<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">The International Max Planck Research School for Global Biogeochemical<br>Cycles is offering an interesting PhD project on the<br><br><b>Elucidation of the microbial N-cycle in the subsurface – key microbial<br>players and processes</b><br><br><i>Supervisor: Prof. Dr. Kirsten Küsel (Friedrich Schiller University Jena)</i><div><i>Co-supervisors:&nbsp;</i></div><div><i>Prof. Susan Trumbore (Max Planck Institute for Biogeochemistry),&nbsp;</i></div><div><i>Ph.D., Dr. Martina Herrmann&nbsp;</i><i>(Friedrich Schiller University Jena)</i><br><br><b><br></b><div><b>Project description<br></b><br>Elevated concentrations of nitrate in groundwater affecting the<br>suitability of groundwater for drinking water production represent a<br>global problem. Thus, understanding microbial nitrogen transformation<br>processes in subsurface compartments like aquifers is crucial.<br><br>Nitrite is a rapidly metabolized but central intermediate of the<br>nitrogen cycle, linking aerobic and anaerobic pathways. As a product of<br>aerobic ammonia oxidation, it can be further oxidized to nitrate by<br>nitrite-oxidizing bacteria. In turn, as a product of nitrate reduction,<br>it can be reduced to either ammonium (dissimilatory nitrate reduction to<br>ammonium, DNRA) or to gaseous nitrogen compounds by denitrification or<br>anaerobic oxidation of ammonia (anammox). Under suboxic conditions or at<br>oxic/anoxic interfaces, nitrite resulting from aerobic ammonia oxidation<br>can also directly be fueled into denitrification or anammox as reported<br>from the suboxic zone of the Black Sea. However, so far only little is<br>known about these metabolic interactions or the relevance of the anammox<br>process in aquifers. Similarly, a close metabolic coupling between<br>nitrite oxidizers and either ammonia-oxidizing bacteria or<br>ammonia-oxidizing archaea performing the first step of nitrification has<br>been reported from wastewater treatment plants or the open ocean.<br>However, nitrite oxidizers in aquifers have so far rarely been<br>investigated. Since anammox bacteria and a large number of known nitrite<br>oxidizers are chemolithoautotrophs, their activity would also provide<br>important links between the nitrogen cycle and the carbon cycle in<br>aquifers.<br><br>Previous research activities revealed the presence of both ammonia<br>oxidizing bacteria and ammonia oxidizing archaea in limestone aquifers<br>located in the Hainich region and confirmed nitrification activity in<br>the groundwater. Furthermore, these studies also showed the presence of<br>organisms with the genetic potential to perform denitrification as well<br>as anammox. Finally, analysis of the active total microbial communities<br>indicated the presence of members of the genera Nitrospira and<br>Nitrospina, which are likely to play a role in nitrite oxidation in the<br>limestone aquifer system.<br><br><br>The proposed project will address the following research questions:<br><br><b>(1) What is the relevance of anammox versus denitrification for the<br>removal of nitrite in limestone aquifers?<br><br>(2) What is the contribution of nitrite oxidation and anammox to<br>autotrophic carbon fixation?<br></b><br>In order to address these research questions, the candidate will perform<br>rate measurements of anammox, denitrification and nitrification using<br>15N-based techniques. Moreover, characterization of the microbial<br>communities involved in nitrite oxidation, denitrification and anammox<br>will be carried out using molecular approaches (qPCR-based analysis of<br>genes and transcripts, next generation sequencing), targeting both<br>ribosomal RNA genes and functional genes. These investigations will<br>focus on planktonic microbial communities in the groundwater as well as<br>on those communities that are associated with the aquifer matrix. Here,<br>both original rock material derived from drilling and rock material<br>deployed in passive samplers will be available for the investigation of<br>attached microbial communities. The candidate will participate in field<br>sampling campaigns of the CRC AquaDiva for sampling of groundwater and<br>passive sampler material. Investigations of environmental samples will<br>be complemented with mesocosm experiments and cultivation-based<br>approaches aiming at the isolation of nitrite-oxidizing bacteria from<br>the groundwater.<br><br><br><b>Working group &amp; planned collaborations</b><br><br>The research group “Limnology/Aquatic Geomicrobiology” of Prof. Dr.<br>Kirsten Küsel works on the microbial ecology of the carbon, iron and<br>nitrogen cycle in aquatic and semiterrestrial environments, using both<br>molecular and cultivation-dependent approaches. The working group<br>provides excellent laboratory equipment for molecular work and for data<br>analysis from next generation sequencing. The research of the proposed<br>project will be performed in close association with the CRC AquaDiva<br>(<a href="http://www.aquadiva.uni-jena.de/">http://www.aquadiva.uni-jena.de/</a>).<br><br>For carrying out mesocosm experiments and for the investigation of<br>autotrophic pathways, the candidate will work in close collaboration<br>with a postdoctoral scientist involved in the CRC AquaDiva. In addition,<br>the candidate will collaborate with Master and Bachelor students<br>involved in the CRC AquaDiva. For field work, the candidate will work<br>together with the hydrogeology working group at the FSU Jena. Analysis<br>of anammox communities using lipid biomarkers will be carried out in<br>collaboration with Dr. Valerie Schwab-Lavric.<br><br><br><b>The Research School</b><br><br>The successful candidate will become a member of the International Max<br>Planck Research School for Global Biogeochemical Cycles (IMPRS-gBGC).<br>The school provides excellent research possibilities for students to<br>obtain a PhD degree in a 3-years graduate program.<br><br>The elements key to life such as carbon, oxygen, hydrogen, and nitrogen<br>are continuously exchanged among the land, ocean and atmosphere in what<br>are known as global biogeochemical cycles. Research in the IMPRS-gBGC<br>discovers how these cycles function, how they are interconnected, and<br>how they can change with climate or human activity. In their thesis<br>projects, students deal with various crucial aspects of global<br>biogeochemical cycles and participate in ongoing research comprising<br>field observations, method development, experiments, and modeling.<br>Students will also benefit from a three-month external research visit,<br>specialised courses in e.g. statistics, Earth observation, modelling and<br>analytical techniques, as well as in soft skills and will have ample<br>opportunity to develop their personal career networks. The school is<br>thus an excellent starting platform for a successful career in a field<br>related to global biogeochemical cycles and Earth System Science.<br><br><br></div><div><b>Requirements</b><br><br>Applications to the IMPRS-gBGC are open to well-motivated and<br>highly-qualified students from all countries. For this particular PhD<br>project we seek a candidate with<br><br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• A Master’s degree in Biology, Microbiology, Molecular Ecology,<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Biogeochemistry or a related discipline, including a corresponding<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>thesis&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• Experience in standard molecular techniques (nucleic acid<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>extraction, PCR, cloning)&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• Experience in phylogenetic analyses and in the analysis of&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>next generation sequence data would be advantageous.&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• Interest in interdisciplinary work in the field of<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>the microbial ecology of aquifers&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• Interest in working with model ecosystems at a laboratory scale (mesocosm experiments)&nbsp;<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>• Excellent oral and written communication skills in English<br><br><br></div><div><b>How to apply</b><br><br>Application deadline for these fully funded PhD positions is September<br>30, 2013. Top candidates will be invited to take part in our selection<br>symposium (December 03-04, 2013).<br><br>&gt;&gt; Apply online: <a href="http://www.imprs-gbgc.de">www.imprs-gbgc.de</a><br><br><br><b>After you have been selected</b><br><br>The IMPRS-gBGC office will happily assist you with your transition to<br>Jena.<br><br>Successful applicants are expected to join us in winter 2013/14 and will<br>receive a comfortable PhD stipend to cover all living expenses. There are no<br>tuition fees.&nbsp;Additional financial support is available for conference visits,&nbsp;<div>participation in summer schools and a 3-month research visit to&nbsp;another top lab.&nbsp;</div><br>Handicapped persons with comparable qualifications receive preferential<br>status.<br><br><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; "><div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°</span></div><div>Anna Goerner - coordinator</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">International Max Planck Research School</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>for Global Biogeochemical Cycles</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">MPI for Biogeochemistry</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hans-Knöll-Str. 10,&nbsp;07745 Jena, Germany</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">&nbsp;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp;+49 3641 576260</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">e-mail:&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:anna.goerner@bgc-jena.mpg.de">anna.goerner@bgc-jena.mpg.de</a></div><div><br></div></span></div><div><a href="http://www.imprs-gbgc.de/">http://www.imprs-gbgc.de</a></div><div><a href="https://www.facebook.com/imprs.gbgc">https://www.facebook.com/imprs.gbgc</a></div></div><div><br></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></div></body></html>