp;
-!                                  h_s, &amp;
                                   boundaryEdge, &amp;
                                   boundaryVertex, &amp;
-!                                  u_src, &amp;
-!                                  u, &amp;
-!                                  v, &amp;
                                   h, &amp;
-!                                  rho, &amp;
-!                                  temperature, &amp;
-!                                  salinity, &amp;
-!                                  tracer1, &amp;
-!                                  temperatureRestore, &amp;
-!                                  salinityRestore, &amp;
-                                  thck, &amp;
-                                  topg &amp;
+                                  topg, &amp;
+                                  thck &amp;
                                   )
  
       implicit none
@@ -379,19 +328,10 @@
       real (kind=8), dimension(:,:), intent(in) :: kiteAreasOnVertex
       real (kind=8), dimension(:), intent(in) :: fEdge
       real (kind=8), dimension(:), intent(in) :: fVertex
-!      real (kind=8), dimension(:), intent(in) :: h_s
       integer, dimension(:,:), intent(in) :: boundaryEdge
       integer, dimension(:,:), intent(in) :: boundaryVertex
-!      real (kind=8), dimension(:,:), intent(in) :: u_src
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: u
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: v
+
       real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: h
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: rho
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: temperature
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: salinity
-!      real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: tracer1
-!      real (kind=8), dimension(:), intent(in) :: temperatureRestore
-!      real (kind=8), dimension(:), intent(in) :: salinityRestore
 
       ! ice sheet fields     
       real (kind=8), dimension(:,:,:), intent(in) :: thck        
@@ -579,10 +519,6 @@
       count1( 1) = wrLocalnVertices
       nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDfVertex, start1, count1, fVertex)
  
-!      start1(1) = 1
-!      count1( 1) = wrLocalnCells
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDh_s, start1, count1, h_s)
-
       start2(2) = 1
       count2( 1) = wrLocalnVertLevels
       count2( 2) = wrLocalnEdges
@@ -593,62 +529,12 @@
       count2( 2) = wrLocalnVertices
       nferr = nf_put_vara_int(wr_ncid, wrVarIDboundaryVertex, start2, count2, boundaryVertex)
 
-!      start2(2) = 1
-!      count2( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count2( 2) = wrLocalnEdges
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDu_src, start2, count2, u_src)
-
-!      start1(1) = 1
-!      count1( 1) = wrLocalnCells
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDtemperatureRestore, start1, count1, temperatureRestore)
-
-!      start1(1) = 1
-!      count1( 1) = wrLocalnCells
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDsalinityRestore, start1, count1, salinityRestore)

-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnEdges
-!      count3( 3) = 1
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDu, start3, count3, u)

-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnEdges
-!      count3( 3) = 1
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDv, start3, count3, v)

       start3(3) = time
       count3( 1) = wrLocalnVertLevels
       count3( 2) = wrLocalnCells
       count3( 3) = 1
       nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDh, start3, count3, h)
  
-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnCells
-!      count3( 3) = 1
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDrho, start3, count3, rho)

-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnCells
-!      count3( 3) = 1
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDtemperature, start3, count3, temperature)
-
-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnCells
-!      count3( 3) = 1
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDsalinity, start3, count3, salinity)

-!      start3(3) = time
-!      count3( 1) = wrLocalnVertLevels
-!      count3( 2) = wrLocalnCells
-!      count3( 3) = 1
-!      ! If you do not want tracer1 in your input file, simply comment out these two lines (two of two)
-!      nferr = nf_put_vara_double(wr_ncid, wrVarIDtracer1, start3, count3, tracer1)
-
       ! ice sheet fields 
       start3(3) = time
       count3( 1) = wrLocalnVertLevels

</font>
</pre>