<p><b>duda</b> 2007-01-24 11:47:25 -0700 (Wed, 24 Jan 2007)</p><p>Some small corrections to instructions.<br>
</p><hr noshade><pre><font color="gray">Modified: trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/3dvar_obsproc.htm
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--- trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/3dvar_obsproc.htm        2007-01-24 18:01:28 UTC (rev 41)
+++ trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/3dvar_obsproc.htm        2007-01-24 18:47:25 UTC (rev 42)
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 title&gt;3DVAR Tutorial&lt;/title&gt; &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;  &lt;o:DocumentProperties&gt;   &lt;o:Author&gt;dmbarker&lt;/o:Author&gt;   &lt;o:Template&gt;Normal&lt;/o:Template&gt;   &lt;o:LastAuthor&gt;Jose Castilleja&lt;/o:LastAuthor&gt;   &lt;o:Revision&gt;2&lt;/o:Revision&gt;   &lt;o:Created&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:Created&gt;   &lt;o:LastSaved&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:LastSaved&gt;   &lt;o:Pages&gt;5&lt;/o:Pages&gt;   &lt;o:Words&gt;617&lt;/o:Words&gt;   &lt;o:Characters&gt;3518&lt;/o:Characters&gt;   &lt;o:Company&gt;NCAR/UCAR&lt;/o:Company&gt;   &lt;o:Lines&gt;29&lt;/o:Lines&gt;   &lt;o:Paragraphs&gt;7&lt;/o:Paragraphs&gt;   &lt;o:CharactersWithSpaces&gt;4320&lt;/o:CharactersWithSpaces&gt;   &lt;o:Version&gt;10.260&lt;/o:Version&gt;  &lt;/o:DocumentProperties&gt;  &lt;o:OfficeDocumentSettings&gt;   &lt;o:AllowPNG/&gt;  &lt;/o:OfficeDocumentSettings&gt; &lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt; &lt;style&gt; &lt;!--  /* Font Definitions */ @font-face         {f!
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  Observation Preprocessor (3DVAR_OBSPROC)&lt;/span&gt;&lt;span!
  lang=EN
-US style='color:blue'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/h2&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;By this stage you have successfully downloaded the test data for the tutorial and are ready to run 3DVAR observation preprocessor (3DVAR_OBSPROC). If not, return to &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:blue'&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-download.htm&quot;&gt;a. Downloading Test Data&lt;/a&gt;.&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;1. Accessing and compiling the 3DVAR_OBSPROC code&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;First, go to your working directory and!
  download the 3DVAR_OBSPROC code from&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&lt;/a&gt;. &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once you have it on your machine, type the following to unzip and untar it:&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;gunzip 3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;tar -xvf 3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt;!
  &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US styl!
 e='font-
family:Arial'&gt;After this, you should see a directory 3DVAR_OBSPROC/ created in your working directory. If so remove the .tar file&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;rm 3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;and cd to this directory:&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;cd 3DVAR_OBSPROC&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Read the README file. To compile 3DVAR_OBSPROC, type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='f!
 ont-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;make&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoNormal&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once this is complete (a minute or less on most machines), you can check for the presence of the 3DVAR_OBSPROC executable by issuing the command (from the 3DVAR_OBSPROC directory)&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;ls -l src/3dvar_obs.exe&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 mmm01&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;system&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;591184 May 29&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2003 src/3dvar_!
 obs.exe*&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p !
 style='t
ext-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;2. Running 3DVAR_OBSPROC&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;OK, so now you have compiled 3DVAR_OBSPROC. Before running the 3dvar_obs.exe, create the namelist file &lt;b&gt;&lt;i&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; and edit (see README.namelist for details);&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;cp namelist.3dvar_obs.wrfvar-tut namelist.3dvar_obs&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;then edit &lt;b&gt;&lt;i&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;!
 &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In this tutorial, all you need to change is the full path to the observation file (&lt;b&gt;ob.little_r&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;) file, the grid dimensions (nestix=nestjx=45), and the resolution (dis=200[km]).&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;To run the 3DVAR_OBSPROC, type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;3dvar_obs.exe &amp;gt;&amp;amp;! 3dvar_obs.out&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;3. L!
 ooking at 3DVAR_OBSPROC output.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&g!
 t;&lt;/b
&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once the &lt;b&gt;&lt;i&gt;3dvar_obs.exe&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; has completed normally, you will have an observation data file: &lt;b&gt;&lt;i&gt;obs_gts.3dvar&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;, which will be used as the input to WRF-Var. Before running WRF-Var, there is a utility to look at the data distribution for each type of observations.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify;text-indent:-.25in'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;1) &lt;b&gt;cd MAP_plot&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify;text-indent:-.25in'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-famil!
 y:Arial'&gt;2) Modify the shell script &lt;b&gt;&lt;i&gt;Map.csh&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; to set the time window and full path of input observation file (obs_gts.3dvar), The dates are 2003010111,2003010112,2003010113;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify;text-indent:-.25in'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;3) Type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;Map.csh&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;the &lt;i&gt;configure.user&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; will be automatically picked up for your computer system when you type &lt;b&gt;&lt;i&gt;Map.csh&lt;/i&gt;&lt!
 ;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Ari!
 al'&gt;;
&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify;text-indent:-.25in'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;4) When the job has completed, you will have a gmeta file &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:blue'&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;gmeta.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:blue'&gt;&lt;i&gt;{analysis_time}&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;which contains plots of data distribution for each type of observations contained in the OBS data file: &lt;b&gt;&lt;i&gt;obs_gts.3dvar&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;.&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;To view this, type&lt;o:p&gt;&lt;/!
 o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.25in;text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;idt gmeta.2003010112&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The gmeta file illustrates the geographic distribution of sonde observations for this case. You should see something like the following:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;&lt;!--[if gte vml 1]&gt;&lt;v:shapetype id=&quot;_x0000_t75&quot; coordsize=&quot;21600,21600&quot;  o:spt=&quot;75&quot; o:preferrelative=&quot;t&quot; path=&quot;m@4@5l@4@11@9@11@9@5xe&quot; filled=&quot;f&quot;  stroked=&quot;f&quot;&gt;  &lt;v:stroke joinstyle=&quot;miter&quot;/&gt;  &lt;v:formulas&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;if lineDrawn pixelLineWidth 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 1 !
 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum 0 0 @1&quot;/&gt;   &lt;v!
 :f eqn=&
quot;prod @2 1 2&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelWidth&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelHeight&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 0 1&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @6 1 2&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelWidth&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @8 21600 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelHeight&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @10 21600 0&quot;/&gt;  &lt;/v:formulas&gt;  &lt;v:path o:extrusionok=&quot;f&quot; gradientshapeok=&quot;t&quot; o:connecttype=&quot;rect&quot;/&gt;  &lt;o:lock v:ext=&quot;edit&quot; aspectratio=&quot;t&quot;/&gt; &lt;/v:shapetype&gt;&lt;v:shape id=&quot;_x0000_i1028&quot; type=&quot;#_x0000_t75&quot; style='width:6in;  height:6in'&gt;  &lt;v:imagedata src=&quot;3dvar_obsproc_files/image001.png&quot; o:title=&quot;obs.gif&quot;/&gt; &lt;/v:shape&gt;&lt;![endif]--&gt;&lt;![if !vml]&gt;&lt;img border=0 width=432 height=432 src=&quot;3dvar_obsproc_files/image002.png&quot; v:!
 shapes=&quot;_x0000_i1028&quot;&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;4. Saving necessary file for 3DVAR and clean 3DVAR_OBSPROC&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In this tutorial, we are storing data in a directory defined by the environment variable $&lt;i&gt;DAT_DIR. &lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/span&gt;Having successfully created your own observation file &lt;b&gt;(obs_gts.3dvar), &lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;copy it to $&lt;i&gt;DAT_DIR&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt; &lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:!
  Arial'&gt;using the command (from 3DVAR_OBSPROC directory)&lt!
 ;o:p&gt;
&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;mv obs_gts.3dvar $&lt;i&gt;DAT_DIR&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;&lt;b&gt;/obs_gts.3dvar.2003010112&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Finally, to clean up the 3DVAR_OBSPROC directory, type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;make clean &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;5. What next?&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US styl!
 e='font-family:Arial'&gt;OK, you have now created the observation file and looked at some plots of observations, now you are ready to move on to WRF-Var:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;u&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-setup.htm&quot;&gt;&lt;span style='color:blue'&gt;c) Setting up WRF-Var&lt;/span&gt;&lt;/a&gt;&lt;/u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;Miscellanies:&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;1)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbs!
 p;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&!
 gt;&lt;s
pan lang=EN-US&gt;When you run 3dvar_obs.exe, and you did not obtain the file &lt;i&gt;obs_gts.3dvar, &lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;please check 3dvar_obs.out file to see where the program aborted. Usually there is information in this file to tell you what is wrong;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;2)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;When you run 3dvar_obs.exe and got an error as &lt;i&gt;'Error in NAMELIST record 2'&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; in 3dvar_obs.out file, please check if your &lt;i&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; file matches with the &lt;i&gt;Makefile&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; settings. Either Your &lt;i&gt;namelist.3d!
 var_obs&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; file or &lt;i&gt;Makefile&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; need to be modified, then re-compile and re-run the job; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;3)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;From the *.diag files, you may find which observation report caused the job failed;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;4)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;In most cases, the job failed was caused by incorrect input fi!
 les names, or the specified analysis time, time window, etc. i!
 n nameli
st.3dvar_obs;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;5)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;If users still cannot figure out the troubles, please inform us and pass us your input files including the namelist file, and printed file 3dvar_obs.out.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;Trouble Shooting:&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;1. &lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial!
 '&gt;&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/span&gt;If you have questions, ask wrfhelp@ucar.edu.&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US style='color:windowtext'&gt;&amp;nbsp;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;Return to WRF-Var Tutorial Page&lt;/a&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='color:windowtext'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;/div&gt; &lt;/body&gt; &lt;/html&gt;
\ No newline at end of file
+&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN&quot;&gt;
+&lt;HTML&gt;
+&lt;HEAD&gt;
+        &lt;META HTTP-EQUIV=&quot;CONTENT-TYPE&quot; CONTENT=&quot;text/html; charset=utf-8&quot;&gt;
+        &lt;TITLE&gt;3DVAR Tutorial&lt;/TITLE&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;GENERATOR&quot; CONTENT=&quot;OpenOffice.org 2.0  (Linux)&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;CREATED&quot; CONTENT=&quot;20070124;11322200&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;CHANGED&quot; CONTENT=&quot;20070124;11332900&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Title&quot; CONTENT=&quot;3DVAR Tutorial&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;ProgId&quot; CONTENT=&quot;Word.Document&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Originator&quot; CONTENT=&quot;Microsoft Word 10&quot;&gt;
+        &lt;!--[if !mso]&gt;
+&lt;style&gt;
+v\:* {behavior:url(#default#VML);}
+o\:* {behavior:url(#default#VML);}
+w\:* {behavior:url(#default#VML);}
+.shape {behavior:url(#default#VML);}
+&lt;/style&gt;
+&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:DocumentProperties&gt;
+  &lt;o:Author&gt;dmbarker&lt;/o:Author&gt;
+  &lt;o:Template&gt;Normal&lt;/o:Template&gt;
+  &lt;o:LastAuthor&gt;Jose Castilleja&lt;/o:LastAuthor&gt;
+  &lt;o:Revision&gt;2&lt;/o:Revision&gt;
+  &lt;o:Created&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:Created&gt;
+  &lt;o:LastSaved&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:LastSaved&gt;
+  &lt;o:Pages&gt;5&lt;/o:Pages&gt;
+  &lt;o:Words&gt;617&lt;/o:Words&gt;
+  &lt;o:Characters&gt;3518&lt;/o:Characters&gt;
+  &lt;o:Company&gt;NCAR/UCAR&lt;/o:Company&gt;
+  &lt;o:Lines&gt;29&lt;/o:Lines&gt;
+  &lt;o:Paragraphs&gt;7&lt;/o:Paragraphs&gt;
+  &lt;o:CharactersWithSpaces&gt;4320&lt;/o:CharactersWithSpaces&gt;
+  &lt;o:Version&gt;10.260&lt;/o:Version&gt;
+ &lt;/o:DocumentProperties&gt;
+ &lt;o:OfficeDocumentSettings&gt;
+  &lt;o:AllowPNG/&gt;
+ &lt;/o:OfficeDocumentSettings&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapedefaults v:ext=&quot;edit&quot; spidmax=&quot;2050&quot;/&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapelayout v:ext=&quot;edit&quot;&gt;
+  &lt;o:idmap v:ext=&quot;edit&quot; data=&quot;1&quot;/&gt;
+ &lt;/o:shapelayout&gt;&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;STYLE&gt;
+        &lt;!--
+                P { color: #000000 }
+                H2 { color: #000000 }
+                A:link { color: #0000ee }
+                A:visited { color: #551a8b }
+        --&gt;
+        &lt;/STYLE&gt;
+&lt;/HEAD&gt;
+&lt;BODY LANG=&quot;en-GB&quot; TEXT=&quot;#000000&quot; LINK=&quot;#0000ee&quot; VLINK=&quot;#551a8b&quot; BGCOLOR=&quot;#ffffff&quot; DIR=&quot;LTR&quot;&gt;
+&lt;H2 LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;b.
+The 3DVAR Observation Preprocessor (3DVAR_OBSPROC)&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/H2&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;By this stage
+you have successfully downloaded the test data for the tutorial and
+are ready to run 3DVAR observation preprocessor (3DVAR_OBSPROC). If
+not, return to &lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-download.htm&quot;&gt;a.
+Downloading Test Data&lt;/A&gt;.&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;1.
+Accessing and compiling the 3DVAR_OBSPROC code&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;First, go to your
+working directory and download the 3DVAR_OBSPROC code from&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&lt;/A&gt;.
+&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once you have
+it on your machine, type the following to unzip and untar it:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;gunzip
+3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar.gz&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;tar -xvf
+3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; 
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;After this, you
+should see a directory 3DVAR_OBSPROC/ created in your working
+directory. If so remove the .tar file&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;rm
+3DVAR_OBSPROC_v2.2beta.tar&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and cd to this
+directory:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; 
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;cd 3DVAR_OBSPROC&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Read the README
+file. To compile 3DVAR_OBSPROC, type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;make&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; CLASS=&quot;msonormal&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once this is
+complete (a minute or less on most machines), you can check for the
+presence of the 3DVAR_OBSPROC executable by issuing the command (from
+the 3DVAR_OBSPROC directory)&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;ls -l
+src/3dvar_obs.exe&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 mmm01&amp;nbsp; system&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+591184 May 29&amp;nbsp; 2003 src/3dvar_obs.exe*&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;2.
+Running 3DVAR_OBSPROC&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;OK, so now you
+have compiled 3DVAR_OBSPROC. Before running the 3dvar_obs.exe, create
+the namelist file &lt;B&gt;&lt;I&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and
+edit (see README.namelist for details);&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;cp
+namelist.3dvar_obs.wrfvar-tut namelist.3dvar_obs&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;then edit
+&lt;B&gt;&lt;I&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In this
+tutorial, all you need to change is the full path to the observation
+file (&lt;B&gt;ob.little_r&lt;/B&gt;) file, the grid dimensions
+(nestix=nestjx=45), the resolution (dis=200[km]), and the time window
+(2003-01-01_09 through 2003-01-01_15 centered at 2003-01-01_12).&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;To run the
+3DVAR_OBSPROC, type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;I&gt;&lt;B&gt;3dvar_obs.exe
+&amp;gt;&amp;amp;! 3dvar_obs.out&lt;/B&gt;&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;3. Looking at
+3DVAR_OBSPROC output.&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once the
+&lt;B&gt;&lt;I&gt;3dvar_obs.exe&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;has
+completed normally, you will have an observation data file:
+&lt;B&gt;&lt;I&gt;obs_gts.3dvar&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;, which will be used as the input to
+WRF-Var. Before running WRF-Var, there is a utility to look at the
+data distribution for each type of observations.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;1) &lt;B&gt;cd MAP_plot&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;2) Modify the shell script
+&lt;B&gt;&lt;I&gt;Map.csh&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;to
+set the time window and full path of input observation file
+(obs_gts.3dvar), The dates are 2003010111,2003010112,2003010113;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;3) Type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;Map.csh&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;the &lt;I&gt;configure.user&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;will be automatically picked up
+for your computer system when you type &lt;B&gt;&lt;I&gt;Map.csh&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;4) When the job has
+completed, you will have a gmeta file &lt;I&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;&lt;B&gt;gmeta.&lt;/B&gt;{analysis_time}&lt;/FONT&gt;&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;which contains plots of data
+distribution for each type of observations contained in the OBS data
+file: &lt;B&gt;&lt;I&gt;obs_gts.3dvar&lt;/I&gt;&lt;/B&gt;.&amp;nbsp; To view this, type&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;idt gmeta.2003010112&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The gmeta file
+illustrates the geographic distribution of sonde observations for
+this case. You should see something like the following:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=CENTER&gt;&lt;!--[if gte vml 1]&gt;&lt;v:shapetype id=&quot;_x0000_t75&quot; coordsize=&quot;21600,21600&quot;
+ o:spt=&quot;75&quot; o:preferrelative=&quot;t&quot; path=&quot;m@4@5l@4@11@9@11@9@5xe&quot; filled=&quot;f&quot;
+ stroked=&quot;f&quot;&gt;
+ &lt;v:stroke joinstyle=&quot;miter&quot;/&gt;
+ &lt;v:formulas&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;if lineDrawn pixelLineWidth 0&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 1 0&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum 0 0 @1&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @2 1 2&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelWidth&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelHeight&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 0 1&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @6 1 2&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelWidth&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @8 21600 0&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelHeight&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @10 21600 0&quot;/&gt;
+ &lt;/v:formulas&gt;
+ &lt;v:path o:extrusionok=&quot;f&quot; gradientshapeok=&quot;t&quot; o:connecttype=&quot;rect&quot;/&gt;
+ &lt;o:lock v:ext=&quot;edit&quot; aspectratio=&quot;t&quot;/&gt;
+&lt;/v:shapetype&gt;&lt;v:shape id=&quot;_x0000_i1028&quot; type=&quot;#_x0000_t75&quot; style='width:6in;
+ height:6in'&gt;
+ &lt;v:imagedata src=&quot;3dvar_obsproc_files/image001.png&quot; o:title=&quot;obs.gif&quot;/&gt;
+&lt;/v:shape&gt;&lt;![endif]--&gt;&lt;IMG SRC=&quot;3dvar_obsproc_files/image002.png&quot; NAME=&quot;graphics1&quot; ALIGN=BOTTOM WIDTH=432 HEIGHT=432 BORDER=0&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;4. Saving
+necessary file for 3DVAR and clean 3DVAR_OBSPROC&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In this
+tutorial, we are storing data in a directory defined by the
+environment variable $&lt;I&gt;DAT_DIR. &lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&amp;nbsp;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Having
+successfully created your own observation file &lt;B&gt;(obs_gts.3dvar),
+&lt;/B&gt;copy it to $&lt;I&gt;DAT_DIR&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;using
+the command (from 3DVAR_OBSPROC directory)&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;mv
+obs_gts.3dvar $&lt;I&gt;DAT_DIR&lt;/I&gt;/obs_gts.3dvar.2003010112&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Finally, to clean up
+the 3DVAR_OBSPROC directory, type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;make clean &lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;5. What next?&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;OK, you have now
+created the observation file and looked at some plots of
+observations, now you are ready to move on to WRF-Var:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-setup.htm&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;c)
+Setting up WRF-Var&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/U&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Miscellanies:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;1)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; When you run
+3dvar_obs.exe, and you did not obtain the file &lt;I&gt;obs_gts.3dvar,
+&lt;/I&gt;please check 3dvar_obs.out file to see where the program aborted.
+Usually there is information in this file to tell you what is wrong;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;2)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; When you run 3dvar_obs.exe
+and got an error as &lt;I&gt;'Error in NAMELIST record 2'&lt;/I&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;in
+3dvar_obs.out file, please check if your &lt;I&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/I&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;file matches with the &lt;I&gt;Makefile&lt;/I&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;settings. Either Your &lt;I&gt;namelist.3dvar_obs&lt;/I&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;file or &lt;I&gt;Makefile&lt;/I&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;need
+to be modified, then re-compile and re-run the job; &lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;3)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; From the *.diag files, you
+may find which observation report caused the job failed;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;4)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; In most cases, the job
+failed was caused by incorrect input files names, or the specified
+analysis time, time window, etc. in namelist.3dvar_obs;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;5)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; If users still cannot
+figure out the troubles, please inform us and pass us your input
+files including the namelist file, and printed file 3dvar_obs.out.&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Trouble Shooting:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;1. &lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;&amp;nbsp;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;If
+you have questions, ask wrfhelp@ucar.edu.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot; ALIGN=CENTER&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot; ALIGN=CENTER&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Return
+to WRF-Var Tutorial Page&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;/BODY&gt;
+&lt;/HTML&gt;
\ No newline at end of file

Modified: trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-casestudy.htm
===================================================================
--- trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-casestudy.htm        2007-01-24 18:01:28 UTC (rev 41)
+++ trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-casestudy.htm        2007-01-24 18:47:25 UTC (rev 42)
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  New Roman&quot;;         color:black;         font-weight:bold;} a:link, span.MsoHyperlink         {color:#0000EE;         text-decoration:underline;         text-underline:single;} a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed         {color:#551A8B;         text-decoration:underline;         text-underline:single;} p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText         {margin:0in;         margin-bottom:.0001pt;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:10.0pt;         font-family:&quot;Courier New&quot;;         color:windowtext;} p         {margin-right:0in;         mso-margin-top-alt:auto;         mso-margin-bottom-alt:auto;         margin-left:0in;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:12.0pt;         font-family:&quot;Times New Roman&quot;;         color:black;} tt {} @page Section1         {size:8.5in 11.0in;         margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;         mso-header-margin:.5in;         mso-footer-margin:.5in;         mso-paper-source:0;} div.Section1         {page:Section1;} --&gt; &lt;/style&gt; &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;  &lt;o:shapedefaults v:ext=&quot;edit&quot; spidmax=&quot;2050&quot;/&gt; &lt;/xml&gt;&lt;![endif]!
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 v:ext=&q
uot;edit&quot;&gt;   &lt;o:idmap v:ext=&quot;edit&quot; data=&quot;1&quot;/&gt;  &lt;/o:shapelayout&gt;&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt; &lt;/head&gt; &lt;body bgcolor=white lang=EN-GB link=&quot;#0000ee&quot; vlink=&quot;#551a8b&quot; style='tab-interval: .5in'&gt; &lt;div class=Section1&gt; &lt;h2 style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial; color:blue'&gt;d. Run WRF-Var CONUS Case Study&lt;/span&gt;&lt;/h2&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In this section, you will learn how to run WRF-Var using observations and a first guess from a low-resolution (200km) CONUS domain (see below). &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;By this stage you have successfully created the three input files (first guess, observation and background error statistics files in directory &lt;i&gt;$DAT_DIR&lt;/i&gt;&lt;/spa!
 n&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;) required to run WRF-Var. Also, you have successfully downloaded and compiled the WRF-Var code. If this is correct, we are ready to learn how to run WRF-Var. If not, then you'll need to return to the &lt;a href=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;WRF-Var Tutorial Page&lt;/a&gt; to complete stages &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:blue'&gt;a.&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; to &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial; color:blue'&gt;c.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;i. The Case&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The data for this case is valid at 12 UTC 1&lt;su!
 p&gt;st&lt;/sup&gt; January 2003. The first guess comes from t!
 he NCEP 
global assimilation system (SSI), passed through the WRF &lt;i&gt;Standard Initialization (SI)&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; and &lt;i&gt;real&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; packages. The first-guess level 15 potential temperature field is shown below, illustrating the domain:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;!--[if gte vml 1]&gt;&lt;v:shapetype id=&quot;_x0000_t75&quot;  coordsize=&quot;21600,21600&quot; o:spt=&quot;75&quot; o:preferrelative=&quot;t&quot; path=&quot;m@4@5l@4@11@9@11@9@5xe&quot;  filled=&quot;f&quot; stroked=&quot;f&quot;&gt;  &lt;v:stroke joinstyle=&quot;miter&quot;/&gt;  &lt;v:formulas&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;if lineDrawn pixelLineWidth 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 1 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum 0 0 @1&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @2 1 2&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelWidth&quo!
 t;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @3 21600 pixelHeight&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 0 1&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @6 1 2&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelWidth&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @8 21600 0&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelHeight&quot;/&gt;   &lt;v:f eqn=&quot;sum @10 21600 0&quot;/&gt;  &lt;/v:formulas&gt;  &lt;v:path o:extrusionok=&quot;f&quot; gradientshapeok=&quot;t&quot; o:connecttype=&quot;rect&quot;/&gt;  &lt;o:lock v:ext=&quot;edit&quot; aspectratio=&quot;t&quot;/&gt; &lt;/v:shapetype&gt;&lt;v:shape id=&quot;_x0000_s1027&quot; type=&quot;#_x0000_t75&quot; style='position:absolute;  left:0;text-align:left;margin-left:39pt;margin-top:2.2pt;width:330pt;height:303.7pt;  z-index:1'&gt;  &lt;v:imagedata src=&quot;wrfvar-casestudy_files/image001.png&quot; o:title=&quot;wrfinput_d01.2003010#2AAF20.gif&quot;   croptop=&quot;17873f&quot; cropbottom=&quot;11916f&quot; cropleft=&quot;7710f&quot; cropright=&quot!
 ;7710f&quot;/&gt;  &lt;w:wrap type=&quot;square&quot; side=&qu!
 ot;right
&quot;/&gt; &lt;/v:shape&gt;&lt;![endif]--&gt;&lt;![if !vml]&gt;&lt;img width=330 height=304 src=&quot;wrfvar-casestudy_files/image002.png&quot; align=left hspace=9 v:shapes=&quot;_x0000_s1027&quot;&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span style='font-family:Arial'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;br clear=ALL style='mso-special-character:line-break'&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The intention of running this test-case is to provide a simplified, computationally cheap application in order to train potential uses of WRF-Var (this case uses only a small fra!
 ction of WRF-Var capabilities). To simplify the system further, only radiosonde observations are assimilated.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;ii. Required 3D-Var namelist changes&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;You will need to download the script&lt;i&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&quot;&gt;DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/a&gt;&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; and &lt;STRONG&gt;USE IT TO OVERWRITE THE FILE DA_Run_WRF-Var.csh IN SUBDIRECTORY run&lt;/STRONG&gt;. Open this script with your favorite editor, and spend some time browsing it to accustom yourself with the layout. Don't despair, in this tutorial w!
 e will not be changing too much in here. See &lt;a href=&quot;!
 wrfvar-s
etup.htm&quot;&gt;c. Setting Up WRF-Var&lt;/a&gt; for more information on the various namelist options. &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In your first experiment, the only changes you need to make to the &lt;i&gt;DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; script are to specify the DAT_DIR (input data directory), WRFVAR_DIR (WRF-Var code directory) and RUN_DIR (where the run happens) environment variables. &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;iii. Run 3D-Var&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once you have set the necessary environment variables, ru!
 n WRF-Var for this case study by typing &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;DA_Run_WRF-VAR.csh&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;in the run subdirectory. (ignore any messages about hosts files)&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Successful completion of the job results in a number of output diagnostics files in the ${RUN_DIR}/wrf-var subdirectory 2 levels above. The various textual diagnostics output files will be explained in the next section (&lt;a href=&quot;wrfvar-diagnostics.htm&quot;&gt;WRF-Var Diagnostics&lt;/a&gt;). Here, we merely wish to run WRF-Var for this case.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang!
 =EN-US style='font-family:Arial'&gt;In order to give yourself !
 more exp
erience with some of the 3D-Var options, try rerunning 3D-Var with different namelist.3dvar options. For example, making the WRF-Var convergence criteria more stringent by reducing the first value in the DA_EPS array to e.g. 0.001. If WRF-Var has not converged by the maximum number of iterations (DA_NTMAX) then you may need to increase DA_NTMAX.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;You may wish to change the RUN_DIR environment variable if you want to save all the outputs.&lt;b&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;v. What next?&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Having !
 run WRF-Var, you should now spend time looking at some of the diagnostic output files created by WRF-Var:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;u&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-diagnostics.htm&quot;&gt;&lt;span style='color:blue'&gt;e) WRF-Var Diagnostics&lt;/span&gt;&lt;/a&gt;&lt;/u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;Miscellanies:&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-famil!
 y:Arial'&gt;&lt;b&gt;Trouble Shooting:&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&!
 lt;span
lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;If you have questions, ask &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:#000099'&gt;&lt;a href=&quot;mailto:wrfhelp@wrf-model.org&quot;&gt;&lt;span style='font-family:&quot;Times New Roman&quot;'&gt;wrfhelp@wrf-model.org&lt;/span&gt;&lt;/a&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;WRF-Var Tutorial Page&lt;/a&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='color:windowtext'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;/div&gt; &lt;/body&gt; &lt;/html&gt;
\ No newline at end of file
+&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN&quot;&gt;
+&lt;HTML&gt;
+&lt;HEAD&gt;
+        &lt;META HTTP-EQUIV=&quot;CONTENT-TYPE&quot; CONTENT=&quot;text/html; charset=utf-8&quot;&gt;
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+        &lt;META NAME=&quot;GENERATOR&quot; CONTENT=&quot;OpenOffice.org 2.0  (Linux)&quot;&gt;
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+        &lt;META NAME=&quot;CHANGED&quot; CONTENT=&quot;20070124;11373900&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Title&quot; CONTENT=&quot;3DVAR Tutorial&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;ProgId&quot; CONTENT=&quot;Word.Document&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Originator&quot; CONTENT=&quot;Microsoft Word 10&quot;&gt;
+        &lt;!--[if !mso]&gt;
+&lt;style&gt;
+v\:* {behavior:url(#default#VML);}
+o\:* {behavior:url(#default#VML);}
+w\:* {behavior:url(#default#VML);}
+.shape {behavior:url(#default#VML);}
+&lt;/style&gt;
+&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:DocumentProperties&gt;
+  &lt;o:Author&gt;dmbarker&lt;/o:Author&gt;
+  &lt;o:Template&gt;Normal&lt;/o:Template&gt;
+  &lt;o:LastAuthor&gt;Jose Castilleja&lt;/o:LastAuthor&gt;
+  &lt;o:Revision&gt;2&lt;/o:Revision&gt;
+  &lt;o:Created&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:Created&gt;
+  &lt;o:LastSaved&gt;2005-08-05T23:37:00Z&lt;/o:LastSaved&gt;
+  &lt;o:Pages&gt;4&lt;/o:Pages&gt;
+  &lt;o:Words&gt;470&lt;/o:Words&gt;
+  &lt;o:Characters&gt;2680&lt;/o:Characters&gt;
+  &lt;o:Company&gt;NCAR/UCAR&lt;/o:Company&gt;
+  &lt;o:Lines&gt;22&lt;/o:Lines&gt;
+  &lt;o:Paragraphs&gt;5&lt;/o:Paragraphs&gt;
+  &lt;o:CharactersWithSpaces&gt;3291&lt;/o:CharactersWithSpaces&gt;
+  &lt;o:Version&gt;10.260&lt;/o:Version&gt;
+ &lt;/o:DocumentProperties&gt;
+ &lt;o:OfficeDocumentSettings&gt;
+  &lt;o:AllowPNG/&gt;
+ &lt;/o:OfficeDocumentSettings&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapedefaults v:ext=&quot;edit&quot; spidmax=&quot;2050&quot;/&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapelayout v:ext=&quot;edit&quot;&gt;
+  &lt;o:idmap v:ext=&quot;edit&quot; data=&quot;1&quot;/&gt;
+ &lt;/o:shapelayout&gt;&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;STYLE&gt;
+        &lt;!--
+                P { color: #000000 }
+                H2 { color: #000000 }
+                A:link { color: #0000ee }
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+        --&gt;
+        &lt;/STYLE&gt;
+&lt;/HEAD&gt;
+&lt;BODY LANG=&quot;en-GB&quot; TEXT=&quot;#000000&quot; LINK=&quot;#0000ee&quot; VLINK=&quot;#551a8b&quot; BGCOLOR=&quot;#ffffff&quot; DIR=&quot;LTR&quot;&gt;
+&lt;H2 LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;d.
+Run WRF-Var CONUS Case Study&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/H2&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In this section, you
+will learn how to run WRF-Var using observations and a first guess
+from a low-resolution (200km) CONUS domain (see below). &lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;By this stage
+you have successfully created the three input files (first guess,
+observation and background error statistics files in directory
+&lt;I&gt;$DAT_DIR&lt;/I&gt;) required to run WRF-Var. Also, you have successfully
+downloaded and compiled the WRF-Var code. If this is correct, we are
+ready to learn how to run WRF-Var. If not, then you'll need to return
+to the &lt;A HREF=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;WRF-Var Tutorial Page&lt;/A&gt; to
+complete stages &lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;a.&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;to
+&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;c.&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;i. The Case&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The data for
+this case is valid at 12 UTC 1&lt;SUP&gt;st&lt;/SUP&gt; January 2003. The first
+guess comes from the NCEP global assimilation system (SSI), passed
+through the WRF &lt;I&gt;Standard Initialization (SI)&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and
+&lt;I&gt;real&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;packages.
+The first-guess level 15 potential temperature field is shown below,
+illustrating the domain:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;IMG SRC=&quot;wrfvar-casestudy_files/image002.png&quot; NAME=&quot;graphics1&quot; ALIGN=LEFT HSPACE=9 WIDTH=330 HEIGHT=304 BORDER=0&gt;&lt;!--[if gte vml 1]&gt;&lt;v:shapetype id=&quot;_x0000_t75&quot;
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+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @0 0 1&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @6 1 2&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;prod @7 21600 pixelWidth&quot;/&gt;
+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @8 21600 0&quot;/&gt;
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+  &lt;v:f eqn=&quot;sum @10 21600 0&quot;/&gt;
+ &lt;/v:formulas&gt;
+ &lt;v:path o:extrusionok=&quot;f&quot; gradientshapeok=&quot;t&quot; o:connecttype=&quot;rect&quot;/&gt;
+ &lt;o:lock v:ext=&quot;edit&quot; aspectratio=&quot;t&quot;/&gt;
+&lt;/v:shapetype&gt;&lt;v:shape id=&quot;_x0000_s1027&quot; type=&quot;#_x0000_t75&quot; style='position:absolute;
+ left:0;text-align:left;margin-left:39pt;margin-top:2.2pt;width:330pt;height:303.7pt;
+ z-index:1'&gt;
+ &lt;v:imagedata src=&quot;wrfvar-casestudy_files/image001.png&quot; o:title=&quot;wrfinput_d01.2003010#2AAF20.gif&quot;
+  croptop=&quot;17873f&quot; cropbottom=&quot;11916f&quot; cropleft=&quot;7710f&quot; cropright=&quot;7710f&quot;/&gt;
+ &lt;w:wrap type=&quot;square&quot; side=&quot;right&quot;/&gt;
+&lt;/v:shape&gt;&lt;![endif]--&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;BR&gt;&lt;BR&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The intention of
+running this test-case is to provide a simplified, computationally
+cheap application in order to train potential uses of WRF-Var (this
+case uses only a small fraction of WRF-Var capabilities). To simplify
+the system further, only radiosonde observations are assimilated.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;ii.
+Required 3D-Var namelist changes&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;You will need
+to download the script&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&quot;&gt;&lt;I&gt;DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/I&gt;&lt;/A&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and &lt;STRONG&gt;USE IT TO OVERWRITE
+THE FILE DA_Run_WRF-Var.csh IN SUBDIRECTORY run&lt;/STRONG&gt;. You will
+also need to make this script executable with the command &lt;B&gt;chmod
+u+x DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/B&gt;. Open this script with your favorite
+editor, and spend some time browsing it to accustom yourself with the
+layout. Don't despair, in this tutorial we will not be changing too
+much in here. See &lt;A HREF=&quot;wrfvar-setup.htm&quot;&gt;c. Setting Up WRF-Var&lt;/A&gt;
+for more information on the various namelist options. &lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In your first
+experiment, the only changes you need to make to the
+&lt;I&gt;DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;script
+are to specify the DAT_DIR (input data directory), WRFVAR_DIR
+(WRF-Var code directory) and RUN_DIR (where the run happens)
+environment variables. &lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;iii. Run
+3D-Var&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once you have set
+the necessary environment variables in the script, run WRF-Var for
+this case study by typing &lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;DA_Run_WRF-VAR.csh&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;in the run
+subdirectory. (ignore any messages about hosts files)&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Successful
+completion of the job results in a number of output diagnostics files
+in the ${RUN_DIR}/wrf-var subdirectory 2 levels above. The various
+textual diagnostics output files will be explained in the next
+section (&lt;A HREF=&quot;wrfvar-diagnostics.htm&quot;&gt;WRF-Var Diagnostics&lt;/A&gt;).
+Here, we merely wish to run WRF-Var for this case.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In order to give
+yourself more experience with some of the 3D-Var options, try
+rerunning 3D-Var with different namelist.3dvar options. For example,
+making the WRF-Var convergence criteria more stringent by reducing
+the first value in the DA_EPS array to e.g. 0.001. If WRF-Var has not
+converged by the maximum number of iterations (DA_NTMAX) then you may
+need to increase DA_NTMAX.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;You may wish to
+change the RUN_DIR environment variable if you want to save all the
+outputs.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;v. What next?&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Having run WRF-Var,
+you should now spend time looking at some of the diagnostic output
+files created by WRF-Var:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-diagnostics.htm&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;e)
+WRF-Var Diagnostics&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/U&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Miscellanies:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;&amp;nbsp;
+&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Trouble Shooting:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;
+&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;If you have questions, ask
+&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;A HREF=&quot;mailto:wrfhelp@wrf-model.org&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Times New Roman&quot;&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#000099&quot;&gt;wrfhelp@wrf-model.org&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot; ALIGN=CENTER&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;WRF-Var
+Tutorial Page&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;/BODY&gt;
+&lt;/HTML&gt;
\ No newline at end of file

Modified: trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-setup.htm
===================================================================
--- trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-setup.htm        2007-01-24 18:01:28 UTC (rev 41)
+++ trunk/wrfvar/wg4_website/wrfvar/wrfvar-setup.htm        2007-01-24 18:47:25 UTC (rev 42)
@@ -1 +1,309 @@
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 tle&gt;3DVAR Tutorial&lt;/title&gt; &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;  &lt;o:DocumentProperties&gt;   &lt;o:Author&gt;dmbarker&lt;/o:Author&gt;   &lt;o:Template&gt;Normal&lt;/o:Template&gt;   &lt;o:LastAuthor&gt;Jose Castilleja&lt;/o:LastAuthor&gt;   &lt;o:Revision&gt;2&lt;/o:Revision&gt;   &lt;o:Created&gt;2005-08-05T23:38:00Z&lt;/o:Created&gt;   &lt;o:LastSaved&gt;2005-08-05T23:38:00Z&lt;/o:LastSaved&gt;   &lt;o:Pages&gt;6&lt;/o:Pages&gt;   &lt;o:Words&gt;1134&lt;/o:Words&gt;   &lt;o:Characters&gt;6469&lt;/o:Characters&gt;   &lt;o:Company&gt;NCAR/UCAR&lt;/o:Company&gt;   &lt;o:Lines&gt;53&lt;/o:Lines&gt;   &lt;o:Paragraphs&gt;12&lt;/o:Paragraphs&gt;   &lt;o:CharactersWithSpaces&gt;7944&lt;/o:CharactersWithSpaces&gt;   &lt;o:Version&gt;10.260&lt;/o:Version&gt;  &lt;/o:DocumentProperties&gt;  &lt;o:OfficeDocumentSettings&gt;   &lt;o:AllowPNG/&gt;  &lt;/o:OfficeDocumentSettings&gt; &lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt; &lt;style&gt; &lt;!--  /* Font Definitions */ @font-face         {f!
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 4 5 2 3;
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 :&quot;Times New Roman&quot;;         color:black;} h2         {margin-right:0in;         mso-margin-top-alt:auto;         mso-margin-bottom-alt:auto;         margin-left:0in;         mso-pagination:widow-orphan;         mso-outline-level:2;         font-size:18.0pt;         font-family:&quot;Times New Roman&quot;;         color:black;         font-weight:bold;} a:link, span.MsoHyperlink         {color:#0000EE;         text-decoration:underline;         text-underline:single;} a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed         {color:#551A8B;         text-decoration:underline;         text-underline:single;} p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText         {margin:0in;         margin-bottom:.0001pt;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:10.0pt;         font-family:&quot;Courier New&quot;;         color:windowtext;} p         {margin-right:0in;         mso-margin-top-alt:auto;         mso-margin-bottom-alt:auto;         margin-left:0in;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:12.0pt;         font-family:&quot;Times New Roman&quot;;         color:black;} tt {} @page Section1         {size:8.5in 11.0in;         margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;         mso-header-margin:.5in;!
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 pan lang=EN-US style='font-size:18.0pt; font-family:Arial;color:blue'&gt;&lt;b&gt;c. Setting up WRF-Var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In this part of the tutorial you will download and compile the WRF-Var code. A description of the script that controls the running of WRF-Var and an overview of the namelist that it creates is also given.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;i. Accessing WRF-Var code&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:just!
 ify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;First!
 , go to 
your working directory and download the WRF-Var code from&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/wrfvar_v2.2beta.tar.gz&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/wrfvar_v2.2beta.tar.gz&lt;/a&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once you have it on your machine, type the following to unzip and untar it:&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;gunzip wrfvar_v2.2beta.tar.gz&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;tar -xvf wrfvar_v2.2beta.tar&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p sty!
 le='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;After this, you should see a program directory wrfvar/ created in your working directory. If so, tidy up with the command&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;rm wrfvar_v2.2beta.tar&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;cd to the wrfvar directory:&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;cd wrfvar_v2.2beta&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;and you should see something like the following files and subdirectories listed (may be slightly different depending on version used):&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN!
 -US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justi!
 fy'&gt;&
lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;ls -l &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;total 160&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rw-r--r--&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;15895 11 Jul 14:39 Makefile&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rw-r--r--&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;7189&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/spa!
 n&gt;4 Feb 07:40 README&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rw-r--r--&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;7263 11 Jul 14:39 README.NMM&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rw-r--r--&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2548 18 Jan&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2005 README_test_cases&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt!
 ;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nb!
 sp; &lt;
/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 Registry&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 arch&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 chem&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&g!
 t;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1656 15 Apr 11:45 clean&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;7225 25 Jul 09:48 compile&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&q!
 uot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-!
 spacerun
: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;10664 25 Jul 18:49 configure&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;7 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 convertor&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;6 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 da_3dvar&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&q!
 uot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 dyn_em&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 dyn_exp&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2048 27 !
 Jul 08:55 dyn_nmm&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt!
 ; &lt;p
 class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;14 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 external&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 frame&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;!
 span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 gen_be&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 inc&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 main&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style!
 =&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/sp!
 an&gt;3 
dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2048 27 Jul 08:55 phys&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;4 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:56 run&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 scripts&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&g!
 t;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;3 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2048 27 Jul 08:55 share&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;12 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;1024 27 Jul 08:55 test&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;drwxr-xr-x&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;4 dmbarker&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/s!
 pan&gt;users&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&a!
 mp;nbsp;
&amp;nbsp; &lt;/span&gt;2048 27 Jul 08:55 tools&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;ii. Compiling WRF-Var&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;To begin the compilation of WRF-Var, type the following to see the options available to you:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;configure&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;You will then be qu!
 eried with something like the following:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;service01:&amp;gt;configure&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;option =&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;Please type : &amp;lt;configure var&amp;gt; to compile var,&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;or type : &amp;lt;configure be&amp;gt; to compile be.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The two choices refer t!
 o creating compiler options for WRF-Var, or alternatively to b!
 egin set
ting up the calculation of background error statistics. Here, we wish to compile WRF-Var, and so type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;configure var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;You will then see a list of alternative compilation options, depending on whether you want to run single processor, with different compilers etc, e.g.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;option = var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;configure var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;checking for perl5... no&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-U!
 S&gt;checking for perl... found /usr/local/bin/perl (perl)&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;Will use NETCDF in dir: /usr/local/netcdf&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;PHDF5 not set in environment. Will configure WRF for use without.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;option = var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;configure for var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;------------------------------------------------------------------&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justi!
 fy'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-famil!
 y:&quot;
Courier New&quot;'&gt;Please select from among the following supported platforms.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-family:&quot;Courier New&quot;'&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-family:&quot;Courier New&quot;'&gt; 1.  Settings for PC Linux i486 i586 i686, PGI compiler  (Single-threaded) &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-family:&quot;Courier New&quot;'&gt;2.  Settings for PC Linux i486 i586 i686, PGI compiler  (RSL, MPICH, RSL IO) &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-family:&quot;Courier New&quot;'&gt;3.  Intel xeon i686 ia!
 32 Xeon Linux, ifort compiler (single-threaded, no nesting) &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-size:10.0pt; font-family:&quot;Courier New&quot;'&gt;Enter selection [1-3] :&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;In the online tutorial, you will be running WRF-Var in single processor mode. Therefore enter &lt;b&gt;1&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; (single-threaded) at the prompt. This will automatically create a file &lt;i&gt;configure.defaults_wrfvar&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; in the wrfvar/arch subdirectory. This sets up compile options etc ready for compilation. We recommend you run WRF-Var in single processor mode first, but you later want to run WRF-Var on distributed memory machines to really speed things up.&lt;o:p!
 &gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-ali!
 gn:justi
fy'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Check the WRF-Var configure file has been produced by typing&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;ls -l configure.wrf&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Browse the file if interested, then to compile WRF-Var type&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;compile var&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Once this is complete, you can check for the presence of the WRF-Var executable by issuing the command (from the wrfvar directory)&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;!
 &lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;ls -l main/wrfvar.exe&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoPlainText style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker users&amp;nbsp;&amp;nbsp;11045892 May 29&amp;nbsp; 2003 main/wrfvar.exe&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;While you are waiting for compilation to finish, we suggest you read the following sections to acquaint yourself with how you are going to run WRF-Var.&lt;b&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;iii. The DA_Run_WRF-Var.csh script.&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt; &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=E!
 N-US style='font-family:Arial'&gt;The WRF-Var system is run (d!
 on't do 
this yet in the online tutorial!) from the standard script &lt;i&gt;wrfvar/run/DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;. An example ca be seen at&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/span&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&lt;/a&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The script performs a number of tasks, as follows:&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;a)&lt;!
 span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Specify job details via environment variables: The user should be able, in most cases, to run WRF-Var just by resetting default environment variables (set below) to values for your particular application. Examples include changing data directory, filenames, and particular parameters within WRF (namelist.3dvar) and WRF (namelist.input) files.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;b)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Define default environment variables. These!
  can be overridden in a) by setting non-default values.&lt;o:p!
 &gt;&lt;
/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;c)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Perform sanity checks (e.g. ensure input files exist). d) Create 3D-Var namelist file &lt;i&gt;namelist.3dvar&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;d)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US st!
 yle='font-family:Arial'&gt;Prepare for assimilation: link, and copy data/executables to the run&lt;span style=&quot;mso-spacerun: yes&quot;&gt;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;directory.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; tab-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family: Arial'&gt;e)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Create &lt;i&gt;namelist.3dvar&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; and &lt;i&gt;namelist.input&lt;/i&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; files from environments specified above.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='margin-left:.5in;text-align:justify;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1; ta!
 b-stops:list .5in'&gt;&lt;![if !supportLists]&gt;&lt;span lang!
 =EN-US s
tyle='font-family: Arial'&gt;f)&lt;span style='font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;'&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;![endif]&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Run WRF-Var.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;A brief description of the 3D-Var namelist options is now given.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;iv. The&amp;nbsp; WRF-Var namelist.3dvar file&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;There are many options you can change in a data assimilation system:&amp;nbsp; withholding particular observations, empirically retuning backgro!
 und errors, changing the minimization convergence criteria, etc, etc. To see the current full list of namelist options, check out the section of DA_Run_WRF-Var.csh that sets the default values. Not all values are provided with comments. This is deliberate as we only support changing the values with comments! Feel free to experiment with the others only if you can support yourself by checking the code to see what these other options do! &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The namelist.3dvar file created for the tutorial case can be seen at&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.3dvar.txt&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.3dvar.txt&lt;/a&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='te!
 xt-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Ar!
 ial'&gt;
&lt;b&gt;&lt;u&gt;v. The&amp;nbsp; WRF namelist.input&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Since WRF-Var is now a core for the WRF model, it uses the WRF framework to define and perform parallel, I/O functions. This is fairly transparent in the WRF-Var code. However, one disadvantage is that WRF-Var now requires one to specify the grid dimensions at run-time via a file (the previous serial version of MM5 3DVAR would pick these dimensions up from the input file and dynamically allocate memory). &lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;For this tutorial, a 45x45x28 200km resolution case-study is used. These grid dimensions are specified via the default environment variables in the DA_Run_WRF-Var.csh script. You will nee!
 d to change these values for your own domains.&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;The namelist.input file created for the tutorial case can be seen at&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.input.txt&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.input.txt&lt;/a&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;&lt;u&gt;vi. What next?&lt;/u&gt;&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/u&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;Having compiled WRF-Var and familiarized yourself with the script and namelist files!
 , it's time to run WRF-Var!&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt!
 ;&lt;/p&
gt; &lt;p style='text-align:justify'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;u&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-casestudy.htm&quot;&gt;&lt;span style='color:blue'&gt;d) Run WRF-Var CONUS Case Study&lt;/span&gt;&lt;/a&gt;&lt;/u&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;Trouble Shooting:&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;b&gt;1.&lt;/b&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt; If you have questions, ask &lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial;color:#000099'&gt;&lt;a href=&quot;mailto:wrfhelp@wrf-model.org&quot;&gt;&lt;span style='font-family:&quot;Times New Roman&quot;'&gt;wrfhelp@u!
 car.edu&lt;/span&gt;&lt;/a&gt;&lt;/span&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt; &lt;hr size=2 width=&quot;100%&quot; align=center&gt; &lt;/span&gt;&lt;/div&gt; &lt;p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoNormal align=center style='text-align:center'&gt;&lt;span lang=EN-US style='font-family:Arial'&gt;&lt;a href=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;Return to WRF-Var Tutorial Page&lt;/a&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;p class=MsoNormal&gt;&lt;span lang=EN-US style='color:windowtext'&gt;&lt;![if !supportEmptyParas]&gt;&amp;nbsp;&lt;![endif]&gt;&lt;o:p&gt;&lt;/o:p&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt; &lt;/div&gt; &lt;/body&gt; &lt;/html&gt;
\ No newline at end of file
+&lt;!DOCTYPE HTML PUBLIC &quot;-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN&quot;&gt;
+&lt;HTML&gt;
+&lt;HEAD&gt;
+        &lt;META HTTP-EQUIV=&quot;CONTENT-TYPE&quot; CONTENT=&quot;text/html; charset=utf-8&quot;&gt;
+        &lt;TITLE&gt;3DVAR Tutorial&lt;/TITLE&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;GENERATOR&quot; CONTENT=&quot;OpenOffice.org 2.0  (Linux)&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;CREATED&quot; CONTENT=&quot;20070124;11335600&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;CHANGED&quot; CONTENT=&quot;20070124;11352300&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Title&quot; CONTENT=&quot;3DVAR Tutorial&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;ProgId&quot; CONTENT=&quot;Word.Document&quot;&gt;
+        &lt;META NAME=&quot;Originator&quot; CONTENT=&quot;Microsoft Word 10&quot;&gt;
+        &lt;!--[if !mso]&gt;
+&lt;style&gt;
+v\:* {behavior:url(#default#VML);}
+o\:* {behavior:url(#default#VML);}
+w\:* {behavior:url(#default#VML);}
+.shape {behavior:url(#default#VML);}
+&lt;/style&gt;
+&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:DocumentProperties&gt;
+  &lt;o:Author&gt;dmbarker&lt;/o:Author&gt;
+  &lt;o:Template&gt;Normal&lt;/o:Template&gt;
+  &lt;o:LastAuthor&gt;Jose Castilleja&lt;/o:LastAuthor&gt;
+  &lt;o:Revision&gt;2&lt;/o:Revision&gt;
+  &lt;o:Created&gt;2005-08-05T23:38:00Z&lt;/o:Created&gt;
+  &lt;o:LastSaved&gt;2005-08-05T23:38:00Z&lt;/o:LastSaved&gt;
+  &lt;o:Pages&gt;6&lt;/o:Pages&gt;
+  &lt;o:Words&gt;1134&lt;/o:Words&gt;
+  &lt;o:Characters&gt;6469&lt;/o:Characters&gt;
+  &lt;o:Company&gt;NCAR/UCAR&lt;/o:Company&gt;
+  &lt;o:Lines&gt;53&lt;/o:Lines&gt;
+  &lt;o:Paragraphs&gt;12&lt;/o:Paragraphs&gt;
+  &lt;o:CharactersWithSpaces&gt;7944&lt;/o:CharactersWithSpaces&gt;
+  &lt;o:Version&gt;10.260&lt;/o:Version&gt;
+ &lt;/o:DocumentProperties&gt;
+ &lt;o:OfficeDocumentSettings&gt;
+  &lt;o:AllowPNG/&gt;
+ &lt;/o:OfficeDocumentSettings&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapedefaults v:ext=&quot;edit&quot; spidmax=&quot;2050&quot;/&gt;
+&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
+ &lt;o:shapelayout v:ext=&quot;edit&quot;&gt;
+  &lt;o:idmap v:ext=&quot;edit&quot; data=&quot;1&quot;/&gt;
+ &lt;/o:shapelayout&gt;&lt;/xml&gt;&lt;![endif]--&gt;
+        &lt;STYLE&gt;
+        &lt;!--
+                P { color: #000000 }
+                A:link { color: #0000ee }
+                A:visited { color: #551a8b }
+        --&gt;
+        &lt;/STYLE&gt;
+&lt;/HEAD&gt;
+&lt;BODY LANG=&quot;en-GB&quot; TEXT=&quot;#000000&quot; LINK=&quot;#0000ee&quot; VLINK=&quot;#551a8b&quot; BGCOLOR=&quot;#ffffff&quot; DIR=&quot;LTR&quot;&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=5&gt;&lt;B&gt;c.
+Setting up WRF-Var&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In this part of the
+tutorial you will download and compile the WRF-Var code. A
+description of the script that controls the running of WRF-Var and an
+overview of the namelist that it creates is also given.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;i.
+Accessing WRF-Var code&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;First, go to your
+working directory and download the WRF-Var code from&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/wrfvar_v2.2beta.tar.gz&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/src/wrfvar_v2.2beta.tar.gz&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once you have
+it on your machine, type the following to unzip and untar it:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;gunzip
+wrfvar_v2.2beta.tar.gz&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;tar -xvf
+wrfvar_v2.2beta.tar&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; 
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;After this, you
+should see a program directory wrfvar/ created in your working
+directory. If so, tidy up with the command&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;rm
+wrfvar_v2.2beta.tar&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;cd to the
+wrfvar directory:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; 
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;cd
+wrfvar_v2.2beta&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and you should
+see something like the following files and subdirectories listed (may
+be slightly different depending on version used):&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; 
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;ls -l &lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;total 160&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rw-r--r--&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;
+15895 11 Jul 14:39 Makefile&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rw-r--r--&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+7189&amp;nbsp; 4 Feb 07:40 README&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rw-r--r--&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+7263 11 Jul 14:39 README.NMM&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rw-r--r--&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+2548 18 Jan&amp;nbsp; 2005 README_test_cases&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 Registry&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 arch&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 chem&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1656 15 Apr 11:45 clean&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+7225 25 Jul 09:48 compile&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;
+10664 25 Jul 18:49 configure&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 7 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 convertor&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 6 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 da_3dvar&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 dyn_em&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 dyn_exp&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+2048 27 Jul 08:55 dyn_nmm&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp; 14 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 external&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 frame&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 gen_be&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 inc&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 main&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+2048 27 Jul 08:55 phys&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 4 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:56 run&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 scripts&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 3 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+2048 27 Jul 08:55 share&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp; 12 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+1024 27 Jul 08:55 test&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;drwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 4 dmbarker&amp;nbsp; users&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+2048 27 Jul 08:55 tools&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;ii. Compiling
+WRF-Var&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;To begin the
+compilation of WRF-Var, type the following to see the options
+available to you:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;configure&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;You will then be
+queried with something like the following:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;service01:&amp;gt;configure&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;option =&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;Please type : &amp;lt;configure var&amp;gt; to compile var,&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;or type : &amp;lt;configure be&amp;gt;
+to compile be.&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The two choices
+refer to creating compiler options for WRF-Var, or alternatively to
+begin setting up the calculation of background error statistics.
+Here, we wish to compile WRF-Var, and so type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;configure var&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;You will then see a
+list of alternative compilation options, depending on whether you
+want to run single processor, with different compilers etc, e.g.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;option = var&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;configure var&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;checking for perl5... no&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;checking for perl... found /usr/local/bin/perl (perl)&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;Will use NETCDF in dir: /usr/local/netcdf&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;PHDF5 not set in environment. Will configure WRF for
+use without.&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;option = var&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;configure for var&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot;&gt;------------------------------------------------------------------&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Courier New&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=2&gt;Please
+select from among the following supported platforms.&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Courier New&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=2&gt;1.
+Settings for PC Linux i486 i586 i686, PGI compiler (Single-threaded) &lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Courier New&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=2&gt;2.
+Settings for PC Linux i486 i586 i686, PGI compiler (RSL, MPICH, RSL
+IO) &lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Courier New&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=2&gt;3.
+Intel xeon i686 ia32 Xeon Linux, ifort compiler (single-threaded, no
+nesting) &lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Courier New&quot;&gt;&lt;FONT SIZE=2&gt;Enter
+selection [1-3] :&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;In the online
+tutorial, you will be running WRF-Var in single processor mode.
+Therefore enter &lt;B&gt;1&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;(single-threaded)
+at the prompt. This will automatically create a file
+&lt;I&gt;configure.defaults_wrfvar&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;in
+the wrfvar/arch subdirectory. This sets up compile options etc ready
+for compilation. We recommend you run WRF-Var in single processor
+mode first, but you later want to run WRF-Var on distributed memory
+machines to really speed things up.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Check the WRF-Var
+configure file has been produced by typing&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;ls -l
+configure.wrf&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Browse the file if
+interested, then to compile WRF-Var type&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;compile var &amp;gt;&amp;amp;
+compile.log&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Once this is
+complete, you can check for the presence of the WRF-Var executable by
+issuing the command (from the wrfvar directory)&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;B&gt;ls -l
+main/wrfvar.exe&lt;/B&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;-rwxr-xr-x&amp;nbsp;&amp;nbsp; 1 dmbarker
+users&amp;nbsp;&amp;nbsp;11045892 May 29&amp;nbsp; 2003 main/wrfvar.exe&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;While you are
+waiting for compilation to finish, we suggest you read the following
+sections to acquaint yourself with how you are going to run WRF-Var.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;iii. The
+DA_Run_WRF-Var.csh script.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;/U&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The WRF-Var
+system is run (don't do this yet in the online tutorial!) from the
+standard script &lt;I&gt;wrfvar/run/DA_Run_WRF-Var.csh&lt;/I&gt;. An example ca
+be seen at&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&amp;nbsp;&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/DA_Run_WRF-Var.csh.txt&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The script performs
+a number of tasks, as follows:&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;a)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; Specify
+job details via environment variables: The user should be able, in
+most cases, to run WRF-Var just by resetting default environment
+variables (set below) to values for your particular application.
+Examples include changing data directory, filenames, and particular
+parameters within WRF (namelist.3dvar) and WRF (namelist.input)
+files.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;b)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; Define
+default environment variables. These can be overridden in a) by
+setting non-default values.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;c)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; Perform
+sanity checks (e.g. ensure input files exist).&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;d)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; Prepare
+for assimilation: link, and copy data/executables to the run&amp;nbsp;
+directory.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;e)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; Create
+&lt;I&gt;namelist.3dvar&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;and
+&lt;I&gt;namelist.input&lt;/I&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;files
+from environments specified above.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;f)&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;
+Run WRF-Var.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;A brief description
+of the 3D-Var namelist options is now given.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;iv. The&amp;nbsp;
+WRF-Var namelist.3dvar file&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;There are many
+options you can change in a data assimilation system:&amp;nbsp;
+withholding particular observations, empirically retuning background
+errors, changing the minimization convergence criteria, etc, etc. To
+see the current full list of namelist options, check out the section
+of DA_Run_WRF-Var.csh that sets the default values. Not all values
+are provided with comments. This is deliberate as we only support
+changing the values with comments! Feel free to experiment with the
+others only if you can support yourself by checking the code to see
+what these other options do! &lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The namelist.3dvar
+file created for the tutorial case can be seen at&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.3dvar.txt&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.3dvar.txt&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;v. The&amp;nbsp;
+WRF namelist.input&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Since WRF-Var is now
+a core for the WRF model, it uses the WRF framework to define and
+perform parallel, I/O functions. This is fairly transparent in the
+WRF-Var code. However, one disadvantage is that WRF-Var now requires
+one to specify the grid dimensions at run-time via a file (the
+previous serial version of MM5 3DVAR would pick these dimensions up
+from the input file and dynamically allocate memory). &lt;/FONT&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;For this tutorial, a
+45x45x28 200km resolution case-study is used. These grid dimensions
+are specified via the default environment variables in the
+DA_Run_WRF-Var.csh script. You will need to change these values for
+your own domains.&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;The namelist.input
+file created for the tutorial case can be seen at&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;A HREF=&quot;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.input.txt&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;http://www.mmm.ucar.edu/wrf/WG4/wrfvar/namelist.input.txt&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;B&gt;vi. What next?&lt;/B&gt;&lt;/U&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P LANG=&quot;en-US&quot; ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Having compiled
+WRF-Var and familiarized yourself with the script and namelist files,
+it's time to run WRF-Var!&lt;/FONT&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P ALIGN=JUSTIFY&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-casestudy.htm&quot;&gt;&lt;U&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#0000ff&quot;&gt;d)
+Run WRF-Var CONUS Case Study&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/U&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Trouble Shooting:&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;P&gt;&lt;B&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;1.&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/B&gt; &lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;If
+you have questions, ask &lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;A HREF=&quot;mailto:wrfhelp@wrf-model.org&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Times New Roman&quot;&gt;&lt;FONT COLOR=&quot;#000099&quot;&gt;wrfhelp@ucar.edu&lt;/FONT&gt;&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;
+&lt;/P&gt;
+&lt;HR SIZE=1&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot; ALIGN=CENTER&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot; ALIGN=CENTER&gt;&lt;A HREF=&quot;wrfvar-tutorial.htm&quot;&gt;&lt;SPAN LANG=&quot;en-US&quot;&gt;&lt;FONT FACE=&quot;Arial&quot;&gt;Return
+to WRF-Var Tutorial Page&lt;/FONT&gt;&lt;/SPAN&gt;&lt;/A&gt;&lt;/P&gt;
+&lt;P CLASS=&quot;msonormal&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/P&gt;
+&lt;/BODY&gt;
+&lt;/HTML&gt;
\ No newline at end of file

</font>
</pre>